Capítulo VALTER T. MOTTA BIOQUÍMICA BÁSICA. Enzimas

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1 Capítulo 3 VALTER T. MOTTA BIOQUÍMICA BÁSICA Enzimas

2 3 Enzimas Objetivos 1. Compreender a sistematização da nomenclatura enzimática. 2. Descrever as classes enzimáticas: hidrolase, transferase, isomerase, liase, ligase e oxirredutase. 3. Descrever a função de coenzimas e co-fatores na biocatálise. 4. Conceituar energia livre de ativação e correlacionar com a atividade enzimática. 5. Conceituar sítio ativo de uma enzima e correlacionar com atividade enzimática. 6. Conceituar número de renovação (turnover) e reconhecer sua significação biológica. 7. Conceituar especificidade enzimática e reconhecer sua significação biológica. 8. Descrever o efeito da temperatura e ph sobre a velocidade da reação enzimática. 9. Descrever o efeito da variação da concentração do substrato na velocidade da reação enzimática e indicar o significado do Km. 10. Descrever as semelhanças e diferenças entre inibição enzimática competitiva, não-competitiva e incompetitiva ao nível de sítio ativo. 11. Descrever a regulação alostérica e seus efeitos. 12. Reconhecer que o caráter sigmoidal da curva de substrato de uma proteína alostérica, depende da interação entre as subunidades e é modificado pela interação da proteína com o efetor. A vida depende de uma bem orquestrada série de reações químicas. Muitas delas, entretanto, ocorrem muito lentamente para manter os processos vitais. Para resolver esse problema, a natureza planejou um modo de acelerar a velocidade das reações químicas por meio da catálise. As ações catalíticas são executadas por enzimas que facilitam os processos vitais em todas as suas formas, desde os vírus até os mamíferos superiores. 69

3 70 MOTTA Bioquímica Quadro 3.1 Natureza química das enzimas A palavra enzima foi introduzida por Kuhne em 1878 para designar a ocorrência no levedo de algo responsável pela sua atividade fermentativa. Berzelius, 50 anos antes, tinha reconhecido a presença de fermentos de ocorrência natural que promoviam reações químicas e antecipou o conceito de catalisadores biológicos. Berzelius classificou os fermentos em organizados e não-organizados com base na presença ou ausência de microorganismos intactos. Kuhne aplicou a palavra enzima aos fermentos derivados de extratos de levedos, i.e. fermentos não-organizados. Em 1897, Büchner preparou um filtrado de extratos de levedo que foi o primeiro extrato enzimático removido de células vivas que pode catalisar a fermentação. A natureza química das enzimas permaneceu controversa. Em 1926, Sumner cristalizou a urease a partir de extratos de feijão, no entanto, a preparação tinha pequena atividade catalítica e outros investigadores atribuíram o efeito catalítico a contaminantes e não à proteína. Willstätter, por outro lado, prurificou a peroxidase com elevada capacidade catalítica e ausência de outras proteínas. No início dos anos 30, Northrop e cols. cristalizaram a pepsina e a tripsina demonstrando definitivamente que as enzimas eram proteínas. As enzimas são proteínas com a função específica de acelerar reações químicas que ocorrem sob condições termodinâmicas não favoráveis. Elas aceleram consideravelmente a velocidade das reações químicas químicas em sistemas biológicos quando comparadas com as reações correspondentes não catalisadas. Para ser classificada como enzima, uma proteína deve: Apresentar extraordinária eficiência catalítica. Demonstrar alto grau de especificidade em relação a seus substratos (reagentes) e aos seus produtos. Acelerar a velocidade das reações em 10 6 a vezes mais do que as reações correspondentes não-catalisadas. Não ser consumida ou alterada ao participar da catálise. Não alterar o equilíbrio químico das reações. Ter sua atividade regulada geneticamente ou pelas condições metabólicas. Tabela 3.1 Velocidade de reações não catalisadas e catalisadas por enzimas Enzima Não catalisada (s 1 ) Catalisada (s 1 ) Aumento da velocidade Anidrase carbônica 1,3 x ,7 x 10 6 Adenosina deaminase 1,8 x ,1 x Nuclease estafilocócica 1,7 x ,6 x Triose fosfato isomerase 4,3 x ,0 x 10 9 Quimiotripsina 1,0 x ,7 x Orotidina descarboxilase 2,8 x ,4 x 10 17

4 3 Enzimas 71 s -1 = unidade da constante de velocidade de reação de primeira ordem Quadro 3.2 Uso industrial das enzimas A indústria biotecnológica produz várias enzimas para diferentes usos. O uso de proteases em detergentes melhora a remoção de manchas de origem biológica, como o sangue e molhos. O termo biológico empregado nas embalagens de sabão em pó reflete a presença de proteases. As proteases são também utilizadas em restaurantes para amaciar a carne, por cervejeiros para eliminar a turvação nas cervejas, por padeiros para melhorar a textura do pão e em indústrias de luvas para amaciar o couro. Outras enzimas também apresentam uso industrial. Por exemplo, a lipase é adiconada a líquidos detergentes para degradar graxas (lipídeos) e em alguns queijos para desenvolver aroma. A pectinase é usada na indústria de geléias para promover a máxima extração de líquido das frutas. As amilases são empregadas para degradar o amido em certos removedores de papel de parede para facilitar a sua retirada.definitivamente que as enzimas eram proteínas. As proteínas não são únicas substâncias com propriedades catalíticas nos sistemas biológicos. Alguns RNA, denominados ribozimas, também executam essa função. A reação catalisada por enzima pode ser esquematizada como segue: Enzima (E) Substrato (S) Produto (P) A molécula sobre a qual a enzima atua é o substrato (S) que se transforma em produto (P) da reação. Na ausência de enzima pouco produto (ou nenhum) é formado, mas em presença da mesma, a reação se processa em alta velocidade. Como a maioria das reações é reversível, os produtos da reação numa direção tornam-se substratos para a reação inversa. As enzimas são os catalisadores mais específicos que se conhece, tanto para o substrato como para o tipo de reação efetuada sobre o substrato. A especificidade inerente da enzima, reside em uma cavidade ou fenda de ligação do substrato, que está situada na superfície da proteína enzimática. A cavidade, denominada sítio ativo, é um arranjo de grupos presentes em cadeias laterais de certos aminoácidos que ligam o substrato por ligações não-covalentes. Muitas vezes, os resíduos de aminoácidos que formam o sítio ativo ficam em regiões distantes, na seqüência primária, mas próximos no sítio ativo, pelo enovelamento de cadeia polipeptídica (estrutura terciária). Algumas enzimas têm outra região na molécula, o sítio alostérico, afastada do sítio ativo. No sítio alostérico moléculas pequenas específicas se ligam e causam alterações na conformação protéica que afetam o sítio ativo, aumentando ou reduzindo a atividade enzimática. A maioria das enzimas necessitam de moléculas orgânicas ou inorgânicas pequenas, essenciais à sua atividade e denominadas coenzimas e co-fatores.

5 72 MOTTA Bioquímica 3.1 Classificação das enzimas Com a descoberta de grande número de enzimas, houve a necessidade de sistematização da nomenclatura. A União Internacional de Bioquímica e Biologia Molecular (IUBMB) adotou um sistema racional e prático de nomenclatura identificando as enzimas em seis classes, de acordo com a natureza da reação química que catalisam. Para cada enzima, são atribuídos dois nomes e um número de classificação de quatro dígitos que identificam as classes, as subclasses e as sub-subclasses. Na classificação internacional sistemática, as enzimas são divididas em seis grupos de acordo com o tipo de reação catalisada (Tabela 3.1). Tabela 3.1 Classificação das enzimas Classe da enzima Oxidorredutases Transferases Hidrolases Liases Isomerases Ligases Tipo de reação catalisada Reações de oxidação redução Transferência de grupos funcionais Reações de hidrólise Remoção de grupos para formar ligações duplas Isomerização Formação de ligações entre duas moléculas Por exemplo, a enzima glicose 6 fosfatase (nome trivial), tem como nome sistemático D-Glicose 6 fosfato fosfohidrolase e número de classificação EC Os números representam a classe (3, hidrolase), subclasse (1, atua sobre ligações éster), sub subclasse (3, fosforil monoéster hidrolase) e seu número de série dentro da subsubclasse (9). A sigla EC é a abreviatura de Enzyme Comission). Muitas enzimas de uso rotineiro são designadas pelo nome alternativo ou trivial. Por exemplo, algumas são denominadas pela incorporação do sufixo ase ao nome do substrato sobre os quais elas atuam; por exemplo, a enzima que hidrolisa a uréia é denominada urease; o amido, a amilase; ésteres do fosfato, as fosfatases. Outras são designadas pelo tipo de ação catalítica que realizam, tais como, anidrase carbônica; D amino oxidase; lactato desidrogenase. Algumas levam nomes vulgares como a tripsina, pepsina, emulsina, etc.

6 3 Enzimas 73 Quadro 3.3 Enzimas usadas como agentes terapêuticos Algumas enzimas são empregadas como agentes terapêuticos no tratamento de diferentes doenças. As proteases, amilases e lípases são usadas para auxiliar a digestão. A asparaginase é usada no tratamento da leucemia linfocítica aguda. As células normais são capazes de sintetizar asparagina enquanto certas células tumorais, inclusive as leucêmicas, não produzem o derivado do aminoácido. A administração intravenosa de asparaginase reduz o nível plasmático de asparagina e, assim, diminui o desenvolvimento de células leucêmicas. A desoxiribonuclease (DNase) é útil no tratamento da fibrose cística. A principal característica da fibrose cística são as infeções respiratórias recorrentes, particularmente devido a Pseudomonas aeroginosa, o que resulta em grandes quantidades de DNA proveniente das bactérias destruídas e morte das células fagocíticas do sistema imune. O DNA contribui para a viscosidade do muco que provoca sintomas aflitivos. A DNase é usada para degradar o DNA e diluir o muco. A estreptocinase é empregada na remoção de coágulos sangüíneos no infarto do miocárdio e nas extremidades dos membros inferiores. Ativa a transformação da proenzima fibrinolítica plasminogênio à plasmina, uma enzima que quebra a fibrina insolúvel do coágulo sangüíneo. 3.2 Co-fatores metálicos e coenzimas Algumas enzimas são proteínas simples consistindo inteiramente de cadeias polipeptídicas, como as enzimas hidrolíticas pepsina, tripsina, lisozima e ribonuclease. Entretanto, a maioria das enzimas somente exercem sua atividade catalítica em associação com co fatores metálicos e coenzimas. 1. Co-fatores metálicos. Os metais importantes nos organismos vivos são classificados em dois grupos: metais de transição (exemplo, Fe 2+, Zn 2+ e Cu 2+ ) e metais alcalinos e alcalinos terrosos (exemplo, Na +, K +, Mg 2+ e Ca 2+ ). Devido a sua estrutura eletrônica, os metais de transição estão freqüentemente envolvidos na catálise. Várias propriedades dos metais de transição os tornam essenciais para a catálise. Os íons metálicos apresentam um grande número de cargas positivas especialmente úteis na ligação de pequenas moléculas. Os metais de transição atuam como ácidos de Lewis (aceptores de pares eletrônicos), e são eletrófilos efetivos. Como suas valências permitem interagirem com dois ou mais ligantes, os íons metálicos participam na orientação apropriada do substrato para a reação. Como conseqüência, o complexo substrato-íon metálico polariza o substrato e promove a catálise. Exemplo, quando o Zn 2+, co fator da anidrase carbônica, polariza uma molécula de água, forma-se um grupo OH ligado ao Zn 2+ (função de ácido de Lewis do zinco). O grupo OH ataca nucleofilicamente o CO 2, convertendo-o em HCO 3 -. Finalmente, como os metais de transição têm dois ou mais estados de oxidação, eles podem mediar reações de oxidação redução. Por exemplo, a oxidação reversível do Fe 2+ para formar Fe 3+ é importante na função do citocromo P 450, uma enzima microssomal que processa substâncias tóxicas.

7 74 MOTTA Bioquímica Quadro 3.1 Algumas coenzimas, as reações que promovem e as vitaminas precursoras Coenzima Reação Fonte vitamínica Biocitina Carboxilação Biotina Coenzima A Transferência de grupos acila Ácido pantotênico Cobalamina Alquilação Cobalamina (B 12 ) Flavina Oxidação redução Riboflavina (B 2 ) Ácido lipóico Transferência de grupo acila - Nicotinamida Oxidação redução Nicotinamida (niacina) Fosfato de piridoxal Transferência de grupo amino Piridoxina (B 6 ) Tetraidrofolato Transferência de grupos de Ácido fólico 1 carbono Pirofosfato de tiamina Transferência de grupo aldeído Tiamina (B 1) Retinal Visão, crescimento e reprodução Vitamina A 1, 25-diidroxicolecalciferol Metabolismo do cálcio e fósforo Vitamina D 2. Coenzimas. São moléculas orgânicas pequenas, frequentemente derivadas de vitaminas. Existem também certos nutrientes análogos às vitaminas (exemplo, ácido lipóico e ácido p aminobenzóico) que são sintetizados em pequenas quantidades e que facilitam os processos catalisados por enzimas. Na Tabela 3.1 são listadas as coenzimas, as reações que elas participam e as fontes vitamínicas que dão origem as coenzimas. A enzima é cataliticamente ativa quando forma um complexo denominado holoenzima. O componente protéico do complexo é designado de apoenzima. Holoenzima (ativa) co fator + apoenzima (inativa) Quadro 3.2 Coenzimas/co-fatores metálicos e enzimas Coenzimas e co-fatores Coenzima Pirofosfato de tiamina (TTP) Flavina adenina dinucleotídeo (FAD) Nicotinamida adenina dinucleotídeo (NAD) Piridoxal fosfato Coenzima A (CoA) Biotina Tetraidrofolato Co-fator metálico Zn 2+ Zn 2+ Mg 2+ Enzima Piruvato desidrogenase Monoaminooxidase Lactato desidrogenase Glicogênio fosforilase Acetil CoA carboxilase Piruvato carboxilase Timidilate sintase Anidrase carbônica Carboxipeptidase Hexocinase

8 3 Enzimas 75 Ni 2+ Mo Se Mn 2+ K + Uréase Nitrato redutase Glutationa peroxidase Superóxido dismutase Propionil CoA carboxilase 3.3 Reações catalisadas por enzimas Para reagir, as moléculas presentes em uma solução devem colidir com orientação apropriada e com a quantidade de energia que lhes permitam formar o complexo ativado, denominado estado de transição que representa os reagentes em seu estado ativado. Para atingir o estado de transição, necessita-se de uma quantidade de energia definida como energia de ativação (E a ) ou mais comum em bioquímica energia livre de ativação, G (o símbolo ( ) indica o processo de ativação). Sob condições fisiológicas, a velocidade das reações pode ser aumentada pela redução da energia livre de ativação conseguida pela ação de enzimas. A comparação do perfil energético das reações catalisadas e nãocatalisadas é mostrada na Figura 3.1 para a reação: A + B C + D No gráfico, o estado de transição corresponde ao ponto de mais alta energia da reação não-catalisada e é a medida da energia livre de ativação, G. Ou ainda, G é a energia livre do estado de transição subtraída da energia livre dos reagentes. No complexo ativado (estado de transição do sistema), os reagentes estão em forma intermediária de alta energia e não podem ser identificados nem como reagentes nem como produtos. O complexo do estado de transição pode ser decomposto em produtos ou voltar aos reagentes.

9 Energia do sistema 76 MOTTA Bioquímica Estado de transição Não-catalisada = AG Em ausência de enzima Catalisada Reagentes A, B (Estado inicial) AG = AGº Produtos C, D (Estado final) Progresso da reação Figura 3.1 Diagrama energético de reação catalisada e de reação não-catalisada. G = energia livre de ativação, G 0 = variação de energia livre. A diferença entre os valores da energia de ativação de uma reação catalisada e de uma reação não-catalisada, indica a eficiência do catalisador. A velocidade de uma reação é inversamente proporcional ao valor de sua energia livre de ativação. Quanto maior o valor de G, menor será a velocidade da reação. Os catalisadores aumentam a velocidade da reação reduzindo a energia livre de ativação. A velocidade de uma reação pode aumentar na ordem de 10 6 a vezes mais do que a reação correspondente não-catalisada. Três propriedades distintas das enzimas permitem que elas exerçam papel central na promoção e regulação dos processos celulares, caracterizando-as como componentes vitais aos sistemas vivos: Elevada especificidade da reação. Como regra geral, cada reação sob condições apropriadas é catalisada por uma enzima específica. Diante de várias rotas potencialmente possíveis, a enzima escolhe a com menor energia livre de ativação. Condições reacionais mais brandas. A atividade de cada enzima é dependente do ph, da temperatura, da presença de vários cofatores e das concentrações de substratos e produtos. Capacidade de regulação da concentração e da atividade. Permite o ajuste fino do metabolismo em diferentes condições fisiológicas.

10 3 Enzimas Sítio ativo catalítico Sítio ativo é a região na superfície da enzima onde ocorre a catálise. O substrato liga-se ao sítio ativo por ligações não covalentes (interações eletrostáticas, pontes de hidrogênio, interações de van der Waals e interações hidrofóbicas). Os grupos que participam das ligações são: a carboxila do ácido glutâmico ou do ácido aspártico, o grupo ε-amino da lisina, o imidazol da histidina, a hidroxila da serina, etc. Somente uma pequena porção do substrato onde ocorre transformação está ligada à enzima. Isso não implica, entretanto, que os aminoácidos no sítio ativo estejam um ao lado do outro na estrutura primária da proteína. Em conseqüência das dobras e enovelamento da enzima (estrutura secundária e terciária), certos resíduos de aminoácidos podem estar distantes um do outro na seqüência primária, ainda que juntos no sítio ativo da proteína completa. A especificidade da ligação enzima-substrato depende do arranjo precisamente definido de átomos no sítio ativo. Uma das explicações para a elevada especificidade das enzimas é que suas estruturas tridimensionais permitem um perfeito encaixe com o substrato. Dois modelos foram propostos para explicar a especificidade enzimática, o modelo chave-fechadura e o modelo do encaixe induzido. 1. Modelo chave fechadura. Muitas enzimas contêm fendas com dimensões fixas que permitem a inserção somente de compostos com uma dada configuração. O substrato se ajusta a esse sítio de ligação como uma chave se ajusta à sua fechadura. Substâncias que não se encaixam na fenda para formar o complexo enzima substrato (ES), não reagem, mesmo possuindo grupos funcionais idênticos ao do substrato verdadeiro. Esse conceito é chamado modelo chave fechadura proposto por Fisher em E + S ES (ES - EP) E + P Figura 3.2 Modelo chave-fechadura. A interação entre a enzima (com estrutura rígida) e seu substrato. 2. Modelo do encaixe induzido. Um modelo mais flexível de interação enzima-substrato é o encaixe induzido (induced fit) proposto por Koshland em Os sítios ativos dessas enzimas não estão completamente pré-formados e a interação inicial do substrato com a enzima induz uma alteração conformacional na enzima. Isso promove o reposicionamento dos aminoácidos catalíticos para formar

11 78 MOTTA Bioquímica o sítio ativo e a estrutura correta para interagir com os grupos funcionais do substrato (Figura 3.3). + E + S ES Figura 3.3 Modelo do encaixe induzido. A ligação inicial do substrato à enzima induz uma mudança conformacional na enzima produzindo um melhor encaixe. 3.5 Mecanismos catalíticos As reações químicas envolvidas na transformação dos substratos variam com os mecanismos de ação das enzimas. Os principais tipos de mecanismos catalíticos que as enzimas utilizam são: (1) efeitos de proximidade e orientação, (2) catálise eletrostática, (3) catálise ácidobásica e (4) catálise covalente. 1. Efeitos de proximidade e orientação. Os substratos se aproximam dos grupos funcionais catalíticos da enzima em uma orientação espacial apropriada para que a reação possa ocorrer. Após o correto posicionamento do substrato, uma modificação na conformação da enzima resulta em um complexo enzima substrato orientado. Essa orientação leva o complexo enzima substrato ao estado de transição. 2. Catálise por íons metálicos. A força das interações eletrostáticas está relacionada com a capacidade das moléculas solventes vizinhas em reduzir os efeitos de atração entre os grupos químicos. Como a água é excluída do sítio ativo quando o substrato se liga, a constante dielétrica local é muitas vezes baixa. A distribuição de cargas nos sítios ativos das enzimas pode influenciar a reatividade química do substrato. Uma ligação mais eficiente do substrato reduz a energia livre do estado de transição, que acelera a reação. 3. Catálise ácido-básica geral. Os grupos químicos podem se tornar mais reativos pela adição ou remoção de prótons. Os sítios ativos das enzimas contêm cadeias laterais que podem atuar como doadores ou receptores de prótons. Esses grupos são denominados ácidos gerais ou bases gerais. Por exemplo, a cadeia lateral da histidina (grupo imidazol) muitas vezes atua como catalisador ácido e/ou básico em concerto porque tem pk a na faixa de ph fisiológico. 4. Catálise covalente. Acelera a velocidade da reação pela formação de uma ligação covalente transitória entre a enzima e o substrato. Um grupo nucleofílico da cadeia lateral do catalisador

12 3 Enzimas 79 forma uma ligação covalente instável com um grupo eletrofílico do substrato. O complexo enzima substrato então forma o produto. A. Mecanismo de ação da lisozima O mecanismo de ação da lisozima emprega tanto a distorção da cadeia polissacarídica como a catálise ácido-básica geral. A lisozima é uma enzima com cadeia polipeptídica única com 129 resíduos de aminoácidos. A lisozima, uma glicosidase, destrói as paredes das células bacterianas ao hidrolisar a ligação glicosídica entre o N acetilmuramato e N acetilglicosamina. A molécula da lisozima tem uma fenda, à qual os substratos se ligam por ligações pontes de hidrogênio e forças de van der Waals. O mecanismo catalítico da lisozima envolve o ácido glutâmico 35, na sua forma não-carregada, que atua como catalisador ácido para clivar o substrato polissacarídico pela doação de um H + ao oxigênio da ponte entre os anéis D e E. O C 1 do anel D fica, então, com carga positiva O íon axônio resultante carregado positivamente e planar, é eletrostaticamente estabilizado pelo aspartato 52 na sua forma de carboxilato. A reação é facilitada pela distorção do resíduo D na conformação planar de meia-cadeira, o que permite que a carga positiva seja compartilhada entre o C-1 e o átomo de oxigênio do anel. Figura 3.4 Estrutura da lisozima.

13 80 MOTTA Bioquímica B. Mecanismo de ação das serino proteases As enzimas serino proteases empregam a catálise ácido básica geral e a catálise covalente para a sua ação. As serino proteases são um grupo de enzimas proteolíticas que incluem a quimotripsina, tripsina, elastase, trombina, plasmina, e são assim chamadas por utilizar um único resíduo serina ativada no sítio ativo. As serino proteases utilizam o grupo CH 2 OH da serina como um nucleofílico para hidrolisar cataliticamente ligações peptídicas. Formam um intermediário covalente acil enzima, no qual o grupo carboxila do substrato é esterificado com a hidroxila da serina 195 (catálise covalente). O caráter nucleófilo da OH é bastante acentuado pela histidina 57, que recebe um próton da serina (catálise ácido-básica geral). A histidina resultante com carga positiva é estabilizada pela interação eletrostática com a carga negativa do aspartato 102. A segunda etapa, o intermediário acil enzima é deacilado pelo reverso das etapas anteriores. Outras serino-proteases existem na forma precursora inativa, denominadas zimogênios, que são ativadas por clivagem catalítica de uma ligação poliptídica específica por outras serino-proteases. A atividade das proteases é limitada por inibidores sintetizados pelo pâncreas e fígado. Por exemplo, se enzimas pancreáticas forem prematuramente ativadas ou liberadas do pâncreas após um trauma, elas são rapidamente inativadas por inibidores da protease. Os inibidores passam por substratos da protease, mas não são completamente hidrolizados. O desequilíbrio entre a atividade das proteases e a atividade de inibidores da protease pode provocar doenças, por exemplo, enfisema. 3.6 Fatores que influenciam a atividade enzimática Vários fatores influenciam a atividade enzimática, incluindo a temperatura, ph, concentração do substrato, tempo e produto da reação. A. Temperatura As reações químicas são afetadas pela temperatura. Quanto maior a temperatura, maior a velocidade da reação. A velocidade aumenta porque mais moléculas adquirem energia suficiente para atingir o estado de transição. Em reações catalisadas por enzimas, a velocidade é acelerada pelo aumento da temperatura até atingir uma temperatura ótima na qual a enzima opera com a máxima eficiência. Como as enzimas são proteínas, os valores de temperatura ótima situam-se entre 40 e 45 C e dependem do ph e da força iônica. Acima dessa temperatura, a atividade das enzimas declina adruptamente por desnaturação protéica. Sob condições de hipotermia, a atividade enzimática é deprimida. As relações acima descritas são mostradas na Figura 3.5.

14 Velocidade 3 Enzimas 81 Temperatura em ºC Figura 3.5 Efeito da temperatura sobre a velocidade de uma reação catalisada por enzima. B. ph A concentração de íons hidrogênio afeta as enzimas de vários modos. Primeiro, a atividade catalítica das enzimas está relacionada à ionização de aminoácidos no do sítio ativo.. Por exemplo, a atividade catalítica de certas enzimas necessita a forma protonada da cadeia lateral do grupo amino. Se o ph torna-se suficientemente alcalino de tal modo que o grupo perde seu próton, a atividade da enzima pode ser reduzida. Além disso, os substratos podem também serem afetados. Se um substrato contém um grupo ionizável, as mudanças no ph afetam a capacidade de ligação ao sítio ativo. Segundo, alterações nos grupos ionizáveis podem modificar a estrutura terciária das enzimas. Mudanças drásticas no ph promovem a desnaturação de muitas enzimas. Apesar de algumas enzimas tolerar grandes mudanças no ph, a maioria delas são ativas somente em intervalos muitos estreitos. Por essa razão, os organismos vivos empregam tampões que regulam o ph. O valor do ph no qual a atividade da enzima é máxima é chamado ph ótimo. O ph ótimo das enzimas varia consideravelmente. Por exemplo, o ph ótimo da pepsina, enzima proteolítica produzida no estômago é, aproximadamente, 2. Para a quimotripsina, que digere as proteínas no intestino delgado, o ph ótimo é, aproximadamente, 8. O efeito do ph sobre a atividade das enzimas é esquematizado na Figura 3.6.

15 Velocidade 82 MOTTA Bioquímica ph Figura 3.6 Atividade enzimática versus ph (considerando-se os outros fatores constantes) C. Concentração da enzima A velocidade máxima da reação é uma função da quantidade de enzima disponível, aquela aumenta proporcionalmente pela introdução de mais enzima ao sistema. Assim, a velocidade inicial da reação enzimática é diretamente proporcional à concentração de enzima (existindo substrato em excesso) (Figura 3.7). Velocidade inicial ν0 Concentração de enzima Figura 3.7 Efeito da concentração da enzima sobre a velocidade inicial (v 0). A concentração do substrato está acima da necessária para atingir a velocidade máxima. D. Concentração do substrato Para atender as necessidades do organismo, as reações bioquímicas devem ocorrer em velocidade compatível. A velocidade de uma reação bioquímica é expressa em termos de formação de produto ou pelo consumo do reagente por unidade de tempo. Ao considerar uma reação unimolecular (que envolve um único reagente): A P

16 3 Enzimas 83 O progresso da reação é descrita pela equação da velocidade na qual a velocidade é expressa em termos da constante de velocidade (k) e a concentração do reagente [A]: [ A] Velocidade = υ = = k t onde [A] = concentração do substrato, t = tempo e k = constante de proporcionalidade designada constante de velocidade (sua unidade é o recíproco do tempo, s 1 ) que depende das condições da reação (temperatura, ph e força iônica). O sinal negativo para as variações da [A] indica que A está sendo consumido na reação. A equação mostra que a velocidade da reação é diretamente proporcional a concentração do reagente A. O processo exibe cinética de primeira ordem (Figura 3.8). Quando a adição de mais reagente não aumenta a velocidade, a reação exibe cinética de ordem zero (Figura 3.8). A expressão da velocidade para a reação A P é Velocidade = k[a] 0 = k A velocidade é constante porque não depende da concentração dos reagentes, mas de outros fatores. A quantidade de reagente é o suficiente grande para saturar todos os sítios catalíticos das moléculas enzimáticas. Assim, o reagente só existe na forma de complexos enzima substrato (ES). Como a curva velocidade-substrato é hiperbólica, a fase de ordem zero atinge uma velocidade máxima, V max. [ A] Velocidade inicial ν0 Cinética de primeira ordem Cinética de ordem zero Concentração de substrato [S] Figura 3.8 Efeito da concentração do substrato sobre a velocidade inicial (ν 0 ) em reações catalisadas por enzimas. Uma reação bimolecular ou de segunda ordem pode ser escrita: A + B C Sua equação de velocidade é

17 84 MOTTA Bioquímica [ A] [ B] Velocidade = = = k t t [ A][ B] O k é a constante de velocidade de segunda ordem e tem como unidade M 1 s 1. A velocidade de uma reação de segunda ordem é proporcional ao produto da concentração dos dois reagentes ([A][B]). 3.7 Cinética enzimática O estudo da velocidade das reações enzimáticas ou cinética enzimática, envolve informações indiretas sobre o mecanismo de ação catalítica, especificidade das enzimas, alguns fatores que afetam a velocidade das reações e a determinação quantitativa de seus efeitos. Apesar de catalisarem uma grande variedade de reações por diferentes mecanismos, as enzimas podem ser analisadas quanto as suas velocidades para quantificar as suas eficiências. Quando o substrato S liga o sítio ativo de uma enzima E, um complexo enzima substrato (ES) é formado em processo rápido e reversível antes da formação do produto. Após um breve tempo, o produto se dissocia da enzima conforme a equação: E + S ES P onde k 1 = constante de velocidade para a formação do complexo ES k 2 = constante de velocidade para a dissociação de ES em P k 3 = constante de velocidade para a formação de produto e liberação do sítio ativo. A relação quantitativa entre a velocidade de reação enzimática e a concentração do substrato é definida pela equação de Michaelis Menten (Leonor Michaelis e Maud Menten em 1913). No desenvolvimento da equação deve-se supor que (1) o k 2 é negligenciável quando comparado com k 1 e (2) a velocidade de formação de ES é igual a velocidade de sua degradação não sofrendo alterações durante a medida da velocidade (postulado do estado estacionário): P Velocidade = = k3[es] t Para ter utilidade, a velocidade de uma reação deve ser definida em termos de [S] e [E]. A velocidade de formação de ES é igual a k 1 [E][S], enquanto a velocidade de dissociação de ES é igual a (k 2 + k 3 )[ES]. O postulado do estado estacionário iguala as duas velocidades: K 1 [E][S] = (k 2 + k 3 )[ES] [ ES] = [ E] [ S] ( k2 + k3) k1 Michaelis e Menten introduziram uma nova constante, K m

18 3 Enzimas 85 K m k2 + k3 = k assim, a expressão de velocidade pode ser obtida após manipulação algébrica adequada: ν o V = K max Essa é a equação de Michalis Menten que relaciona a velocidade inicial (ν o, mudança na concentração de reagente ou produto durante os primeiros poucos segundos da reação) de uma reação catalisada por enzima com a concentração do substrato. As duas constantes nessa equação, a velocidade máxima (V max, velocidade atingida sob condições de saturação da enzima em condições específicas de temperatura, ph e força iônica) e K m são específicas para cada enzima sob condições específicadas de ph e temperatura. Para aquelas, onde k 3 <<k 2, a K m torna-se a recíproca da constante de ligação enzima-substrato: K m = 1 K a e a V max reflete a fase catalítica do mecanismo enzimático conforme sugere a equação 3.1. Em outras palavras, nesse modelo simples da atividade da enzima distingue-se duas fases: inicialmente a ligação do substrato seguida pela modificação química do mesmo. Se for permitido à velocidade inicial de reação, ν 0, ser igual a metade da velocidade máxima (v 0 = ½ V max ) na equação 3.3, o K m será igual a [S]: 1 2 max Dividindo por V max, obtém-se V 1 2 m = K V 1 + = Km + max m [] S [] S + [] S [] S [ S] [] S Reorganizando a equação: K m + [S] = 2[S] K m = [S] O valor do K m (constante de Michaelis) é numericamente igual à concentração do substrato (mol/l) na qual a velocidade inicial da reação corresponde à metade da velocidade máxima. Ou seja, na concentração de substrato em que [S] = K m, a equação de Michaelis Menten torna-se ν 0 = V max /2. A concentração da enzima não afeta o K m.

19 86 MOTTA Bioquímica Velocidade inicial ν0 Concentração de substrato [S] Figura 3.9 Determinação do K m pelo gráfico de velocidade inicial (v 0) versus concentração do substrato, [S]. O K m é a concentração do substrato (mol por litro) na qual a velocidade inicial da reação é metade da velocidade máxima. Valores pequenos de K m refletem afinidade elevada da enzima pelo substrato e, portanto, atingirá a máxima eficiência catalítica em baixas concentrações de substrato. Valores grandes de K m refletem baixa afinidade da enzima pelo substrato. Tabela 3.2 Valores do K m para algumas enzimas Enzima Substrato K m (µm) Anidrase carbônica CO Arginina trna sintetase Arginina trna ATP 3 0,4 300 β Galactotidase Lactose Lisozima Hexa N acetilglicosamina 6 Penicilase Benzilpenicilina 50 Piruvato carboxilase Piruvato - HCO 3 ATP Quimiotripsina Acetil 1 triptofanamida Treonina desaminase Treonina A. Constante catalítica (k cat ) As enzimas nas células e fluídos do corpo normalmente não atuam em concentrações saturadas de substrato. Para avaliar a eficiência catalítica de uma enzima, define-se a constante catalítica, k cat também conhecida como número de reciclagem (turnover number):

20 3 Enzimas 87 k = cat V max [ E] total k cat representa o número de moléculas de substrato convertidos em produto por segundo por molécula de enzima (ou por mol de sítio ativo nas enzimas oligoméricas) sob condições de saturação. Em outras palavras, o K cat indica o número máximo de moléculas convertidas em produto por segundo por cada sítio ativo. [E] total = concentração total da enzima. Tabela 3.3 Constantes catalíticas de algumas enzimas Enzima K cat (s 1 ) Nuclease estafilicócica 95 Citidina deaminase 299 Triose fosfato isomerase Ciclofilina Cetoesteróide isomerase Anidrase carbônica B. Constante de especificidade (k cat /K m ) A relação k cat /K m é chamada constante de especificidade e relaciona a eficiência catalítica da enzima com a sua afinidade pelo substrato. A velocidade da reação varia diretamente com a freqüência de colisões entre as moléculas de enzima e as de substrato na solução. A decomposição do complexo ES em E + P não pode ocorrer mais velozmente que o encontro de E e S para formar ES. A relação k cat /K m é, em geral, o melhor parâmetro cinético para comparações de eficiência catalítica entre diferentes enzimas. Valores baixos da relação indicam pouca afinidade da enzima pelo substrato. Por exemplo, a acetilcolinoestarase tem valor de k cat /K m de 1,5 x 10 8 s 1 M 1 mostrando alta eficiência, enquanto a urease o valor é 4 x 10 5 s 1 M 1 descreve uma menor eficiência. Tabela 3.4 Constante de especificidade, k cat/k m, de algumas enzimas Enzima k cat/k M (s 1 M 1 ) Acetilcolinesterase Anidrase carbônica Catalase Crotonase Fumarase Triose phosphate isomerase β Lactamase Superoxide dismutase

21 88 MOTTA Bioquímica C. Gráfico de Lineweaver-Burk Os valores do K m e da V max de uma enzima são determinados pela medida das velocidades iniciais para várias concentrações de substrato. Pela construção do gráfico mostrado na Figura 3.6 só é possível calcular valores aproximados de K m e da V max. A determinação mais acurada desses valores é possível pela modificação algébrica da equação de Michaelis Menten: [ S] [] S Vmax ν o = Km + utilizando o inverso da equação: 1 Km 1 1 = + v 0 Vmax [ S] Vmax A representação gráfica da recíproca de velocidade inicial, 1/ν 0, versus a recíproca da concentração do substrato, 1/[S], fornece uma linha reta com inclinação K m /V max em um gráfico duplo-recíproco ou Lineweaver Burk. O ponto onde essa linha intercepta a ordenada é igual a 1/V max, e o ponto de intersecção na abscissa é igual a-1/k m (Figura 3.10). A utilização do gráfico permite calcular com precisão V max e K m pela medida da inclinação e do intercepto. 1/ν 0 Inclinação = K m/vmax 1/V max -1/K m 0 1/[S] Figura 3.10 Determinação da V max e K m a partir do gráfico duplo-recíproco de Lineweaver-Burk. O gráfico 1/ν 0 versus 1/[S] derivado de medidas das velocidades iniciais em várias concentrações diferentes de substratos. A linha reta obtida pela ligação de pontos individuais é ampliada para interceptar a ordenada e abscissa. Os valores de K m e V max são determinados pela medida das inclinações e intersecções. D. Reações com multissubstratos Mais da metade das reações bioquímicas envolvem dois substratos, em lugar de reações simples com um único substrato e que

22 3 Enzimas 89 obedecem o modelo de Michaelis Menten. As reações com multissubstratos podem proceder por diferentes mecanismos: 1. Mecanismo ordenado. Os substratos, S 1 e S 2, devem associar-se à enzima com uma ordem obrigatória antes que a reação possa ocorrer. A ligação do primeiro substrato é necessária para que a enzima forme o sítio de ligação para o segundo substrato. Muitas desidrogenases nas quais o segundo substrato é uma coenzima (NAD +, FAD etc.) são exemplos desse mecanismo. 2. Mecanismo aleatório. Os dois substratos, S 1 e S 2, podem se ligar à enzima em qualquer ordem. A hexocinase transfere um grupo fosfato do ATP para a glicose por esse mecanismo, apesar da glicose tender ligar inicialmente a molécula de ATP. 3. Reações de dupla troca (pingue pongue). Um ou mais produtos são liberados antes que os outros substratos se liguem à enzima modificada. As reações catalisadas pela UDP glicose 1 fosfato uridiltransferase, piruvato carboxilase e acetil CoA carboxilase são exemplos desse mecanismo. 3.8 Inibição enzimática Inibidores são substâncias que reduzem a atividade das enzimas e incluem fármacos, antibióticos, preservativos de alimentos e venenos. São importantes por várias razões: (1) Os inibidores enzimáticos atuam como reguladores das vias metabólicas. (2) Muitas terapias por fármacos são baseadas na inibição enzimática. Por exemplo, muitos antibióticos e fármacos reduzem ou eliminam a atividades de certas enzimas. O tratamento da AIDS inclui inibidores das proteases, moléculas que inativam a enzima necessária para produzir novos vírus. (3) Desenvolvimento de técnicas para demonstrar a estrutura física e química, e as propriedades funcionais das enzimas. Distinguem-se dois tipos de inibição: reversível e irreversível, segundo a estabilidade da ligação entre o inibidor e a molécula de enzima. Na inibição reversível ocorre interações não-covalentes entre o inibidor e a enzima, enquanto na inibição irreversível envolve modificações químicas da molécula enzimática, levando a uma inativação definitiva. Na inibição reversível, a enzima retoma sua atividade após dissociação do inibidor. Três classes de inibidores reversíveis são descritos: competitivo, não competitivo e incompetitivo.

23 90 MOTTA Bioquímica Quadro 3.4 Inibidores de enzimas do HIV O vírus da imunodeficiência humana (HIV) leva à síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS) infectando as células do sistema imune. Nas primeiras etapas da infecção, o HIV fixa-se à célulaalvo e injeta o seu material genético (RNA em vez de DNA) na célula hospedeira. O RNA viral é transcrito em DNA por uma enzima viral conhecida como transcriptase reversa. A seguir, o DNA é integrado no genoma do hospedeiro, e a célula pode produzir mais RNA viral e proteínas para empacotá-los em novas partículas virais. Vários inibidores da transcriptase reversa foram desenvolvidos. O arquétipo é o AZT (3 -azido-3 - desoxitimidina; Zidovudina), o qual é absorvido pelas células, fosforilado e incorporado nas cadeias de DNA sintetizadas pela transcriptidase reversa a partir do molde do HIV. Uma vez que o AZT não possui o grupo 3 -OH, ele funciona como um terminador de cadeia, da mesma maneira que os didesoxinucleotídeos utilizados no sequenciamento do DNA. A maioria das DNA-polimerases celulares tem baixa afinidade pela AZT fosforilado, mas a transcriptidase reversa tem uma alta afinidade por essa droga, o que torna o AZT efetivo contra a replicação. A. Inibição competitiva Inibidores competitivos são substâncias que competem diretamente com o substrato normal pelo sítio ativo das enzimas. São moléculas estruturalmente semelhantes ao substrato. O inibidor (I) competitivo reage reversivelmente com a enzima para formar um complexo enzima inibidor (EI) análogo ao complexo enzima substrato, mas cataliticamente inativo: E + I EI + S Não há reação A atividade da enzima declina por não ocorrer a formação do complexo enzima substrato durante a existência do complexo EI. A ação do inibidor pode ser revertida aumentando-se a quantidade de substrato. Em altas [S], todos os sítios ativos estão preenchidos com substrato e a velocidade da reação atinge o mesmo valor que o observado sem o inibidor. Como o substrato e o inibidor competem pelo mesmo sítio de ligação na enzima, o K m para o substrato mostra um aumento aparente em presença do inibidor. Ou seja, mais substrato é necessário para atingir a metade da V max. Não há alteração na V max quando a concentração do substrato é suficientemente elevada. Um exemplo clássico de inibição competitiva envolve a enzima succinato desidrogenase uma enzima do ciclo do ácido cítrico que converte o succinato a fumarato pela remoção de dois átomos de hidrogênio: COOH CH 2 CH 2 COOH COOH CH CH COOH + H 2 O malonato é análogo em sua estrutura ao succinato e liga-se ao sítio ativo da enzima mas não é convertido a produto.

24 3 Enzimas 91 COOH CH 2 COOH Produto O mecanismo da inibição competitiva é mostrado na Figura S I + Substrato I Enzima Inibidor Sem inibidor Inibida ν + Inibidor competitivo 1 ν0 Não inibida (-Inibido) (+Inibido) [S] 1/[S] Figura 3.11 Inibição competitiva. Gráficos de v o versus concentração de substrato para uma reação de Michaelis Menten na presença de um inibidor competitivo. A segunda figura mostra o mesmo tipo de inibição em um gráfico de Lineweaver Burk. B. Inibição não-competitiva O inibidor não-competitivo se liga tanto à enzima como ao complexo ES em um sítio diferente do sítio de ligação do substrato. A ligação do inibidor não bloqueia a ligação do substrato, mas provoca uma modificação da conformação da enzima que evita a formação de produto: E + I EI + S EIS Não há reação E + S ES + I EIS Não há reação A inibição não reverte pelo aumento na concentração do substrato. O inibidor reduz a concentração da enzima ativa e, assim, diminui a V max aparente. Nesses casos, o inibidor não afeta o K m para o substrato. O inibidor não-competitivo não apresenta semelhança estrutural com o substrato. Os metais pesados, Hg 2+ e Pb 2+, que ligam-se aos grupos sulfidrílicos e modulam a conformação da enzima, são exemplos de inibidores não-competitivos

25 92 MOTTA Bioquímica S + I I Sem inibidor Inibida ν + Inibidor nãocompetitivo 1 0 ν Não inibida (S) 1/[S] Figura 3.12 Inibição não-competitiva. A. Efeito da concentração do substrato sobre a velocidade inicial na presença de um inibidor não-competitivo. B. Gráfico de Lineweaver-Burk para a reação mostrada em A. C. Inibição incompetitiva O inibidor incompetitivo liga-se apenas ao complexo ES da enzima originando um complexo inativo, ESI. O inibidor não se combina com a enzima livre. E + S ES + I EIS Não há reação A inibição não é revertida pelo aumento na concentração do substrato. O resultado é a modificação aparente do K m e V max. (Figura 3.14). Sem inibidor Inibida ν + Inibidor competitivo 1 ν0 Não inibida (-Inibido) (+Inibido) [S] 1/[S] Figura 3.13 Gráfico de Lineweaver-Burk para um inibidor incompetitivo. D. Inibição irreversível A inibição irreversível envolve modificação covalente e permanente do grupo funcional necessário para a catálise, tornando a enzima inativa. È classificado como um inativador. Alguns pesticidas inibem o sítio ativo da acetilcolina esterase, o que impede a hidrólise

26 3 Enzimas 93 da acetilcolina na sinapse, resultando, no homem, paralisia dos músculos respiratórios e edema pulmonar. E. Fármacos que atuam como inibidores enzimáticos Muitos fármacos modernos atuam como inibidores da atividade enzimática. Esse mecanismo é encontrado com antivirais, antitumorais e antibacterianos. Os compostos com diferentes estruturas em relação ao substrato natural que atuam como inibidores são conhecidos como antimetabólitos. Entre os quais citam-se, as sulfas (a sulfanilamida compete com o ácido p aminobenzóico necessário para o crescimento bacteriano), o metotrexato (compete com o diidrofolato e é usado no tratamento da leucemia infantil), substratos suicidas (geram uma espécie altamente reativa que reage de forma irreversível com o sítio ativo, exemplo, o Omeprazol usado no tratamento de excessiva acidez estomacal), fluorouracil (inibidor irreversível da timidilato sintetase) e 6 mercaptopurina (compete com a adenina e guanina e é efetiva no tratamento de leucemias infantis). 3.9 Regulação da atividade enzimática Além da influência exercida sobre a atividade enzimática de diversos fatores, tais como: concentração do substrato e enzima, ph, temperatura e presença de co fatores, tem-se também, a integração das enzimas nas vias metabólicas e a interrelação dos produtos de uma via com a atividade de outras vias. As vias metabólicas não operam em capacidade máxima o tempo todo. De fato, muitos processos podem ser interrompidos, inibidos ou ativados, durante certas fases no ciclo de vida da célula. Se assim não fosse, a célula teria um crescimento descontrolado e antieconômico. A regulação das vias metabólicas ocorre por meio da modulação da atividade de uma ou mais enzimas-chave do processo. A etapa de maior energia de ativação é denominada etapa de comprometimento (geralmente uma reação irreversível). Comumente, enzima-chave que catalisa a etapa comprometida serve como válvula de controle do fluxo de moléculas no percurso metabólico.

27 94 MOTTA Bioquímica Quadro 3.5 Inibidores irreversíveis Inibidores enzimáticos irreversíveis são geralmente substâncias tóxicas. Podem ser substâncias naturais ou sintéticas. Os compostos organofosforados como o diisopropilfosfofluoridato (DIFP), formam ligações covalentes com o grupo OH de resíduos de serina 195 da acetilcolinesterase (enzima que catalisa a hidrólise da acetilcolina), inativando-a. A iodoacetamida, reage com o grupo SH de resíduos de cisteína. Esses inibidores são bastante tóxicos para os organismos, não só pela irreversibilidade de sua ligação às enzimas, mas também devido à sua inespecificidade. Outro exemplo de inibidor irreversível é a aspirina (ácido acetil-salicílico), porém com propriedades farmacológicas (antiinflamatório, antipirético e analgésico). A aspirina transfere irreversivelmente seu grupo acetil para o grupo OH de um resíduo de serina da molécula de cicloxigenase, inativando-a. Essa enzima é responsável pela catálise da primeira reação da síntese de prostaglandinas (substâncias reguladoras de muitos processos fisiológicos). A penicilina liga-se especificamente às enzimas da via de síntese da parede bacteriana, inibindo-as irreversivelmente. A regulação das vias bioquímicas envolve mecanismos sofisticados e complexos. É conseguida principalmente pelo ajuste das concentrações e atividades de certas enzimas. O controle é atingido por: (1) controle genético, (2) modificação covalente, (3) regulação alostérica e (4) compartimentalização. A. Controle genético A quantidade das enzimas disponíveis nas células depende da velocidade de sua síntese e da velocidade de sua degradação. A síntese de enzimas em resposta às mudanças das necessidades metabólicas é um processo conhecido como indução enzimática, que permite a resposta celular de maneira ordenada às alterações no meio. A síntese de certas enzimas pode ser especificamente inibida por repressão. O produto final de uma via bioquímica pode inibir a síntese de uma enzima-chave da mesma via. B. Regulação por modificação covalente A atividade de algumas enzimas que modulam o fluxo das vias metabólicas, é regulada por modificações covalentes reversíveis, em reações catalisadas por outras enzimas. Isso resulta na ativação ou inibição da atividade enzimática. Freqüentemente, a modificação envolve a fosforilação e defosforilação da enzima por adição ou remoção de grupos fosfato ou, por modificações covalentes de outro tipo. As fosforilação e defosforilação são catalisadas por proteínas cinases e proteínas fosfatases, respectivamente. Como exemplo do processo regulador, tem-se a enzima glicogênio fosforilase que catalisa o desdobramento do glicogênio. A enzima se apresenta na forma fosforilada (ativa) e desfosforilada (inativa) em processo de interconversão cíclica entre as duas formas. O mecanismo geral de regulação por modificação covalente está intimamente associado à ação hormonal.

28 3 Enzimas 95 Outros exemplos de modificações covalentes reversíveis incluem acetilação desacetilação, adenilação desadenilação, uridinilação desuridililação e metilação desmetilação. C. Regulação alostérica As enzimas reguladas por moduladores ligados a sítio(s) adicional(is) e que sofrem mudanças conformacionais não-covalentes são denominadas alostéricas. A afinidade da ligação enzima-substrato das enzimas alostéricas é modificada por ligantes denominados efetores ou moduladores alostéricos, unidos reversível e não covalentemente a locais específicos da estrutura tridimensional protéica e nominados sítios alostéricos, que são diferentes e distantes dos sítios ativos específicos para os substratos. Os efetores são pequenas moléculas orgânicas, por exemplo, o ATP (trifosfato de adenosina), proteínas de baixo peso molecular, substratos ou produtos da reação. A maioria das enzimas sujeitas a esses efeitos são decisivas na regulação do metabolismo intermediário. Os efetores podem ser: Efetor alostérico positivo aumenta a afinidade da enzima pelo substrato e, assim, eleva a velocidade da reação. Efetor alostérico negativo reduz a afinidade da enzima pelo substrato e, assim, diminui a velocidade da reação. A maioria das enzimas alostéricas é oligomérica; ou seja, são compostas de várias subunidades polipeptídicas, cada uma com um sítio ativo. Em algumas enzimas, o sítio alostérico e o sítio ativo estão localizados na mesma subunidade (ex.: piruvato carboxilase); em outras, estão localizados em subunidades diferentes (ex.: aspartato carbamoiltransferase). Em conseqüência da natureza oligomérica das enzimas alostéricas, a ligação do substrato a uma subunidade pode afetar a ligação de outras moléculas de substrato aos outros sítios ativos. Cooperatividade é a influência que a união de um ligante a uma protômero tem sobre a união de ligante a outro protômero numa proteína oligomérica. A interação estabelecida entre os sítios ativos é evidenciada pela cinética da catálise: o gráfico de ν o versus a concentração de substrato [S] é uma curva sigmóide, em lugar da curva hiperbólica de Michaelis Menten (Figura 3.14). Quanto a cooperatividade as reações podem ser: Positivamente cooperativa onde a ligação do primeiro substrato aumenta a afinidade de substratos adicionais por outros sítios ativos. Negativamente cooperativa em que a ligação do primeiro substrato reduz a afinidade por substratos adicionais.