Universidade Federal do Rio de Janeiro Pós-Graduação em Química Biológica Ementas das Disciplinas do Curso de Pós-Graduação em Química Biológica 2013/1 Coagulação Sanguínea, Inflamação e Câncer (BMQ872) O curso visa discutir o envolvimento de plaquetas e de proteínas da coagulação no processo inflamatório e neoplasias malignas. Serão discutidos os principais aspectos do ciclo coagulação-inflamação, incluindo o envolvimento de receptores ativados por protease (PAR). Cultura de Células Animais Serão apresentadas as noções básicas do desenvolvimento da tecnologia de cultura de células animais, e seu uso na pesquisa e biotecnologia. Será dado treinamento em técnicas especiais de cultura celular: culturas primárias, e linhagens celulares estabelecidas indicando os procedimentos e comportamento numa sala de cultura e o material destinado à cultura celular. O curso terá duração de 30 horas. Os alunos serão avaliados durante o curso pela apresentação de seminários e participação nas aulas. Os alunos serão avaliados durante o curso pela apresentação de seminários e participação nas aulas. Desenvolvimento Vegetal (BMQ860) Serão enfatizados aspectos históricos da biologia molecular de plantas. Complexidade dos genomas: curvas Cot e Rot; Plantas transgênicas: transformação por Agrobacterium; Promotores de plantas; Genes marcadores: Betaglucoronidase; Alteração da expressão: sense e antisense; Genética: Arabidopsis, uma planta modelo; Abordagem genômicas: sequenciamento de cdnas, genômico e estratégias globais. Trabalho final com apresentação de seminários. Divulgando Nossas Teses Esta disciplina tem como foco capacitar os alunos para produção de materiais de divulgação científica para o público leigo, utilizando para isto os projetos de dissertações e teses dos próprios alunos inscritos. Para isto, o aluno será instruído a gerar um material (textos, vídeos, entre outros) que seja conciso e claro em uma linguagem adequada para a população geral. A preparação deste material deverá visar a utilização do mesmo em um dos seguintes meios de divulgação: sites, revistas de divulgação científica, jornais, entre outros. Almejamos como produto final a popularização dos trabalhos produzidos pelos alunos de pós-graduação. Forma de avaliação: O material produzido pelos alunos será a avaliação
principal. Este material será avaliado em duas etapas, sendo uma inicial pelos coordenadores da disciplina e a outra, através do grau de entendimento adquirido por pelo menos 5 indivíduos representantes do público leigo, antes e depois de ler o texto criado. Entende-se por público leigo, indivíduos formados no ensino médio, porém não profissionais da área biomédica. Fundamentos Básicos de Bioestatística (BMQ877) A disciplina se propõe a discutir os fundamentos mínimos de bioestatística necessários para as análises mais frequentes em química biológica, incluindo: - Fundamentos teóricos de bioestatística (probabilidades, distribuições, parâmetros, significância). - Estatística descritiva (medidas de tendência central e dispersão). - Testes estatísticos mais frequentemente usados em bioestatística inferencial (teste z, teste t, teste t pareado, teste de Mann-Whitney, teste de Wilcoxon, análise de variância (ANOVA), teste de Kruskal-Wallis, correlação linear (de Pearson), regressão linear, correlação de Spearman, teste do qui-quadrado, teste exato de Fisher). - Cálculos de tamanho amostral e poder estatístico. A disciplina não se propõe à discussão de tópicos avançados em bioestatística (ex: análise multivariada, modelos nãolineares) por questões de competência do professor, cuja formação é em ciências biomédicas e não em ciências exatas. Assim sendo, está indicada para alunos que ainda não possuam uma base sólida na área. A disciplina consistirá em aulas teóricas e em atividades práticas com computador em sala de aula, utilizando os softwares Graphpad Prism e Microsoft Excel. Os alunos serão encorajados a trazer seus próprios dados experimentais para análise nas aulas práticas, de maneira a integrar a disciplina com as atividades de pesquisa dos mesmos. Avaliação: Prova prática de análise de dados através dos softwares mencionados acima. Fundamentos em Química Biológica I Uso correto de Vidrarias e boas práticas laboratoriais, cálculos em bioquímica (grandezas e dimensões), preparo de soluções; Fundamentos teórico-práticos de: Espectroscopia, Centrifugação, Cromatografia, Eletroforese, uso de radioisótopos e Microscopia; dinâmica e tipos de interações moleculares; Fundamentos de Didática para o ensino superior. Os alunos de pós-graduação devem ter uma visão ampla e abrangente de conceitos de bioquímica geral. Assim, a proposta deste novo curso surge da necessidade de treinamento, capacitação, reciclagem, adequação de estudantes de Pós- Graduação e Graduação em técnicas e conceitos básicos de bioquímica. Objetivos: Desenvolver uma base sólida de conceitos de Bioquímica Geral que sirva de apoio para disciplinas mais especializadas e para o trabalho experimental na Pós-graduação em Química Biológica. Forma de avaliação: Prova escrita com consulta bibliográfica ao final de cada módulo. A prova elaborada pelos professores será disponibilizada desde o primeiro dia de aula. O aluno será aprovado se obtiver grau 5 ou superior (em uma escala de 0-10) em cada um dos módulos.
Fundamentos de Bioquímica III Estrutura de genes e cromossomos; Replicação e reparo de DNA; Síntese e processamento de RNA; Síntese, endereçamento e degradação de proteínas; Regulação da expressão gênica; Genômica funcional e Bioinformática; Prova do Bloco. Inovação, Propriedade Intelectual e Biotecnologia Objetivos gerais: Familiarizar os alunos de áreas relacionadas à biotecnologia com o sistema de propriedade intelectual; Conhecer os mecanismos legais existentes para a proteção das criações intelectuais no campo da biotecnologia, bem como, os passos que devem ser dados pelo inventor juntamente à UFRJ para alcançar a efetiva proteção da invenção; Habilitar o aluno a buscar e utilizar as informações contidas em documentos de patentes como subsídio ao seu trabalho de pesquisa; Estruturação de projetos inovadores com a finalidade de introduzir os efetivos resultados na sociedade (transferência de tecnologia); Estimular os alunos a atividade empreendedoras. Objetivos específicos: Inovação, PI (histórico e marcos regulatórios) e Biotecnologia (propriedade intelectual e políticas públicas); Lei de Inovação; Um Projeto Inovador; O documento de patente; Patentes como Fonte de Informação Tecnológica: noções sobre busca em bancos de patentes, classificação internacional de patentes; Propriedade Intelectual e Biodiversidade: Lei de Acesso ao Patrimônio Genético; Gestão da Informação Tecnológica em Universidades e Centros de Pesquisa: o papel da Agência UFRJ de Inovação (Portaria no. 2754 de 16 de outubro de 2007); Empreendedorismo em Biotecnologia. Bibliografia: BRASIL. Congresso Nacional. Lei N o. 9.279, de 14 de maio de 1996: regulamenta direitos e obrigações relativos à propriedade industrial. Brasília, 1996; BRASIL. Congresso Nacional Medida Provisória N o. 2.186-16, de 23 de agosto de 2001: regulamenta e Dispõe sobre o acesso ao patrimônio genético, a proteção e o acesso ao conhecimento tradicional associado, a repartição de benefícios e o acesso à tecnologia e transferência de tecnologia para sua conservação e utilização; INSTITUTO NACIONAL DA PROPRIEDADE INDUSTRIAL. Ato Normativo N o. 127 de 05 de março de 1997. Rio de Janeiro, 1997; ORGANIZAÇÃO MUNDIAL DA PROPRIEDADE INTELECTUAL (OMPI) The Concept of intellectual property; IACOMINI, V. Propriedade Intelectual e Biotecnologia, Editora Juruá, 2009, 220p; Guia Prático para Inovação Farmacêutica: Da Bancada ao Mercado, Biominas Brasil, 2012. Mecanismos Envolvidos na Agregação de Proteínas (BMQ 813) No curso serão discutidos artigos sobre diversos modelos protéicos que apresentam tendência a agregar in vitro: proteína prion; peptídeo ß amilóide; transtirretina; lisozima. Estas proteínas estão envolvidas em patologias que acometem o homem. A compreensão dos mecanismos envolvidos na agregação destas proteínas representa, portanto, um desafio
para área de saúde pública. Os mecanismos de agregação serão abordados envolvendo os conceitos de 1. Dependência de concentração de proteína; 2. Efeito da temperatura; 3. Mutações pontuais. O curso será teórico-prático. Membranas Biológicas e Sistemas Biomiméticos (BMQ866) Neste Curso serão estudados os: 1. Componentes de Membranas: estrutura de lipídios e proteínas de membranas; organização dos componentes de membranas e modelo para a estrutura de membrana; 2. Movimentos de lipídios e proteínas em membranas biológicas: difusão lateral, flip-flop, rotação axial e de cadeias de lipídios; efeito de colesterol; mobilidade de proteínas integrais; calorimetria diferencial de varredura no estudo de membranas; 3. Assimetria em membranas biológicas: manutenção da assimetria de lipídios, proteínas e caboidratos; análise da assimetria de membranas; 4. Separação lateral de fase, formação de fase hexagonal H II e fusão de membranas: efeito de íons divalentes (Ca 2+ e Mg 2+ ); efeito de proteínas; 5. Interação lipídio-proteína em membranas: proteínas integrais e periféricas, lipídios anulares; 6. Sistemas biomiméticos (vesículas lipídicas, micelas aquosas e micelas reversas): características, estrutura e modo de obtenção; utilização como modelos de membrana biológica, enzimologia micelar. Todos os alunos farão um seminário sobre o tópico visto em aulas anteriores. Metabolismo Energético Integrado (BMQ869) Metabolismo de Carboidratos; glicólise; fermentações; ciclo de Cori; síntese e degradação do glicogênio; via das pentoses-fosfato; ciclo do ácido cítrico; fosforilação oxidativa; metabolismo de lipídios; sintese de ácidos graxos; degradação de ácidos graxos; produção de corpos cetônicos; catabolismo dos corpos cetônicos; ácidos graxos essenciais; metabolismo de proteínas; reações de transaminação; reações de desaminação; ciclo da uréia; visão sistêmica de hormônios metabólicos; ação celular de hormônios metabólicos; vitaminas e minerais; integração metabólica; metabolismo e diabetes mellitus; metabolismo durante o exercício; metabolismo e nutrição. Metodologia de Utilização de Radioisótopos em Biologia (BMQ852) Noções básicas de física das radiações. Radiações ionizantes, tipos e características dos decaimentos radioativos; Estatística das radiações; Energia das dadiações ionizantes e interações com a matéria; Alcance epenetração das radiações; Manipulação de amostras radioativas, radioproteção, exposição e cálculos de dose recebida; Contaminação e descontaminação, procedimentos de isolamento e descontaminação; Aplicações das radiações ionizantes em ciências da vida; Marcação isotópica; Métodos de detecção de radioisótopos; Princípios de cintilação líquida; preparação de amostras e líquidos de cintilação; Funcionamento de um contador de cintilação líquida; Obtenção e análise de espectros de emissores β; Métodos de correção de eficiência de detecção; Experimentos de dupla marcação.
Proteoglicanos e Glicosaminoglicanos I (BMQ809) Gliconjugados do tecido conjuntivo. Temas de: Glicoproteínas, proteoglicanos e glicosaminoglicanos. Regulação da Expressão Gênica e Epigenética (BMQ870) O curso tem como foco o processo de transcrição gênica, abordando os mecanismos moleculares de expressão de genes regulados por hormônios esteróides, por exemplo, o estrogênio e a ecdisona. Noções sobre o efeito do estrogênio no desenvolvimento do câncer de mama e da ecdisona na ovogênese de insetos serão apresentadas. Mecanismos de regulação gênica por remodelamento de cromatina, modificações epigenéticas, como acetilação, metilação e ubiquitinação serão vistos em detalhes. Efeito de drogas anti-câncer. Estrutura química dos hormônios e de seus receptores protéicos, de coativadores e correpressores. O curso também tem o intuito de dar noções teóricas sobre diversas técnicas em biologia molecular, como ensaios de interação de proteínas, por GST-pull down, duplo híbrido em leveduras, ensaios de transativação gênica, retardamento de mobilidade eletroforética (EMSA), microarray, RNAi, entre outras técnicas. O curso constará de aulas teóricas e apresentações de artigos científicos, seguido de discussões em grupos.