Proposta de Dissertação de Mestrado

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1 Universidade Federal de São Carlos - UFSCar Departamento de Computação - DC Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação - PPGCC Proposta de Dissertação de Mestrado Aluna: Juliana Lilian Duque Orientador: Dr. Ricardo Rodrigues Ciferri Área: Banco de Dados

2 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

3 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

4 Título do Trabalho Extração de Informação em Artigos Científicos no Formato PDF: tratamento e sintomas relacionados à doença Anemia Falciforme.

5 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

6 Contexto em que se insere A Anemia Falciforme é uma doença hematológica hereditária que causa destruição crônica das células vermelhas do sangue.

7 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

8 Hemácias Sangue é composto pelo plasma e por três tipos de células: hemácias (glóbulos vermelhos), glóbulos brancos e plaquetas.

9 Hemoglobina Hemoglobina (proteína no interior das hemácias; rica em ferro) Transporta o oxigênio; Cor vermelha do sangue.

10 O que é Anemia? Diminuição da Hemoglobina no sangue Ocorre por: Falta de ferro no sangue;

11 O que é Anemia Falciforme (AF)? Doença genética e hereditária Afeta principalmente a população negra Substituição da Hemoglobina A pela Hemoglobina S Dificuldade de passar pelas veias Não pode ser amenizada nem com alimentação nem com ferro Transfusão de sangue

12 Origem da AF Provavelmente desenvolveu-se na África Autodefesa do organismo humano contra a Malária Comum na Europa mediterrânea, no Oriente Médio e nas regiões da Índia; Processos migratórios e colonização. NÃO TEM CURA

13 Como um indivíduo nasce com AF? Pessoa sem o gene da anemia (AA)

14 Como um indivíduo nasce com AF? Pessoa com Traço Falciforme (AS)

15 Como um indivíduo nasce com AF? Pessoa com Anemia Falciforme (SS)

16 Complicações Bebês infecções e dores com inchaço nas mãos e nos pés. Crianças maiores dores mais localizadas nas pernas, nos braços e na barriga. Adulto dores nos ossos fígado, pulmões, coração e rins

17 Sintomas 1. Crise de Dor 2. Cor amarela nos olhos (icterícia) e Palidez Icterícia - mesmo sintoma da Hepatite. 3. Síndrome Mão-Pé 4. Úlcera de perna 5. Síndrome Torácica Aguda 6. Seqüestro Esplênico

18 Diagnóstico Teste do pezinho. Exames de triagem: Teste de afoiçamento; Teste da mancha. Exame confirmatório: Eletroforese de hemoglobina.

19 Tratamento 1. Hidratação adequada 2. Uso de Ácido Fólico 3. Uso de Hidroxiuréia 4. Reposição sangüínea 5. Uso de Penicilina 6. Uso de analgésicos

20 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

21 Objetivo Extrair de artigos científicos no formato PDF escritos em inglês informações sobre tratamentos e sintomas relacionados à doença Anemia Falciforme. A extração de informação será usado para auxiliar médicos e pesquisadores da área de saúde e biológica.

22 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

23 O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Este trabalho de pesquisa está sendo desenvolvido em parceria com docentes da Universidade de São Paulo (Profa. Dra. Cristina Dutra de Aguiar Ciferri e Prof. Dr. Thiago Alexandre Salgueiro Pardo) e Universidade Metodista de Piracicaba (Profa. Dra. Marina Teresa Pires Vieira) no projeto de pesquisa intitulado Anemia Falciforme.

24 O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Ambiente para analisar os dados da doença Anemia Falciforme; Visa extrair informações de forma semi-automática de um conjunto de artigos científicos em formato não-estruturado, armazenar estas informações em um banco de dados relacional; Após preparar um data warehouse para permitir suporte a consulta analíticas; Aplicar algoritmos de mineração de dados para identificar padrões que indiquem relacionamentos.

25 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

26 Motivação e Relevância O surgimento da mineração de textos (FELDMAN and SANGER, 2007; JUNIOR, 2007; KAO, 2007, STAVRIANOU, et al, 2007) foi motivado pela necessidade de se descobrir, de forma semi-automática, informações (e.g., padrões e anomalias) em textos (ÁLVAREZ 2007); O uso dessa técnica permite recuperar informações, extrair dados, resumir documentos, descobrir padrões, associações e regras, além de realizar análises qualitativas ou quantitativas em documentos de texto (MATOS, 2008).

27 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

28 Detalhamento do Trabalho de Pesquisa

29 Roteiro Título do Trabalho Contexto em que se insere Anemia Falciforme Objetivo O projeto de pesquisa Anemia Falciforme Motivação e relevância Detalhamento do Trabalho de Pesquisa Cronograma Geral

30 Cronograma Geral Atividade 1: Cursar disciplinas no segundo semestre de 2009; Atividade 2: Estudos sobre conceitos básicos de mineração de textos, recuperação e extração da informação, além de processamento de linguagem natural; Atividade 3: Acompanhamento das atividades do projeto de pesquisa Anemia Falciforme ; Atividade 4: Levantamento bibliográfico sobre mineração de texto para extração de informação de artigos científicos, com ênfase no domínio médico e biológico;

31 Cronograma Geral Atividade 5: Elaboração da monografia do Exame de Qualificação; Atividade 6: Preparação para o Exame de Qualificação; Atividade 7: Desenvolvimento da proposta; Atividade 8: Realização de testes e validação da proposta; Atividade 9: Elaboração da Dissertação de Mestrado; Atividade 10: Preparação para a defesa da Dissertação de Mestrado; e Atividade 11: Escrita e submissão de artigos.

32 Cronograma Geral

33 Bibliografia Inicial ÁLVAREZ, A. C. Extração de Informação de Artigos Científicos: uma abordagem baseada em indução de regras de etiquetagem f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) Universidade de São Paulo - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, São Carlos, ARANHA, C. N.; PASSOS E. A Tecnologia de Mineração de Textos. Revista Eletrônica de Sistemas de Informação. Rio de Janeiro: Ed. PUC - Rio, n. 2, p. CHEN, H. (2001). Knowledge Management Systems: A Text Mining Perspective. University of Arizona (Knowledge Computing Corporation), Tucson, Arizona. CHEN, H., FULLER, S. S., FRIEDMAN, C., HERSH, W. Medical Informatics: Knowledge Management and Data Mining in Biomedicine. Springer, p. FELDMAN, R., SANGER, J. The Text Mining Handbook: Advanced Approaches in Analyzing Unstructured Data. Cambridge University Press, p. JUNIOR, J. R. C. Desenvolvimento de uma Metodologia para Mineração de Textos f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2007.

34 Bibliografia Inicial KAO, A., POTEET, S. R. Natural Language Processing and Text Mining. Springer, p. MATOS, P. F. Metodologia de Pré-processamento Textual Voltada à Extração de Informação em Artigos Científicos do Domínio Biomédico f. Monografia de Qualificação de Mestrado (Mestrado em Ciência da Computação), Universidade Federal de São Carlos, Departamento de Computação, São Carlos, POLICLIN. Anemia Falciforme. Disponível em: < Acesso em: 26 ago POPOWICH, F. Using Text Mining and Natural Language Processing for Health Care Claims Processing. ACM SIGKDD Explorations, Volume 7, Issue 1, June PROJETO SCA. Sickle Cell Anemia. Disponível em: < Acesso em: 5 out STAVRIANOU, A., ANDRITSOS, P., NICOLOYANNIS, N. (2007). Overview and Semantic Issues of Text Mining. ACM SIGMOD Record, Volume 36, Issue 3, September TAN, A. H. (1999). Text Mining: The State of the art and the Challenges. In Proceedings, PAKDD'99 workshop on Discovery from Advanced Databases, Beijing, pages