DIVERSIDADE E TAXONOMIA DE LEVEDURAS EM FLORES DE HELICONIA PSITTACORUM

Transcrição

1 Universidade Federal de Minas Gerais Instituto de Ciências Biológicas Departamento de Microbiologia DISSERTAÇÃO DE MESTRADO DIVERSIDADE E TAXONOMIA DE LEVEDURAS EM FLORES DE HELICONIA PSITTACORUM Anne Caroline Barbosa Belo Horizonte 2010

2 Anne Caroline Barbosa DIVERSIDADE E TAXONOMIA DE LEVEDURAS EM FLORES DE HELICONIA PSITTACORUM Dissertação apresentada ao Programa de Pós Graduação em Microbiologia do Instituto de Ciência Biológicas da Universidade Federal de Minas Gerais como requisito parcial para obtenção do grau de mestre em Microbiologia. Orientador: Prof. Dr. Carlos Augusto Rosa ICB/UFMG Belo Horizonte Instituto de Ciências Biológicas Universidade Federal de Minas Gerais 2010

3 AGRADECIMENTOS À Deus, por estar sempre ao meu lado, me guiando e me iluminando; À Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), pelo apoio financeiro; Ao meu orientador Carlos Rosa, quem eu tanto admiro, pela confiança de sempre. Sua orientação foi fundamental para a concretização deste trabalho e para meu crescimento pessoal. Sou imensamente grata a você; Aos professores Allen Hagler e Fernanda Badotti, por terem aceitado compor a banca examinadora; Ao professor Luiz Rosa, revisor da minha dissertação, por ter aceitado o convite e pelas sugestões propostas; Aos professores Paula e Rafael, da Universidade Federal do Tocantins, pela ajuda fundamental durante a coleta do material para esse estudo; Ao pessoal do Laboratório de Biodiversidade e Evolução Molecular, pela paciência, ajuda e por permitirem a realização dos sequenciamentos; Aos meus amigos queridos do Laboratório de Ecologia e Biotecnologia, Aline, Alice, Camila, Cibele, César, Cris, Débora, Fátima, Gabriella, Iara, Inayara, Larissa, Lili, Lindiane, Lorena, Lu, Mari Costa, Mari Vieira, Maria, Michelle, Monaliza, Nati, Piló, Quel, Rê, Sil, Valéria e Vivi, pela convivência, ensinamentos e ajuda; À Monica que não faz mais parte do nosso lab., mas sempre será uma grande amiga; À Camila Gontijo, um agradecimento especial, pela ajuda incomensurável; Ao Douglas e Fatinha, da secretaria de Pós-Graduação e à Gina, pela atenção; Aos meus pais, minhas irmãs, pelo carinho, preocupação, apoio e paciência incondicionais; Às minhas sobrinhas, pela alegria que trazem para a minha vida; Às queridas amigas Fê, Cris, Elisa e Marininha por continuarem sempre próximas de mim, mesmo com a distância; À Rose, à Fátima pela ajuda e apoio que foram essenciais nessa fase final...

4 SUMÁRIO LISTA DE TABELAS... LISTA DE FIGURAS... RESUMO... ABSTRACT... iii iv vi viii 1 INTRODUÇÃO REVISÃO BIBLIOGRÁFICA 2.1 Taxonomia de Leveduras Ecologia de Leveduras Ocorrência de Leveduras em Flores O Bioma Cerrado Flores de Heliconia como Habitat para Leveduras OBJETIVOS 3.1 Objetivo Geral Objetivos Específicos MATERIAIS E MÉTODOS 4.1 Área de coleta Coleta e processamento das amostras Purificação e manutenção das leveduras Identificação das leveduras Agrupamento das leveduras Extração do DNA PCR fingerprint Amplificação utilizando os iniciadores NL1 NL Purificação dos amplicons Reação de sequenciamento Análise das seqüências Análise da diversidade das leveduras RESULTADOS E DISCUSSÃO 5.1 Distribuição das espécies Espécies novas de leveduras i

5 5.3 Caracterização fisiológica da comunidade de leveduras Diversidade CONCLUSÕES REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS ANEXO I Características Morfológicas e Fisiológicas das Espécie de Leveduras Isoladas ii

6 LISTA DE TABELAS Tabela 1 Distribuição das espécies de leveduras por amostra de flor de Heliconia psittacorum Tabela 2 Perfil fisiológico das espécies de leveduras isoladas de flores de Heliconia psittacorum iii

7 LISTA DE FIGURAS Figura 1 Figura 2 Figura 3 Localização do Parque Estadual do Jalapão, Tocantins Cachoeira da Formiga, Parque Estadual do Jalapão TO Flor de Heliconia psittacorum Figura 4 Figura 5 Figura 6 Figura 7 Filogenia de Candida sp. 1 baseada no sequenciamento da região D1/D2 no gene do rrna. A árvore foi construída pelo método neighbour-joining, com bootstrap de 1000 interações e a barra de escala mostra a proporção de divergências na seqüência. Filogenia de Candida sp. 2 e Candida sp. 3 baseada no sequenciamento da região D1/D2 no gene do rrna. A árvore foi construída pelo método neighbour-joining, com bootstrap de 1000 interações e a barra de escala mostra a proporção de divergências na seqüência. Filogenia de Candida sp. 4 baseada no sequenciamento da região D1/D2 no gene do rrna. A árvore foi construída pelo método neighbour-joining, com bootstrap de 1000 interações e a barra de escala mostra a proporção de divergências na seqüência. Filogenia de Cryptococcus sp. 1 baseada no sequenciamento da região D1/D2 no gene do rrna. A árvore foi construída pelo método neighbour-joining, com bootstrap de 1000 interações e a barra de escala mostra a proporção de divergências na seqüência. Figura 8 Colônias de Pseudozyma hubeiensis após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 9 Células de Pseudozyma hubeiensis após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 10 Colônias de Pseudozyma sp. (JCC 207) após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 11 Células de Pseudozyma sp. (JCC 207) após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 12 Colônias de Pseudozyma antarctica após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 13 Células de Pseudozyma antarctica após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 14 Colônias de Cryptococcus laurentii após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 15 Células de Cryptococcus laurentii após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 16 Colônias de Cryptococcus flavescens após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 17 Células de Cryptococcus flavescens após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 18 Colônias de Cryptococcus sp. após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 19 Células de Cryptococcus sp. após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 20 Colônias de Aureobasidium pullulans após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 21 Células de Aureobasidium pullulans após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 22 Figura 23 Colônias de Hyponectria sp. após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20º C Células de Hyponectria sp. após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20º C Figura 24 Colônias de Candida flosculorum após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 25 Células de Candida flosculorum após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 26 Colônias de Candida intermedia após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 27 Células de Candida intermedia após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC iv

8 Figura 28 Colônias de Candida nymphaea após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 29 Célulasas de Candida nymphaea após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 30 Colônias de Crytococcus sp.1 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 31 Células de Crytococcus sp.1 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 32 Colônias de Candida sp.1 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 33 Células isoladas e conjugadas de Candida sp. 1 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 34 Impressão digital (PCR fingerprinting) com o iniciador (GTG) 5 de sete isolados de Candida sp. 1. Figura 35 Colônias de Candida sp.2 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 36 Células de Candida sp.2 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 37 Impressão digital (PCR fingerprinting) com o iniciador (GTG)5 de cinco isolados.de Candida sp. 2. Figura 38 Colônias de Candida sp.3 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 39 Células de Candida sp.3 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 40 Impressão digital (PCR fingerprinting) com o iniciador (GTG)5 de três isolados.de Candida sp. 3. Figura 41 Colônias de Candida sp. 4 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 42 Célilas de Candida sp. 4 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 43 Colônias de Pichia fermentans após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 44 Células de Pichia fermentans após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 45 Colônias de Sporisorium spp. 1, em agar YM, após 5 dias de crescimento, à 20ºC Figura 46 Células de Sporisorium spp. 1, em agar YM, após 5 dias de crescimento, à 20ºC Figura 47 Colônias de Sporisorium spp. 2 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 48 Células de Sporisorium spp. 2 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 49 Colônias de Sporisorium spp. 3 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC Figura 50 Células de Sporisorium spp. 3 após 5 dias de crescimento em agar YM, à 20ºC v

9 RESUMO Esse trabalho teve como objetivo caracterizar a comunidade de leveduras que coloniza as flores de Heliconia psittacorum (Heliconiaceae). As flores foram coletadas próximas a Cachoeira da Formiga, que se localiza no Parque Estadual do Jalapão (estado do Tocantins), uma das maiores reservas do bioma Cerrado no Brasil. Vinte e cinco flores de H. psittacorum foram coletadas, sendo obtidos 229 isolados de leveduras. Os isolados foram agrupados de acordo com o perfil fisiológico e molecular. Um isolado de cada grupo foi submetido ao sequenciamento da região gênica D1/D2 do gene do rrna. As leveduras foram identificadas como pertencentes a 20 espécies, sendo nove espécies de ascomicetos e onze de basidiomicetos. O gênero mais freqüente foi Candida, com 50,64% do total de isolados, sendo Candida flosculorum a espécie com o maior número de isolados. Essa espécie parece estar intimamente relacionada com flores de Heliconia, uma vez que já foi isolada em estudos com outras duas espécies desse gênero de planta. Quatro espécies novas de leveduras foram encontradas. Candida sp. 1 pertence ao clado Wickerhamiella, sendo filogeneticamente próxima de C. drosophilae e de C. jalaponensis. Candida sp. 2 é uma espécie basal no clado Metchnikowia, sendo filogeneticamente próxima de C. saopaulonensis. Candida sp. 3 é filogeneticamente próxima de C. asparagi com a qual forma um clado juntamente com C. fructus. Candida sp. 4 pertence ao clado das Wickerhamomyces, sendo filogeneticamente próxima de Wickerhamomyces pijperi. Duas outras espécies, Cryptococcus sp. (sequencia das regiões D1/D2 e ITS do rrna idênticas a linhagem CBS 8369, número de acesso no Genbank AF444705) e Candida nymphaea (sequencia das regiões D1/D2 e ITS do rrna idênticas a llinhagem T, número de acesso no GenBank FJ537069), já foram isoladas de outras plantas, porém ainda não foram descritas. A comunidade de leveduras isolada de flores de H. psittacorum apresenta um amplo perfil fisiológico, com a assimilação de uma grande variedade de fontes de carbono e com a predominância de espécies osmotolerantes, o que pode estar relacionado com a alta concentração de açúcares nos nectários. Muitas espécies dessa comunidade de leveduras vi

10 utilizam nitrato e nitrito como única fonte de nitrogênio e poucas são capazes de fermentar glicose e crescer à 37ºC. A comunidade de leveduras associada com H. psittacorum apresentou alto índice de diversidade, com um valor muito parecido com aquele encontrado para a comunidade de leveduras de flores de H. velloziana provenientes de fragmentos de Mata Atlântica. O presente trabalho mostra que flores do bioma Cerrado podem constituir uma rica fonte de novas espécies de leveduras. Mais estudos são necessários para a melhor caracterização das comunidades que colonizam esses habitats efêmeros. vii

11 ABSTRACT This study aimed to characterize the yeast community colonizing Heliconia psittacorum (Heliconiaceae) flowers. These flowers were collected near Formiga waterfall, located at the Parque Estadual do Jalapão (state of Tocantins), one of the largest Cerrado reserves in Brazil. Twenty-five flowers of H. psittacorum were collected and 229 yeast isolates were obteinded. These isolates were grouped according to physiological and molecular profile. One isolate from each group was subjected to gene sequencing of the D1/D2 region of rrna gene. The yeasts were identified as belonging to 20 species, nine ascomycetes species and eleven basidiomycetes. The genus Candida was the most frequent, with 50.64% of total isolates and Candida flosculorum was the specie with the largest number of isolates. This specie seems to be closely related to flowers of Heliconia, as has already been isolated in studies with two other species of this plant genus. Four new species of yeasts were found. Candida sp. belongs to Wickerhamiella clade, being phylogenetically close to C. drosophilae and C. jalaponensis. Candida sp. 2 is a basal species in Metchnikowia clade and is phylogenetically close to C. saopaulonensis. Candida sp. 3 is phylogenetically close to C. asparagi and forms a clade together with C. fructus. Candida sp. 4 belongs to Wickerhamomyces clade and is phylogenetically close to Wickerhamomyces pijperi. Two other species, Cryptococcus sp. (Sequence of the D1/D2 and ITS regions of rrna identical strain CBS 8369, in Genbank access number AF444705) and "Candida nymphaea" (sequence of the D1/D2 and ITS regions of rrna identical 05-7 llinhagem-186t, GenBank access number FJ537069) have been isolated from other plants, but have not been described yet. The yeast community isolated from H. psittacorum flowers presents a comprehensive physiological profile, with the assimilation of a wide variety of carbon sources and with the predominance of osmotolerant species, which may be related to the high concentration of sugars in the nectaries. Many species of yeast community use nitrate and nitrite as sole nitrogen source and few are able to ferment glucose and grow at 37 C. The yeast community associated wi th H. psittacorum showed viii

12 high diversity index, with a very similar value to that found for the yeast community of H. velloziana flowers from Mata Atlântica fragments. This study shows that flowers of Cerrado biome can be a rich source of new yeast species. More studies are needed to better characterize the communities colonizing these ephemeral habitats. ix

13