(PyMol) Valdete Maria Gonçalves de Almeida. 9deFevereirode2012. Ferramentas para visualização de biomoléculas PyMol
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1 () Valdete Maria Gonçalves de Almeida 9deFevereirode2012 Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 1/48
2 Sumário 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 2/48
3 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol Sumário 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 3/48
4 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol Sumário 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 4/48
5 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol Oqueévisualizaçãodebiomolécula? É um processo de interpretar uma molécula de forma visual É baseado em coordenadas atômicas contidas em arquivos (Ex.: pdb) Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 5/48
6 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol Oqueévisualizaçãodebiomolécula? Visualizadores: Rasmol JMol Lista de Visualizadores: Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 6/48
7 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol Sumário 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 7/48
8 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol Rasmol Facilidade de manipulaç~ao Interface gráfica simplificada Pode ser instalado na maioria dos sistemas operacionais (linux, windows e Mac) N~ao necessita de nada instalado para funcionar (exceto java que já vem na maioria das distribuiç~oes) Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 8/48
9 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol Sumário 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 9/48
10 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol JMol É um visualizar que pode ser integrado como "Applet"em páginas web Possui tr^es vers~oes: JmolApplet (Páginas Web) Jmol application (Desktop) JmolViewer(integrado em aplicaç~oes Java) É suportado em Windows, Mac OS X e Linux / Unix Internet Explorer, Mozilla and Firefox, Safari, Google Chrome, etc. L^e vários tipos de arquivos (PDB, MOL, SFD, CIF, mmcif, etc.) Última vers~ao mais estável: Jmol v Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 10/48
11 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol JMol: Base de Dados de Arquivos PDBs Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 11/48
12 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol JMol: Sting É um servidor web para visualizar moléculas e seus par^ametros pré-calculados Foi Desenvolvido pela Embrapa/Campinas Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 12/48
13 Oqueévisualizaçãodebiomoléculas? Rasmol JMol JMol: Sting Módulo JPD (Java Protein Dossier): Cálculo de cavidade Energia de interaç~ao Entropia Hidrofobicidade Conservaç~ao Superfície Interface de Contato Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 13/48
14 Sumário Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 14/48
15 Sumário Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 15/48
16 Oqueéo? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos : É um sistema de visualização de biomoléculas que permite produzir imagens e videos de alta qualidade. Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 16/48
17 Oqueéo? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos : É um sistema de visualização de biomoléculas que permite produzir imagens e videos de alta qualidade. Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 16/48
18 Oqueéo? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos : É um sistema de visualização de biomoléculas que permite produzir imagens e videos de alta qualidade. Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 16/48
19 Oqueéo? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos : É um sistema de visualização de biomoléculas que permite produzir imagens e videos de alta qualidade. Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 16/48
20 Suma rio Ferramentas para visualizac a o de biomole culas Visualizador Molecular : Interface Gra fica : Utilizac a o de Comandos Pymol: Pra tica Refere ncias O que e o? raquelcm/hydropace/ Valdete Maria Gonc alves de Almeida II Curso de Vera o em Bioinforma tica Estrutural 17/48
21 Oqueofaz? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Exibe/Mede estruturas de proteínas/dna Gera publicação com imagens de qualidade Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 18/48
22 Oqueofaz? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Exibe/Mede estruturas de proteínas/dna Gera publicação com imagens de qualidade Produz vídeos para apresentação Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 18/48
23 Oqueofaz? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Exibe/Mede estruturas de proteínas/dna Gera publicação com imagens de qualidade Produz vídeos para apresentação Faz alinhamento estrutural de duas moléculas Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 18/48
24 Oqueofaz? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Exibe/Mede estruturas de proteínas/dna Gera publicação com imagens de qualidade Produz vídeos para apresentação Faz alinhamento estrutural de duas moléculas Construe modelos para ligante e proteína Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 18/48
25 Oqueofaz? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Exibe/Mede estruturas de proteínas/dna Gera publicação com imagens de qualidade Produz vídeos para apresentação Faz alinhamento estrutural de duas moléculas Construe modelos para ligante e proteína Gera mapa de potencial eletrostático Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 18/48
26 Oqueofaz? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Exibe/Mede estruturas de proteínas/dna Gera publicação com imagens de qualidade Produz vídeos para apresentação Faz alinhamento estrutural de duas moléculas Construe modelos para ligante e proteína Gera mapa de potencial eletrostático Mutação de proteína Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 18/48
27 Oqueofaz? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Exibe/Mede estruturas de proteínas/dna Gera publicação com imagens de qualidade Produz vídeos para apresentação Faz alinhamento estrutural de duas moléculas Construe modelos para ligante e proteína Gera mapa de potencial eletrostático Mutação de proteína Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 18/48
28 Como obter? Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Versão atual 1.5 Sistemas operacionais: 1 Microsoft Windows XP, Vista, Win7 2 Mac OS 3 Linux Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 19/48
29 Sumário Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 20/48
30 Interface Gráfica Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 21/48
31 Interface Gráfica Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 22/48
32 Sumário Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 23/48
33 Principais comandos Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Comando load save select delete color show hide set orient distance Função Lê um arquivo de dados (pdb, pml, pse) Salva coordenadas para o arquivo Seleciona resíduo/átomo de um objeto ou seleção existente Deleta um objeto Define a cor de um objeto Exibe uma representação em particular Esconde uma representação Altera um parâmetro (ex.: tamanho de uma esfera) Centraliza a visão de um objeto ou seleção Mede a distância entre dois átomos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 24/48
34 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Cartoon: show cartoon, 1tec Surface: show surface, 1tec Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 25/48
35 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Cartoon: show cartoon, 1tec Surface: show surface, 1tec Sticks: show sticks, 1tec Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 25/48
36 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Cartoon: show cartoon, 1tec Surface: show surface, 1tec Sticks: show sticks, 1tec Mesh: show mesh, 1tec Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 25/48
37 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Cartoon: show cartoon, 1tec Surface: show surface, 1tec Sticks: show sticks, 1tec Mesh: show mesh, 1tec Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 25/48
38 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Cartoon: show cartoon, 1tec Surface: show surface, 1tec Sticks: show sticks, 1tec Mesh: show mesh, 1tec Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 25/48
39 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks Átomo Cor carbono oxigenio nitrogenio enxofre verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
40 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks show ribbon Átomo carbono oxigenio nitrogenio enxofre Cor verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
41 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks show ribbon show cartoon Átomo carbono oxigenio nitrogenio enxofre Cor verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
42 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks show ribbon show cartoon show dots Átomo carbono oxigenio nitrogenio enxofre Cor verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
43 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks show ribbon show cartoon show dots show spheres Átomo carbono oxigenio nitrogenio enxofre Cor verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
44 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks show ribbon show cartoon show dots show spheres show mesh Átomo carbono oxigenio nitrogenio enxofre Cor verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
45 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks show ribbon show cartoon show dots show spheres show mesh show surface Átomo carbono oxigenio nitrogenio enxofre Cor verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
46 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks show ribbon show cartoon show dots show spheres show mesh show surface Átomo carbono oxigenio nitrogenio enxofre Cor verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
47 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show lines show sticks show ribbon show cartoon show dots show spheres show mesh show surface Átomo carbono oxigenio nitrogenio enxofre Cor verde vermelho azul amarelo Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 26/48
48 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show cartoon automatic show cartoon oval show cartoon tube cartoon automatic, 1:49/cartoon oval, 50:99/cartoon tube, 100:150/ Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 27/48
49 Comando Show Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos show cartoon automatic show cartoon oval show cartoon tube cartoon automatic, 1:49/cartoon oval, 50:99/cartoon tube, 100:150/ Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 27/48
50 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Comandos Simples Definição Exemplo symbol e. Símbolo químico select polar, symbol o+n name n. Nome dos átomos select carbons, n. ca+cb+cg+cd resn r. Nome dos resíduos select aas, resn asp+glu+asn+gln resi i. Números dos resíduos select mults10, resi chain c. Identificador cadeia select proteina, chain E ss - Estruturas secundárias select allstrs, ss h+s+l+ Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 28/48
51 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Comando Select (Operadores lógicos) Operadores lógicos: Os operadores lógicos são comumente usados para selecionar elementos dentro do. Os principais são: and, or e not. Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 29/48
52 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Comando Select (Operadores lógicos) Operadores lógicos: Os operadores lógicos são comumente usados para selecionar elementos dentro do. Os principais são: and, or e not. Operador F. Curta Definição not s1! s1 Átomos que não são incluidos em s1 and & Átomos incluidos em ambos s1 e s2 or Átomos incluidos em s1 ou s2 Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 29/48
53 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Comando Select (Operadores lógicos) Operadores lógicos: Os operadores lógicos são comumente usados para selecionar elementos dentro do. Os principais são: and, or e not. Operador F. Curta Definição not s1! s1 Átomos que não são incluidos em s1 and & Átomos incluidos em ambos s1 e s2 or Átomos incluidos em s1 ou s2 Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 29/48
54 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select proteina, chain E select inibidor, chain I Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 30/48
55 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select proteina, chain E select inibidor, chain I Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 30/48
56 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select proteina, chain E select inibidor, chain I Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 30/48
57 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select helices, ss h and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 31/48
58 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select helices, ss h and proteina select folhas, ss s and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 31/48
59 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select helices, ss h and proteina select folhas, ss s and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 31/48
60 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select helices, ss h and proteina select folhas, ss s and proteina select loops, ss l and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 31/48
61 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select helices, ss h and proteina select folhas, ss s and proteina select loops, ss l and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 31/48
62 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select helices, ss h and proteina select folhas, ss s and proteina select loops, ss l and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 31/48
63 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select helices, ss h and proteina select folhas, ss s and proteina select loops, ss l and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 31/48
64 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select triptofanos, resn trp and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 32/48
65 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select triptofanos, resn trp and proteina select calpha, name ca and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 32/48
66 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select triptofanos, resn trp and proteina select calpha, name ca and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 32/48
67 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select triptofanos, resn trp and proteina select calpha, name ca and proteina select bb, name c+o+n+ca and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 32/48
68 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select triptofanos, resn trp and proteina select calpha, name ca and proteina select bb, name c+o+n+ca and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 32/48
69 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select triptofanos, resn trp and proteina select calpha, name ca and proteina select bb, name c+o+n+ca and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 32/48
70 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select triptofanos, resn trp and proteina select calpha, name ca and proteina select bb, name c+o+n+ca and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 32/48
71 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Selecionar Resíduos e Átomos: select triade, resi and proteina ou select numatomos, (id and proteina) Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 33/48
72 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Selecionar Resíduos e Átomos: select triade, resi and proteina ou select numatomos, (id and proteina) select proteina and (not resn asp+glu+his) Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 33/48
73 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Selecionar Resíduos e Átomos: select triade, resi and proteina ou select numatomos, (id and proteina) select proteina and (not resn asp+glu+his) select unstruct, ss and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 33/48
74 Comando Select Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Selecionar Resíduos e Átomos: select triade, resi and proteina ou select numatomos, (id and proteina) select proteina and (not resn asp+glu+his) select unstruct, ss and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 33/48
75 Comando Select Selecionar Resíduos e Átomos: Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select near-res38, resi 38 around 3.2 and proteina select near-res38, resi 38 around 5 and proteina Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 34/48
76 Comando Select Selecionar Resíduos e Átomos: Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select near-res38, resi 38 around 3.2 and proteina select near-res38, resi 38 around 5 and proteina select interchain, proteina within 3.2 of inibidor Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 34/48
77 Comando Select Selecionar Resíduos e Átomos: Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select near-res38, resi 38 around 3.2 and proteina select near-res38, resi 38 around 5 and proteina select interchain, proteina within 3.2 of inibidor Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 34/48
78 Comando Select Selecionar Resíduos e Átomos: Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select near-res38, resi 38 around 3.2 and proteina select near-res38, resi 38 around 5 and proteina select interchain, proteina within 3.2 of inibidor Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 34/48
79 Comando Select Selecionar Resíduos e Átomos: Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos select near-res38, resi 38 around 3.2 and proteina select near-res38, resi 38 around 5 and proteina select interchain, proteina within 3.2 of inibidor Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 34/48
80 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos label resi 71, name label (resi 71 and name ca),"%s-%s"%(resn,resi) Atributo name resi resn chain q b seg type formal charge partial charge numeric type text type Descrição nome do átomo número resíduo nome do residuo nome da cadeia carga fator de ocupância nome seguimento tipo átomo(atom-hetatom) carga formal carga parcial tipo numérico tipo de texto Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 35/48
81 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos label resi 71, name label (resi 71 and name ca),"%s-%s"%(resn,resi) label (resi 71),"%1.2f"% b Atributo name resi resn chain q b seg type formal charge partial charge numeric type text type Descrição nome do átomo número resíduo nome do residuo nome da cadeia carga fator de ocupância nome seguimento tipo átomo(atom-hetatom) carga formal carga parcial tipo numérico tipo de texto Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 35/48
82 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos label resi 71, name label (resi 71 and name ca),"%s-%s"%(resn,resi) label (resi 71),"%1.2f"% b label (resi 71 and name ca),"%s"% (chain) Atributo name resi resn chain q b seg type formal charge partial charge numeric type text type Descrição nome do átomo número resíduo nome do residuo nome da cadeia carga fator de ocupância nome seguimento tipo átomo(atom-hetatom) carga formal carga parcial tipo numérico tipo de texto Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 35/48
83 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos label resi 71, name label (resi 71 and name ca),"%s-%s"%(resn,resi) label (resi 71),"%1.2f"% b label (resi 71 and name ca),"%s"% (chain) label (resi 71 and name ca),"%s-%s"% (name,type) Atributo name resi resn chain q b seg type formal charge partial charge numeric type text type Descrição nome do átomo número resíduo nome do residuo nome da cadeia carga fator de ocupância nome seguimento tipo átomo(atom-hetatom) carga formal carga parcial tipo numérico tipo de texto Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 35/48
84 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos label resi 71, name label (resi 71 and name ca),"%s-%s"%(resn,resi) label (resi 71),"%1.2f"% b label (resi 71 and name ca),"%s"% (chain) label (resi 71 and name ca),"%s-%s"% (name,type) Atributo name resi resn chain q b seg type formal charge partial charge numeric type text type Descrição nome do átomo número resíduo nome do residuo nome da cadeia carga fator de ocupância nome seguimento tipo átomo(atom-hetatom) carga formal carga parcial tipo numérico tipo de texto Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 35/48
85 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos label resi 71, name label (resi 71 and name ca),"%s-%s"%(resn,resi) label (resi 71),"%1.2f"% b label (resi 71 and name ca),"%s"% (chain) label (resi 71 and name ca),"%s-%s"% (name,type) Atributo name resi resn chain q b seg type formal charge partial charge numeric type text type Descrição nome do átomo número resíduo nome do residuo nome da cadeia carga fator de ocupância nome seguimento tipo átomo(atom-hetatom) carga formal carga parcial tipo numérico tipo de texto Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 35/48
86 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set label font id, number #( number é o tipo de fonte 5-15) set label size, number Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 36/48
87 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set label font id, number #( number é o tipo de fonte 5-15) set label size, number set label color, color Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 36/48
88 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set label font id, number #( number é o tipo de fonte 5-15) set label size, number set label color, color set label shadow mode, 1 Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 36/48
89 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set label font id, number #( number é o tipo de fonte 5-15) set label size, number set label color, color set label shadow mode, 1 set label outline color, black Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 36/48
90 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set label font id, number #( number é o tipo de fonte 5-15) set label size, number set label color, color set label shadow mode, 1 set label outline color, black set label position, [2,0,0] Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 36/48
91 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set label font id, number #( number é o tipo de fonte 5-15) set label size, number set label color, color set label shadow mode, 1 set label outline color, black set label position, [2,0,0] edit mode Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 36/48
92 Comando Label Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set label font id, number #( number é o tipo de fonte 5-15) set label size, number set label color, color set label shadow mode, 1 set label outline color, black set label position, [2,0,0] edit mode Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 36/48
93 Comando Color Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos color palecyan, proteina Color yellow, interface Código util.cbag util.cbac util.cbay util.cbas util.cbaw util.cbab util.cbao util.cbap util.cbak Cor green cyan yellow salmon white/grey slate light orange purple pink Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 37/48
94 Comando Color Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos color palecyan, proteina Color yellow, interface util.cbaw triade Código util.cbag util.cbac util.cbay util.cbas util.cbaw util.cbab util.cbao util.cbap util.cbak Cor green cyan yellow salmon white/grey slate light orange purple pink Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 37/48
95 Comando Color Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos color palecyan, proteina Color yellow, interface util.cbaw triade set color myblue= [0.5, 0.7, 0.9 ] color myblue, interface Código util.cbag util.cbac util.cbay util.cbas util.cbaw util.cbab util.cbao util.cbap util.cbak Cor green cyan yellow salmon white/grey slate light orange purple pink Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 37/48
96 Comando Color Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos color palecyan, proteina Color yellow, interface util.cbaw triade set color myblue= [0.5, 0.7, 0.9 ] color myblue, interface set color myorange=[1.00, 0.40, 0.0 ] color myorange, interface Código util.cbag util.cbac util.cbay util.cbas util.cbaw util.cbab util.cbao util.cbap util.cbak Cor green cyan yellow salmon white/grey slate light orange purple pink Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 37/48
97 Comando Color Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos color palecyan, proteina Color yellow, interface util.cbaw triade set color myblue= [0.5, 0.7, 0.9 ] color myblue, interface set color myorange=[1.00, 0.40, 0.0 ] color myorange, interface Código util.cbag util.cbac util.cbay util.cbas util.cbaw util.cbab util.cbao util.cbap util.cbak Cor green cyan yellow salmon white/grey slate light orange purple pink Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 37/48
98 Comando Color Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos color palecyan, proteina Color yellow, interface util.cbaw triade set color myblue= [0.5, 0.7, 0.9 ] color myblue, interface set color myorange=[1.00, 0.40, 0.0 ] color myorange, interface Código util.cbag util.cbac util.cbay util.cbas util.cbaw util.cbab util.cbao util.cbap util.cbak Cor green cyan yellow salmon white/grey slate light orange purple pink Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 37/48
99 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos distance (ca triade), (ca res45) distance dist01, (i and n. ca and proteina), ( i and n. ca and proteina) Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 38/48
100 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos distance (ca triade), (ca res45) distance dist01, (i and n. ca and proteina), ( i and n. ca and proteina) dist mydist, 1TEC//E/71/C, 1TEC//E/225/O Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 38/48
101 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos distance (ca triade), (ca res45) distance dist01, (i and n. ca and proteina), ( i and n. ca and proteina) dist mydist, 1TEC//E/71/C, 1TEC//E/225/O Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 38/48
102 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos distance (ca triade), (ca res45) distance dist01, (i and n. ca and proteina), ( i and n. ca and proteina) dist mydist, 1TEC//E/71/C, 1TEC//E/225/O Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 38/48
103 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos distance (ca triade), (ca res45) distance dist01, (i and n. ca and proteina), ( i and n. ca and proteina) dist mydist, 1TEC//E/71/C, 1TEC//E/225/O Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 38/48
104 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set dash gap,0.3 [0] set dash width,3.5 [8] Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 39/48
105 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set dash gap,0.3 [0] set dash width,3.5 [8] set dash radius,0.1 [0.3] Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 39/48
106 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set dash gap,0.3 [0] set dash width,3.5 [8] set dash radius,0.1 [0.3] set dash length,0.2 [0.8] Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 39/48
107 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set dash gap,0.3 [0] set dash width,3.5 [8] set dash radius,0.1 [0.3] set dash length,0.2 [0.8] set dash round ends,on [off] Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 39/48
108 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set dash gap,0.3 [0] set dash width,3.5 [8] set dash radius,0.1 [0.3] set dash length,0.2 [0.8] set dash round ends,on [off] set dash color, yellow [black] Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 39/48
109 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set dash gap,0.3 [0] set dash width,3.5 [8] set dash radius,0.1 [0.3] set dash length,0.2 [0.8] set dash round ends,on [off] set dash color, yellow [black] Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 39/48
110 Comando Distance Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos set dash gap,0.3 [0] set dash width,3.5 [8] set dash radius,0.1 [0.3] set dash length,0.2 [0.8] set dash round ends,on [off] set dash color, yellow [black] Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 39/48
111 Comando align Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1TEC.pdb load 1GCI.pdb bg color white show cartoon, (all) select 1TEC E, (chain E and 1TEC) select 1WSD A, (chain A and 1WSD) align 1TEC E and name ca, 1WSD A and name ca PyMOL align 1TEC E and name ca, 1WSD A and name ca Match-Warning: unknown residue type CA Match-Warning: unknown residue type CA Match-Warning: unknown residue type CA Match: read scoring matrix. Match: assigning 281 x 270 pairwise scores. MatchAlign: aligning residues (281 vs 270)... ExecutiveAlign: 265 atoms aligned. ExecutiveRMS: 23 atoms rejected during cycle 1 (RMS=1.62). ExecutiveRMS: 13 atoms rejected during cycle 2 (RMS=0.84). Executive: RMS = (229 to 229 atoms) Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 40/48
112 Salvar Imagens Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos pwd ray 1024,768 png imagem.png Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 41/48
113 Sumário Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 42/48
114 I Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Selecionar os resíduos da tríade catalítica de uma Serino Protease Selecionar somente os carbonos CAs dos resíduos da tríade Medir a dist^ancia entre eles Gerar script de comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 43/48
115 I Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1TEC.pdb bg color white hide all create proteina, (chain E) create inibidor, (chain I) create sitio, (resi 38,71,225 and proteina) select CA sitio, (name CA and sitio) distance dist triade, (proteina//e/38/ca), (proteina//e/71/ca) distance dist triade, (proteina//e/38/ca), (proteina//e/225/ca) distance dist triade, (proteina//e/71/ca), (proteina//e/225/ca) Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 44/48
116 I Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1TEC.pdb bg color white hide all create proteina, (chain E) create inibidor, (chain I) create sitio, (resi 38,71,225 and proteina) select CA sitio, (name CA and sitio) distance dist triade, (proteina//e/38/ca), (proteina//e/71/ca) distance dist triade, (proteina//e/38/ca), (proteina//e/225/ca) distance dist triade, (proteina//e/71/ca), (proteina//e/225/ca) label (CA sitio),"%s-%s"% (resn,resi) set label size, -0.6 set label color, black set dash gap, 0 set dash radius,0.1 set dash color, yellow set ray shadows,off Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 44/48
117 I Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1TEC.pdb bg color white hide all create proteina, (chain E) create inibidor, (chain I) create sitio, (resi 38,71,225 and proteina) select CA sitio, (name CA and sitio) distance dist triade, (proteina//e/38/ca), (proteina//e/71/ca) distance dist triade, (proteina//e/38/ca), (proteina//e/225/ca) distance dist triade, (proteina//e/71/ca), (proteina//e/225/ca) label (CA sitio),"%s-%s"% (resn,resi) set label size, -0.6 set label color, black set dash gap, 0 set dash radius,0.1 set dash color, yellow set ray shadows,off ray png figura1.png Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 44/48
118 I Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1TEC.pdb bg color white hide all create proteina, (chain E) create inibidor, (chain I) create sitio, (resi 38,71,225 and proteina) select CA sitio, (name CA and sitio) distance dist triade, (proteina//e/38/ca), (proteina//e/71/ca) distance dist triade, (proteina//e/38/ca), (proteina//e/225/ca) distance dist triade, (proteina//e/71/ca), (proteina//e/225/ca) label (CA sitio),"%s-%s"% (resn,resi) set label size, -0.6 set label color, black set dash gap, 0 set dash radius,0.1 set dash color, yellow set ray shadows,off ray png figura1.png Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 44/48
119 II Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Selecionar os resíduos que pertencem a interface molecular Tripsina/BPTI Calcular as possíveis ligaç~oes de hidrogenio entre as interfaces Usar recursos gráficos para exibiç~ao da imagens Gerar figura e salvar sess~ao dos dados Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 45/48
120 II Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1YKT.pdb bg color white show sticks select proteina, chain A select inibidor, chain B select inter p, resi and proteina) select inter i, resi and inibidor hide all Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 46/48
121 II Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1YKT.pdb bg color white show sticks select proteina, chain A select inibidor, chain B select inter p, resi and proteina) select inter i, resi and inibidor hide all show spheres, inter i show sticks, inter p set sphere scale, 0.35, inter i select atoms p, (elem o or (elem n)) and inter p select atoms i, (elem o or (elem n)) and inter i Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 46/48
122 II Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1YKT.pdb bg color white show sticks select proteina, chain A select inibidor, chain B select inter p, resi and proteina) select inter i, resi and inibidor hide all show spheres, inter i show sticks, inter p set sphere scale, 0.35, inter i select atoms p, (elem o or (elem n)) and inter p select atoms i, (elem o or (elem n)) and inter i show sticks, inter p -----interface gráfica show spheres, atoms i -----interface gráfica Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 46/48
123 II Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1YKT.pdb bg color white show sticks select proteina, chain A select inibidor, chain B select inter p, resi and proteina) select inter i, resi and inibidor hide all show spheres, inter i show sticks, inter p set sphere scale, 0.35, inter i select atoms p, (elem o or (elem n)) and inter p select atoms i, (elem o or (elem n)) and inter i show sticks, inter p -----interface gráfica show spheres, atoms i -----interface gráfica dist HB, (atoms p),(atoms i), 3.2 remover sombras -----interface gráfica Melhorar a qualidade da imagens -----interface gráfica Remover os labels -----interface gráfica Salvar sess~ao pymol -----interface gráfica Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 46/48
124 II Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos load 1YKT.pdb bg color white show sticks select proteina, chain A select inibidor, chain B select inter p, resi and proteina) select inter i, resi and inibidor hide all show spheres, inter i show sticks, inter p set sphere scale, 0.35, inter i select atoms p, (elem o or (elem n)) and inter p select atoms i, (elem o or (elem n)) and inter i show sticks, inter p -----interface gráfica show spheres, atoms i -----interface gráfica dist HB, (atoms p),(atoms i), 3.2 remover sombras -----interface gráfica Melhorar a qualidade da imagens -----interface gráfica Remover os labels -----interface gráfica Salvar sess~ao pymol -----interface gráfica Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 46/48
125 Sumário Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos 1 O que é visualização de biomoléculas? Rasmol JMol 2 Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 47/48
126 Sumário Visualizador Molecular : Interface Gráfica : Utilização de Comandos Valdete Maria Gonçalves de Almeida II Curso de Verão em Bioinformática Estrutural 48/48
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