Desenvolvimento de uma Ferramenta. Cromatogramas

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1 Desenvolvimento de uma Ferramenta Web para análise automática tica de Cromatogramas Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto - USP Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP Lariza Laura de Oliveira, Gisele Helena Barboni Miranda, Kelly Christiane Ynoue, Vitor Soares Pereira, Fernando Sequeira Sousa, Mariana Laureano de Souza, Luciano Ângelo de Souza Bernardes, Pablo Rodrigo Sanches, Silvana Giuliatti Graduação em Informática Biomédica

2 Tópicos Abordados Introdução Objetivos Metodologia O Conclusões Agradecimentos Referências 2

3 Tópicos Abordados Introdução Objetivos Metodologia O Conclusões Agradecimentos Referências 3

4 Introdução A Bioinformática lida com grande volume de informação Exemplo: Dados de Seqüenciamento Automático de DNA Necessidade de uso de técnicas computacionais Grande disponibilidade de aplicativos na Web 4

5 Introdução Sequenciamento de DNA e a geração de Cromatogramas DNA é extraído Amplificação (PCR) Método de Sanger (adição de marcadores fluorescentes) Eletroforese Feixe de laser Identificação das seqüências associadas a qualidade 5

6 Tópicos Abordados Introdução Objetivos Metodologia O Conclusões Agradecimentos Referências 6

7 Objetivos Facilitar o trabalho dos pesquisadores de Bioinformática do Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Auxiliar na análise de dados oriundos de projetos de seqüenciamento de genes expressos Criação de uma ferramenta Web com uma interface amigável para manipulação e exibição dos resultados Agregar um conjunto de ferramentas comumente empregadas na análise de Cromatogramas em um ambiente integrado 7

8 Tópicos Abordados Introdução Objetivos Metodologia O Conclusões Agradecimentos Referências 8

9 Metodologia O Pipeline implementado Regiões mascaradas são retiradas PHRED CROSSMATCH PHD2FASTA CAP3 BLAST Regiões de baixa qualidade são retiradas 9

10 Metodologia Ferramentas utilizadas: Perl CGI e HTML MySQL Apache 10

11 Tópicos Abordados Introdução Objetivos Metodologia O Conclusões Agradecimentos Referências 11

12 O 12

13 O 13

14 O 14

15 O 15

16 O 16

17 O 17

18 O 18

19 Tópicos Abordados Introdução Objetivos Metodologia O Conclusões Agradecimentos Referências 19

20 Conclusões O sistema Gaia constitui uma ferramenta útil para a atuação do profissional de bioinformática, fornecendo um ambiente integrado para o estudo e processamento de dados oriundos de projetos de seqüenciamento de genes expressos. Desse modo, torna-se possível agilizar a utilização do conjunto de ferramentas utilizadas, uma vez que todas se encontram integradas no sistema. 20

21 Agradecimentos Ao Laboratório de Bioinformática do Departamento de Genética da FMRP USP 21

22 Referências BALDI, P. & BRUNNAK, S. (1998). Bioinformatics: The Machine Learning Approach. Cambridge: MIT Press. Ewing, B. & Green, P. Base-Calling of Automated Sequencer Traces using Phred. II. Error Probabilities, Genome Research, v. 8, p , HUANG, X. & MADAN, A. CAP3: A DNA sequence assembly program. Genome Res, v. 9, p , ALTSCHUL, S. F. et al. A basic local alignment search tool, Journal of Molecular Biology, v. 215, p , Kurose, J. F. & Ross, K. W. Redes de computadores e a Internet: Uma abordagem top-down. Trad. 3 ed., Addison Wesley, São Paulo, PRESSMAN, R. Software Engineering: A practitioner s Approach. Sexta edição, McGraw-Hill,

23 Desenvolvimento de uma Ferramenta Web para análise automática tica de Cromatogramas Obrigada pela atenção Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto - USP Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP Lariza Laura de Oliveira, Gisele Helena Barboni Miranda, Kelly Christiane Ynoue, Vitor Soares Pereira, Fernando Sequeira Sousa, Mariana Laureano de Souza, Luciano Ângelo de Souza Bernardes, Pablo Rodrigo Sanches, Silvana Giuliatti Graduação em Informática Biomédica

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