Laboratório Multiusuário de Estudos em Biologia I Universidade Federal de Santa Catarina Centro de Ciências Biológicas

Transcrição

1 Tutorial de Análises Básicas de Dados de Citometria de Fluxo através do Abrir o Software. Software Livre Flowing Abrir as caixas nas quais aparecerão os gráficos (Create/ Visualization Tools/ Dot Plot, Intensity Plot e Histogram; obs: Density Plot não funciona). Criar um Dot Plot (Create/ Visualization Tools/ Dot Plot). Dica 01: Clicando na caixa do gráfico, aparece uma borda cinza, clicando nessa borda é possível arrastar e redimensionar as caixas! Abrir um arquivo FCS (Flow Cytometry Standard; File/Open/FCS). Dica 02: O nome do gráfico é o nome do arquivo! Criar uma região no Dot Plot de interesse (clicar com o botão direito dentro do gráfico Dot Plot, selecionar a opção Create new region e desenhar a região de interesse). Editar a nova região, renomear, trocar de cor, excluir (no canto superior direito da tela existe uma janela denominada Populations, para editar a população criada, clicar em cima da caixa referente a essa população e clicando com o botão direito, selecionar a opção desejada).

2 Definir o número de eventos que será analisado (Create/ Data Reduction Tools/ Reduce Event Number; abrirá uma nova caixa Event Number Reducer, conectar o gráfico Dot Plot até esta caixa; aparecerão os dados do gráfico Dot Plot; clicar com o botão direito dentro da caixa e selecionar Define the Number para definir o número de eventos que aparecerá em Show Number of Events; defina o número de eventos, ex: events; abrir um novo Dot Plot e ligar a caixa Event Number Reducer a ele; neste novo Dot Plot aparecerá somente o número de eventos selecionados). Dica 03: Deixar um gráfico com os dados brutos, originais! Alternar entre as amostras manualmente (selecionar o gráfico mestre, de origem dos dados e clicar na opção File/ Next File in Directory ou Previus File in Directory). Gerar os dados estatísticos do gráfico (clicar com o botão direito dentro do gráfico Dot Plot e selecionar a opção Create Statistics; esses dados podem ser editados para aparecer somente os dados de interesse no momento, para isso selecionar a caixa Statistics e clicando com o botão direito dentro dessa habilite ou desabilite as opções de interesse; ex: Events, % of Vis, X Mean...).

3 Criar uma StatList para visualizar os dados estatísticos de todas as amostras em uma única caixa de dados (clicar como botão direito dentro da caixa Statistics e selecionar a opção Create StatList; abrirá uma nova caixa em branco, para definir os dados que serão coletados, clique com o botão direito dentro desta caixa e selecione as opções desejadas, ex: População-Alvo: Events, População-Alvo: % of Vis, All Events: Events...; quando forem alternadas as amostras, os dados de cada uma delas serão coletados nesta nova caixa). Alternar automaticamente entre as amostras (Create/ Automation Tools/ Folder Runner; abrirá uma nova caixa; ligar essa nova caixa ao gráfico que está gerando o dado da estatística; aparecerá na caixa Folder Runner o nome do arquivo que está sendo analisado e o valor de incremento Increment que é o intervalo de amostras que terão seus dados coletados, p. ex: 1, significa que todas as amostras terão seus dados coletados; 2, significa que serão coletados os dados de uma a cada duas amostras; 3, significa que serão coletados os dados de uma a cada três amostras...; ao clicar com o botão direito dentro da caixa Folder Runner selecione a opção Run through current folder, o software vai passar e mostrar todas as amostras que estão na mesma pasta de dados; para retornar ao primeiro arquivo dessa pasta de dados, clicar com o botão direito dentro da caixa Folder Runner e selecionar a opção Jump to the first file of the folder; se este gráfico, que está gerando o dado, estiver conectado a uma caixa Statistics e esta caixa estiver ligada a uma StatList, quando for acionada a opção de correr entre as amostras da caixa Folder Runner, os dados

4 selecionados serão coletados automaticamente para todas as amostras da pasta de arquivos). Dica 04: O sentido que o conector (a seta) é ligado às caixas é o que dá sentido à informação! Criar um gráfico de Histograma (Create/ Visualization Tools/Histogram). Conectar os dados do Dot Plot ao Histograma (selecionar o gráfico de Dot Plot no qual foi definido o número de eventos). Selecionar a população desejada no gráfico de Histograma (clicar em cima da caixa referente a essa população e clicando com o botão direito, selecionar a população desejada). Selecionar os parâmetros do Histograma (clicar com o botão direito em cima do nome do parâmetro no gráfico que pretende mudar o nome e selecionar a opção desejada). Definir as regiões nos histogramas (clicar com o botão direito dentro do histograma e selecionar a opção Create new region e desenhar a região de interesse; para isso, clicar com o botão esquerdo do mouse no início da região e arrastar até o final; para renomear a região, clicar na caixa correspondente à região criada na janela Populations).

5 Editar os histogramas (no canto inferior direito da tela existe uma janela denominada Tool Properties, através das opções apresentadas é possível trocar a cor da linha Line Color; definir o traço da linha pontilhado, traços ou linha contínua Line Drawstyle; suavizar a linha Line Smoothing -, preencher a área do gráfico Fill Color; para que essas funções sejam habilitadas é preciso selecionar a caixa do histograma que será editado). Renomear os detectores (Create/ Parameter Modification Tools/ Change Parameter Names; abrirá uma nova caixa Parameter Name Changer; conectar esta caixa até os histogramas;

6 clicar com o botão direito em cima dessa caixa e selecionar a opção Edit Modifications...; abrirá uma nova caixa, nesta nova caixa, clicar com o botão direito na caixa Original Name e selecionar o nome do parâmetro que será alterado; na caixa Modified Name, digitar o novo nome do parâmetro; clicar em Save Modifications; os nomes dos parâmetros serão alterados automaticamente). Dica 05: Selecionar o gráfico de origem, nunca selecionar todos os gráficos juntos! Definir os valores no eixo y do histograma (para que todos os gráficos fiquem todos na mesma escala - tem que definir em cada histograma; para isso tem que clicar no eixo e selecionar Custom Y-Scale ; definir o valor da escala baseando-se nos valores apresentados pelos gráficos).

7 Criar uma sobreposição (overlay) de histogramas (Create/ Visualization Tools/ Histogram Overlay; abrirá uma nova caixa Overlay Histogram; conectar os gráficos de histograma que devem ser sobrepostos a esta caixa; quando os gráficos de origem forem alterados ou editados o overlay de histogramas também será).

8 Criar uma caixa Image Collector (para coletar as figuras dos gráficos em uma única caixa de dados (Create/ Collection Tools/ Image Collector); abrirá uma nova caixa em branco; conectar a caixa do overlay de histogramas a esta nova caixa; para o gráfico aparecer na caixa coletora de imagens, clique no gráfico de overlay de histogramas com o botão direito e selecione a opção Refresh View; ao alternar entre as amostras as figuras só serão coletadas se, a cada amostra, a opção Refresh View for selecionada). Copiar os gráficos para outro programa. Para isso, selecionar os gráficos, um de cada vez, e pressionar CTRL+C. Para colar no outro programa (Power Point, Word), pressionar CTRL+V. Visualizar os dados do experimento e das amostras como, por exemplo, data do experimento, tipo de Citômetro e tempo (Create/ MetaData Tools/ MetaData Viewer); abrirá uma nova caixa, conectar o gráfico que contém os dados a esta nova caixa. Elaborado por Bibiana Sgorla de Almeida.