Caracterização de Disciplina

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1 Disciplina/Turma: GEV400 - Cromossomos: Investigação e Aplicações Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Luiz Antonio Carlos Bertollo e Dr. Orlando Moreira Filho 1- A Citogenética como ciência: histórico, avanços, perspectivas. 2- Métodos de obtenção de cromossomos para estudo do cariótipo. 3- Análise dos cromossomos com coloração convencial e diferencial. 4- Análise dos cromossomos com técnicas especiais de marcação. 5- Variações cariotípicas. Poliformismos cromossômicos. 6- Cromossomos supranumerários. 7- Cromossomos sexuais e sistemas cromossômicos de determinação do sexo. 8- Aplicações da Citogenética ALBERTS, B. et al Biologia Molecular da Célula. Artmed Editora, São Paulo. 2- GREGORY, T.M The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, USA. 3- GUERRA, M FISH: Conceitos e Aplicações na Citogenética. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 4- KASAHARA, S Introdução à Pesquisa em Citogenética de Vertebrados. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 5- McGregor, H.C Introduction to Animal Cytogenetics. Springer. 6- Periódicos especializados (Chromosome Research; Cytogenetic and Genome Research; Genetica; Heredity; outros).

2 Disciplina/Turma: GEV401 Cromossomos: População e Biodiversidade Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Luiz Antonio Carlos Bertollo e Dr. Orlando Moreira Filho 1. Princípios fundamentais da Citogenética. 2. As alterações no sistema cromossômico: processos. 3. As alterações no sistema cromossômico: fatores limitantes. 4. A variabilidade cromossômica intra-populacional. 5. A variabilidade cromossômica interpopulacional. 6. Análise de freqüências cromossômicas e cariotípicas nas populações. 7. Cromossomos: biodiversidade e especiação GREGORY, T.M The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, USA. 2- GUERRA, M FISH: Conceitos e Aplicações na Citogenética. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 3- JOHN, B Population Cytogenetics. The Camelot Press Ltda., Southampton. 4 KASAHARA, S Introdução à Pesquisa em Citogenética de Vertebrados. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 5 PISANO, E.; OZOUF-COSTAZ, C.; FORESTI, F. & KAPOOR, B.G Fish Cytogenetics. Science Publishers, Enfield. 6 McGregor, H.C Introduction to Animal Cytogenetics. Springer. 7- Periódicos especializados (Chromosome Research; Cytogenetic and Genome Research; Genetica; Heredity; outros).

3 Disciplina/Turma: GEV402 - Genética da Conservação Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Pedro Manoel Galetti Junior 1- Genética da Conservação. Introduzindo o problema. 2- O que é a variação genética e como pode ser medida. 3- Estrutura genética em populações naturais. 4- Conseqüências genéticas em pequenas populações. 5- Genética e extinção. 6- Incertezas taxonômicas e definição de unidades de manejo. 7- Manejo genético de espécies ameaçadas. 8- Reprodução em cativeiro e reintrodução. 9- Genética forense e conservação. 1- Frankham, R. Ballou. J.D. e Briscoe, D Introducion to Conservation Genetics. 2nd Edition. Cambridge University Press. 2- Frankham, R. Ballou. J.D. e Briscoe, D Fundamentos de Genética da Conservação. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto, SP. 3- Artigos relevantes e atuais dos periódicos: Conservation Biology, Conservation Genetics, Molecular Ecology.

4 Disciplina/Turma: GEV403 Genética de Populações Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Reinaldo Alves de Brito 1. Introdução ao curso - Hardy-Weinberg e desequilíbrio de ligação. 2. Sistemas de acasalamento. 3. Tamanho efetivo populacional. 4. Fluxo gênico. 5. Deriva genética. 6. Neutralismo e Evolução Molecular. 7. Coalescência. 8. Filogeografia e distribuição geográfica. 9. Genética quantitativa básica; Loci não mensurados; Loci mensurados e Associação. 10. Seleção natural. Seleção em caracteres quantitativos e em ambientes heterogêneos. 11. Unidades e alvos de seleção. HARTL & CLARK. Principles of Population Genetics. Templeton Population Genetics and Microevolutionary Theory.

5 Disciplina/Turma: GEV406 Ecologia Evolutiva Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Marco Del Lama Parte I. Temas Recorrentes. Natureza e Causas da Variação. Significado Evolutivo da Variação. Seleção Natural. Adaptação. Plasticidade Fenotípica. Parte II. Evolução das Histórias de Vida. Idade e tamanho à Maturação. Tamanho e Número da Prole. Senescência. Ciclos de Vida. Sexo e Gênero. Razão Sexual. Alocação Sexual. Especialização e Generalização Ecológica. Parte II. Comportamento. Sistemas de acasalamento. Seleção Sexual. Cooperação e Altruísmo. Comportamento de Forrageio. A Ecologia Evolutiva do Deslocamento. Parte IV. Interações interespecificas. Interação predador-presa. Interação parasita-hospedeiro. Interação planta-herbívoro. Evolutionary Ecology. Concepts and Case Studies. Charles W. Fox, DA Rolf & DJ Fairbairn (eds.). New York: Oxford, 424 p., Discovery Evolutionary Ecology. Peter Mayhew. New York: Oxford, 215 p., Behavioral Ecology. Étienne Danchim, L.-A. Giraldeau & F. Cézilly (eds.). New York: Oxford, 814 p., Evolutionary Behavioral Ecology. David Westneat & Clarles Fox (ed.). New York: Oxford, Evolutionary Analysis. Scott Freeman & Jon C. Herron. Upper Sadle River: Pearson & Benjamim Cummings, 4th ed., 802 p., Evolution. An Introduction. Stephen C. Stearns & Rolf F. Hoekstra. New York: Oxford. 2nd. ed., 575 p., 2005.

6 Disciplina/Turma: GEV407 - Genética Molecular Aplicada Ao Melhoramento Animal Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Luciana Correa de Almeida Regitano 1. Organização do genoma dos animais: Mapas de ligação; Mapas físicos; Mapas comparativos 2. Estratégias para identificação de genes: Decompondo as características fenotípicas quantitativas; Genes principais Locos de caracteres quantitativos (QTL) 3. Epistasia e interação genótipo por ambiente 4. Regulação gênica dos processos fisiológicos Transcriptoma, proteoma e epigenoma 5. Indução de alterações no genoma. 1- Ruvinsky, A. & Marshall Graves, J.A. Mammalian Genomics. CAB International, Lynch, M. & Walsh, B. Genetic analysis of quantitative traits. Sinauer Associates, Inc., 1998.

7 Disciplina/Turma: GEV408 Marcadores moleculares na genética animal Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Silvia Nassif Del Lama 1) O que são marcadores genéticos moleculares. 2) Quando os marcadores genéticos moleculares devem ser empregados. 3) Marcadores morfológicos x moleculares 4) Histórico dos diversos tipos de marcadores moleculares na Genética Animal: grupos sanguíneos, isozimas, MHC e outros polimorfismos de DNA 5) As limitações da identificação dos genótipos. Exs do efeito alelo drop-out, alelos nulos. 6) Aplicação Marcadores Moleculares na identificação do indivíduo. 7) Aplicação Marcadores Moleculares na identificação do sexo dos indivíduos. 8) Aplicação Marcadores Moleculares na determinação da variabilidade genética. 9) Aplicação Marcadores Moleculares aplicados nos estudos de parentesco. 10) Aplicação Marcadores Moleculares nos estudos de estrutura populacional geográfica e fluxo gênico. 11) Aplicação Marcadores Moleculares nos estudos de bioinvasão. 12) Aplicação Marcadores Moleculares no diagnóstico e dterminação de indices de prevalencia. 1- AVISE, J. C. Molecular Markers, Natural History and Evolution. (2004). Sinauer Inc 2- HOEZEL, Molecular Genetic Analysis of Populations: a Practical Approach. (1994) 2 ed. IRL Press, Oxford. University Press 3- Ashton P., Harris S. E, Lowe A., Ecological Genetics: Design, Analysis and Application (2004). Oxford University Press 4- Periódicos : Conservation Genetics e Molecular Ecology.

8 Disciplina/Turma: GEV409 Estudo de Populações Naturais - Principais conceitos e programas Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Evandro Marsola de Moraes Atributos e aplicações dos marcadores moleculares; Formatação de dados para entrada nos programas FSTAT, ARLEQUIN e MEGA; Estimativa dos parâmetros de variabilidade genética em marcadores codominantes e haplotípicos; Testes de Equilíbrio de Hardy-Weinberg; Deriva Genética e Estrutura Populacional: estimativa dos parâmetros da estatística F; Detecção de Equilíbrio Migração-Deriva: o teste de Mantel, inferência do modelo geográfico; Estimativa de medidas de distância genética entre populações; Construção de dendogramas a partir de matrizes de distância. 1- HARTL, D.L. & CLARK, A.G. Principles of Population Genetics ªed. Sinauer; 2- TEMPLETON, A.R. Population Genetics and Microevolutionary Theory Wiley-Liss.

9 Disciplina/Turma: GEV412 - Genética de Hymenoptera Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Marco Del Lama 1) História natural dos Himenópteros. 2) Biologia dos Himenópteros. 3) Sistemática, Taxonomia e Filogenia dos Himenópteros. 4) Partenogênese e haplodiploidia 5) Consequências da Haplodiploidia. 6) Determinação do sexo em Himenópteros. 7) Níveis de organização social em Himenópteros. 8) Castas. Determinação de castas em Himenópteros. 9) Evolução da eusocialidade. 10) Estrutura genética familial em abelhas e vespas. 11) Estrutura genética das populações de abelhas e vespas. 1- MICHENER DC. The Bees of the World. Johns Hopkins Univ. Press, 952 p., GOULSON D. Bumblebees: Behaviour, Ecology and Conservation. New York: Oxford Univ. Press, 2nd ed., 317 p., HUNT JH. The evolution of social wasps. New York: Oxford Univ. Press, 259 p., BOURKE AFG. Principles of Social Evolution. New York: Oxford Univ. Press, 267 p., Artigos de periódicos (PNAS, Science, Annu. Rev. Entomol., Genetics, Evolution, Heredity, entre outros).

10 Disciplina/Turma: GEV413 - Recursos Genéticos Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Alessandra Pereira Fávero 1) Importância dos recursos genéticos e conceitos relacionados a recursos genéticos 2) Coleta de germoplasma - 3) Intercâmbio de germoplasma 4) Bancos de germoplasma 5) Caracterização morfológica e química de germoplasma 6) Caracterização citogenética e molecular de germoplasma 7) Conservação de germoplasma ex situ; 8) Conservação de germoplasma in situ; 9) Documentação de germoplasma; 10) Legislação relacionada a Recursos Genéticos Vegetais 11) Uso de germoplasma - Pré-melhoramento Melo IS, Valadares-Inglis MC, Nass LL, Valois ACC Recursos Genéticos e melhoramento - microrganismos. Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, p. Nass, LL. Recursos Genéticos vegetais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, p. Mariante, A. da S.; Cavalcante, N. Animais do descobrimento: raças domésticas da história do Brasil. Animals of the discovery: domestic breeds in the history of Brazil. 2. ed. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica, p. il.

11 Disciplina/Turma: GEV414 - BIOLOGIA EVOLUTIVA DE PEIXES NEOTROPICAIS Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Roberto Ferreira Artoni Diversidade Biológica Biogeografia e Tempo Evolutivo Citotaxonomia e Sistemática Molecular Seleção e Adaptação em Ambientes Naturais e em Cultivo Estado da Arte Novas Tecnologias em Ictiogenética Mark Ridley, Evolução, ARTMED, 3a edição (2006). MALABARBA, L. R. (1998). Phylogeny and Classification of Neotropical Fishes. EDIPUCRS. Porto Alegre. Artigos científicos.

12 Disciplina/Turma: GEV415 - Genética Clássica Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Eduardo Leonardecz Leis de Mendel e de Morgan, seus desvios e extensões. Análise genética via cruzamentos controlados Métodos estatísticos aplicados as leis fundamentais da genética Penetrância e exprecividade Métodos aplicados a "loci" ligados Parentesco Endogania e consaguinidade Estudo de caracteres de herança compleça Estudos de caracteres de herença multifatorial Griffiths, A. J.F.; Wessler, S.R. Carroll,S.B.; Doebley, J. Introduction to Genetic Analysis, 2010, 3 Ed. Bru. Weir, B. S. Genetic Data Analysis II (or III) - Methods for Dicrete population Genetic Data Un Washington. Edelsen, Edward. Gregor Mendel: And the Roots of Genetics Oxford.

13 Disciplina/Turma: GEV416 - Cromossomos: Estrutura e Função Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Marcelo de Bello Cioffi Os Cromossomos: Aspectos Estruturais e Moleculares Diferenciação Longitudinal dos Cromossomos Origem e Evolução de tipos especiais de Cromossomos Os Cromossomos e a Divisão Celular Alterações Cromossômicas Citogenética Molecular Perspectivas futuras da citogenética Sumner, A. T: Chromosomes: organization and function (2003) London, Blackwell Publishing, 287p Alberts, B: Biologia molecular da célula. 4 ed. (2004) Porto Alegre: Artmed, 1463 p. Martins C; Cabral de Mello DC, Valente GT, Mazzuchelli J, Olivera SG, Pinhal D. Animal genomes under the focus of cytogenetics. 1st edition. (2011) Hauppauge: Nova Science Publisher 160 p.

14 Disciplina/Turma: GEV417 - Filogeografia: Conceitos e Métodos Genética e Evolução de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Fernando de Faria Franco 1. Introdução e histórico da Filogeografia; 2. Árvores Filogenéticas e Redes de Haplótipos; 3. Tipos de marcadores moleculares aplicados ao estudo filogeográfico; 4. Teoria da Coalescência e suas aplicações; 5. Premissas para Inferências Demográficas e Temporais com dados genéticos; 6. Aplicações da Filogeografia na Conservação: Unidades Significativamente Evolutivas, Províncias Filogeográficas; 7. Padrões Filogeográficos na América do Sul 8. Metodologias de análises de dados I: construção de redes de haplótipos, testes para inferências demográficas; 9. Metodologias de análises de dados II: grupos populacionais e reconstrução biogeográfica de áreas ancestrais; 10. Perspectivas futuras na área Drummond, AJ Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST. Cambridge University Press. Templeton, AR. Population Genetics and Microevolutionary Theory Ed. John Wiley & Sons, Inc Wakeley, J. Coalescent Theory: an Introduction Ed. Roberts and Company Publishers

15 Disciplina/Turma: GEV501 Produção de Proteínas Recombinantes Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Andrea Soares da Costa Fuentes 1- Vantagens em se produzir proteínas recombinantes. 2- Sistemas de expressão bacterianos. 3- Sistemas de expressão em levedura. 4- Sistemas de expressão em células de inseto. 5- Sistemas de expressão em células de mamíferos. 6- Sistemas de expressão em plantas transgênicas. 7- Sistemas de purificação de proteínas recombinantes. DEKKER, M. Purification and analysis of recombinant proteins Ramnath Seetharam (Ed.); Satish K. Sharma (Ed.). New York. WILEY, VCH. Production of recombinant proteins: novel microbial and eukaryotic expression systems Gerd Gelissen (Ed.). Weinheim. HARDIN, C. Cloning, gene expression, and protein purification: experimental procedures and process rationale New York: Oxford University Press.

16 Disciplina/Turma: GEV502 - Proteômica Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Maria Teresa Marques Novo Introdução à Proteômica; Preparação de extratos protéicos celulares e subcelulares; Separação de proteínas por eletroforese bidimensional; Mapeamento de peptídeos ( Fingerprinting ) e análise da sequência de proteínas resolvidas por eletroforese em gel; Fundamentos da cromatografia líquida de fase reversa (RP-HPLC) para a separação de peptídeos; Espectrometria de massas: fundamentos e aplicação em proteômica; Proteômica das modificações pós-traducionais: Fosfoproteômica; Caracterização de complexos protéicos: interações proteína- proteína, Protein Arrays; Discussão de artigos científicos recentes. Simpson, R. J. Proteins and proteomics, a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, Westermeier, R. & Naven, T. Proteomics in Practice. A laboratory manual of proteome analysis. Wiley-VCH, Weinheim, Eidhammer et al. Computational Methods for mass spectrometry proteomics. John Wiley & Sons, 2007.

17 Disciplina/Turma: GEV503 - Genética Molecular Aplicada À Saúde Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Anderson Ferreira da Cunha 1- Doenças moleculares definição e diagnóstico; 2- Análise diferencial de expressão gênica; 3- Análises de expressão Gênica Global; 4- Formas de análise e seleção de genes candidatos; 5- Métodos de estudo para detecção de função de genes alvo. 1- WATSON, J. D.; BAKER, T. A.; BELL S. P.; GANN A.; LEVINE M.; LOSICK R. Biologia Molecular do Gene, 5ª.edição, Editora Artmed, 2006; 2- WATSON, J. D. ; MYERS, R. M.; CAUDY, A. A.; WITKOWSKI, J. A. DNA recombinante, genes e genomas, 3ª edição, Editora Artmed, 2008; 3- LEWIN, B. Genes IX, Editora Artmed, 2008.

18 Disciplina/Turma: GEV504 - Análise da Expressão Gênica Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Heloisa Sobreiro Selistre de Araujo Bioinformática aplicada ao estudo da estrutura dos ácidos nucleicos; Estrutura de proteinas ligantes de ácidos nucleicos; Regulação da expressão gênica em eucariotos; Métodos de análise da expressão gênica; PCR em tempo real. Princípios e aplicações; Aplicações dos anticorpos na análise da expressão gênica; Controle da expressão gênica por mirna e sirna; Análise da expressão gênica em larga escala. Proteomas e transcriptomas; aula prática de RT-PCR; aula prática de western blotting; seminários; Lesk, AM. Introdução à Bioinformática, 2ª. edição, 2005, Artmed. Strachan, T e Read, AP, 2ª. edição, 2002, Artmed. Coletânea de artigos científicos.

19 Disciplina/Turma: GEV505 - Eventos Epigenéticos Envolvidos na Regulação de Processos Fisiológicos e Patológicos Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Simone Cristina Méo Niciura Histórico e conceitos sobre epigenética; Modificações do DNA e estrutura da cromatina; Modificações pós-traducionais de histonas; RNA não codificantes: RNAi e microrna; Genomic imprinting; Técnicas moleculares para avaliação de modificações epigenéticas; Herança epigenética; Epigenética e evolução; Nutrição e epigenética; Controle epigenético do desenvolvimento e do envelhecimento; Desordens de causa epigenética; Implicações da epigenética na biotecnologia; 1) ALLIS, C. D.; JENUWEIN, T.; REINBERG, D.; CAPARROS, M. L. (Ed.). Epigenetics. 1. ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory, p. 2) CABEJ, N. R. Epigenetic principles of evolution. 1. ed. Dumont: Albanet Publishing, p. 3) CHOI, S. W.; FRISO, S. Nutrients and epigenetics. 1. ed. Boca Raton: CRC Press, p. 4) DAVIDSON, E. H. Genomic regulatory systems: development and evolution. 1a. ed. San Diego: Elsevier Academic Press, p. 5) DOERFLER, W.; BÖHM, P. DNA methylation: basic mechanisms. 1ª. ed. Verlag: Springer, p. 6) GILBERT, S. F. Developmental biology. 8ª. ed. Sunderland: Sinauer Associates, p. 7) JABLONKA, E.; LAMB, M. J. Evolution in four dimensions: genetic, epigenetic, behavioral, and symbolic variation in the history of life. Cambridge: Massachusetts Institute of Technology, p. 8) STILLMAN, B.; STEWART, D. Regulatory RNAs. 1. ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, p. 9) TOLLEFSBOL, T. O. Epigenetics protocols. Methods in Molecular Biology, v ed. Totowa: Humana Press, p. 10) TOST, J. Epigenetics. 1. ed. Norfolk: Caister Academic Press, p. 11) Artigos científicos atuais, extraídos de periódicos como: Biology of Reproduction, BMC Developmental Biology, Current Opinion in Genetics & Development, Developmental Biology, Developmental Cell, Differentiation, Genome Biology, Genomics, Nature Cell Biology, PNAS.

20 Disciplina/Turma: GEV506 Enzimas: Estrutura, Função e Regulação Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Gilberto Moraes 1 - Níveis estruturais das proteínas globulares. 2 - Forças de manutenção das estruturas das proteínas. 3 - Enzimas: papel biológico. 4 - Estrutura e sítios funcionais das enzimas. 5 - Tipos de reações enzimáticas (classificação das enzimas) e mecanismos de reação enzimática. 6 - Termodinâmica das reações enzimáticas. 7 - Cinética enzimática. 8 - Tipos de inibição enzimática. 9 - Cinéticas de inibição enzimática Enzimas reguladoras Metodologia para a determinação de atividade enzimática. Biochemistry by Voet & Voet, 3th Ed. Lehninger Principles of Biochemistry by David Nelson Michael Cox, 4th Ed. Enzyme Kinetic and mechanisms by Kenneth Taylor (Kluwer Academic Publishers) 2004 Enzyme kinetics: A modern approach. by A.G. Marangoni (Whiley Interscience)

21 Disciplina/Turma: GEV507 BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Flavio Henrique Silva 1. Histórico da biologia molecular e da biotecnologia. 2. O Dogma Central da Biologia Molecular um breve resumo. 3. Enzimas utilizadas em biologia molecular. 4. Técnicas básicas de DNA recombinante visão geral. 5. Clonagem gênica. 6. Genômica e suas extensões. 7. Bibliotecas genômicas e de genes expressos. 8. Sequenciamento de DNA abordagens clássicas e modernas. 9. Prospecção de genes de interesse biotecnológico. 10. A biologia molecular aplicada ao diagnóstico. 11. Diagnóstico molecular na saúde humana. 12. Diagnóstico molecular na veterinária. 13. Diagnóstico de doenças em plantas. 14. A terapia gênica. 15. A produção em laboratório de moléculas de interesse biotecnológico. Genômica, Luis Mir (Org), Diversos autores, Editora Atheneu, Biotecnologia: Avanços na Agricultura e na Agroindústria, Luciana Serafine, Neiva Monteiro de Barros e João Lucio de Azevedo (Org), EDUCS, Bases Moleculares da Biotecnologia, Ulrich, Colli, Lee Ho, Faria e Trujillo (Org), Editora Roca, 2008 Genes IX, Benjamin Lewin, Jones and Bartlet Publishers, EUA, Artigos científicos atuais, selecionados pelo responsável pela disciplina, relacionados com cada tema abordado.

22 Disciplina/Turma: GEV508 - Identificação e Caracterização da Função Gênica Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Iran Malavazi Uso de ferramentas de análise genética em organismos modelos. Controle da expressão gênica. Genética direta e genética reversa. Conceitos de screeening genéticos, supressão gênica (supressores extragênicos e intragênicos). Screenings de letalidade sintética em leveduras e fungos filamentosos. Super expressão de genes e gene dosage para a busca de fenótipos. Utilização de genes repórteres, marcadores dominantes e marcadores auxotróficos. Complementação de genes. Obtenção de mutantes em organismos modelos visando o silenciamento gênico - knock out e knock down. Técnicas e ferramentas para a busca de interação proteína-proteína. Técnicas e ferramentas para a busca de interação proteína-dna. Técnicas e ferramentas de análise da expressão gênica. Publicações selecionadas em revistas científicas na área de genética molecular e caracterização da função gênica em células procarióticas e eucarióticas de forma a cobrir os tópicos abordados.

23 Disciplina/Turma: GEV509 - Elementos de transposição e evolução de genomas Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Ricardo de Marco 1- História da descoberta dos elementos de transposição; 2- Classificação de elementos de transposição; 3- Transposons de DNA; 4- Retroposons; 5- Elementos não autônomos; 6- Evolução de elementos de transposição; 7- Influencia de elementos de transposição na arquitetura de genomas; 8- Controle epigenético de elementos de transposição; 9- Domesticação de elementos de transposição; 10- Relação entre elementos de transposição e doenças humanas; 11- Elementos de transposição e a evolução de organismos. Leitura de artigos científicos.

24 Disciplina/Turma: GEV510 - Evolução estrutural, funcional e engenharia de enzimas Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Vadim Viviani 1- Origem da catálise enzimática; 2- Estrutura e função de proteínas; 3- Dinâmica de proteínas; 4- Enzimas (Classificação e propriedades); 5- Cinética; 6- Mecanismos de catálise enzimática; 7- Evolução estrutural e Funcional de enzimas; 8- Engenharia de Enzimas; 9- Evolução de vias metabólicas; 10- Aplicação biotecnológica; 11- Metagenoma e screening de enzimas de interesse biotecnológico. 1- Branden, C. and J. Tooze. Introduction to Protein Structure. SIGMA, 2nd ed. 1999, 410 pp. 2- Voet, D. and Voet J. Bioquímica. Artmed. 3a ed Vermelho, B. et at. Enzimas em Biotecnologia. ed. Interciência.

25 Disciplina/Turma: GEV511 - Estatística para Genética e Ciências Associadas Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Eduardo Leonardecz Estudo de populações e amostras. Medidas de tendência central e dispersão. Funções de probabilidade e suas distribuições. Testes de hipóteses. Medidas de associação, regressão e correlação. Análise de variância. SOKAL, Robert R.; ROHLF, F. James. Biometry: the principles and practice of statistics in biological research. 3rd ed. New York: W. H. Freeman and Company, p. ISBN ZAR, Jerrold H.,. Biostatistical Analysis. 4th ed. Upper Saddle River, N.J: Prentice Hall, v. (várias páginas) ISBN x. ZOLMAN, JAMES F. BIOSTATISTICS: EXPERIMENTAL DESIGN AND STATISTICAL INFERENCE. New York: Oxford University Press, 1993.

26 Disciplina/Turma: GEV512 - Mitocôndria: fertilidade, metabolismo e herança Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Marcos Roberto Chiaratti Mitocôndria, características gerais Genética mitocondrial e herança Dinâmica mitocondrial Mitofagia Bioenergética mitocondrial e doenças do metabolismo Rerapo de DNA mitocondrial Doenças mitocondriais Papel da mitocôndria na fertilidade feminina, diagnóstico e tratamento NELSON, D.L. & COX, M.M. Lehninger, Principles of biochemistry. 4a ed, Freeman, 2005 SCHEFFLER, I.E. Mitochondria. 2a ed., Wiley, 2007 WALLACE, D.C. & YOULE, R.J. Mitochondria.1a ed., Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 2014

27 Disciplina/Turma: GEV513 - Métodos em Biofísica Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Julio Cesar Borges Métodos em Biofísica. Termodinâmica aplicada a sistemas biológicos. Espectroscopia de absorção: Princípios básicos e aplicações na quantificação de proteínas em solução. Espectropolarimetria de dicroísmo circular. Espectroscopia de Fluorescência aplicada a proteínas. Macromoléculas como partículas hidrodinâmicas. Eletroforese: princípios e abordagem hidrodinâmica. Espalhamento dinâmico de luz. Cromatografia de exclusão molecular. Ultracentrifugação analítica: principios e aplicações. Calorimetria de titulação isotérmica. Calorimetria de varredura diferencial. Cantor and Schimmel. Biophysical Chemistry, Part II, Freeman and Company. Van Holde, K.E.; Johnson, W.C.; Ho, P.S. Principles of Physical Biochemistry, Prentice Hall, Sheehan, D. Physical Biochemistry: Principles and Applications, 2nd Edition, Wiley, 2009.

28 Disciplina/Turma: GEV514 - Ferramentas utilizadas em técnicas imunologicas e moleculares na pesquisa Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Fernanda de Freitas Aníbal Ferramentas utilizadas em técnicas imunologicas e moleculares na pesquisa Mecanismos e componentes do sistema imune (defesa inata e adaptativa) Moléculas do MHC: Função Mecanismos de ativação dos linfócitos T e Apresentação de antígeno Citocinas: regulação da resposta imune e terapia? Anticorpos: funções e aplicações clinicas Técnica ELISA Técnica de Citometria de Fluxo Técnicas Moleculares no diagnóstico e controle de doenças infecciosas Abbas, AK, AH Lichtman, et al. (2007/08). Cellular and molecular immunology. Philadelphia, W.B. Ed. Saunders/Elsevier. Janeway C, Murphy K, Travers P et al. (2010). ImunoBiologia de Janeway. Ed. Artmed.

29 Disciplina/Turma: GEV515 - Epidemiologia Molecular aplicada a estudos de bactérias Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Ilana Camargo Técnicas de Epidemiologia Molecular de patógenos bacterianos Bases genéticas da resistência bacteriana (Genética bacteriana; Mutações envolvidas em resistência a antibióticos) Elementos genéticos móveis envolvidos na resistência a antibióticos (Plasmídeos, Genes cassetes, Transposons, IS ) CRISPR (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats) Caracterização molecular de elementos genéticos móveis: SCCmec typing e evolução destaphylococcus aureus resistentes à Meticilina (MRSA) e Tn1546 de Enterococcus resistentes a vancomicina (VRE) e suas variações Epidemiologia molecular aplicada à detecção de disseminações bacterianas Técnicas moleculares de tipagem: AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism/fluorescent RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism PFGE: Pulsed-Field Gel Electrophoresis MLST: Multi-Locus Sequence Typing Sabat AJ, et al. on behalf of the ESCMID Study Group of Epidemiological Markers (ESGEM). Overview of molecular typing methods for outbreak detection and epidemiological surveillance. Euro Surveill. 2013;18(4):pii= Vale rie Bouchet, Heather Huot,and Richard Goldstein. Molecular Genetic Basis of Ribotyping. CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS, Apr. 2008, p , doi: /cmr Marcos Pérez-Losada, Patricia Cabezas, Eduardo Castro-Nallar, Keith A. Crandall. Pathogen typing in the genomics era: MLST and the future of molecular epidemiology.infection, Genetics and Evolution. 16 (2013)

30 Disciplina/Turma: GEV516 - Introdução à Espectrometria de massas (EM) Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Marilia Buzalaf Técnicas de ionização. Introdução a EM: conceitos e instrumentação. Tipos de analizadores de massas. Tipos de detectores. EM em Tandem. Aplicações da EM em campos "ômicos". Hoffmann, E. & Stroobant, V. Mass Spectrometry: Principles and Applications, 3 rd edition, Wiley, John & Sons, 2007 Cutillas, P.R & Timms, J.F. LC-MS/MS in proteomics: methods and applications. Humana Press, 2010 Maleknia, S.D. & Johnson, R. Mass Spectrometry of Amino Acids and Proteins. in: Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry. Vol.5: Analysis and Function of Amino Acids and Peptides. Edited by Andrew B. Hughes; Wiley-VCH, 2012.

31 Disciplina/Turma: GEV517 - Técnicas Físicas Aplicadas Às Áreas Biológicas, Biotecnológicas e Médicas: Fundamentos Teóricos e Aplicações Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Flavio Henrique Silva e Dra. Leila Maria Beltramini Apresentar e discutir com alunos, de diferentes áreas, o princípio teórico de técnicas físicas que atualmente são cada vez mais utilizadas no estudo de aspectos ultra estruturais e moleculares das áreas de Biologia, Biotecnologia e Médica. 1. Introdução: Sensibilizar os estudantes mostrando a importância dos estudos da biologia molecular estrutural, da medicina e biotecnologia na ciência contemporânea. 2. Histórico sobre os estudos da interação da luz com a matéria: o espectro eletromagnético e sua aplicação nas diferentes técnicas físicas. 3. O espectro eletromagnético: a) fundamentos e aplicações nas regiões UV-VIS-IR: desafio laboratorial aos alunos em construir curvas de dosagem de diferentes compostos utilizando a absorção óptica na região VIS e UV do espectro eletromagnético. 4. Fluorescência, Fosforescência, fluorofos intrínsecos e extrínsecos. a) explorando experimentalmente estas propriedades em alguns compostos biológicos, as informações estruturais fornecidas e os mecanismos de ações que podem ser obtidos destes experimentos. 5. A Absorção óptica de compostos quirais e a polarimetria: a) dicroísmo circular (CD), princípio e aplicações; b) CD utilizando Lux Sincroton 6. Técnicas microscópicas de alta resolução: MO, MF, ME, MCF, MFA, MMF a) conhecer os diferentes microscópios utilizados em laboratórios de pesquisa, seus fundamentos e aplicações; 7. Difração, espalhamento e absorção de raios-x e nêutrons aplicados aos estudos de biomoléculas: a) Cristalografia de proteínas e difração por raios X b) Espalhamento de raios X e nêutrons c) A utilização da Luz Sincroton: visita ao anel do LNLS 8. Ressonância magnética nuclear (RMN), Ressonância Paramagnética Eletrônica (RPE) a) RMN, aplicada ao estudo/interpretação de imagens; b) RMN, RPE, aplicadas ao estudo de estruturas e interações de (e entre) biomoléculas 9. Ressonância Plasmônica de Superfície (SPR): principio e aplicações em estudos sobre interações de ligantes com macromoléculas; 10. Espectrometria de massa a) Analisadores de Massa b) Técnicas de Ionização HOLDE, Kensal E. van; JOHNSON, W. Curtis; SHIUNG HO, P. Principles of physical biochemistry. 2nd ed. Nashua,NH,USA: Prentice Hall, CANTOR, Charles R.; SCHIMMEL, Paul R. Biophysical Chemistry. San Francisco: W. H. Freeman, Última Edição. Disponível para download (sob pagto)

32 %20chemistry.pdf CAMPBELL, Iam D.: DWEK, Raymond A. Biological spectroscopy. Menlo Park,Calif.: Benjamin/Cummings Pub. Co.,1984. Marcos Nogueira Eberlin e colaboradores, Espectrometria de Massa, disponível on line Donald L. Pavia, Gary M. Lampman, George S. Kriz e James R. Vyvyan, INTRODUÇÃO À ESPECTROSCOPIA. Tradução da 4ª edição norte-americana, Revisão técnica: Prof. Paulo Sergio Santos, Instituto de Química - Universidade de São Paulo. LAKOWICZ, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy. New York: Edt. Plenum Publishers, 2.ed B.A. Wallace and R.W. Janes. Modern Techniques for Circular Dichroism and Synchrotron Radiation Circular Dichroism Spectroscopy. Advances in Biomedical Spectroscopy Vol. 1, 2009, ISBN: Peptides and Proteins in Organic Chemistry. Vol.5: Analysis and Function of Amino Acids and Peptides. Edited by Andrew B. Hughes; Wiley-VCH, 2012.

33 Disciplina/Turma: GEV518 - Tecnologias e análise de dados de Sequenciamento de Nova Geração Optativa de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Polyana Cristine Tizioto 1.Introdução à tecnologias de sequenciamento de nova geração(ngs) 2.Aplicações do NGS: sequenciamento de novo, resequenciamento genômico, sequenciamento de RNA e metagenoma 3.Introdução à análise de dados de sequenciamento de nova geração 4.Introdução ao sistema operacional Linux 5. Mapeamento de sequências (RNA e DNA) 6. Deteção de variantes (RNA e DNA) 7. Reconstrução do transcriptoma e quantificação de transcritos 8. Análise de expressão diferencial e anotação funcional 9.Estudo dirigido Claverie, Jean-michel; Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. 2 ed. Hoboken: Wiley Publishing, p. --(For Dummies) ISBN Next-generation sequencing data analysis. Nature Methods, Supplement issue: November 2009 Volume 6, No 11. Andreas Gogol-Döring, Wei Chen. Next Generation Microarray Bioinformatics : Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Volume 802, , / _16.

34 Disciplina/Turma: GEV519 - Diversidade Microbiana Aplicada a Processos Agrícolas e Biotecnológicos Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Paulo Teixeira Lacava Biodiversidade Microbiana Caracterização da Microbiota do solo e rizosfera Fixação Biológica de Nitrogênio Microrganismos Endofíticos Fungos Microrrízicos Controle Biológico Microbiano Biolixiviação: Microrganismos e Metais Digestão Anaeróbica e suas Aplicações Ferramentas de Biologia Molecular para Monitoramento Microbiano Métodos Clássicos e Moleculares de Ecologia Microbiana Biorremediação Microbiana Melo, I.S.; Azevedo, J.L. Microbiologia Ambiental 2 ed. ver. ampl. - Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, Marcia do Vale Barreto Figueiredo; Hélio Almeida Burity; Newton Pereira Stamford; Caroline Etienne de Rosália e Santos.Microrganismos e Agrobiodiversidade: o novo desafio para agricultura. 1ed.Guaíba: Agrolivros, 2008 Dinesh K. Maheshwari; Meenu Saraf; Abhinav Aeron. Bacteria in Agrobiology: Crop Productivity. 1ed.Berlin: Springer-Verlag, 2013.

35 Disciplina/Turma: GEV520 - Análise de expressão gênica em larga escala Bioquímica e Biologia Molecular de Créditos: Professor(a) Responsável: Dr. Ricardo Carneiro Borra Introdução à Linguagem R; Análise de Transcriptoma utilizando ferramentas do Bioconductor: ( Microarray; Sequenciamento de nova geração; Análise de expressão gênica em larga escala: processamento dos sinais, técnicas de normalização, metodologias para identificação de genes candidatos, técnicas de normalização, assinatura gênica, análise de padrões,convolução de sinal para caracterização de eventos biológicos. Construção de Sistemas Biológicos: matrizes de correlação, modelagem de interrelações e identificação de Hubs; Bioestatística usando o R Apostila de Exemplos para o Biólogo. Colin Robert Beasley Universidade Federal do Paraná. ( BioestatisticaUsandoR.pdf) Análise de Microarray usando o R e o Bioconductor - Diógenes Ferreira Filho e Roseli Aparecida Leandro- Universidade de São Paulo Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz ( Schena, Mark. Microarray Analysis. Hoboken, N.J.: Wiley-Liss, c p. ISBN

36 Disciplina/Turma: GEV160 - Bioinformática Área comum de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Patricia Domingues de Freitas 1. Conversando sobre Bioinformática: O que é a Bioinformática?; Histórico: Quando Surgiu e como se Desenvolveu; Estado da Arte: Como está a Bioinformática no Brasil e no Mundo; O que um Bioinformata Precisa Saber ; Quem são e onde estão os Bioinformatas?; NAVEGANDO NA BIOINFORMÁTICA (PRÁTICA) (4h/4h) 2. Bancos de Dados Genômicos e Alinhamento de Seqüências (4h/4h): Introdução aos Principais Bancos de Dados Genômicos; Processos de Alinhamento de Seqüências e Principais Algoritmos Utilizados; Parâmetros de Alinhamentos (Score, E-value, Matrizes de Comparação/Substituição); ALINHANDO (PRÁTICA) 3. Montando um Genoma (4h/4h): Processos de Clusterização e Estabelecimento de Contigs; Algoritmos de Base-calling e Qualidade de Sequências; Processo de Trimagem via CROSS-MATCH; O pacote PHRED, PHRAP, CONSED; Outras Ferramentas de Clusterização e Montagem de Genomas; MONTANDO UM GENOMA (PRÁTICA). 4. Análises in silico (4h/4h): Introdução aos Processos de Descoberta de Informações; Abordagem de KDD e Data Mining; Prospecção de Polimorfismos (SNPs, SSRs, RFLPs, etc) e Softwares Utilizados; Desenhando e Avaliando Primers via Análises in silico ; Conceitos Teóricos e Práticos sobre Pipelines; MINERANDO (PRÁTICA). 5. Anotação Genômica (4h/4h): Conceitos e Definição; Anotação de Seqüências Nucleotídicas e Proteínas; Anotação de Processos e Estabelecimento de vias Metabólicas; Anotação Realizada; ANOTANDO (PRÁTICA). 6. As Ômicas (4h/4h): Projetos Genomas, Transcriptomas e os Metagenomas; Proteômica e Metabolômica, com ênfase às Networks e Pathways ; Interactoma, Fenomenoma e Fisioma: Uma Abordagem Sistêmica; Demais Ômicas. 7. Bioinformática Estrutural (4h/4h): Definição e Conceitos; Métodos de Raios-X e RMN; Modelagem por Homologia e

37 Principais Softwares; Modelagem via Algoritmos de Threading e Principais Softwares; MODELANDO (PRÁTICA). 8. Bioinformática Evolutiva e Comparativa (4h/4h): Árvores e Topologias (Alegorias); Filogenias x Genealogias; Métodos de Reconstrução; Principais Softwares e Algoritmos Utilizados; RECONSTRUINDO A EVOLUÇÃO E PERCORRENDO O CAMINHO DOS GENES (PRÁTICA). 9. Genética e Computação (4h/4h): A interação das Áreas; Decodificando os Genomas Através de Algoritmos; Sistemas Operacionais e o LINUX; Linguagens de Programação: Por quê PERL?; Pra que usar PHP e HTML? MySQL e Bancos de Dados. 10. Filosofando (4h/4h): Um pouco de História: Ciência, Genética e Bioinformática; Discussão e Considerações Finais. 11. e Discussão (10h). 1. Arthur M. Lesk (2008) INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA. Artmed, 2a edição, Porto Alegre, RS, 381pp. 2. Paul G. Young (2003) EXPLORING GENOMES. Webbased Bioinformatics Tutorials. Freeman and Company, New York, USA, 51pp. 3. Literatura Especializada: Artigos de Divulgação e Artigos Científicos publicados, em revistas de divulgação científica e periódicos indexados, respectivamente.

38 UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS Disciplina/Turma: GEV110/11 - Bioinformática: Fundamentos de Análises em Nova Geração de Sequenciamento - NGS Área comum de Créditos: Professor(a) Responsável: Dra. Andrea Soares da Costa Fuentes Biologia Molecular, Genomas, Bioinformática; Introdução ao sistema operacional Linux; Alinhamento de Sequências, Local e Global; Montagem de Genomas: Sanger e NGS; Bancos de Dados Biológicos - Anotação de genes; Análise de Transcriptomas - NGS; Análise de Metagenomas - NGS; Estudo dirigido; Apresentação de trabalho; Gibas, Cynthia; Jambeck, Per. Developing bioinformatics computer skills. An introduction to software tools for biological applications Beijing: O'Reilly, c p. ISBN Bioinformatics: sequence, structure, and databanks: a practical approach. D. Higgins (Ed.); W. Taylor (Ed.). Oxford: Oxford University Press, c p. -- (The Practical Approach Series) Notas gerais: e ; e.2 a ISBN Claverie, Jean-michel; Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. 2 ed. Hoboken: Wiley Publishing, p. -- (For Dummies) ISBN