Bioinformática. João Varela Aula T15 CURSOS EM BIOLOGIA, BIOQUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA BIOLÓGICA

Transcrição

1 Bioinformática CURSOS EM BIOLOGIA, BIOQUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA BIOLÓGICA João Varela jvarela@ualg.pt Aula T15

2 Ontologia Génica (GO) Componente celular (biologia celular) Função molecular / bioquímica (biologia molecular) Processo Biológico (biologia de sistemas)

3 Componente Celular Localização do produto génico dentro e / ou fora da célula A localização é uma pista onde a proteína / RNA actua na célula, que por sua vez é uma pista para a sua função

4 Bioinformática da previsão do tráfico intracelular Tráfego Biossintético Tráfego Retentivo Tráfego Endocítico

5 Vias de tráfego biossintético, endocítico e retentivo

6 A via biossintético-secretora inicia-se no RER

7 Existência de péptido sinal numa sequência é indicadora de que a proteína é secretada ou está no sistema endomembranar

8 Existência de péptido sinal numa sequência é indicadora de que a proteína é secretada ou está no sistema endomembranar Tráfego Biossintético-Secretor

9 Existência de um sinal de retenção ou domínios transmembranares numa sequência é indicadora de que a proteína é membranar

10 Tráfico intracelular para mitocôndrias e cloroplastos

11 Proteínas com assinaturas de importação para mitocôndrias deverão ter localização mitocondrial

12 Proteínas com assinaturas de importação para cloroplastos deverão ter localização plastidial

13 Ferramentas bioinformáticas para prever a localização intracelular de proteínas PSORT SignalP Web Server TargetDB

14 Annotathon: Análise de Resultados Critérios de Avaliação ORFs Massa Molecular Domínios BLAST e Lineage Report MSA Filogenia e Taxonomia Ontologia Conclusões

15 Critérios de Avaliação: ORFs e Análise de Resultados respectiva Codão START existe? Está correcto? Codão STOP existe? Está correcto? ORF contém codões STOP internos? Discute qual o quadro de leitura e cadeia em que ela se encontra? Existem ORFs maiores? Se sim, discute porque não escolheu essa para ser analisada? Existem ORFs adicionais com significado biológico? Determinou se a sequência é codificante ou não? Disse que era não codificante quando o tamanho da sequência não aponta para isso? Discute quantas ORFs encontrou nas duas cadeias? O protocolo está correcto e completo?

16 Annotathon: Análise de Resultados Critérios de Avaliação ORFs Massa Molecular Domínios BLAST e Lineage Report MSA Filogenia e Taxonomia Ontologia Conclusões

17 Critérios de Avaliação: Massa Molecular Não calculou a massa molecular da proteína quando a proteína está claramente completa? Calculou a massa molecular da proteína quando a proteína está claramente incompleta?

18 Annotathon: Análise de Resultados Critérios de Avaliação ORFs Massa Molecular Domínios BLAST e Lineage Report MSA Filogenia e Taxonomia Ontologia Conclusões

19 Domínios Proteicos e Análise de Resultados Discute a lista de domínios presente em RAW results e respectivas funções? Discute os valores E respectivos? Discute quais os domínios correctos e os domínios redundantes (sobrepostos)? Discute a função da proteína à luz dos domínios encontrados? Os domínios estão correctamente apresentados no esquema gráfico? Colocou os resultados todos em RAW RESULTS?

20 Annotathon: Análise de Resultados Critérios de Avaliação ORFs Massa Molecular Domínios BLAST e Lineage Report MSA Filogenia e Taxonomia Ontologia Conclusões

21 BLAST: Análise de Resultados A lista de resultados (hits) está completa? A lista dos 12 melhores alinhamentos está completa? Tem sequências a mais? Analisa os valores E, o nº de hits e a localização das homologias nos alinhamentos? Analisa a função possível da proteína? Analisa se a proteína tem proteínas homólogas conhecidas? O protocolo está correcto? Desistiu logo com resultados do BLASTp sem ter tentado análises alternativas (por ex., BLASTx)? Discute os resultados do Lineage Report? Discute a escolha dos ingroups e outgroups? Discute a escolha das sequências para fazer os alinhamentos múltiplos? Escolheu o nº máximo de hits correcto?

22 Annotathon: Análise de Resultados Critérios de Avaliação ORFs Massa Molecular Domínios BLAST e Lineage Report MSA Filogenia e Taxonomia Ontologia Conclusões

23 MSA: Análise de Resultados Determinou o início da ORF olhando para os resultados do MSA? Discutiu se as sequências no MSA têm o mesmo tamanho? Os resultados do MSA batem certo com os resultados dos domínios? Isso é discutido? O alinhamento MSA está correcto e bem apresentado (contém nomes fáceis de identificar, por ex.)? O alinhamento MSA contém sequências repetidas? Adicionou a ORF desconhecida ao MSA? (erro frequente!)

24 Annotathon: Análise de Resultados Critérios de Avaliação ORFs Massa Molecular Domínios BLAST e Lineage Report MSA Filogenia e Taxonomia Ontologia Conclusões

25 Filogenia e Taxonomia: Análise de Resultados O protocolo está correcto? Apresentação da árvore está correcta? Colocaram os nomes dos taxa (género, classe, por ex.) nas folhas da árvore? Discutiu a topologia das árvores? Realizou a construção de árvores com os 2 métodos (NJ e ML)? Discutiu se as árvores são concordantes? Seleccionou qual o grupo taxonómico mais provável?

26 Annotathon: Análise de Resultados Critérios de Avaliação ORFs Massa Molecular Domínios BLAST e Lineage Report MSA Filogenia e Taxonomia Ontologia Conclusões

27 Ontologia Génica Escolheu o processo biológico correcto? Escolheu a função molecular correcta?

28 Annotathon: Análise de Resultados Critérios de Avaliação ORFs Massa Molecular Domínios BLAST e Lineage Report MSA Filogenia e Taxonomia Ontologia Conclusões

29 Conclusões Discutir argumentos a favor / contra a hipótese da sequência ser codificante ou não (usar números) Discutir a sua função bioquímica e a sua participação num dado processo biológico Discutir a classificação taxonómica

30 O que se deve EVITAR nas Conclusões A descrição em que botões se clicou A descrição do método utilizado Escrever conclusões mal estruturadas (escrita telegráfica) Pôr palha na esperança de obter melhor nota Fazer plágio, copiando e colando descrições de funções de páginas da Internet (implica anulação da anotação!) Não relacionar conclusões dos vários campos da anotação (por ex. Não relacionar os resultados do MSA com os resultados do InterPro) Pôr hipóteses sem as fundamentar (referências bibliográficas e / ou números)