Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica Prática Prospecção gênica e Bioinformática

Transcrição

1 Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica Prática Prospecção gênica e Bioinformática Dr. Adilson Jayme de Oliveira Instituto Federal de Brasília Campus Planaltina adilson.oliveira@ifb.edu.br 1

2 Aula Prática Bioinformática (Individual ou Duplas) 1ª parte Acesso aos links com os exemplos sugeridos Para quem preferir a tradução do Inglês para o Português, acesse os links no Google CHROME 2ª parte Livre acesso de acordo com a área de interesse individual.

3 Ações necessárias e anotações genéticas mais frequentes Retirada Vetor Fase aberta de leitura (ORF) ( gorf/gorf.html) Sequencia bruta Consensos da expressão gênica (transcrição e tradução) ( Análise estrutural (Vlahoviček, Kristian et al. 2003) a/index.php) Comparação com seqüências depositadas ( Consenso com elementos repetitivos (transposons)

4 Ferramentas Bioinformática Ferramenta para obtenção e análise de sequências/estruturas de ácidos nucléicos e peptídeos

5 Registro e confirmação por

6 Tutoriais e Redes Sociais

7 Ferramentas Bioinformática 1) O pesquisador obteve a sequência e quer saber do que se trata.? Após a anotação (automática ou manual) as sequência são disponibilizadas nos bancos de dados.

8 blink.cgi?mode=query MGTHGTSNGTHGAIRVTGVHDTGILGGGGHTGMPGAAGMGPM ARVTAPQHKTGGILRRSSSSSSSSSSEDDGMGGCRMKGLKEKI KEKMPGGHKGNQGKATAPGAYSGMTGYTGPTSTGTTGGHGT TTTKGTHEKKRFMEKVKEKLPGQH Sequencia de Aminoácidos (Proteína)

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12 Lista de hits

13 Clique sem selecionar

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15 GenPept

16 Identical Protein

17 FASTA

18 Graphics

19 Graphics: referências RNAm

20 GenBank

21 Graphics: referências RNAm

22 Full Report LOC

23 Map Viewer LOC

24 NW_ (not localized on the chromosome)

25 Map Viewer LOC

26 NW_ (not localized on the chromosome)

27 Full Report LOC

28 Link externo => 2º exemplo

29 Voltar ao Resultado Inicial

30 Distance tree of results

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32 Multiple alignment

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34 PubMed

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38 Ferramentas Bioinformática 2) O pesquisador tem um problema biológico e quer obter o DNA de interesse. Bioativos X Produtividade X tolerância a doenças (?)?

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41 Setaria italica (foxtail millet)

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44 Beta caroteno Castasterona Brassinosteroide ABA

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48 CYTR - Citocromo c oxidase (complexo IV), sensível ao cianeto CYTR desempenha um papel importante na transferência de elétrons a partir de compostos de ricos em elétrons (nucleotídeos de piridina reduzidos, malato e succinato para sintetizar ATP e água).

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50 Tela abaixo

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53 Blast + completo

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59 Ortholog

60 Paralog

61 GFit

62 Motif

63 Align

64 N-J Tree

65 Dendogram

66 Mapa vias de biossíntese de carotenóide Soja Mandioca Arroz

67 Zetacaroteno Luteína Beta-caroteno Violaxantina Ácido Abscísico

68 Zetacaroteno Luteína B- caroteno Violaxantina Ácido Abscísico

69 KEGG - Banco de vias metabólicas

70 Violaxantina Ácido Abscísico

71 Interligação entre as vias

72 Lista das vias depositadas

73 Mapa metabólico não elaborado - busca do gene

74 Usuário x Bioinformatas Nem todos os genes estão depositados nas bases de dados: retiradas ou com patentes envolvidas) Estresse (seca, frio, calor): desencadeiam proteínas similares Estratégia: buscar as sequencias nas rotas metabólicas (metabolômicas) armazenar em bibliotecas as sequencias de interesse e comparar com outras rotas metabólicas (CLUSTALW) É importante fazer parceria com Bioinformatas para buscas mais detalhadas.

75 Outros programas

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77 Fibroblasto

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79 Prospecção gênica e Bioinformática Grato pela atenção Apresentador: Adilson Jayme-Oliveira adilson.oliveira@ifb;edu.br Orientadora: ana-maria.costa@embrapa.br - (61) Embrapa Cerrados