serviço exsiccatae imagens de herbários e metadados
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- Amália Bennert di Castro
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1 serviço exsiccatae imagens de herbários e metadados a experiência do CRIA com imagens de espécimes botânicos associadas aos registros no INCT-HVFF/ specieslink sidnei de souza belo horizonte abril 2015
2 contexto CRIA a instituição O Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA, é uma entidade privada (não governamental), sem fins lucrativos, criada no ano Tem como meta a disseminação de informação científica, na área biológica, de forma livre e aberta a todos os interessados, em especial à comunidade científica e tomadores de decisão. Seu maior e mais importante projeto é a rede specieslink, na qual o serviço de imagens, denominado exsiccatae, um projeto dentro do programa REFLORA do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, está inserido.
3 contexto BAH R BOTU SP UFG BHCB CESJ E rede specieslink sistema distribuído de informação que integra dados primários de coleções científicas desde 2002 splink.cria.org.br specieslink banco de dados 382 conjuntos de dados 7,467,457 registros online 5,886,291 registros georreferenciados 605,800 registros com imagens em 12/04/2015
4 contexto rede specieslink abrangência nacional + 19 datasets do exterior splink.cria.org.br/shownetwork
5 contexto rede specieslink INCT - HVFF abrangência nacional datasets, sendo 13 do exterior splink.cria.org.br/shownetwork?plantas
6 o projeto programa Reflora CNPq INCT - HVFF Herbário Virtual da Flora e dos Fungos exsiccatae dez 2010 Estratégia Objetivo Ser complementar ao projeto INCT/HVFF e ao Reflora coordenado pelo JBRJ que no repatriamento tem como foco os acervos de Kew e MNHN Paris Aumentar a base informacional sobre plantas do Brasil disponível na Internet de forma livre e aberta 1. Estabelecer um mecanismo de repatriamento dinâmico de dados textuais 2. Estabelecer um servidor de imagens e serviços web associados 3. Desenvolver um modelo de sala aberta à visitação pública
7 serviços web o projeto BAH R BOTU SP UFG BHCB CESJ E INCT-HVFF exsiccatae specieslink banco de dados servidor de imagens imagens metadados P NY E SP CESJ R UFG BHCB
8 participantes INCT-HVFF exsiccatae 47 provedores de dados com imagens associadas aos registros inct.splink.org.br» provedores BHCB CEN CESJ CVRD DVPR E EAC ESA FLOR FMM Funed-Pol FURB G G-DC HBG HBRA HbVirtFlBras HERBAM HST HUEFS HUFSJ HUTO HVASF ICN INPA INPA-Fungos M MBM MFS P NY PACA-Fungi R RECOLNAT_Glaziou RON R-Tipos Solanaceae_source_BR SP SPF SP-Fungi UEC UFG UFMT UFP UFRN UFRN-Fungos URM
9 participantes INCT-HVFF exsiccatae 47 provedores de dados com imagens associadas aos registros BHCB - Herbário da Universidade Federal de Minas Gerais CEN - Herbário da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia CESJ - Herbário Leopoldo Krieger CVRD - Herbário da Reserva Natural Vale DVPR - Herbário da Universidade Tecnológica Federal do Paraná - Dois Vizinhos E - Royal Botanic Garden Edinburgh Herbarium EAC - Herbário Prisco Bezerra ESA - Herbário da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz FLOR - Herbário do Departamento de Botânica da Universidade Federal de Santa Catarina FMM - Fototeca Mauricio Mercadante Funed-Pol - Coleção de lâminas de grãos de pólen FURB - Herbário Dr. Roberto Miguel Klein G Geneva Herbaria Catalogue with species Brazil G-DC Geneva Herbaria Catalogue with species Brazil - De Candolle herbarium HBG Herbarium Hamburgense HBRA Herbário do Instituto de Estudos Costeiros da Universidade Federal do Pará HbVirtFlBras Herbário Virtual Flora Brasiliensis HERBAM Herbário da Amazônia Meridional HST Herbário Sérgio Tavares HUEFS Herbario da Universidade Estadual de Feira de Santana HUFSJ Herbário da Universidade Federal de São João Del Rei HUTO Herbário da Universidade de Tocantins HVASF Herbário Vale do São Francisco ICN Herbário do Instituto de Ciências Naturais INPA Herbário INPA INPA-Fungos - Coleção de Fungos INPA M - Herbarium of the Botanische Staatssammlung München MBM - Herbário do Museu Botânico Municipal MFS - Herbário Profª. Drª. Marlene Freitas da Silva P - MNHN - Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire NY - The New York Botanical Garden - Brazilian records PACA-Fungi - Herbarium Anchieta - Fungi Rickiani R - Herbário do Museu Nacional RECOLNAT_Glaziou - RECOLNAT - Herbário Virtual A. Glaziou RON - Herbário Rondoniense R-Tipos - Herbário do Museu Nacional - Tipos Solanaceae_Source_BR Solanaceae Source - a taxonomic resource for the nightshade family SP Herbário do Estado "Maria Eneyda P. Kaufmann Fidalgo" - Coleção de Fanerógamas SPF - Herbário da Universidade de São Paulo SP-Fungi - Maria Eneyda Pacheco Kauffmann Fidalgo UEC - Herbário da Universidade Estadual de Campinas UFG - Herbário da Universidade Federal de Goiás UFMT - Herbário UFMT UFP - Herbário UFP - Geraldo Mariz UFRN - Herbário UFRN UFRN-Fungos - Herbário UFRN - Fungos URM - Herbário Pe. Camille Torrand inct.splink.org.br» provedores
10 definições escolha do software e hardware FSI-Server + Viewer Máquina dedicada single source imaging experiência anterior com erez fsi-server.com
11 definições número de tombo catalognumber identifica um único espécime de uma coleta específica em uma coleção específica pode representar várias cartolinas pode representar duplicatas uma mesma cartolina pode conter vários números de tombo SP UEC
12 definições código de barras barcode identifica um único material de uma coleta específica em uma única cartolina (placa de patrimônio) tamanho fixo SP UEC085554
13 definições código da imagem imagecode identifica cada imagem código de barras + sufixo ( _a, _b, _v, _01, _002,...) SP000054_01 SP000054_02 SP000054_03 SP000204_01 SP000204_02 UEC085554_a UEC085554_b ESA112464_v POL002764_p02
14 definições nome da imagem imagename identifica cada imagem no disco código de barras + sufixo (_p1, _v01, _01, _002,...) + extensão (.jpg,.nef,.tif,...) SP000204_01.tif SP000204_02.jpg ESA112464_v.jpg UEC085554_a.png UEC085554_b.nef POL002764_p02.cr2 SP000054_01.jpg SP000054_02.jpg SP000054_03.jpg
15 definições barcode x catalognumber idealmente são entidades distintas e independentes no mundo real... algumas adaptações foram necessárias catalognumber -> barcode
16 o mundo real barcode x catalognumber idealmente são entidades distintas e independentes no mundo real... algumas adaptações foram necessárias ESA CEN FLOR HUEFS catalognumber -> barcode HUTO004473
17 o mundo real 2 códigos de barra mesma cartolina NY NY espécimes 2 imagens NY Drimys granadensis var. campestris A. St.-Hil. NY tif NY Drimys granadensis var. sylvatica A. St.-Hil. NY tif
18 o mundo real mesmo exemplar mesmo número de tombo (HBRA 1091) 2 códigos de barra HBRA HBRA HBRA tif HBRA tif HBRA Hippeastrum
19 o mundo real mesmo exemplar mesmo número de tombo (HBRA 774) vários códigos de barra HBRA HBRA HBRA HBRA HBRA Philodendron acutatum Schott.
20 o mundo real mesmo exemplar mesmo número de tombo (FURB 6578) várias cartolinas apenas a cartolina principal tem código de barras FURB08412 FURB08412_1.jpg FURB08412_2.jpg
21 o mundo real várias fotos da mesma cartolina UEC jpg UEC000395_b.jpg
22 dúvidas frequentes resolução SP qual a melhor resolução?
23 dúvidas frequentes resolução SP pixels per inch
24 dúvidas frequentes resolução SP pixels per inch
25 dúvidas frequentes resolução SP pixels per inch qual a melhor resolução? a maior que se puder capturar e seja viável para armazenar
26 dúvidas frequentes formato TIFF, JPEG, PNG, NEF, CR2, CRW, RAW, DNG qual o melhor formato? preferencialmente os formatos raw (negativos) por não terem perdas de dados
27 processo coleção prepara imagens seguindo padrões envio para servidor FSI verificação visual repetições etapas para disponibilização de imagens na rede envio das imagens via FTP pela coleção rotação, ajuste do nome, etc. atualização banco exsiccatae specieslink através do serviço exsiccatae cópia para folder de trabalho separação das imagens ruins sincronização banco de dados specieslink conversão de formato se necessário verificação visual
28 captura das imagens pelas coleções HUTO captura de imagem de exsicata scanner AVISION FB6080E 600 dpi em TIF ± 1min/imagem Herbário da Universidade de Tocantins
29 captura das imagens pelas coleções HUTO captura de imagem de exsicata scanner AVISION FB6080E 600 dpi em TIF ± 1min/imagem Herbário da Universidade de Tocantins
30 HUTO captura de imagem de exsicata scanner AVISION FB6080E 600 dpi em TIF ± 1min/imagem Herbário da Universidade de Tocantins
31 SPF captura de imagem de exsicata HerbScan formato TIF 600 dpi Herbário da Universidade de São Paulo
32 SPF captura de imagem de exsicata HerbScan formato TIF 600 dpi Herbário da Universidade de São Paulo
33 captura das imagens pelas coleções SPF captura de imagem de exsicata HerbScan formato TIF 600 dpi Herbário da Universidade de São Paulo
34 captura das imagens pelas coleções UFRN captura de imagem de exsicata Estação digitalizadora com câmera Canon EOS 6D acoplada JPEG 300 dpi Herbário da Universidade Federal do Rio Grande do Norte
35 captura das imagens pelas coleções UFRN captura de imagem de exsicata Estação digitalizadora com câmera Canon EOS 6D acoplada JPEG 300 dpi Herbário da Universidade Federal do Rio Grande do Norte
36 captura das imagens pelas coleções UFRN captura de imagem de exsicata Estação digitalizadora com câmera Canon EOS 6D acoplada JPEG 300 dpi Herbário da Universidade Federal do Rio Grande do Norte
37 captura das imagens pelas coleções UEC escaneamento de tipos Herbário da Universidade Estadual de Campinas
38 captura das imagens pelas coleções UEC escaneamento de tipos Herbário da Universidade Estadual de Campinas
39 captura das imagens pelas coleções UEC fotografando exsicata Herbário da Universidade Estadual de Campinas
40 captura das imagens pelas coleções UEC renomeando a imagem com leitor de código de barras Herbário da Universidade Estadual de Campinas
41 captura das imagens pelas coleções UEC resultado Herbário da Universidade Estadual de Campinas
42 captura das imagens pelas coleções ESA fotografia utilizando equipamento de baixo custo Herbário da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiróz, ESALQ Câmera Digital Nikon D MegaPixels Kit com Objetiva AF-S DX mm f/ G ED VR ± R$ 5.500,00 Cabo Propulsor RemoteCord MC-DC2 Tripé manfrotto modelo 190xb com Cabeça modelo 486RC2 ± R$ 1.350,00
43 captura das imagens pelas coleções ESA fotografia utilizando equipamento de baixo custo Herbário da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiróz, ESALQ
44 captura das imagens pelas coleções ESA fotografia utilizando equipamento de baixo custo Herbário da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiróz, ESALQ
45 captura das imagens pelas coleções ESA fotografia utilizando equipamento de baixo custo ESA Sloanea uniflora Herbário da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiróz, ESALQ
46 tipo de conteúdo exsicatas G Zeyheria montana SPF Agonandra macedoi G - Herbário de Genebra SPF Herbário da Universidade de São Paulo
47 tipo de conteúdo grãos de pólen Funed-Pol 2771 Hignophylla costata Coleção de lâminas de grãos de pólen Fundação Ezequiel Dias
48 tipo de conteúdo xilotecas em estudo com BOTUw BOTUw - Xiloteca Profa. Dra. Maria Aparecida Mourão Brasil, Unesp, Botucatu
49 tipo de conteúdo plantas vivas FMM00050 Annona crassiflora coleção de observação FMM - Fototeca Mauricio Mercadante
50 tipo de conteúdo plantas vivas FMM00050 Annona crassiflora observação FMM - Fototeca Mauricio Mercadante
51 tipo de conteúdo fungos SP Marasmius jaruensis URM Hymenochaete luteobadia novas necessidades: - indivíduo vivo - medição - legendas FMM - Fototeca Mauricio Mercadante
52 adaptação a novas necessidades metadados legenda classificação calibração
53 novos tipo de conteúdo: detalhes fungos INPA Marasmius Lamelas e colário. Foto: Ricardo Braga-Neto INPA Herbário do INPA Coleção de Fungos
54 novos tipo de conteúdo fungos INPA Mycena lacrimans Basidioma bioluminescente, fotografado em campo durante a noite. Foto: Ricardo Braga-Neto INPA Herbário do INPA Coleção de Fungos
55 novos tipo de conteúdo fungos INPA Marasmius Visão geral do basidioma. Foto: Ricardo Braga-Neto INPA Herbário do INPA Coleção de Fungos
56 novos tipo de conteúdo fungos INPA Tetrapyrgos nigripes Basidioma em campo, inserido em galho. Foto: Ricardo Braga-Neto INPA Herbário do INPA Coleção de Fungos
57 novos tipo de conteúdo: ilustração fungos URM Amazonia corozalensis Digitalização de ilustração presente em publicação. Foto: Oliveira, J.B. URM Herbário Pe. Camille Torrand, UFPE
58 novos tipo de conteúdo: microscopia fungos UFRN-FUNGOS Morganella nuda Esporos em microscopia eletrônica de varredura (MEV). Foto: Dônis Silva Alfredo UFRN Fungos Herbário da UFRN Coleção de Fungos
59 novos tipo de conteúdo: microscopia fungos URM Asterina indecora Visão geral de micélio com ascomas e hifopódios. Foto: Bezerra, J. & Oliveira, J.B. URM Herbário Pe. Camille Torrand, UFPE
60 ferramentas interface administrativa auxilia a coleção a gerenciar seu acervo reflora.cria.org.br/admin
61 ferramentas interface administrativa reflora.cria.org.br/admin
62 aplicações specieslink HVFF imagens associadas aos registros textuais
63 aplicações specieslink HVFF imagens visualizadas como mosaico
64 aplicações specieslink HVFF imagens visualizadas como mosaico ampliação de imagens individuais
65 aplicações specieslink HVFF comparação de imagens escolhidas
66 aplicações specieslink HVFF comparação de imagens escolhidas zoom em detalhes em cada imagem independente
67 aplicações specieslink HVFF imagens visualizadas como slides
68 aplicações specieslink HVFF imagens visualizadas como livro
69 ferramentas serviços web webservices reflora.cria.org.br/inct/exsiccatae
70 ferramentas serviços web webservices imagem /image /barcode/uec /format/png /size/small reflora.cria.org.br/inct/exsiccatae
71 ferramentas serviços web webservices imagem diferentes tamanhos thumbnail médio reflora.cria.org.br/inct/exsiccatae/image/barcode/huto001211/size/thumb/format/jpeg reflora.cria.org.br/inct/exsiccatae/image/barcode/huto001211/size/medium/format/jpeg
72 ferramentas serviços web webservices visualizador viewer /viewer /barcode/uec /format/book /style/uec reflora.cria.org.br/inct/exsiccatae
73 ferramentas serviços web webservices visualizador viewer slides reflora.cria.org.br/inct/exsiccatae/viewer/barcode/esa112417/format/slide/style/esa
74 ferramentas serviços web webservices visualizador viewer book reflora.cria.org.br/inct/exsiccatae/viewer/barcode/esa112417/format/book/style/esa
75 aplicações Lista de Espécies da Flora do Brasil imagens associadas aos vouchers
76 estatísticas de conteúdo 80% JPEG 20% TIFF quase imagens reflora.cria.org.br/admin/stats em 10 de abril de 2015
77 estatísticas de uso ~6.000 imagens recuperadas por dia em março 2015 via rede specieslink
78 GRACIAS OBRIGADO sidnei de souza Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA Perguntas? FMM00087 Aspidosperma tomentosum Fototeca Mauricio Mercadante Preguntas?
Este documento tem o objetivo de esclarecer alguns procedimentos e definir parâmetros para facilitar o processo.
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