Prof. Dr. Rodrigo Matheus Pereira. Faculdade de Ciências Biológicas e Ambentais FCBA-UFGD

Transcrição

1 Prof. Dr. Rodrigo Matheus Pereira Faculdade de Ciências Biológicas e Ambentais FCBA-UFGD

2 Bioinformática Introdução a Bioinformática 1. Histórico; 2. Bioinformática no Brasil; 3. Bioinformática: requisitos e áreas;

3 1.Histórico;

4 Bioinformáticahistórico DNA contém a informação genética Watson e Crick 1953 Desvendam estrutura química do DNA

5 O que é DNA? DNA Ácido desoxiribonucleico String, cadeia de caracteres ATGCACGT bases

6 Bioinformáticahistórico Descoberta do código genético; Fluxo da informação biológica; Biologia molecular;

7 Bioinformáticahistórico Décadade 80; Sequenciadores automáticos; 377 Sanger

8 Bioinformáticahistórico Análise de sequências - 377

9 Bioinformática histórico Análise de sequências

10 Bioinformáticahistórico Explosão de sequências armazenadas; Necessidade de análise desses dados; Profissional conhecimento biologia e informática; Bioinformata;

11 Bioinformática histórico

12 Bioinformática histórico

13 Bioinformática histórico Genomas Completos 3699 Genomas Incompletos Total de Fonte:

14 Bioinformáticahistórico Sequenciadores automáticos pelo método de Sanger; 400 sequências em aprox. 10 horas Formato fasta

15 Bioinformática histórico Novas tecnologias de sequenciamento; Aprox. 32 milhões de seqs 2 bilhões de bases Aprox. 1 milhão de seqs 120 milhões bases

16 Bioinformática histórico 2001 genoma humano Aprox. U$ 3 bilhões dólares Quase 13 anos e 500 cientistas 3,2 bilhões bases

17 Bioinformática Introdução a Bioinformática 1. Histórico; 2. Bioinformática no Brasil; 3. Bioinformática: requisitos e áreas; 4. ;

18 2.Bioinformática no Brasil;

19 Bioinformática Bioinformática no Brasil?

20 Bioinformáticano Brasil Pioneiros 1990 João Meidanise João Carlos Setúbal Meidanis professor Unicamp, Scylla Setúbal-professor USP Institutode Química LBI Unicamp AtualmenteLGE (Lab. Genômicae Expressão)

21 Bioinformáticano Brasil 13 de julho de 2000; Bactéria: Xylella fastidiosa; 60 laboratórios; 200 cientistas em 34 laboratórios; Quase 2 anos NATURE The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa 151a0.html

22 Bioinformáticano Brasil Incentivo federal; Especialização em bioinformática 2002; LNCC Laboratório Nacional de Computação Científica;

23 Bioinformáticano Brasil Pós-graduação USP UFMG Unicamp LNCC UFPR

24 Bioinformáticano Brasil Graduação USP - Informática Biomédica Disciplinas Graduação:USP, Unicamp, UNESP, UFGD,UFMS; Outras: disciplinas pós-graduação;

25 Bioinformática Introdução a Bioinformática 1. Histórico; 2. Bioinformática no Brasil; 3. Bioinformática: requisitos e áreas;

26 3.Bioinformática: Requisitose áreas

27 BioinformáticaRequisitos Linguagens de programação; Perl - Bioperl Python Biopython, Java Biojava; R - Bioconductor

28 Bioinformáticarequisitos Sistemas operacionais; Windows, Unix Linux diversas distros para bioinfo; Biolinux, Bioknoppix, UbuntuScience;

29 Bioinformáticarequisitos Programas de bionformática; Biologia Molecular; Bioquímica; Bancos Biológicos;

30 Banco de dados biológicos NCBI 33 Bancos 9 Literatura 26 dados biológicos

31 Bioinformática definição O que é a bioinformática?

32 Bioinformática definição Análise e gerenciamento de dados biológicos pela informática;luscombe, 2001 Ramificação da Biotecnologia; Multidisciplinar Biologia, Ciência da computação, Estatística, biologia molecular

33 Áreasdabioinformática

34 Áreasdabioinformática Genômica; Proteômica; Metagenômica; Análise de Transcriptomas;

35 Áreas da bioinformática Genômica; Assembly Anotação Blast - NCBI???? GGATATGACCTCAGGTTGCATGACTTGGGGTGGAAAG ATTTATCGGTGCAGGATGGGCCCGCGGCCTATC AGCTTGTTGGTGGGGTAATGGCC TACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGACCTGAGA GGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGG

36 Áreasdabioinformática Genômica; Proteômica; Metagenômica; Análise de Transcriptomas;

37 Áreas da bioinformática Proteômica; CASP predição de proteína

38 Áreasdabioinformática Genômica; Proteômica; Metagenômica; Análise de Transcriptomas;

39 Áreas da bioinformática Metagenômica;

40 Áreasdabioinformática Genômica; Proteômica; Metagenômica; Análise de Transcriptomas;

41 Áreas da bioinformática Análise de Transcriptomas; Metaboloma;???

42 Áreasdabioinformática Metaboloma; O metaboloma representa o conjunto de todos os metabólitos em uma célula, sendo estas substâncias consideradas os produtos finais dos processos celulares. Estudos filogenéticos; Biologia de Sistemas;

43 Áreasdabioinformática Estudos filogenéticos;

44 Revistas bioinformática Nucleic Acids Research BMC Bioinformatics Bioinformatics Briefings in Bioinformactics PLOS Computational Biology Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB) IEEE/ACM

45 Obrigado!!!