Computação: Reflexões

Transcrição

1 Computação: Reflexões 24/02/10

2 Computação + Bioinfo Pra que preciso em Bioinformática? Ou melhor, que tipo de contribuição a computação pode nos dar para um Biólogo ou afim?

3 Exemplo Experimento (Geração de dados) Coleta e Análise de dados

4 Exemplo 2 Fonte:

5 DNA Evolution Fonte: PMID:

6 DNA Evolution Fonte: PMID:

7 Futuro ( Presente ) Fonte - PMID:

8 Nova camada no Dogma Fonte: Machado-Lima, 2007

9 Complexidade: CDS x ncrnas Taft et al PMID:

10 RNAs não codificantes ou ncrnas Definição (Adaptado): RNAs não codificantes ou ncrnas (do inglês noncoding) são RNAs não traduzidos e que podem possuir função biológica Fonte: Eddy SR. Nat Rev Genet

11 Interesse nos ncrnas John S. Mattick. The Genetic Signatures of Noncoding RNAs. PLoS Genetics. Review, 2009.

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13 Geração de dados > do que capacidade de armazenamento Fonte:

14 NGS ER Mardis. Nature 470, (2011) doi: /nature09796

15 Contudo: existem limitações Crescente a geração de dados Manipulação das informações para resposta de interesse Como tratar todos esses dados de modo a ajudar integração e contribuir para responder as perguntas de interesse!??!

16 Entretanto Grande quantidade de programas Next-Generation Sequencing (NGS) o Grande Quantidade Dados Inviável uso da maioria dos programas ab initio ou afins escala genômica Análise (montagem): não trivial. Tamanho pequeno, filtragem de falsos resultados Muitos reads, mas nem sempre muitos resultados (só mapeamento perfeitos)

17 NGS ER Mardis. Nature 470, (2011) doi: /nature09796

18 Programação + BD Ferramentas básicas mara essa manipulação de dados OU melhor, podemos: - Filtrar, mascarar; - Selecionar dados ou fração de interesse - Copiar - Gravar - E muitas outras funções

19 Simbologia Linguagem de Programação: forma pela qual escrevermos algoritmos numa linguagem em que ambos* entendem para execução de uma ou mais tarefas. * Homem e Computador Banco de dados: - Coleção de informações sobre o mesmo contexto. - SGBD Sistema que gerencia um BD

20 Linguagem de Programação PERL Python Java C C++ Ruby E outras

21 Exemplo Dado um arquivos FASTA, faça um programa que: a-) Conta quantidade de sequências; b-) Mostra quantidade de cada nucleotíde: Geral Por sequência Etc.. e vários outros

22 Exemplo Muitos programas estão disponíveis na WEB - RNA fold

23 Programas em plataforma Unix-like A maioria dos programas voltados para para bioinformática são para plataformas Unix-like (Ex. Linux). Assim a importância de se aprender Linux Sugestões: - Guia Foca Linux (Iniciante, mas tem todos os níveis)

24 Exemplo Compactação/Descompactação de arquivos: - tar - gz - Já viu arquivo Nome.tar ou Nome.tar.gz

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26 Exercício - BD Você tem uma coleção de genes de interesse que criar um local onde você pudesse saber: - Nome do gene Qual organismo; dados de função; possíveis Parálogos/Ortólogos; etc * E ai, como modelar isso? Planilhas? * Sempre devemos criar um BD?

27 Terminologias interessantes In silico Ab inition Predição prediction Approaches Complexidade algorítimica

28 Conclusão Saber linguagem de programação + BD ajuda a otimizar suas tarefas em bioinfo de forma mais rápida e eficiente Mesmo quem é da área Bio aconcelho entender um pouco sobre esse mudo. Ajuda a você tambéma se comunicar melhor com pessoal das Exatas.

29 Guia Foca Linux -Nível: Iniciante / Intermediário