Disciplina de Mét. Purif. e Anál. Proteínas Curso de Ciências Biológicas Aula 2: Estrutura e Função de Proteínas Prof. Marcos Túlio de Oliveira mtoliveira@fcav.unesp.br Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Aminoácidos Classificação baseada no grupo R: Apolares, alifáticos (hidrofóbicos) Aromáticos (hidrofóbicos) Polares, não-carregados Carregados positivamente Carregados negativamente
Aminoácidos Apolares, alifáticos (hidrofóbicos)
Aminoácidos Aromáticos (hidrofóbicos) Polares, não carregados
Aminoácidos Carregados positivamente Carregados negativamente
Bases ou ácidos? Aminoácidos
aminoácido + aminoácido + aminoácido = peptídeo (proteína)
Proteínas
Proteínas A ligação peptídica é rígida e planar
Proteínas Estrutura secundária: Conformação local de alguma parte do polipeptídeo Padrões de enovelamentos mais regulares do esqueleto polipeptídico α-hélices conformação β dobras β
Proteínas Estrutura secundária: α-helices
Proteínas Estrutura secundária: folhas β
Proteínas Estrutura secundária: dobras β
Proteínas Bernstein et al. PNAS 2004;101:8575-8580
Proteínas Estrutura terciária e quaternária
Proteínas Fibrosas queratina
Proteínas Fibrosas
Proteínas Fibrosas Prolina ou Hidroxiprolina G-X-Y colágeno
Proteínas Fibrosas colágeno
Proteínas Fibrosas escorbuto
Proteínas Fibrosas fibroína da seda
Proteínas Fibrosas resumo
Proteínas Globulares
Proteínas Globulares mioglobina
Proteínas Globulares protoporfirina + Fe 2+ = heme
Proteínas Globulares mioglobina
Proteínas Globulares
Proteínas Globulares motivos estruturais
Proteínas Globulares motivos estruturais
Proteínas Globulares
Estrutura Quaternária múltiplas subunidades = multímero poucas subunidades = oligômero dímeros, trímeros, tetrâmeros, etc...
Desnaturação Protéica
Renaturação Protéica
Problemas de Dobramento Prion
Interação Proteína-Ligante
Interação Proteína-Ligante mioglobina
Interação Proteína-Ligante
Interação Proteína-Ligante concentração do ligante porcentagem dos sítios de ligação ocupados concentração constante da proteína
Interação Proteína-Ligante
Interação Proteína-Ligante a mioglobina e o oxigênio
Interação Proteína-Ligante a mioglobina e o oxigênio Complete a frase: um K d alto indica
Interação Proteína-Ligante
Interação Proteína-Ligante
Interação Proteína- Ligante
Interação Proteína-Ligante hemoglobina (desoxihemoglobina)
Interação Proteína-Ligante hemoglobina (desoxihemoglobina)
Interação Proteína- Ligante ligação cooperativa
Interação Proteína- Ligante ligação cooperativa
Interação Proteína-Ligante afinidade dependente de ph
Anemia falciforme
Enzimas GRANDE maioria formada por proteínas (algumas enzimas são formadas por RNA) Função: CATALIZADORES de reações químicas (aceleração das reações químicas, especificidade pelo substrato, funcionam em diversas condições de temperatura e ph)
Enzimas + +
Enzimas apoenzima holoenzima Enzima holozima Parte Não proteica (cofator) metal coenzima. Apoenzima parte proteica
Coenzimas participam do ciclo catalítico das enzimas recebendo ou fornecendo grupos químicos para a reação
Enzimas
Como Enzimas Funcionam... sítio ativo (catalítico) substrato enzima
Como Enzimas Funcionam... mudança de energia durante a reação como a reação progride
Como Enzimas Funcionam... energias de ativação variação de energia livre padrão (bioquímica)
Como Enzimas Funcionam... É aqui que as enzimas agem!!!... e não aqui!
Como Enzimas Funcionam... energia de ativação SEM catalizador energia de ativação COM catalizador
Como Enzimas Funcionam... intermediários da reação
Como Enzimas Funcionam... passo limitante da reação
Enzimas A energia de ativação é monstruosa!!! + +
Como Enzimas Funcionam... Compare esses números! Enzima Velocidade na ausência de enzima Reações/segundo Velocidade da reação catalisada Reações/segundo Poder catalítico Anidrase carbônica 1.3 X 10 1 1.0 X 10 6 7.7 X 10 6 Triosefosfato isomerase 4.3 X 10 6 4.300 1.0 X 10 9 Carboxipeptidase A 3.0 X 10 9 578 1.9X 10 11 AMP nucleosidase 1.0 X 10 11 60 6.0 X 10 12 Nuclease de estafilococos 1.7 X 10-13 95 5.6 X 10 14
Como Enzimas Funcionam... sítio ativo (catalítico) formação de ligações covalentes transientes com o substrato! enzima substrato
Como Enzimas Funcionam... Intermediário ES (E e S ligados covalentemente)
Como Enzimas Funcionam... sítio de ligação sítio ativo (catalítico) formação de várias ligações fracas dão especificidade para ES! enzima substrato
Como Enzimas Funcionam... energia de ligação Maior fonte de energia livre usada por enzimas para abaixar as energias de ativação das reações
Como Enzimas Funcionam...
Como Enzimas Funcionam... + formação de várias ligações fracas dão especificidade para ES!
Como as Enzimas Funcionam... Modelo Chave-Fechadura Modelo chave-fechadura Nesse modelo, o sítio ativo da enzima é pre-formado e tem a forma complementar à molécula do Substrato, de modo que outras moléculas não teriam acesso a ela. Modelo de encaixe induzido Modelo de encaixe induzido Nesse modelo, o contacto com a molécula do substrato induz mudanças conformacio-nais na enzima, que otimizam as intera-ções com os resíduos do sítio ativo. Esse é o modelo aceito hoje em dia.
Exemplo do modelo de encaixe induxido (Carbopeptidase) Em A: o sítio catalítico dessa enzima é formado pelos resíduos (em vermelho) de Tyr 248 (acima, à direita) e de Glu 270 (centro), e um átomo de Zn 2+, que está acima do Glu 270. A B Em B: A ligação do substrato dipeptídico glicil-l-tirosina (em verde) causa uma profunda mudança conformacional nas vizinhanças do sítio ativo da carboxipeptidase A.
Como Enzimas Funcionam...
Como Enzimas Funcionam... substrato estado de transição
Cinética Enzimática Determinar a taxa (velocidade) da reação e como esta muda em resposta a mudanças nos parâmetros experimentais abordagem central para estudar o mecanismo de reações catalisadas por enzimas.
Praticamente linear; ou seja, quanto mais substrato, maior a V 0 Cinética Enzimática Saturação! Não adianta adicionar substrato, a V 0 não muda significativamente.
Cinética Enzimática Equação de Michaelis-Menten: V 0 = V max [S] K m + [S]
Cinética Enzimática
Cinética Enzimática
Cinética Enzimática K m = k -1 = K d k 1 Nesta condição, K m mede a afinidade da enzima pelo substrato
Cinética Enzimática k cat descreve a taxa do passo limitante da reação equivalente ao número de moléculas de substrato convertidas a produto em uma unidade de tempo em uma molécula de enzima, quando a enzima está saturada com substrato
Cinética Enzimática Número de turnover = moles de S catalisado por segundo moles de enzima
Eficiência catalítica k cat /K m Parâmetro mais adequado para comparações cinéticas
% atividade enzimática máxima Fatores que afetam a atividade enzimática Condições do meio que afetam estabilidade protéica ph temperatura O ph ótimo de uma enzima reflete variações no estado de ionização de resíduos de aminoácidos do sítio ativo. ph ótimo=1,5 ph ótimo=6,8 ph ótimo=9,9
% atividade enzimática máxima Fatores que afetam a atividade enzimática 1. Fatores que afetam a estabilidade proteica das enzimas Variações de ph: ph ótimo Variações de temperatura: temperatura ótima 100- Temperatura ótima Desnaturação térmica da proteína 50-0- Pouca energia para a reação acontecer Ao contrário da curva em forma de sino no caso da atividade enzimática versus ph, a enzima só está desnaturada em temperaturas acima da temperatura ótima.
Enzimas Reguladoras geralmente possuem subunidades múltiplas... sítio ativo e sítio(s) regulador(es) em subunidades separadas
Enzimas Alostéricas formas mais ou menos ativas são geradas por alterações de conformação induzidas por um ou mais moduladores...
Enzimas Alostéricas formas mais ou menos ativas são geradas por alterações de conformação induzidas por um ou mais moduladores...
Enzimas Alostéricas X sigmóide hiperbólica
Enzimas Alostéricas alteração no K 0.5 alteração na V max
Modificações Covalentes Reversíveis
Modificações Covalentes Reversíveis
Proproteínas, Proenzimas e Zimogênios precursor inativo que precisa ser clivado para gerar a forma ativa... modificações irreversíveis pró-colágeno colágeno fibrogênio fibrina protrombina trombina pró-insulina insulina quimotripsinogênio quimotripsina tripsinogênio tripsina
Proproteínas, Proenzimas e Zimogênios
Proproteínas, Proenzimas e Zimogênios
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