L dt. onde. k se refere às diferentes coordenadas e ) Equações de movimento na forma Lagrangeana, ) Apenas translação. 3N equações de 2a.

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Marisa Freire Cabreira
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1 Dsln: SCoMol Dsln: SCoMol Euções de oeno n fo gngen 0 K d d k k k j j d d 0 k se efee às dfeenes oodends e N euções de. ode Aens nslção

2 Dsln: SCoMol Euções de oeno n fo lonn K 6N euções de. ode Dsln: SCoMol 4 As euções são eesíes no eo Exse onseção do oeno lne e ngul Deendendo ds ondções de onono ode ou não exs onseção dos oenos. Se não exs ex ou eneg se onse. Consdendo ue K e não deende exlene de. Coo o gdene de ee ns euções enão não dee e desonnuddes. l P e

3 Dsln: SCoMol 5 J Dnâ Moleul Se se n solução ds euções de oeno N íuls negenes és do oenl. ε ε ε j j j ˆ ˆ ˆ sen Dsln: SCoMol 6 Tén ue lul s euções de Newon d oléul. s = - = s+=fs +=fs deos Infoções ns s e s lulos s + e + s+ + +

4 4 Dsln: SCoMol 7 oedeno dão esole euções dfeens odnás o s ue eos é usndo éodos de dfeençs fns: ddo s hos s+ + + é sgnfene eueno oene o eo ue u oléul le j seu óo oeno x0-5 s=fs. Co esse o de éodo dee se sue. Cso não o sej oo é no exelo de esfes ígds u eno exlío olsões dee se nluído. Muos lgoos fo sugedos e u os dsu lguns: Dsln: SCoMol 8 Coo s jeós são onínus odeos us exnsão de Tylo: / 6 / / e 0 C C C C Esss euções não le e on s euções de oeno /

5 Vloes dos oefenes oeoes de Ge e. de. ode. Coefenes C0 C C C C4 C5 0 4 /6 5/6 / 5 9/0 /4 / / 6 /0 5/60 /8 /6 /60 Gud 9N N 5N 8N Esses loes fo defndos : o esão ondo o u sse o solução ex oo osldoes hônos; dulção de jeós óxs; eesldde eol. Dsln: SCoMol 9 Allen e Tldesley 77 É lo ue nenhu lgoo de negção á ge jeós exs o eos longos s sso não é neessáo. O one é gn onseção de eneg. Ass s jeós ds íuls dee es n hesuefíe de E onsne no esço de fse o ue ge éds oes no ensele onôno. Dsln: SCoMol 0 5

6 Céos esolh de u lgoo: Ssfze os éos de onseção de eneg e oenos e eesldde eol; Pe u gnde; Dul jeós óxs; Condções desejds: Se ádo; s ou eó; Se sles de leen og. Dsln: SCoMol sndo exnsão de Tylo é: / / Sondo e : / 6 / 6 A elodde não é neessá s jeós s s lul K e E. Enão sundo e : Dsln: SCoMol Eo / Eo 4 6

7 Vngens: É eesíel no eo; Clul + e u úno sso; Gud ous áes 9N: - -; Te exelene onseção de eneg. Desngens: s ue oo esão nué. Dsln: SCoMol Deful do GROMACS / s s / - + -/ +/ + / / / / A ds defnções: / / / / / P lul K e E e : / / / Só é exo onsne. Dsln: SCoMol 4 7

8 / / / / / Eo ou / / Eo Velodde de Vele e e-fog eoduze s ess jeós s e e-fog o =-/ e e Vele o =. Dsln: SCoMol 5 Allen e Tldesley 8 Vele Velodde de Vele elho su efone oes fs e e-fog enoes 0.fs. 4 Ge 5 Ge 6 Ge Dsln: SCoMol 6 8

9 Alndo s euções de oeno d áoo de u oléul nu úno oléul nsld oon e se defo. P oléuls o áoos de exlíos o eoenddo é o lgoo e-fog 0.fs e sulções íns de 0ns sses soluo-solene 0 8 ssos ou 50ns oeíns e ds hdds. Dsln: SCoMol 7 Posções: nzds ou óxs do eulío os não ode nlene e foçs uo gndes. Veloddes: nuls ou geds de fo leó ssfzendo dsução de Mxwell. Dsução de eloddes de Mxwell Dsln: SCoMol 8 9

10 P nlz u sulção MD donlene às oodends esns dos áoos é é neessáo e s eloddes ngens e ngules. As eloddes ngens ode se geds: ssfzendo u dsução Gussn x / / / kt x e x e kt ssfzendo u dsução unfoe - x ;+ x e dexndo eolu lguns s ene 00 nelos No fnl o oeno lne ol dee se zedo. N P 0 Dsln: SCoMol 9 luxo do lgoo do GROMACS Dsln: SCoMol 0 0

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