Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico

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1 Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico Sidnei de Souza Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA 24º Congresso Brasileiro de Microbiologia Brasília, 04 de outubro de 2007

2 Objetivos Fase I Documentação do acervo e processos de coleções de microorganismos (bactérias, fungos, leveduras e protozoários) Táxons, Linhagens, Instituições, Pessoas, Documentos, Referências Bibliográficas Inserção, edição e consultas básicas Catálogo para acesso on-line [protótipo] Fase II Documentação dos processos de Preservação, Controle de Qualidade e Estoque Fase III Implantação nas coleções participantes do projeto, testes reais dos módulos já desenvolvidos Relatórios específicos e catálogo para acesso on-line Busca avançada Integração com SIColNet e specieslink Histórico de operações Etc.

3 Principais características e capacidades Baseado no modelo de dados do CABRI (www.cabri.org) Adaptado para atender às necessidades das coleções da rede SICol Interface WEB Utiliza o navegador web como interface para o usuário Free OpenSource Utiliza apenas linguagens e tecnologias computacionais de código livre e gratuito Arquitetura em camadas Padrões internacionais Formatação de Texto na entrada de dados Permite que os textos inseridos tenham formatações básicas como negrito, itálico, links, etc. TextLink Linguagem própria para referenciar documentos, links, referências bibliográficas e espécies

4 Formatação de Texto

5 TextLink Documentos Sintaxe: Exemplo: [DOC:<code>] <code> é o código do DOCUMENTO referenciado Obs.: O Documento referenciado é o do Idioma vigente [DOC:teste] Referências Bibliográficas Sintaxe: Exemplo: [REF:<id_ref>] <id_ref> é o código da REFERÊNCIA BIBLIOGRÁFICA referenciada [REF:1] Links Externos Sintaxe: Exemplo: [LINK:<url> <title>] <url> é um endereço para uma página da web (sem o 'http://') <title> é o texto que será usado como link na página O <title> é opcional, se não existe, é usada a URL [LINK:www.cria.org.br CRIA] Espécies Sintaxe: Exemplo: [TAX:<taxon>] <taxon> é o nome completo do taxon [TAX:Leishmania braziliensis]

6 Principais características e capacidades Multi Plataforma Windows, Linux, MacOS, etc. Multi Servidor Apache, Microsoft IIS, etc. Multi Browser Mozilla Firefox, Microsoft IE, Safari, etc. Multi SGBD MySQL PostgreSQL, MS-SQL Server, etc. Multi-Idiomas para telas (operação) Menus de navegação e rótulos dos campos em várias línguas português, inglês já implementados Multi-Idiomas para conteúdo de campos (por sub-coleção) O conteúdo de alguns campos pode ser armazenado em mais de uma língua a critério da coleção

7 Principais características e capacidades Instalação Coleção 1 Coleção 2 Sub-coleção 1 CCC-B Sub-coleção 2 CCC-L sub-coleção 1 CCM Linhagem 1 Linhagem 3 Linhagem 2 Linhagem 1 Linhagem 2 Número da linhagem não se repete dentro de uma coleção Multi-cole coleções e sub-cole coleções

8 Principais características e capacidades SICol BD SICol BD SICol BD Multi-Arquitetura de implantação

9 Principais características e capacidades BD BD SICol SICol Multi-Arquitetura de implantação

10 Principais características e capacidades Segurança Multi-usuários Grupo de usuários Controle de acesso no nível de registro Histórico de Operações Registro de todas as operações realizadas no sistema será implementado para garantir a rastreabilidade Campos de Seleção (combos) Configuráveis O conteúdo de campos com conteúdo pré-definido pode ser configurado pelo administrador do sistema para atender às necessidades de cada coleção Dicionário de Espécies Apoio ao cadastro de espécies Obtido de

11 Segurança Nível 1 a quem se aplica: a cada Usuário permissões: Acesso às Sub-Coleções Nível 2 a quem se aplica: a cada Usuário e/ou Grupo permissões: Criar e/ou Apagar registros em cada Módulo Nível 3 a quem se aplica: a cada Usuário e/ou Grupo permissões: Visualizar e/ou Editar cada registro de cada Módulo Nível 4 a quem se aplica: cada registro de cada Módulo permissões: disponibilizar registros para Catálogo MÓDULOS MÓDULOS Taxa Taxa Linhagens Linhagens Instituições Instituições Pessoas Pessoas Documentos Documentos Referências Referências Bibliográficas Bibliográficas Preservação Preservação Distribuição Distribuição

12 Visão Geral GERAL INSTITUIÇÕES INSTALAÇÃO PESSOAS GERAL SEGURANÇA SEGURANÇA GERAL DOCUMENTOS COLEÇÃO REFERÊNCIAS GERAL SEGURANÇA SEGURANÇA GERAL TÁXONS SUB-COLEÇÃO LINHAGENS GERAL SEGURANÇA DEPÓSITO COLETA GERAL SEGURANÇA PRESERVAÇÃO ISOLAMENTO CULTIVO GERAL SEGURANÇA DISTRIBUIÇÃO CARACTERÍSTICA S PROPRIEDADES CQ ESTOQUE SEGURANÇA

13 Em desenvolvimento e estudo Histórico das operações (log) Catálogo on-line e Relatórios específicos Busca avançada Alerta de estoque mínimo Interface Web para configuração do sistema Manual e Help Integração com SIColNet e specieslink Campos criados pela coleção...

14 Exemplos de telas

15 Exemplos de telas

16 Exemplos de telas

17 Exemplos de telas

18 Exemplos de telas

19 Exemplos de telas

20 Exemplos de telas

21 Exemplos de telas

22 Exemplos de telas

23 Exemplos de telas

24 Obrigado! Sidnei de Souza Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA

25 Free OpenSource: : Camadas Estruturar o sistema a fim de prover níveis suficientes de segurança, com uma arquitetura que ofereça uma qualidade de software compatível aos modelos abertos, o que possibilitará facilidades no entendimento, manutenção e expansões futuras. Esta estrutura segue o modelo de Arquitetura em Camadas, onde se tem: Camada de Apresentação Camada de Negócio Camada de Composição Camada de Dados

26 Free OpenSource: Camadas Camada de Apresentação onde se reúne código e arquivos referentes ao que se apresenta ao usuário final. Esta camada, para uma interface web, ainda é dividida em quatro partes: Interação: arquivos de código em linguagem JavaScript, proveêm uma melhor experiência de utilização do sistema pelo usuário final; Página: arquivos de código XHTML (Extensible HyperText Markup Language), proveêm a estrutura de cada página do sistema; Formatação: arquivos de código CSS (Cascading Style Sheets), definem toda a formatação e disposição de textos e objetos em cada página do sistema. Ilustração: arquivos de imagem utilizados nas páginas do sistema. Camada de Negócio módulos em linguagem Python que reúnem todo o entendimento, lógica e funcionamento do sistema. Estão sendo desenvolvidos utilizando-se o conceito de Programação Orientada à Objetos (POO), que é adotado amplamente no setor de desenvolvimento por contribuir significamente pela independência de componentes, permitindo reutilizações e expansões rápidas e eficientes sem comprometer as bases da estrutura.

27 Free OpenSource: Camadas Camada de Composição contém arquivos necessários e/ou auxiliares que podem ser usados por todas as demais camadas. Neste sistema, temos três partes desta camada: SQL: módulos independentes de código SQL (Structured Query Language) usados de acordo com o Sistema Gerenciador de Banco de Dados (SGBD) em uso. Translations: arquivos que contém traduções de tela para os idiomas usados no sistema. Configs: arquivo usado para configurar a instalação do sistema e suas variáveis de ambiente. Camada de Dados onde ficam as bases de dados mantidas pelos seus respectivos sistemas gerenciadores.

28 Free OpenSource: Padrões Programação Orientação a Objetos; [1][2] Implementação em multi-camadas. [3][4][5] XML [19] Banco de Dados MySql 5.0 [16] Sqlite [17] ISO/ANSI SQL-92 [18] Interface XHTML 1.1; [6] CSS 2.1; [7] JavaScript Cross-browser; [8][9] AJAX; [10][11] Tableless. [12] Dados RFC 3066; [13] ISO 639; [14] ISO [15] Referências [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19]

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