Avanços na Fenotipagem de Suínos. Marcos Lopes
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- Patrícia Fragoso Pinhal
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1 Avanços na Fenotipagem de Suínos Marcos Lopes
2 Estimação de Valores Genéticos Banco de dados (PigBase) Pedigree Informações fenotípicas DNA Capacidade computacional Know-how
3 Banco de dados
4 Banco de dados Dados básicos de softwares de gestão de granja Identificação do animal Localização do animal Dados de pedigree Informações sobre inseminações Dados de partos e desmame
5 Banco de dados Dados extras Peso ao nascimento individual (uniformidade) Mortalidade Ganho de peso individual (e consumo*) Qualidade de carne e carcaça Aprumos e cascos Número de tetos Defeitos congênitos Genômica 50K Candidatos à seleção de todas as linhas (núcleo centrais) Algumas granjas: animais cruzados
6 Genotipagem vs Fenotipagem
7 Genotipagem vs Fenotipagem
8 Genotipagem vs Fenotipagem
9 De onde viemos? Onde estamos? Para onde vamos?
10 Ganho genético De onde viemos? Era pré-genômica 250% 200% Esp. toucinho Tam. Leitegada Ganho de peso Conv. alimentar 150% 100% 50% 0% Ano Knol & Merks (2010)
11 De onde viemos? Fonte: Foto internet
12 Prediction accuracy Onde estamos? 35% 30% 25% +31% Era genômica +44% +37% 20% 15% 10% 5% 0% Production Reproduction TSI Maior acurácia, maior ganho genético!!
13 Para onde vamos? Buscar maximizar cada vez mais o uso de todas as ferramentas disponíveis para aumentar a eficiência produtiva
14 O futuro é: High-tech Além da busca por novos fenótipos, devemos buscar refinar os fenótipos atuais
15 Número de tetos como exemplo Lopes et al. (2014) Plos One
16 Número de tetos como exemplo ~1,000 animais ~10,000 animais Lopes et al. (2014) Plos One Lopes et al. (2017) JAS
17 Número de tetos como exemplo Mais vertebras Mais costelas Maior carcaça Mais tetos Uma das referências
18 Norsvin Delta Station Tomografia computadorizada (CT)
19 Número de tetos como exemplo Fenótipos refinados: número total de vértebras Exemplo de imagem de tomografia computadorizada
20 Número de tetos como exemplo Fenótipos refinados: número total de vértebras ~1,000 animais Effect Variance Litter 0.03 Animal 0.15 Residual 0.12 V p 0.30 h
21 Número de tetos como exemplo Fenótipos refinados: número total de vértebras
22 Número de tetos como exemplo Fenótipos refinados: número total de vértebras 100% Vg ~1,000 animais ~25% Vg ~10,000 animais
23 Seleção para maior número de tetos? Genômica e Fenótipos Refinados: Mais relevante para outras características TN70
24 Fenótipos refinados ou fenotipagem para seleção de precisão Tomografia computadorizada Jorgen Kongsro PhD em diagnósticos por imagens
25 Norsvin Delta Station Tomografia computadorizada (CT) 3500 animais/ano 1200 fotos/animal Dados altamente valiosos para o programa de melhoramento: Informações mais acuradas que método convencionais Maior herdabilidade Dados do candidato à seleção (não é necessário esperar por informações da progênie) Dados históricos
26 Norsvin Delta Station Tomografia computadorizada (CT) Calculos automáticos Peso vivo Densidade e volume de: Carne magra gordura Ossos Qualidade de carne e carcaça
27 Osteocondrose Osteochondrosis macroscopically and with Computed Tomography Longevidade
28 Pig atlas O atlas será usado como um molde para estrutura anatômica como, por exemplo, orgãos internos, ossos, lombo, etc. Suíno médio dos últimos anos : Os objetivos foram atingidos? O que é necessário melhorar?
29 Pig atlas GWAS para novos fenótipos (Ex: peso de vísceras): EM PROGRESSO
30 Fenótipos refinados Gordura Ossos Ganho de peso Carne Seleção para ganho diário de carne de alta qualidade
31 Outras tecnologias de imagem
32 Tecnologia de imagens Kinect (3D camera) Rendimento de cortes nobres - rendimento de lombo - peso de pernil, etc. Tese de mestrado
33 Tecnologia de imagens
34 Tecnologia de imagens
35 Tecnologia de imagens L0 L1 L2 L3 L4 L5 L6 A1 A2 A3
36 Tecnologia de imagens O mesmo animal em diferentes posições pode levar à resultados divergentes Precisa de mais automação
37 Tecnologia de imagens Kinect (3D camera) Vantagens Animais vivos Sem estresse para o animal Barato (CT) Desvantagem Ainda em teste Sem resultados conclusivos, embora animadores Peso pernil (r=0,84) Rendimento de lombo (r=0,70)
38 Tecnologia de imagens
39 Tecnologias de imagem Comportamento
40 Melhoramento para efeitos sociais Baixo valor genético social Menos bem-estar animal Menor crescimento Alto valor genético social Mais bem-estar animal Maior crescimento Gestação em baias coletivas
41 Comportamento Baixa Serotonina = suínos mal humorados 400 animais 14% Var. fenotípica
42 Qual a principal característica para produtores no Brasil?
43 NCIA NTAR
44 Fenotipagem para seleção de precisão Comedouros automáticos Consumo individual Eficiência alimentar - Futuro próximo: diferentes dietas de acordo com as necessidades de cada animal? - Grande volume de dados subutilizados
45 Qualidade de carne: composição de ácidos graxos para carne mais saudável Aumenta a quantidade de ácidos graxos insaturados Van Son et al. (2017) BMC Genomics
46 Qualidade de carne: composição de ácidos gráxos para carne mais saudável Genômica: não está livre de erros Build 11 Van Son et al. (2017) BMC Genomics
47 Alelos letais (missing homozygous) número de leitões mumificados Haplótipo, SSC18 Leitegadas de um cruzamento AB x AA ou AA x AA apresentam em média 3 nascidos vivos a mais e 2 mumificados a menos que Leitegadas de um cruzamento AB x AB Derks et al. (2017) - Submitted
48 Fenotipagem para seleção de precisão Novas técnicas de fenotipagem: redefinir os fenótipos Onde estamos? ganho de peso diário (carne + gordura + ossos) Para onde vamos? Ganho diário de carne de alta qualidade
49 Fenotipagem para seleção de precisão Novas técnicas de fenotipagem: novas possibiliddaes, mas algumas características tradicionais continuarão sendo de grande importância a eficiência produtiva Onde estamos? nr. de leitões desmamados/porca/ano, eficiência alimentar Para onde vamos? nr. de leitões desmamados/porca/ano, eficiência alimentar
50 O futuro (e o presente) do programa de genética de suínos é high-tech : Ferramentas Genômicas Porém, também será necessário um modelo de trabalho que cada vez mais fortaleça nosso relacionamento com os nossos parceiros: Produtores Frigoríficos Fenótipos acurados
51 Populações cruzadas Onde estamos Sire line Dam line 1 Dam line 2 GxE Heterose Para onde vamos Commercial sow Finishers 1) CCPS 2) Genotipagem e Fenotipagem em granjas comerciais
52 Populações cruzadas Coleta de dados no ambiente onde os genes serão expressados Coleta de fenótipos que não são coletados nas granjas núcleo (dados de carcaça no frigorífico) O melhor macho na Holanda pode não ser o melhor macho no Brasil (interação genótipo x ambiente)
53 Brazilians and crossbreeding
54 Populações cruzadas
55
56 Ganho genético De onde viemos? Era pré-genômica 250% 200% Esp. toucinho Tam. Leitegada Ganho de peso Conv. alimentar 150% 100% 50% 0% Ano Knol & Merks (2010)
57 Prediction accuracy Onde estamos? 35% 30% 25% +31% +44% +37% 20% 15% 10% 5% 0% Production Reproduction TSI Maior acurácia, maior ganho genético!!
58 Para onde vamos? progresso genético produtividade
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