Perguntas para o roteiro de aula. 1) Descreva as principais características estruturais gerais das moléculas de DNA e

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Emanuel Ventura Garrau
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1 Perguntas para o roteiro de aula Professora: Drª Marilda S. Gonçalves Propriedades físico-químicas dos ácidos nucléicos 1) Descreva as principais características estruturais gerais das moléculas de DNA e RNA, enfatizando as principais ligações químicas ocorridas na molécula, bem como as unidades participantes. 2) Fale sobre os pontos estruturais de importância na formação da dupla hélice da molécula de DNA e tipos de conformações descritos para a molécula. 3) Descreva os principais tipos de RNA e as particularidades que envolvem cada molécula. 4) Descreva as principais propriedades físico-químicas dos ácidos nucléicos, enfatizando a sua importância na manipulação da molécula em experimentos científicos. 5) Fale das propriedades espectrométricas e térmicas dos ácidos nucléicos. 6) Fale sobre a estrutura do cromossomo procarioto. 7) Descreva a estrutura da cromatina e os pontos importantes no enovelamento do DNA. 8) Descreva a estrutura do cromossomo eucariótico. 9) Fale um pouco do genoma, sua complexidade e a relação do genoma humano com outras espécies.

2 Duplicação de DNA 1) Descreva os principais experimentos que conduziram a descoberta de que a duplicação de DNA é semi-conservativa. 2) Descreva as principais moléculas envolvidas no processo de replicação do DNA, incluindo a função de cada enzima participante. 3) Descreva as principais etapas da duplicação de DNA em bactérias. 4) Descreva as principais etapas da duplicação de DNA em eucariotos. Professor: Mitermayer Galvão dos Reis 1) Esquematize a estrutura do gene dos eucariotos, identificando as áreas envolvidas com a regulação da expressão gênica. Professor: Angelina Acosta 1) Conceituar mutação. 2) Quais são os tipos de mutações? 3) Quais as repercussões decorrentes das mutações? 4) Citar e descrever os mecanismos moleculares das mutações espontâneas. 5) Citar e descrever os mecanismos moleculares das mutações induzidas.

3 Professor: Joice Neves 1) Cite cinco problemas epidemiológicos que podem ser abordados por técnicas de Biologia Molecular. Comente cada um, explicitando de que forma as técnicas de biologia molecular estão contribuindo para a solução dos mesmos. Professor: Luciano Kalabric Silva 1. Defina: a) iniciador de reação/primer; b) sonda/probe. c) DNA polimerase 2. Sobre a coleta de amostra responda. a) Assinale a alternativa mais recomendada para a coleta de ácidos nucléicos humanos a partir do sangue. Justifique sua escolha (Peso: 0,5). ( ) Tubo sem anticoagulante. ( ) Tubo heparinizado. ( ) Tubo com EDTA. b) Qual das alternativas anteriores não deve ser utilizada. Justifique (Peso: 0,5). c) Que cuidados devem ser tomados durante a coleta, processamento e armazenamento das amostras a fim de garantir êxito na etapa de isolamento dos ácidos nucléicos? (Peso: 1,0). 3. Descreva de forma sucinta as etapas dos métodos de isolamento de ácidos nucléicos (Peso: 1,0). 4. Liste os constituintes de uma reação de PCR e suas funções. Explique o porquê das diferentes temperaturas utilizadas numa reação de PCR. 5. Que alterações poderiam ser feitas numa PCR padrão para melhor a sensibilidade do método? E a especificidade? 6. Duas importantes aplicações do PCR em tempo real são a determinação da carga viral e da expressão gênica. Entretanto, apesar do forte apelo como um método quantitativo, existe uma ampla perspectiva da utilização desta técnica também como método qualitativo. a) Diferencie um método baseado no PCR em tempo real qualitativo de um PCR convencional qualitativo? b) Defina o Ct ( cycle threshold ou constante de detecção) de uma amostra no PCR em tempo real. De que forma podemos utilizar o Ct para estimar a quantidade de um ácido nucléico na amostra?

4 c) O que é necessário para tornar o PCR em tempo real um método quantitativo? 7. O seqüenciamento automatizado pelo método de Sanger (método da terminação de cadeia) revolucionou a biologia molecular e possibilitou conhecermos o genoma de diversas espécies, inclusive o genoma humano. Descreva o princípio básico deste método. Que aplicações práticas o seqüenciamento de ácidos nucléicos pode ter num laboratório clínico? 8. Um método LiPA (Line probe assay, Bayer Diagnostics) foi desenvolvido para a genotipagem do HCV. Assinale (V) ou (F) e justifique suas escolhas: Genótipos ( ) Este método também pode ser utilizado para realizar o diagnóstico molecular do HCV. ( ) Este método baseia-se na hibridização reversa com sondas genótipo-específicas. ( ) O método distingue perfeitamente os genótipos 1a e 1b do HCV. ( ) A determinação do genótipo do HCV é importante porque define o esquema terapêutico. ( ) Este método depende de um RT-PCR anterior à etapa de hibridização.

5 Professor: Geraldo Gileno Pontos para estudo dirigido referentes à Clonagem de DNA e produção de proteínas recombinantes. 1) Descreva características e utilidades de plasmídeos. 2) Descreva características e utilidades de fago lambda. 3) Defina reação em cadeia da polimerase (PCR). Quais são as reações que ocorrem na PCR? 4) O que são e como funcionam endonucleases de restrição? 5) Descreva o processo de fracionamento de DNA em gel de agarose. 6) Descreva um processo de purificação de DNA a partir de gel de agarose. 7) O que são e como funcionam DNA ligases? 8) Descreva o processo de transformação de bactéria (Escherichia coli) por plasmídeo. 9) Descreva infecção de Escherichia coli por fago lambda. Professor: Alan Macbride 1) Porque quer produzir uma proteína recombinante? 2) Quais são os sistemas disponíveis para fazer isso no laboratório? 3) Quais são os processos envolvidos na síntese protéica? 4) Descrever um protocolo típico para a expressão e purificação de uma proteína recombinante. 5) O sistema de E. coli é o mais utilizado, quais são os passos que você tem que usar para produzir uma proteína recombinante através deste sistema? 6) Quais são os problemas mais comuns usando o sistema de E. coli?

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