Fiocruz Paraná Pesquisa, Desenvolvimento e Produção
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- Matheus Henrique Caldeira Rico
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1 Fiocruz Paraná Pesquisa, Desenvolvimento e Produção
2 Gelified real-time PCR assay for Malária Diagnosis December/2011 Responsável: Cheysa Biondo Data: 08/12/2011
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4 Comparação de desempenho das Mastermix: Applied, NAT e H1N1 40 Quantification Cycle Mastermix Applied Mastermix NAT Mastermix H1N log UI/mL
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6 After 24 hours 4 C P. falciparum Gelified + Liquid Gel mean Ct 24,6 Liq mean Ct 24,7 P. vivax Gelified + Liquid Gel mean Ct 26,8 Liq mean Ct 27,3
7 Company and Technology Introduction to: 24th February 2013 Kieran Curran Ph.D CEO
8 Revolutionary Technology for Automated Biology Mission: To develop and commercialize better automated solutions for life sciences. Conventional Automation Tech GenCell s Composite Liquid Cell Tech Widely applicable Miniaturization a challenge Consumable plasticware Widely applicable Automation friendly microfluidics No plastic consumables
9 Technology Introduction Natural Biological Cell Microfluidic Capsules (GenCell CLC s)
10 GenCell Genotyping: Process Flow 1) Create Empty CLC 2) Dispense Assay No Plasticware = Lower running costs for HTP 3) Dispense Sample 6) Aspirate to waste 5) Optically Interrogate 4) Thermally Process Option to recover 100% of product Data Acquisition CONFIDENTIAL [Shared under NDA]
11 High Throughput: 960 libraries GenCell NGS Library Preparation per day Absolutely no plastic consumables a paradigm shift in automation 20 minutes of user interaction Prep with as little as 1ng in 500nL Barcoded library pooling capability on-board Work with us to achieve up to 500 fold* savings in reagent costs
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13 Gencell Purification Instrument followed by amplification in CLC on Gencell qpcr platform and on ABi StepOne. Magmax kit. VLP concentration (x4) 10 5 (x2) 50uL input sample 10uL elution performed x 2 for each sample Gencell Purification platform - MagMax protocol Eluted viral RNA: 10uL 10uL 10uL 10uL 7uL of each eluted RNA added to 10.5uL MMx 17.5uL 5uL CLC 5uL CLC 5uL CLC Confidential
14 Review Viral RNA Purification and amplification on commercial instrument: Viral Copies Spin Column IBMP Standard Magnetic Plate Gencell 20,000 2, Confidential
15 Thursday 11/4/13 Post NTC s run on Gencell qpcr platform. 12 x 5uL CLCs containing No Template Blanks (NTB s) performed on Gencell Purification Platform post run on Wednesday 10/4/13 Conclusion: No detectable carry over contamination Confidential
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18 POC Real Time qpcr (detecção com quantificação 1 amostra /hora)
19 Procedimento Experimental Extração de DNA 10 7 epimastigotas Diluições em PBS: Fator diluição 1: FONTE Portal Fiocruz
20 Procedimento Experimental Comparação de 2 tipos de equipamentos de PCR em Tempo Real DENATURAÇÃO ANELAMENTO EXTENÇÃO DÓLARES DÓLARES VOLUME DOS REAGENTES E AMOSTRA 1 hora e 30 minutos 30 minutos Plástico Silício
21 Resultados e Discussão 3 experimentos distintos ABI7500 Eficiência: 98,2% Q3 Eficiência: 97,4% ABI7500 Q3
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24 Desenvolvimento de Testes para Diagnóstico Molecular de patógenos Associados a Sepse.
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27 Principais microorganismos causadores de sepse: Enterobactérias (bacilos Gram-negativos) Cocos Grampositivos Fungos
28 Seleção das sequências para identificação dos microorganismos: Genes rrna Fungos ITS Genes rrna Bactérias
29 16S rrna gene sequencing can profile the bacterial communities in a greater detail than can metagenomics. In addition low abundance species are best identified through 16S rrna gene sequencing
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32 Pathogen DNA-free Taq Polymerase (SepseTaq) SepseTaq IBMP Taq STaq STaq Western Blot: anti- Taq
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36 Software Lavador e Secador do Biochip Extrator e purificador de DNA Leitor óptico (OCR) Sistema de controle de Temperatura do Chip (TCS) Biochip LC03
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38 Marco Aurelio Krieger Instituto Carlos Chagas Fiocruz Rua Prof. Algacyr Munhoz Ma der 3775 Curitiba-Paraná, Brasil. Tel Fax mkrieger@tecpar.br mkrieger@fiocruz.br marco.krieger@pesquisador.cnpq.br
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