Universidade Federal do Rio de Janeiro Pós-Graduação em Química Biológica

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1 Universidade Federal do Rio de Janeiro Pós-Graduação em Química Biológica Ementas das Disciplinas do Curso de Pós-Graduação em Química Biológica 2013/1 Coagulação Sanguínea, Inflamação e Câncer (BMQ872) O curso visa discutir o envolvimento de plaquetas e de proteínas da coagulação no processo inflamatório e neoplasias malignas. Serão discutidos os principais aspectos do ciclo coagulação-inflamação, incluindo o envolvimento de receptores ativados por protease (PAR). Cultura de Células Animais Serão apresentadas as noções básicas do desenvolvimento da tecnologia de cultura de células animais, e seu uso na pesquisa e biotecnologia. Será dado treinamento em técnicas especiais de cultura celular: culturas primárias, e linhagens celulares estabelecidas indicando os procedimentos e comportamento numa sala de cultura e o material destinado à cultura celular. O curso terá duração de 30 horas. Os alunos serão avaliados durante o curso pela apresentação de seminários e participação nas aulas. Os alunos serão avaliados durante o curso pela apresentação de seminários e participação nas aulas. Desenvolvimento Vegetal (BMQ860) Serão enfatizados aspectos históricos da biologia molecular de plantas. Complexidade dos genomas: curvas Cot e Rot; Plantas transgênicas: transformação por Agrobacterium; Promotores de plantas; Genes marcadores: Betaglucoronidase; Alteração da expressão: sense e antisense; Genética: Arabidopsis, uma planta modelo; Abordagem genômicas: sequenciamento de cdnas, genômico e estratégias globais. Trabalho final com apresentação de seminários. Divulgando Nossas Teses Esta disciplina tem como foco capacitar os alunos para produção de materiais de divulgação científica para o público leigo, utilizando para isto os projetos de dissertações e teses dos próprios alunos inscritos. Para isto, o aluno será instruído a gerar um material (textos, vídeos, entre outros) que seja conciso e claro em uma linguagem adequada para a população geral. A preparação deste material deverá visar a utilização do mesmo em um dos seguintes meios de divulgação: sites, revistas de divulgação científica, jornais, entre outros. Almejamos como produto final a popularização dos trabalhos produzidos pelos alunos de pós-graduação. Forma de avaliação: O material produzido pelos alunos será a avaliação

2 principal. Este material será avaliado em duas etapas, sendo uma inicial pelos coordenadores da disciplina e a outra, através do grau de entendimento adquirido por pelo menos 5 indivíduos representantes do público leigo, antes e depois de ler o texto criado. Entende-se por público leigo, indivíduos formados no ensino médio, porém não profissionais da área biomédica. Fundamentos Básicos de Bioestatística (BMQ877) A disciplina se propõe a discutir os fundamentos mínimos de bioestatística necessários para as análises mais frequentes em química biológica, incluindo: - Fundamentos teóricos de bioestatística (probabilidades, distribuições, parâmetros, significância). - Estatística descritiva (medidas de tendência central e dispersão). - Testes estatísticos mais frequentemente usados em bioestatística inferencial (teste z, teste t, teste t pareado, teste de Mann-Whitney, teste de Wilcoxon, análise de variância (ANOVA), teste de Kruskal-Wallis, correlação linear (de Pearson), regressão linear, correlação de Spearman, teste do qui-quadrado, teste exato de Fisher). - Cálculos de tamanho amostral e poder estatístico. A disciplina não se propõe à discussão de tópicos avançados em bioestatística (ex: análise multivariada, modelos nãolineares) por questões de competência do professor, cuja formação é em ciências biomédicas e não em ciências exatas. Assim sendo, está indicada para alunos que ainda não possuam uma base sólida na área. A disciplina consistirá em aulas teóricas e em atividades práticas com computador em sala de aula, utilizando os softwares Graphpad Prism e Microsoft Excel. Os alunos serão encorajados a trazer seus próprios dados experimentais para análise nas aulas práticas, de maneira a integrar a disciplina com as atividades de pesquisa dos mesmos. Avaliação: Prova prática de análise de dados através dos softwares mencionados acima. Fundamentos em Química Biológica I Uso correto de Vidrarias e boas práticas laboratoriais, cálculos em bioquímica (grandezas e dimensões), preparo de soluções; Fundamentos teórico-práticos de: Espectroscopia, Centrifugação, Cromatografia, Eletroforese, uso de radioisótopos e Microscopia; dinâmica e tipos de interações moleculares; Fundamentos de Didática para o ensino superior. Os alunos de pós-graduação devem ter uma visão ampla e abrangente de conceitos de bioquímica geral. Assim, a proposta deste novo curso surge da necessidade de treinamento, capacitação, reciclagem, adequação de estudantes de Pós- Graduação e Graduação em técnicas e conceitos básicos de bioquímica. Objetivos: Desenvolver uma base sólida de conceitos de Bioquímica Geral que sirva de apoio para disciplinas mais especializadas e para o trabalho experimental na Pós-graduação em Química Biológica. Forma de avaliação: Prova escrita com consulta bibliográfica ao final de cada módulo. A prova elaborada pelos professores será disponibilizada desde o primeiro dia de aula. O aluno será aprovado se obtiver grau 5 ou superior (em uma escala de 0-10) em cada um dos módulos.

3 Fundamentos de Bioquímica III Estrutura de genes e cromossomos; Replicação e reparo de DNA; Síntese e processamento de RNA; Síntese, endereçamento e degradação de proteínas; Regulação da expressão gênica; Genômica funcional e Bioinformática; Prova do Bloco. Inovação, Propriedade Intelectual e Biotecnologia Objetivos gerais: Familiarizar os alunos de áreas relacionadas à biotecnologia com o sistema de propriedade intelectual; Conhecer os mecanismos legais existentes para a proteção das criações intelectuais no campo da biotecnologia, bem como, os passos que devem ser dados pelo inventor juntamente à UFRJ para alcançar a efetiva proteção da invenção; Habilitar o aluno a buscar e utilizar as informações contidas em documentos de patentes como subsídio ao seu trabalho de pesquisa; Estruturação de projetos inovadores com a finalidade de introduzir os efetivos resultados na sociedade (transferência de tecnologia); Estimular os alunos a atividade empreendedoras. Objetivos específicos: Inovação, PI (histórico e marcos regulatórios) e Biotecnologia (propriedade intelectual e políticas públicas); Lei de Inovação; Um Projeto Inovador; O documento de patente; Patentes como Fonte de Informação Tecnológica: noções sobre busca em bancos de patentes, classificação internacional de patentes; Propriedade Intelectual e Biodiversidade: Lei de Acesso ao Patrimônio Genético; Gestão da Informação Tecnológica em Universidades e Centros de Pesquisa: o papel da Agência UFRJ de Inovação (Portaria no de 16 de outubro de 2007); Empreendedorismo em Biotecnologia. Bibliografia: BRASIL. Congresso Nacional. Lei N o , de 14 de maio de 1996: regulamenta direitos e obrigações relativos à propriedade industrial. Brasília, 1996; BRASIL. Congresso Nacional Medida Provisória N o , de 23 de agosto de 2001: regulamenta e Dispõe sobre o acesso ao patrimônio genético, a proteção e o acesso ao conhecimento tradicional associado, a repartição de benefícios e o acesso à tecnologia e transferência de tecnologia para sua conservação e utilização; INSTITUTO NACIONAL DA PROPRIEDADE INDUSTRIAL. Ato Normativo N o. 127 de 05 de março de Rio de Janeiro, 1997; ORGANIZAÇÃO MUNDIAL DA PROPRIEDADE INTELECTUAL (OMPI) The Concept of intellectual property; IACOMINI, V. Propriedade Intelectual e Biotecnologia, Editora Juruá, 2009, 220p; Guia Prático para Inovação Farmacêutica: Da Bancada ao Mercado, Biominas Brasil, Mecanismos Envolvidos na Agregação de Proteínas (BMQ 813) No curso serão discutidos artigos sobre diversos modelos protéicos que apresentam tendência a agregar in vitro: proteína prion; peptídeo ß amilóide; transtirretina; lisozima. Estas proteínas estão envolvidas em patologias que acometem o homem. A compreensão dos mecanismos envolvidos na agregação destas proteínas representa, portanto, um desafio

4 para área de saúde pública. Os mecanismos de agregação serão abordados envolvendo os conceitos de 1. Dependência de concentração de proteína; 2. Efeito da temperatura; 3. Mutações pontuais. O curso será teórico-prático. Membranas Biológicas e Sistemas Biomiméticos (BMQ866) Neste Curso serão estudados os: 1. Componentes de Membranas: estrutura de lipídios e proteínas de membranas; organização dos componentes de membranas e modelo para a estrutura de membrana; 2. Movimentos de lipídios e proteínas em membranas biológicas: difusão lateral, flip-flop, rotação axial e de cadeias de lipídios; efeito de colesterol; mobilidade de proteínas integrais; calorimetria diferencial de varredura no estudo de membranas; 3. Assimetria em membranas biológicas: manutenção da assimetria de lipídios, proteínas e caboidratos; análise da assimetria de membranas; 4. Separação lateral de fase, formação de fase hexagonal H II e fusão de membranas: efeito de íons divalentes (Ca 2+ e Mg 2+ ); efeito de proteínas; 5. Interação lipídio-proteína em membranas: proteínas integrais e periféricas, lipídios anulares; 6. Sistemas biomiméticos (vesículas lipídicas, micelas aquosas e micelas reversas): características, estrutura e modo de obtenção; utilização como modelos de membrana biológica, enzimologia micelar. Todos os alunos farão um seminário sobre o tópico visto em aulas anteriores. Metabolismo Energético Integrado (BMQ869) Metabolismo de Carboidratos; glicólise; fermentações; ciclo de Cori; síntese e degradação do glicogênio; via das pentoses-fosfato; ciclo do ácido cítrico; fosforilação oxidativa; metabolismo de lipídios; sintese de ácidos graxos; degradação de ácidos graxos; produção de corpos cetônicos; catabolismo dos corpos cetônicos; ácidos graxos essenciais; metabolismo de proteínas; reações de transaminação; reações de desaminação; ciclo da uréia; visão sistêmica de hormônios metabólicos; ação celular de hormônios metabólicos; vitaminas e minerais; integração metabólica; metabolismo e diabetes mellitus; metabolismo durante o exercício; metabolismo e nutrição. Metodologia de Utilização de Radioisótopos em Biologia (BMQ852) Noções básicas de física das radiações. Radiações ionizantes, tipos e características dos decaimentos radioativos; Estatística das radiações; Energia das dadiações ionizantes e interações com a matéria; Alcance epenetração das radiações; Manipulação de amostras radioativas, radioproteção, exposição e cálculos de dose recebida; Contaminação e descontaminação, procedimentos de isolamento e descontaminação; Aplicações das radiações ionizantes em ciências da vida; Marcação isotópica; Métodos de detecção de radioisótopos; Princípios de cintilação líquida; preparação de amostras e líquidos de cintilação; Funcionamento de um contador de cintilação líquida; Obtenção e análise de espectros de emissores β; Métodos de correção de eficiência de detecção; Experimentos de dupla marcação.

5 Proteoglicanos e Glicosaminoglicanos I (BMQ809) Gliconjugados do tecido conjuntivo. Temas de: Glicoproteínas, proteoglicanos e glicosaminoglicanos. Regulação da Expressão Gênica e Epigenética (BMQ870) O curso tem como foco o processo de transcrição gênica, abordando os mecanismos moleculares de expressão de genes regulados por hormônios esteróides, por exemplo, o estrogênio e a ecdisona. Noções sobre o efeito do estrogênio no desenvolvimento do câncer de mama e da ecdisona na ovogênese de insetos serão apresentadas. Mecanismos de regulação gênica por remodelamento de cromatina, modificações epigenéticas, como acetilação, metilação e ubiquitinação serão vistos em detalhes. Efeito de drogas anti-câncer. Estrutura química dos hormônios e de seus receptores protéicos, de coativadores e correpressores. O curso também tem o intuito de dar noções teóricas sobre diversas técnicas em biologia molecular, como ensaios de interação de proteínas, por GST-pull down, duplo híbrido em leveduras, ensaios de transativação gênica, retardamento de mobilidade eletroforética (EMSA), microarray, RNAi, entre outras técnicas. O curso constará de aulas teóricas e apresentações de artigos científicos, seguido de discussões em grupos.