UTILIZAÇÃO DE SNPs PARA IDENTIFICAÇÃO DE PATERNIDADE: A EXPERIÊNCIA DA DEOXI. Dr. Rodrigo Alonso Gerente Geral
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- Luiz Eduardo da Costa Melgaço
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1 UTILIZAÇÃO DE SNPs PARA IDENTIFICAÇÃO DE PATERNIDADE: A EXPERIÊNCIA DA DEOXI. Dr. Rodrigo Alonso Gerente Geral
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4 Plataforma de Genotipagem Illumina iscan SNP Chip
5 NEXT GENERATION SEQUENCING MiSeq Illumina
6 PARQUE DE EQUIPAMENTOS
7 BEADCHIPS ILLUMINA BOVINE HD 777K BOVINE SNP 50 50K BOVINE LD 8K
8 SNP CHIPS CUSTOMIZADOS BOVINOS: - GGP-HD TAURUS 150K - GGP-HD INDICUS 74K - GGP-LD (30K) - GGP-µld (7k) SUÍNOS: - GGP-HD 70K - GGP-LD 8,5K EQUINOS 70K OVINOS 12K CANINOS 15K Z-CHIP (30K) O SNPChip do Zebu - IMPUTAÇÃO - SELEÇÃO GENÔMICA - COBERTURA DE QTLs - TESTE DE PATERNIDADE - PAINEL ISAG - CONVESÃO DE SNP x STR - MARCADORES FUNCIONAIS
9 SOLUÇÃO COMPLETA EM GENÔMICA
10
11 TESTE DE DNA?
12 AMOSTRA BIOLÓGICA Sangue FTA Card Sêmen Bulbos Capilares Carne gdna IDENTIFICAÇÃO DO ANIMAL
13 EXTRAÇÃO DE DNA Extração de DNA Robotizada BioSprint / MagMax 192 amostras/período 576 amostras/dia amostras/semana amostras/mês Quantificação - NanoDrop - Qubit - Bioanalyzer
14 BIOLOGIA MOLECULAR
15 BIOLOGIA MOLECULAR PCR
16 MICROSSATÉLITES AT AT AT STR Short Tandem Repeats AT AT CA CA CA CA CCG CCG CCG CCG Alelo 3 CA CA CA Alelo 5 Alelo 7 CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA
17 TESTE DE PATERNIDADE MICROSSATÉLITES Pai Filho Mãe Detecção por eletroforese usando marcação fluorescente
18 MICROSSATÉLITES PAI MÃE FILHO
19 LABORATÓRIOS CREDENCIADOS
20 SNP SNP Single Nucleotide Polymorphism Polimorfismo de único nucleotídeo (1 base)
21 PLATAFORMAS DE GENOTIPAGEM Análise automatizada dos SNPs
22 SOFTWARES DE ANÁLISES Leitura automatizada dos SNPs em programas específicos
23 SEGREGAÇÃO MENDELIANA PAI X MÃE
24 ANÁLISE DE HERANÇA MENDELIANA
25 TIPOS DE TESTE DE PATERNIDADE POSSÍVEL PAI VERIFICAÇÃO DE PARENTESCO PARA REGISTRO GENEALÓGICO TRIO FILHO POSSÍVEL MÃE
26 TIPOS DE TESTE DE PATERNIDADE VERIFICAÇÃO DE PARENTESCO PARA PEQUENOS LOTES DE TOUROS MÚLTIPLOS
27 TIPOS DE TESTE DE PATERNIDADE VERIFICAÇÃO DE PARENTESCO PARA GRANDES LOTES DE TOUROS MÚLTIPLOS
28 TIPOS DE TESTE DE PATERNIDADE VERIFICAÇÃO DE PARENTESCO A PARTIR DO BANCO DE DADOS
29 DIFERENTES PAINÉIS DE SNPs PAINEL ISAG International Society for Animal Genetics SNPs Core Baixa MAF em Zebuínos SNPs Adicionais Média MAF em Zebuínos PAINEL DEOXI MULTI-TOUROS SNPs - Alta MAF para Zebuínos Z-Chip (30K SNPs) - Alta MAF Zebuínos GGP-HD Indicus (70K SNPs) - Alta MAF Zebuínos BovineHD (777K SNPs) - Média MAF em Zebuínos
30 TECNOLOGIAS GENOTIPAGEM SNP KASP Genotyping / LGC Sequenon / Agena iscan Illumina SNPChip MiSeq Illumina - GBS
31 TECNOLOGIAS GENOTIPAGEM SNP Real Time PCR - Diversas Marcas QuantStudio ThermoFisher Fluidigm Affymetrix GeneTitan
32 REGULAMENTAÇÃO - MAPA
33 APLICAÇÕES PRÁTICAS DOS MARCADORES SNP PARA TESTES DE PATERNIDADE
34 QUEM É O PAI??? BACANA da MN BITELO DS
35 MICROSSATÉLITES BACANA da MN BITELO DS Baixo poder de exclusão
36 Proporção (%) Z-CHIP (30K) 10,00 9,00 8,00 Proporção de IBS0 8,94 8,47 7,00 6,00 5,00 4,00 3,00 2,00 1,00 0,00 0,00 0,21 Pares testados - BITELO DS 8,94% Taxa de erro - Excluído - BACANA DA MN 0,21% Taxa de erro
37 QUEM É O PAI??? BACANA da MN BITELO DS
38 QUEM É O PAI???
39 CORRIGIR PROBLEMAS DE MANEJO 13 LOTES RM 36 TOUROS 58 BEZERROS 14 BEZERROS PAI LOCALIZADO NO LOTE RM INDICADO 14 BEZERROS PAI LOCALIZADO EM OUTRO LOTE RM 30 BEZERROS PAI NÃO LOCALIZADO 1 SERVIÇO IATF Diagnóstico de Gestação 30 Dias 2 SERVIÇO IATF Direto para repasse com touros - Não faz Diagnóstico Precoce de Gestação - Identifica Paternidade pela Data de Nascimento - Só mandou touros RM Não mandou os da IATF
40 IDENTIFICAR TOUROS COM BAIXA PRODUTIVIDADE - Rebanho de touros múltiplos - 8 touros -100 bezerros(as) - Média: 12,5 filhos/touro
41 POTENCIALIZAR A AVALIAÇÃO GENÉTICA PAI RM 52% CANDIDATOS AO CEIP 520 TOUROS PAI DNA 77% CANDIDATOS AO CEIP 770 TOUROS 250 TOUROS POR SAFRA X R$5.000,00 = R$ ,00
42 STR X SNP VANTAGENS STR Metodologia Consagrada Custo mais baixo Preço final mais baixo Material de consumo nacional Diversificação de prestadores de serviços Regulamentado pelo MAPA VANTAGENS SNP Evolução Tecnológica Maior robusticidade Menor chance de falhas Análises automatizadas Maior capacidade de processamento Possibilidade de acrescentar informações de novas características Associado com a Seleção Genômica Usado em outros países Custos diminuindo
43 ETAPAS IMPORTANTES PARA TRANSIÇÃO 1) Definição do painel de SNPs mínimo obrigatório. - Painel da ISAG? - Painel Nacional, com melhor desempenho em zebuínos? - EMBRAPA, Universidades 2) Atualização da Instrução Normativa 3) Credenciamento dos Laboratórios p/ testes de SNPs
44 Deoxi Biotecnologia Ltda Rua Duque de Caxias, 1950 CEP: Araçatuba/SP Fone: (18) Deoxi Biotecnologia Ltda Rua Duque de Caxia, 1950 CEP: Araçatuba SP Fone:
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