EXTRAÇÃO DE DNA DE SANGUE (LEUCÓCITOS)

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1 EXTRAÇÃO DE DNA DE SANGUE (LEUCÓCITOS) A) Obtenção de Leucócitos 1. Coletar 5mL de sangue em tubos contendo EDTA potássio (50uL de EDTA (k 3) a 15%). O EDTA é uma substância anticoagulante. Existem outras substâncias com esta finalidade (citrato e heparina), porém se o DNA for utilizado para PCR não se deve utilizar heparina, pois esta substância interfere na atividade da enzima Taq DNA polimerase. 2. Transferir 2,5mL do sangue para um tubo Falcon de 15mL. 3. Adicionar 10mL de Solução A e vortexar até homogeneizar. 4. Centrifugar por 10min a 700xg. 5. Dispensar o sobrenadante. 6. Ressuspender o pellet em 5mL de Solução A. 7. Vortexar até dissolver completamente o pellet. 8. Centrifugar por 10min a 700xg. 9. Repetir os passos 4 9 vezes até obter somente as células brancas (o pellet deve estar branco cremoso). Resíduos de hemoglobina inibem a reação de PCR. 10. Ressuspender o pellet em 500ul de Solução A e transferir para microtubos de 1,5mL. 11. Centrifugar a 5min a 16000xg e descartar o sobrenadante. As células brancas assim preparadas podem ser armazenadas entre -20 C a -80 C. B) Extração e Purificação do DNA 1. Ressuspender o pellet em 500uL de Solução B. 2. Vortexar até o pellet desprender do fundo do tubo. 3. Incubar a 55 C por 4-6horas ou overnight. Vortexar periodicamente durante a incubação para que a dissolução do pellet seja completa. A Solução B contém Tris ph 8,0 que é uma solução tampão, cuja finalidade é manter o ph constante. Como o ph ótimo para a ação de DNases endógenas é por volta de 7,0 este reagente ajuda a evitar a ação destas nucleases. O SDS é um detergente iônico forte, cuja

2 a função é romper as membranas celulares, o EDTA age quelando (atraindo) íons Mg 2+ e Ca 2+ (que são cofatores de diversas enzimas nucleares como as DNases) e a proteínase K hidrolisa as proteínas. Se houver disponibilidade de um bloco aquecido com agitador (termomixer), deve-se deixar as amostras agitando durante a incubação. 4. Adicionar 210uL de TE ph 7,6 e 240uL de NaCl 5M. O NaCl fará com que as proteínas precipitem por excesso de íons. O TE é um tampão. 5. Agitar os tubos por inversão até formar pequenos coágulos. 6. Incubar em gelo por 10min. 7. Centrifugar por 15min a 16000xg. 8. Recolher o sobrenadante dividindo-o em dois microtubos de 1,5mL limpos (máximo de 500uL de sobrenadante por tubo) 9. Adicionar 1mL de etanol 100% (absoluto) gelado em cada tubo e misturar por inversão. É fundamental que o volume de etanol corresponda à, no mínimo, 02 vezes o volume da solução para que a precipitação do DNA seja eficiente. Alternativamente, pode-se utilizar 01 volume de isopropanol à temperatura ambiente. O Álcool torna o meio muito hidrofóbico para o DNA, fazendo com que ele precipite sobre sua própria estrutura. 10. Centrifugar por 15min a 16000xg. 11. Descartar o sobrenadante. 12. Secar em papel. 13. Adicionar 500uL de etanol 70%gelado. O álcool 100% faz com que precipitem muitos sais juntamente com o DNA, além de dificultar a ressuspensão do DNA, por isso utiliza-se uma lavagem com álcool 70%. 14. Centrifugar por 5min a 16000xg. 15. Descartar o etanol e secar o pellet em estufa. 16. Adicionar 250uL de TE + RNase (10ug de RNase por ml de amostra) e incubar por 1h a 37 C. 10ug de RNase por ml de amostra ug para 2,5mL 10mg em 1mL 10000ug ---- em 1mL 1g = 1000mg 1mg = 1000ug 1mg ug V = 25. 2,5 10mg x = ug V = 0,0625 ml V = 62,5uL (em 10mg/mL) V= 31,25uL (em 20mg/mL) Este protocolo isola juntamente com o DNA uma quantidade considerável de RNA, por isso o tratamento com RNase se faz necessário para remover este contaminante.

3 C) Preparo das Soluções para Extração TRIS.HCl (Tris hydroxymethyl aminomethane) 1M Dissolva 121g de Tris Base em 800mL de água MiliQ Ajuste o ph desejado com HCl concentrado Adicione água até 1L Autoclave Cerca de 70mL de HCl são necessários para ph de 7,6 e cerca de 42 ml para ph de 8,0. Nota importante: O ph dos tampões com Tris muda significativamente com a temperatura, caindo cerca de 0,028 para elevação de cada 1 C. O ph das soluções tamponadas com Tris deve ser ajustado na temperatura na qual as soluções serão usadas. Como o pk do Tris é 8,08 o tampão não deve ser usado a ph abaixo 7,2 nem acima de 9,0. Não adicione DEPC (Diethyl Pyrocarbonate) em soluções com Tris, porque o DEPC inativa essa substância. EDTA (ethyllenediamine tetraacetic acid) 0,5M (ph 8,0) Dissolva 186,1g de Na 2EDTA.2H 2O em 700mL de água Ajuste o ph para 8,0 com NaOH 10M(cerca de 50 ml) Adicione água MiliQ para 1L Autoclave TE ph 7,6 (Tampão Tris/EDTA) Reagentes Tris HCl ph 7,6 EDTA ph 8,0 Volume para uma amostra Concentração Final 10mM 1mM 510 ul Solução de RNase (10mg/mL) Dissolver a enzima Ribonuclease a livre de DNAse (Sigma R-6513) em solução Tris.HCL 10mM (ph 7,5), NaCl 15 mm. Armazenar a -20 C Solução Proteínase K (20mg/mL) Dissolver 100mg da enzima em 5mL de solução Tris-HCl 10mM (ph7.5), Cloreto de

4 Cálcio 20mM, Glicerol 50%. Armazenar a -20 C D) Preparo das Soluções A e B para Extração Solução A (Tampão de Hemólise) Para 1 amostra (25mL): Reagente Concentração Final Volume X 1 amostra Tris.HCl ph7,6 1M 10mM 250uL MgCl 2 0,5M 5mM 250uL NaCl 5M 10mM 50uL Água deionizada Completar para 25mL Solução B (Tampão de lise) Para 1 amostra (25mL): Reagente Concentração Final Volume X 1 amostra Tris.HCl ph 8,0 1M 10mM 5uL NaCl 5M 100mM 10uL EDTA ph8,0 10mM 10uL SDS 20% 0,5% 12,5uL Proteinase K (20mg/mL) 2,5uL Água deionizada 460,5uL Volume Final 500uL E) Preparo das Soluções para Eletroforese TBE (Tris/Borate/EDTA) 10X Tampão Eletroforese Solução Estoque Reagente Tris Base (890mM) Ácido Bórico (890mM) EDTA 0,5M ph 8,0 (20mM) Água deionizada Total Quantidade 108g 55g 40mL Completar para 1L 1L Será diluído 100mL desta Solução Estoque com água destilada completar para 1000mL de água ou 50mL de Solução Estoque e completa para 500mL de água. Loading Buffer 6x (Azul) Bromophenol Blue 0,25%

5 Xileno Cianol 0,25% Glicerol 30% em a gua (estocar a 4 C) F) Cálculos para as Soluções de Extração Molaridade = massa / peso molecular x volume (em litros), onde será utilizado 300mL = 0,3L. EDTA 0,5M ph 8,0 0,5 = m / 372,24 x 0,3 m = 55,83g de EDTA adicionado a 130mL de água Mili Q. Depois de ajustar o ph, adiciona-se água Mili Q até completar para 300mL. Após a solução pronta autoclavar. TRIS 1M ph 8,0 TRIS 1M ph 7,6 1 = m / 121,14 x 0,6 m = 72,68g de TRIS adicionado a 400mL de água Mili Q. Sendo que será separado 200mL para ajustar em ph 8,0 e 200mL para ajustar em ph 7,6. Depois de ajustar o ph, adiciona-se água Mili Q até completar para 300mL. Após a solução pronta autoclavar. MgCl 2 0,5M 0,5 = m / x 0,3 30,49g de MgCl 2 adicionado a 130mL de água Mili Q. Após a solução pronta adiciona-se água Mili Q até completar para 300mL e autoclavar. TE ph 7,6 *Tris ph 7,6 (10mM) Concentração Inicial x Concentração Inicial = Concentração Final x Concentração Final (C1 x V1 = C2 x V2) C1 x V1 = C2 x V2 1M mM 1 x V1 = 0,01 x 0,3 X mM V1 = 0,003L = 3mL = 3000uL X = 0,01M *EDTA ph 8,0 (1mM) C1 x V1 = C2 x V2 1M mM 0,5 x V1 = 0,001 x 0,3 X mM V1 = 0,00015L = 0,15mL = 150uL X = 0,001M

6 Então, adicionar 3000uL de TRIS ph 7,6; 150uL de EDTA ph 8,0; 100mL de água Mili Q ajustar o ph para 7,6 e após a solução pronta completar para 300mL de água Mili Q.