Bases de Dados Freqüentemente usadas em Bioinformática Ana Carolina Q. Simões anakqui@yahoo.com
Organização da aula NCBI Translate tool Genome Browser EBI SwissProt KEGG Gene Ontology SMD Revistas relevantes para a área de Bioinformática
NCBI - National Center for Biotechnology Information http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.view..showtoc&rid=handbook.toc&depth=2
www.ncbi.nlm.nih.gov
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sitemap/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/database/index.html
Problema 1: O que consigo saber sobre a doença febre familiar do mediterraneo? Quais os genes envolvidos? Qual a mutação?
Link: OMIM -> Gene
Gene: MEFV Mediterranean fever
As bases de dados mais especificamente... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/database/index.html ftp://ftp.ncbi.nih.gov
GenBank: CoreNucleotide, dbest e dbgss Nucleotide: seqüências de nucleotídeos do GenBank, RefSeq, and PDB dbest: seqüências de ESTs dbgss: random "single pass read" genome survey sequences, cosmid/bac/yac end sequences, exon trapped genomic sequences, Alu PCR sequences, transposon-tagged sequences dbsnp: base de dados de single nucleotide polymorphism Protein: seqüências de proteína das fontes: SwissProt, PIR, PRF, PDB, e traduções de regiões codificantes de seqüências do GenBank e RefSeq. RefSeq: seqüências resultantes de agrupamento não redundantes de DNA, RNA e proteína UniGene: conjuntos de seqüências divididos em grupos que devem representar um único gene.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/index.html
Exercício 1. Faça download de uma seqüência de nucleotídeo de proteína quinase (protein kinase), de um organismo qualquer 2. Faça download de uma seqüência de proteína de histona (histone), de um organismo qualquer 3. Faça download de uma seqüência de mrna de histona (histone), de um organismo qualquer 4. Faça download de uma seqüência de EST de histona (histone), de um organismo qualquer 5. Filtre a suas buscas por organismo específico 6. Faça testes com AND, OR
...
BLAST na Web http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi
Blastx
New design...
O alinhamento...
http://www.expasy.ch/tools/dna.html
Exercício Faça: 1.BLASTX 2.BLASTP 3.BLAST2sequences 4.BLASTN 5.TBLASTX 6.TBLASTN
Pausa para o café... :D
Genome Browser http://genome.ucsc.edu/
Exercício Pegue uma seqüência no NCBI e mapeie contra o genoma humano. Analise os pontos em que ela mapeia. Analise os introns, exons e splicing alternativo
ExPASy http://kr.expasy.org/
http://ca.expasy.org/prosite/
http://www.ebi.ac.uk/tools/interproscan/ http://www.ebi.ac.uk/information/
http://genome-www5.stanford.edu/
Recuperando informações relacionadas O que queremos recuperar: 1. Seqüências associadas a uma publicação 2. Publicações associadas a uma seqüência 3. Quero recuperar uma seqüência de humano homologa à de camundongo, e depois ver se há alguma publicação associada a ela. 4. Dada uma publicação, quero ver as seqüências associadas a ela e ver então toda a informação gênica associada a uma dessas seqüências
http://www.ncbi.nlm.nih.gov => Pubmed prognostic factors nasopharyngeal small RNA
Links entre os bancos de dados
Exercício O que queremos recuperar: 1. Seqüências associadas a uma publicação 2. Publicações associadas a uma seqüência 3. Quero recuperar uma seqüência de humano homologa à de camundongo, e depois ver se há alguma publicação associada a ela. 4. Dada uma publicação, quero ver as seqüências associadas a ela e ver então toda a informação gênica associada a uma dessas seqüências
O que fazer quando a publicação não é pública? Periódicos CAPES http://www.periodicos.capes.gov.br/portugues/index.jsp
Revistas muito ativas na área de bioinformática PLOS www.plos.org/ BMC www.biomedcentral.com/ Bioinformatics bioinformatics.oxfordjournals.org/ Entidades importantes da área Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C)http://www.ab3c.org/ The International Society for Computational Biology www.iscb.org/ Bioinformatics Organization http://bioinformatics.org/
FIM :))))