NCE/13/00496 Apresentação do pedido Novo ciclo de estudos

NCE/13/00496 Apresentação do pedido Novo ciclo de estudos Apresentação do pedido Perguntas A1 a A4 A1. Instituição de ensino superior / Entidade instituidora: ISPA, Crl A1.a. Outras Instituições de ensino superior / Entidades instituidoras: A2. Unidade(s) orgânica(s) (faculdade, escola, instituto, etc.): ISPA Instituto Universitário de Ciências Psicológicas, Sociais e da Vida A3. Designação do ciclo de estudos: Bioinformática A3. Study programme name: Bioinformatics A4. Grau: Licenciado Perguntas A5 a A10 A5. Área científica predominante do ciclo de estudos: Biologia A5. Main scientific area of the study programme: Biology A6.1. Classificação da área principal do ciclo de estudos (3 algarismos), de acordo com a Portaria n.º 256/2005, de 16 de Março (CNAEF): 421 A6.2. Classificação da área secundária do ciclo de estudos (3 algarismos), de acordo com a Portaria n.º 256/2005, de 16 de Março (CNAEF), se aplicável: A6.3. Classificação de outra área secundária do ciclo de estudos (3 algarismos), de acordo com a Portaria n.º 256/2005, de 16 de Março (CNAEF), se aplicável: A7. Número de créditos ECTS necessário à obtenção do grau: 180 A8. Duração do ciclo de estudos (art.º 3 DL 74/2006, de 26 de Março): 3 anos/ 6 semestres A8. Duration of the study programme (art.º 3 DL 74/2006, March 26th): 3 years / 6 semesters

A9. Número de vagas proposto: 25 A10. Condições especificas de ingresso: Provas de ingresso: Matemática, Biologia e Geologia (B), Biologia e Geologia (G), Fisíca e Química (F), Fisíca e Química (Q) A10. Specific entry requirements: Entry exams: Mathematics, Biology and Geology (B), Biology and Geology (G), Physics and Chemistry (P), Physics and Chemistry (C) Pergunta A11 Pergunta A11 A11. Percursos alternativos como ramos, variantes, áreas de especialização do mestrado ou especialidades do doutoramento em que o ciclo de estudos se estrutura (se aplicável): Não A11.1. Ramos, variantes, áreas de especialização do mestrado ou especialidades do doutoramento (se aplicável) A11.1. Ramos, variantes, áreas de especialização do mestrado ou especialidades do doutoramento, em que o ciclo de estudos se estrutura (se aplicável) / Branches, options, specialization areas of the master or specialities of the PhD (if applicable) Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento: Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD: A12. Estrutura curricular Mapa I A12.1. Ciclo de Estudos: Bioinformática A12.1. Study Programme: Bioinformatics A12.2. Grau: Licenciado A12.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável): A12.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable): <no answer> A12.4. Áreas científicas e créditos que devem ser reunidos para a obtenção do grau / Scientific areas and credits that must be obtained for the awarding of the degree Área Científica / Scientific Area Sigla / ECTS Obrigatórios / Acronym Mandatory ECTS Ciências Biológicas/Biological Sciences CB 87 0 ECTS Optativos* / Optional ECTS*

Ciências Informáticas/Informatic Sciences CI 43.5 0 Metodologias e Técnicas de Investigação/Research Methodologies and Techniques MTI 37.5 0 Ciências Biológicas ou Metodologias e Técnicas de Investigação/Biological Sciences or Research Methodologies and Techniques CB/MTI 0 12 (4 Items) 168 12 Perguntas A13 e A16 A13. Regime de funcionamento: Diurno A13.1. Se outro, especifique: A13.1. If other, specify: <no answer> A14. Local onde o ciclo de estudos será ministrado: O Ciclo de Estudos será ministrado nas instalações do ISPA Instituto Universitário de Ciências Psicológicas, Sociais e da Vida, na Rua Jardim do Tabaco, 34, Lisboa A14. Premises where the study programme will be lectured: Lectures will take place at ISPA Instituto Universitário de Ciências Psicológicas, Sociais e da Vida, na Rua Jardim do Tabaco, 34, Lisboa A15. Regulamento de creditação de formação e experiência profissional (PDF, máx. 500kB): A15._rg061_cred_comp_qru.pdf A16. Observações: Esclarecimento sobre o nome institucional: No sistema da A3ES o nome da unidade orgânica aparece referido como ISPA Instituto Universitário de Psicologia Aplicada. Essa designação resultou da passagem do ISPA Instituto Superior de Psicologia Aplicada a Instituto Universitário, com o reconhecimento pelo Ministro da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (D.L. 221/2009 de 8 de Setembro), tendo esse nome sido publicado pelo Ministério sem o conhecimento da entidade instituidora. Posteriormente, e na sequência de um pedido de alteração de designação institucional, foi exarado despacho por Sua Ex.ª O Ministro da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (Processo: 50.28/97.324; Entrada: 5835) tendo sido dado conhecimento dessa aprovação ao Exmo. Senhor Director Geral do Ensino Superior, passando a designação oficial a: ISPA Instituto Universitário de Ciências Psicológicas, Sociais e da Vida. A16. Observations: Clarification on the institutional name: In the A3ES system the name of the institute appears as ISPA Instituto Universitário de Psicologia Aplicada. This designation resulted from the attribution to ISPA of the statue of University Institute, with the recognition by the Minister of Science, Technology and High Education (D.L. 221/2009 from 8 Setember), but was published without the institution s prior informed consent. After that, and following a request to change the institutional name, his Excellency the Minister of Science, Technology and Higher Education pronounced favorably to this request (Proc.: 50.28/97.324; Entry: 5835) and the Director General of Higher Education was duly informed, being the new designation: ISPA Instituto Universitário de Ciências Psicológicas, Sociais e da Vida. Instrução do pedido 1. Formalização do pedido 1.1. Deliberações Mapa II Reitor

1.1.1. Órgão ouvido: Reitor 1.1.2. Cópia de acta (ou extrato de acta) ou deliberação deste orgão assinada e datada (ofpdf, máx. 100kB): 1.1.2._Reitor_LBI.pdf Mapa II Conselho Científico 1.1.1. Órgão ouvido: Conselho Científico 1.1.2. Cópia de acta (ou extrato de acta) ou deliberação deste orgão assinada e datada (ofpdf, máx. 100kB): 1.1.2._pdf31102013124454.pdf Mapa II Conselho Pedagógico 1.1.1. Órgão ouvido: Conselho Pedagógico 1.1.2. Cópia de acta (ou extrato de acta) ou deliberação deste orgão assinada e datada (ofpdf, máx. 100kB): 1.1.2._CP_LBI.pdf 1.2. Docente(s) responsável(eis) pela coordenação da implementação do ciclo de estudos 1.2. Docente(s) responsável(eis) pela coordenação da implementação do ciclo de estudos A(s) respectiva(s) ficha(s) curricular(es) deve(m) ser apresentada(s) no Mapa V. José António Almeida Costa da Cruz e Rui Filipe Nunes Pais de Oliveira 2. Plano de estudos Mapa III 1º Ano 1º Semestre 2.1. Ciclo de Estudos: Bioinformática 2.1. Study Programme: Bioinformatics 2.2. Grau: Licenciado 2.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável): 2.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable): <no answer> 2.4. Ano/semestre/trimestre 1º Ano 1º Semestre 2.4. Curricular year/semester/trimester: 1st Year 1st Semester 2.5. Plano de Estudos / Study plan Unidade Curricular / Curricular Unit Programação de Área Científica / Scientific Area (1) Duração / Horas Trabalho / Duration (2) Working Hours (3) Horas Contacto / Contact Hours (4) T:32 TP:64 OT:6 ECTS Observações / Observations (5)

computadores/computer Programming I CI Semestral 225 AV:4 9 Matemática I/Mathematics I MTI Semestral 187.5 Biologia Celular e Genética/Cell Biology and Genetics Biologia Integrativa/Integrative Biology Introdução à Bioinformática/Introduction to Bioinformatics (5 Items) CB Semestral 187.5 T:32 TP:48 OT:5 AV:4 T:32 TP:38 PL:10 OT:5 AV:4 CB Semestral 75 T:32 AV:4 3 CB Semestral 75 T:32 AV:4 3 7.5 7.5 Mapa III 1º Ano 2º Semestre 2.1. Ciclo de Estudos: Bioinformática 2.1. Study Programme: Bioinformatics 2.2. Grau: Licenciado 2.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável): 2.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable): <no answer> 2.4. Ano/semestre/trimestre 1º Ano 2º Semestre 2.4. Curricular year/semester/trimester: 1st year 2nd Semester 2.5. Plano de Estudos / Study plan Unidade Curricular / Curricular Unit Programação de computadores II/Computer Programming II Duração / Área Científica / Duration Scientific Area (1) (2) CI Semestral 225 Álgebra Linear/Linear Algebra MTI Semestral 187.5 Biologia Molecular e Bioquímica/Molecular Biology and Biochemistry Sistemas de Bases de Dados/Data Base Systems (4 Items) CB Semestral 187.5 CI Semestral 150 Horas Trabalho / Working Hours (3) Horas Contacto / Contact Hours (4) T:32 TP:64 OT:6 AV:4 T:32 TP:48 OT:5 AV:4 T:32 TP:48 OT:5 AV:4 T:32 TP:32 OT:5 AV:4 ECTS 9 7.5 7.5 6 Observações / Observations (5) Mapa III 2º Ano 1º Semestre 2.1. Ciclo de Estudos: Bioinformática

2.1. Study Programme: Bioinformatics 2.2. Grau: Licenciado 2.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável): 2.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable): <no answer> 2.4. Ano/semestre/trimestre 2º Ano 1º Semestre 2.4. Curricular year/semester/trimester: 2nd Year 1st Semester 2.5. Plano de Estudos / Study plan Unidade Curricular / Curricular Unit Probabilidade e Estatística/Statistics Área Científica / Scientific Area (1) Duração / Duration (2) MTI Semestral 225 Matemática II/Mathematics II MTI Semestral 187.5 Análise de Sequências/Biological Sequence Analysis CB Semestral 187.5 Horas Trabalho / Working Hours (3) Horas Contacto / Contact Hours (4) T:32 TP:64 OT:6 AV:4 T:32 TP:48 OT:5 AV:4 T:32 TP:48 OT:5 AV:4 Aprendizagem Automática/Machine Learning CI Semestral 150 T:32 TP:32 OT:5 AV:4 (4 Items) ECTS 9 7.5 7.5 6 Observações / Observations (5) Mapa III 2º Ano 2º Semestre 2.1. Ciclo de Estudos: Bioinformática 2.1. Study Programme: Bioinformatics 2.2. Grau: Licenciado 2.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável): 2.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable): <no answer> 2.4. Ano/semestre/trimestre 2º Ano 2º Semestre 2.4. Curricular year/semester/trimester: 2nd Year 2nd Semester

2.5. Plano de Estudos / Study plan Unidade Curricular / Curricular Unit Redes de Computadores/Computer Networks Análise de Dados Biológicos/Analysis of Biological Data Estruturas Biomoleculares/Biomolecular Structures Biologia Evolutiva/Evolutionary Biology (4 Items) Área Científica / Scientific Area (1) Duração / Horas Trabalho / Duration (2) Working Hours (3) CI Semestral 187.5 CB Semestral 187.5 CB Semestral 187.5 CB Semestral 187.5 Horas Contacto / Contact Hours (4) T:32 TP:48 OT:5 AV:4 T:32 TP:48 OT:5 AV:4 T:32 TP:48 OT:5 AV:4 T:32 TP:48 OT:5 AV:4 ECTS 7.5 7.5 7.5 7.5 Observações / Observations (5) Mapa III 3º Ano 1º Semestre 2.1. Ciclo de Estudos: Bioinformática 2.1. Study Programme: Bioinformatics 2.2. Grau: Licenciado 2.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável): 2.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable): <no answer> 2.4. Ano/semestre/trimestre 3º Ano 1º Semestre 2.4. Curricular year/semester/trimester: 3rd Year 1st Semester 2.5. Plano de Estudos / Study plan Unidade Curricular / Curricular Unit Computação de Alto Desempenho/High Performance Computing Técnicas Avançadas de Exploração de Dados/Advanced Techniques of Data Exploration Genomica Funcional e Comparativa/Genomics Área Científica / Scientific Area (1) Duração / Duration (2) CI Semestral 150 MTI Semestral 150 CB Semestral 150 Redes Biológicas/Biological Networks CB Semestral 150 Competências Académicas/Academic Skills MTI Semestral 150 Empreendedorismo/Entrepreneurship MTI Semestral 150 Modelação de Sistemas Biológicos/Biological Systems Modeling (7 Items) CB Semestral 150 Horas Trabalho Horas Contacto / Working Hours / Contact Hours (3) (4) T:32 TP:32 OT:5 AV:4 T:32 TP:32 OT:5 AV:4 T:32 TP:32 OT:5 AV:4 T:32 TP:32 OT:5 AV:4 T:32 TP:32 OT:5 AV:4 T:32 TP:32 OT:5 AV:4 T:32 TP:32 OT:5 AV:4 ECTS 6 6 6 Observações / Observations (5) 6 Opcional/Optional 6 Opcional/Optional 6 Opcional/Optional 6 Opcional/Optional

Mapa III 3º Ano 2º Semestre 2.1. Ciclo de Estudos: Bioinformática 2.1. Study Programme: Bioinformatics 2.2. Grau: Licenciado 2.3. Ramo, variante, área de especialização do mestrado ou especialidade do doutoramento (se aplicável): 2.3. Branch, option, specialization area of the master or speciality of the PhD (if applicable): <no answer> 2.4. Ano/semestre/trimestre 3º Ano 2º Semestre 2.4. Curricular year/semester/trimester: 3rd year 2nd Semester 2.5. Plano de Estudos / Study plan Unidade Curricular / Curricular Unit Área Científica / Scientific Area (1) Duração / Duration (2) Estágio/Internship CB Semestral 450 Horas Trabalho / Working Hours (3) Horas Contacto / Contact Hours (4) S:24; E=300; OT:32; AV:18 Projecto/Projcect CB Semestral 300 S:16; OT:16; AV:4 12 (2 Items) ECTS Observações / Observations (5) 18 3. Descrição e fundamentação dos objectivos, sua adequação ao projecto educativo, científico e cultural da instituição, e unidades curriculares 3.1. Dos objectivos do ciclo de estudos 3.1.1. Objectivos gerais definidos para o ciclo de estudos: Pretende se fornecer uma formação diversificada e equilibrada no campo multidisciplinar da Bioinformática, com o objectivo de formar profissionais altamente qualificados que combinem: Bons conhecimentos nas áreas da biologia e ciências da vida; uma boa preparação teórica em matemática e ciências da computação; e o desenvolvimento de fortes competências práticas na aplicação de ferramentas e metodologias tecnológicas à resolução de problemas complexos de processamento e análise de grandes quantidades de dados e modelação de fenómenos biológicos. A componente de formação teórica e metodológica deverá preparar os alunos para o trabalho em ambiente académico e de investigação. O ênfase na aplicação prática dos conhecimentos adquiridos ao longo do ciclo de estudos deverá permitir uma integração rápida e produtiva em ambientes de trabalho académicos ou na indústria. 3.1.1. Generic objectives defined for the study programme: It will provide a diversified and balanced training program in the multidisciplinary field of bioinformatics with the main goal of training highly qualified professionals that combine: A good understanding of biology and life sciences; a good theoretical background in mathematics and computer science; and the development of strong practical skills applying technological and methodological tools to solve complex problems such as the processing and analysis of large dataset, and the modelling of biological phenomena. The theoretical training provided aims to prepare students to work on research and academic environments, the focus on practical work and hands on learning will allow students to integrate either academic or industry teams in an immediately productive fashion. 3.1.2. Objectivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências) a desenvolver pelos estudantes:

1. Desenvolver uma postura profissional autónoma, responsável, crítica e ética. 2. Compreender e integrar os conceitos da biologia necessários à realização de projectos bioinformática em contextos de investigação. 3. Dominar os métodos de análise estatística de dados experimentais e a interpretação dos resultados obtidos. 4. Compreender as noções fundamentais da concepção, projecto e realização da investigação científica. 5. Compreender e aplicar as ferramentas, métodos e tecnologias estudados de forma efectiva. 6. Desenvoler o sentido crítico na análise dos métodos e ferramentas disponíveis, que permita a avaliação rigorosa das suas qualidades, limitações e âmbito de aplicação. 7. Dominar o processo de concepção, desenho, desenvolvimento e manutenção de sistemas informáticos em ambiente de operação real. 8. Comunicar as conclusões dos trabalhos efectuados assim como os pressupostos teóricos e metodológicos subjacentes de forma clara e profissional. 3.1.2. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences) to be developed by the students: 1. Develop an autonomous, responsible, critic and ethic professional conduct. 2. Understand and integrate the biological concepts required to the implementation of bioinformatics research projects. 3. Master the methods of statistical analysis of experimental data and the interpretation of the obtained results. 4. Understand the fundamentals of design, project, execution of scientific research. 5. Understand and effectively apply the studied tools, methods and technologies. 6. To develop a critical thinking to analyze the available methods and tools, which allows a rigorous assessment of their qualities, limitations and scope of application. 7. Master the design, development and operation process of a real world informatics system. 8. Communicate in a clear and professional way the conclusion of the research as well as its theoretical and methodological assumptions. 3.1.3. Coerência dos objetivos definidos com a missão e a estratégia da Instituição de ensino: O ISPA iniciou a sua actividade em 1962 como Instituto de Ciências Psicológicas, passando a Instituto Superior de Psicologia Aplicada (ISPA) em 1964. Desde então constituiu se como uma referência incontornável no ensino superior em Portugal. Pioneiro no ensino e investigação das ciências psicológicas e do comportamento, o ISPA é reconhecido nacional e internacionalmente pela excelência do seu projecto científico, pedagógico e cultural, pela qualidade do seu corpo docente e da sua actividade de investigação e desenvolvimento e pela relevância da sua extensão universitária. Desde o início, o projecto ISPA estruturou se segundo uma matriz de desenvolvimento institucional que concilia seis linhas de força essenciais. 1. Constituição de um corpo docente próprio e altamente qualificado e prestigiado; 2. Formação científica e pedagógica plural com um enfoque muito particular na multidisciplinaridade científica e na vertente cultural 3. Produção científica relevante, internacionalmente reconhecida e referenciada 4. Uma aposta clara na internacionalização através de parcerias fortes com instituições de referência no espaço Europeu, da América do Norte e Brasil 5. Uma actividade editorial diversificada com títulos que são, actualmente, referências na área das ciências sociais, psicológicas e do comportamento 6. Intervenção social e comunitária relevante, permanente e diversificada; Desde 1994, foi igualmente reconhecida pela FCT, a Unidade de Investigação em Eco Etologia que obteve as mais elevadas classificações desde a sua constituição, tendo actualmente o nível de Excelente, sendo uma referência nas ciências do mar, nomeadamente na biologia marinha, ecologia, conservação, comportamento, fisiologia, evolução, biogeografia, entre outras. A reconversão em Instituto Universitário em 2009 no quadro do novo modelo organizativo do ensino superior foi institucionalmente marcante. O ISPA foi a segunda instituição em Portugal e a primeira no subsistema do ensino particular e cooperativo a satisfazer os requisitos formais e o nível de qualificação exigidos para esta adequação organizacional. Com esta nova matriz institucional o ISPA passou a ministrar, de forma autónoma, todos os graus académicos previstos no quadro da organização dos estudos introduzido pelo Processo de Bolonha alargando também a sua oferta formativa a outras áreas com particular destaque para a Biologia. Em 2009 é criado o Centro de Biociências, em 2010 inicia o funcionamento da Licenciatura em Biologia e desde 2013 o Mestrado em Biologia Marinha e Conservação e o Doutoramento em Biologia do Comportamento. Esta nova realidade traduz a excelência do projecto pedagógico e científico do ISPA, alicerçado nas mais elevadas classificações atribuídas por entidades independentes. Neste sentido, a presente proposta enquadra se como um complemento natural na oferta de ensino em biologia do ISPA, numa área de grande actualidade e de elevada exigência tecnológica e teórica. 3.1.3. Coherence of the defined objectives with the Institution's mission and strategy: ISPA started its activity in 1962 as Instituto de Ciências Psicológicas and in 1964 adopted the name Instituto Superior de Psicologia Aplicada (ISPA). Since then it constituted an inescapable reference in the Portuguese higher education system. Pioneer in research and education in the psychological and behavioural sciences, ISPA is internationally and

nationally recognized by the excellence of its scientific, pedagogical and cultural project, the quality of its academic staff and of its research and development activities and the relevance of the extension and outreach programs. From the beginning, ISPA project was built over an institutional development matrix which integrates six main lines: 1. A highly qualified and prestigious academic staff fully committed to the institution; 2. Plural scientific and pedagogical learning particularly focused in a scientific and cultural multidisciplinary approach; 3. Relevant scientific production, internationally recognised and referenced 4. A clear investment on the internationalization through strong partnerships with universities and research and intervention centres of excellence in Europe, North America and Brasil; 5. A diversified editorial activity with titles that currently constitute reference citations in the social, psychological and behavioural sciences; 6. Relevant, permanent and diversified social and community intervention and outreach. Since 1994 the R&D Eco Etology Research Unit was recognized by FTC and has obtained the highest classifications from the beginning, currently being marked as Excellent, and a reference in the marine sciences, namely in marine biology, ecology, conservation, behavior, physiology, evolution, biogeography, among others. The conversion in University Institute (Instituto Universitário), in 2009 in the framework of the new organizational model of higher education represented an institutional landmark. ISPA was the second institution in Portugal and the first one in the private and cooperative subsystem to comply with the formal requisites and mandatory quality level. With this new institutional matrix, ISPA is now able to offer, in an autonomous way, all academic levels part of the study cycles organization established by the Bolonha Process also widening the portfolio to other areas with special reference to Biology. In 2009 was launched the Biosciences Centre, in 2010 the Biology 1st cycle degree started and in 2013 were launched the Marine Biology and Conservation Master degree and the PhD in Behavioral Biology. This new reality translated the excellence of the ISPA scientific and pedagogical project, sustained in the highest classifications attributed by independent external evaluation bodies to scientific research and high level activities in the Biology domain. In this context the present proposal fits as a natural complement to the Biology training offer at ISPA, in a technological and theoretical, leading edge scientific field. 3.2. Adequação ao projeto educativo, científico e cultural da Instituição 3.2.1. Projeto educativo, científico e cultural da Instituição: Ao longo de décadas o ISPA desenvolve um projecto universitário que se consolidou em torno de três preocupações estruturantes: i) constante produção e difusão do conhecimento, ii) intervenção social e, iii) desenvolvimento de uma cultura científica de base humanista e ambientalmente sustentável. i) A produção e difusão de conhecimento assentam numa estratégia de formação universitária caracterizada pela crítica sistemática do conhecimento estabelecido, dando expressão a uma intensa actividade de investigação que se desenvolve desde os primeiros anos de formação inicial até às estruturas associadas ao Centro de Investigação e Intervenção que integra as Unidades de Investigação com reconhecimento internacional. Esta actividade é apoiada por recursos laboratoriais e de campo cujo acesso é aberto não só a investigadores como aos estudantes. A dinâmica pedagógica e científica apoia se ainda, para lá da estimulação do pensamento crítico, no desenvolvimento de competências geradoras de autonomia e de competências sociais, favoráveis à difusão do conhecimento produzido, recorrendo às mais diversas formas (conferências, seminários, congressos e outras reuniões científicas, bem como edição de publicações periódicas de expressão nacional e internacional). Neste sentido, os estudantes são sistematicamente estimulados à difusão crítica do conhecimento através do treino em comunicações escritas e orais, em contexto de sala de aula, desde o primeiro ano de formação. ii) No âmbito da intervenção social, a actividade formativa é articulada com actividades de extensão universitária assegurada por estruturas como o Centro de Biociências, o Centro de Estudos Interculturais Aziz Ab Saber, o Centro de Estudos da Criança e da Família e a Clínica Universitária. Para além da actividade de intervenção, estes centros garantem a incorporação constante de problemáticas de incidência ambiental e social na actividade de investigação aplicada desenvolvida pelo ISPA, favorecendo igualmente o desenvolvimento da consciência cívica dos nossos estudantes e alargando o espectro de intervenção profissional. iii) Finalmente, o desenvolvimento constante de actividades de expressão científica, cultural e artística, paralelamente à organização de ciclos de conferências orientados para o cruzamento de conhecimento científico de diferentes áreas disciplinares com preocupações emergentes nas sociedades actuais, são a base de uma cultura científica de base humanista e ambientalmente sustentável. Para alcançar estes objectivos, o ISPA criou uma vasta rede de cooperação nacional e internacional, com muitos projectos em parceria com outras instituições, a mobilidade de estudantes através de redes europeias, a validação científica e pedagógica do trabalho desenvolvido e a incorporação constante de factores de inovação nestes domínios. A qualificação do quadro de pessoal técnico e de um quadro de pessoal docente próprio está na base de toda actividade desenvolvida no âmbito deste projecto. 3.2.1. Institution s educational, scientific and cultural project: For decades, ISPA has developed a University Project strengthen over three main goals:

i) constant knowledge creation and outreach, ii) social intervention, iii) development of a scientific culture with a humanistic base and environmentally sustainable. i) Knowledge creation and outreach stand on a strategy of university culture characterized by the systematic critique of the established knowledge, giving expression to an intense research activity developed from the first years of initial to the research structures associated to the Centre for Research and Intervention which integrates the internationally recognized Research Units. This activity is supported by laboratorial and field resources which are available not only to researchers but also to students. The pedagogical and scientific dynamics is also supported, not only by the stimulation of critical thought, but also on the development of capabilities which generate autonomy and social competencies and are favourable to the dissemination of the created knowledge, taking advantage of different type of means (conferences, seminars, conferences and other scientific meetings, as well as the edition of national and international periodic journals). Therefore, students are systematically stimulated to the critical transmission of knowledge through training in written and oral communication skills, in the classroom context, from the first year of the course. ii) In the social intervention, the educational activity is harmonized with outreach and intervention activities based on structures such as the Biosciences Centre, the Intercultural Studies Centre Aziz Ab Saber, the Child and Family Studies Centre and the University Clinic. Besides the intervention activities, these centres guarantee the regular incorporation of environmental and social problems in the applied research activity developed by ISPA, further favouring the development of the civic conscience of our students and widening the range of professional involvement. iii) Finally, the constant development of activities in all forms of scientific, cultural and artistic expression, together with the organization of conference cycles aimed at crossing scientific knowledge from different disciplinary areas with emerging issues in the current societies, are the basis of a humanistic and environmentally sustainable based scientific culture. To achieve these goals, ISPA has created a vast network of national and international cooperation, with many projects in partnership with other institutions, the students mobility through European networks, the scientific and educational validation of the results achieved and the constant incorporation of innovation aspects in these domains. The qualification of the technical staff and its own academic and scientific staff is at the core of all activity developed in this project. 3.2.2. Demonstração de que os objetivos definidos para o ciclo de estudos são compatíveis com o projeto educativo, científico e cultural da Instituição: A Unidade de Investigação em Eco Etologia do ISPA reconhecida pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia desde 1994 (FCT 331/94) e classificada como Excelente na última avaliação independente de painéis internacionais da FCT, apresenta uma vasta e reconhecida actividade científica, de extensão e de enquadramento pedagógico dos ciclos de estudos e unidades curriculares da área das ciências da vida (1º ciclo em Biologia; Mestrado em Psicobiologia; diversas unidades curriculares ministradas noutros ciclos de estudos). O corpo docente próprio qualificado e em regime de exclusividade enquadra um conjunto significativo estudantes de mestrado e doutoramento, bem como de investigadores doutorados que desenvolvem um leque alargado de projectos de investigação nacionais e europeus com uma produção científica de excelência. Desenvolvem ainda actividade relevante de extensão universitária, prestação de serviços e participação na implementação de políticas públicas que conferem ao ISPA um reconhecimento inquestionável na área das ciências da vida e, em particular, da Biologia. Uma das áreas mais fortes na área da investigação em Biologia realizada no ISPA é a Biologia Marinha nas vertentes da ecologia marinha, comportamento de animais aquáticos, conservação de ecossistemas marinhos, fisiologia, evolução, biogeografia e filogeografia. A recente passagem do ISPA a Instituto Universitário abriu a porta a que, de uma forma natural, o potencial científico, pedagógico e cultural na área das ciências da vida fosse aproveitado como o devido reconhecimento e avaliação pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior com a entrada em funcionamento do 1º ciclo em Biologia. Assim, consolida se na área das ciências da vida, a construção de um projecto sólido, sustentável e de excelência, do qual a presente proposta é parte integrante. Este ciclo de estudos pretende combinar uma sólida formação de base teórica em Biologia e Matemática com uma forte desenvolvimento de competências práticas em Informática e Bioinformática, áreas centrais de investigação dos membros da equipa docente do curso. Desta forma, o conhecimento gerado no âmbito da investigação de excelência no ISPA nestas áreas do conhecimento, será traduzido num plano de cursos centrado no desenvolvimento de competências que permitam uma completa e integrada compreensão dos fenómenos biológicos passíveis de estudo através da aplicação das ferramentas informáticas e matemáticas, nomeadamente: a modelação de sistemas biológicos, análise estatística de dados experimentais, o tratamento, pesquisa e publicação de grandes quantidades de informação biológica entre outros. Adicionalmente, o ISPA trabalha há muitos anos em estreita articulação com instituições públicas. Esta componente de cooperação será uma mais valia deste curso e permitirá aos estudantes aplicar os seus conhecimentos na prática durante os anos finais de formação da licenciatura. 3.2.2. Demonstration that the study programme's objectives are compatible with the Institution's educational,

scientific and cultural project: The Eco Ethology Research Unit of ISPA, recognised by the Portuguese Science and Technology Foundation since 1994 (FCT 331/94) and ranked as Excellent by the last FCT evaluation from independent reviewers, presents a vast and internationally recognised scientific activity, extension and outreach programs and educational support of the study cycles and curricular units in the life sciences (1st cycle in Biology; Masters degree in Psychobiology; several curricular units in other study cycles). The qualified staff with exclusive activity at the institute organise a significant set of masters and PhD students, as well as PhD researchers which together are involved in a wide range of national and European research projects with a highly relevant scientific output. They further develop relevant activity of university extension and outreach, acquisition of services and participation in the definition and implementation of public policies which award ISPA an unquestionable recognition in the life sciences and, in particular, in Biology. One of the strongest areas of research in Biology performed at ISPA is Marine Biology in the areas of marine ecology, behaviour of marine animals, conservation of marine ecosystems, physiology, evolution, biogeography and phylogeography. The recent conversion of ISPA in a University Institute opened the door to, in a natural way, take the best advantage of this scientific, educational and cultural potential in the life sciences, with the due recognition by the Ministry of Science, Technology and Higher Education with the launch of the 1st cycle in Biology. Therefore, a solid and sustainable project of excellence in the life sciences is consolidated, from which the current proposal is an integral part. This study cycle aims at combining a solid theoretical background in Biology and Mathematics with development of practical skills in Informatics and Bioinformatics, central areas of research of the academic staff of this study cycle. In this way, the knowledge generated by the research of excellence at ISPA in these areas, will be translated in a course plan focused on developing skills that will allow a complete and integrated understanding of the biological phenomena amenable to study through mathematics and informatics, such as: biological systems modeling, statistical analysis of experimental data, processing, search and publication of large quantities of biological information among other. Additionally, ISPA works for many years in close collaboration with public institutions. This cooperation will be an important advantage for our students, allowing them to apply their knowledge to concrete problems during the final years of the course. 3.3. Unidades Curriculares Mapa IV Biologia Celular e Genética/Cell Biology and Genetics 3.3.1. Unidade Biologia Celular e Genética/Cell Biology and Genetics 3.3.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respectivas horas de contacto na unidade Joana Isabel do Espírito Santo Robalo 84h 3.3.3. Outros docentes e respectivas horas de contacto na unidade 3.3.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes): Nesta unidade curricular pretende se apresentar aos estudantes a diversidade de formas, dimensões e organização das células e os princípios que estão na base do funcionamento de todos os tipos celulares. Pretende se apresentar aos alunos noções básicas de biologia molecular e celular que são hoje indispensáveis para a compreensão das mais diversas áreas da biologia, desde o sistema nervoso ou endócrino, aos processos de desenvolvimento animal e vegetal, biotecnologia, diagnóstico e controlo de patologias genéticas e controle dos mecanismos do desenvolvimento do cancro, das doenças virais, etc. A disciplina pretende igualmente fornecer aos alunos noções claras de genética, indispensáveis em domínios tão diversos como a compreensão dos padrões de hereditariedade, os fundamentos da diversidade humana e as bases da evolução. 3.3.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students): This course aims to introduce students to the diversity of shapes, dimensions and organization of cells and the principles that underlie the operation of all cell types. It is intended to introduce students to the basics of molecular and cellular biology that are now indispensable for the understanding of several areas of biology, from the nervous system or endocrine development processes, animal and plant biotechnology, diagnostic and control of genetic diseases and control mechanisms of the development of cancer, viral diseases, etc. The course also aims to provide students with clear notions of genetics, essential in fields as diverse as the understanding of inheritance patterns, the fundamentals of human diversity and the basis of evolution.

3.3.5. Conteúdos programáticos: I Organização celular 1. Bases fisico químicas da vida 2. Diversidade das células e padrões básicos da sua organização 3. As células como unidades estruturais da vida 4. Organização das biomembranas e a transferência de substâncias entre a célula e o meio 5. Principais componentes celulares 6. Metabolismo da energia 7. Reprodução celular e meiose II Bases celulares e moleculares da hereditariedade 1. Armazenagem de informação no sistema genético 2. Diferenciação celular e desenvolvimento 3. Mutações 4. Os vírus como parasitas do sistema genético III Genética mendeliana 1. Padrões de hereditariedade 2. Uma interpretação celular e molecular das leis de Mendel 3. Avaliação de riscos associados a doenças genéticas 4. Prevenção, diagnóstico e tratamento de doenças genéticas 5. A frequência de alelos patológicos nas populações 3.3.5. Syllabus: I Cellular organization 1. Physical and chemical bases of life 2. Cell diversity and basic patterns of their organization 3. Cells as the basic units of life 4. Biomembrane organization and the transference of substances between the cell and the chemical environment 5. Main cellular components 6. Metabolism of the energy 7. Cellular reproduction and meiosis II Cellular and molecular bases of inheritance 1. Information in the genetic system 2. Cellular differentiation and development 3. Mutations 4. Vírus as parasites of the genetic system III Mendelian genetics 1. Patterns of inheritance 2. A cellular and molecular interpretation of Mendel laws 3. Risk evaluation associated to genetic diseases 4. Prevention, diagnostic and treatment of genetic diseases 5. The frequency of pathological alleles in populations 3.3.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade Os conteúdos desta unidade curricular pretendem fornecer aos alunos noções básicas de biologia celular e genética, hoje indispensáveis para a compreensão das mais diversas áreas da biologia. Os tópicos apresentados e discutidos nas aulas pretendem, não só dotar os alunos do conhecimento nesta vasta área, como permitir lhes desenvolver uma perspectiva crítica informada sobre assuntos da actualidade que envolvem estas temáticas. As aulas práticas permitem a consolidação deste conhecimento através da execução de vários tipos de experiências. 3.3.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit s intended learning outcomes: The contents of this course are intended to provide students with the basics of cell biology and genetics, now indispensable for the understanding of several and vast areas of biology. The topics presented and discussed in classes intend to not only provide students with knowledge in this area, but also enable them to develop a critical perspective informed on issues concerning these topics. Laboratorial classes help them to consolidate the knowledge in a experimental way. 3.3.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída): Aulas expositivas e aulas práticas em laboratório. Avaliação: Teste final 70%; Trabalho individual 30% 3.3.7. Teaching methodologies (including assessment): Lectures and laboratory practicals. Assessment: Final exam 70%; Individual report 30%

3.3.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade As aulas expositivas são necessárias para a apresentação e discussão dos conceitos técnico científicos do programa, sendo porém essencial aos objetivos pedagógicos da Unidade Curricular a realização de vários trabalhos práticos em contexto laboratorial. Tanto a componente teórica como a prática são valorizadas no trabalho individual e nos momentos de avaliação. 3.3.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit s intended learning outcomes: The lectures are necessary for the presentation and discussion of technical and scientific concepts of the program. It is essential to the educational objectives of the course to carry out practical work in laboratory context. Both the theoretical and the practical knowledge acquired are valued in final exam and individual evaluations. 3.3.9. Bibliografia principal: Cooper, G.M. & Haussman, R.E. (2009). The cell: a molecular approach. 5th Edition. Sinauer Associates. Hartl, D.L. & Jones, E.W. (2002). Essential genetics: a genomics perspective. 3rd Edition. Jones and Bartlett Publisher, Sudbury, Massachusetts, Boston. Lodish, H.F., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, C.A, Krieger, M., Scott, M.P., Bretscher, A., Ploegh, H. & Matsudaira, P. (2007). Molecular Cell Biology. 6th edition. W.H. Freeman & Company. Massachusetts, Boston. Mapa IV Programação de Computadores I/Computer Programming I 3.3.1. Unidade Programação de Computadores I/Computer Programming I 3.3.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respectivas horas de contacto na unidade José António Almeida Costa da Cruz 100h 3.3.3. Outros docentes e respectivas horas de contacto na unidade 3.3.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes): Compreender a noção de algoritmo como uma sequência de operações elementares que resolve um problema bem determinado. Ser capaz de analisar um algoritmo dado e prever o resultado final da sua execução. Ser capaz de desenhar algoritmos simples em linguagem natural e pseudo código. Compreender a programação de computadores como um modo de representar algoritmos numa linguagem formal passível de ser executada num computador de uso geral. Conhecer os princípios elementares da programação: variáveis; tipos elementares; expressões e atribuição de valores a variáveis; instruções condicionais; instruções de ciclo; listas e arrays. Compreender o ciclo tradicional de desenvolvimento de programas de computador: desenho, programação e teste. Aplicar os conhecimentos desses princípios básicos a uma linguagem de programação moderna: Python. Ser capaz de traduzir um algoritmo dado num programa completo. Ser capaz de resolver um problema dado efetuando o seu desenho, programação e teste. 3.3.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students): To understand the concept of algorithm as a sequence of elementary actions designed to solve a well defined problem. To be able to analyze a given algorithm and to predict the final result of its execution. To be able to design simple algorithms in natural language and pseudo code. To understand computer programming as a mean to represent algorithms in a formal language that can be executed in a general purpose computer. To learn the basic principles of computer programming, such as, variables; basic data types; expressions and value assignment to variables; conditional statements; loop statements; lists and arrays. To understand the development cycle of a typical computer program: design, coding and testing. To be able to apply the basic principles of programming to a modern programming language: Python. To be able to translate a given algorithm into a functional program. To be able to solve a given problem by designing, coding and testing it. 3.3.5. Conteúdos programáticos: 1. O computador de uso geral e os seus componentes 2. Algoritmos: 2.1. Definição e história dos algoritmos 2.2. Exemplos de algoritmos simples 2.3. Como descrever um algoritmo 3. Introdução a linguagens de programação

4. Linguagem de programação Python 5. Elementos de linguagens de programação imperativas 5.1. Variáveis de tipos elementares 5.2. Expressões e atribuição de valores 5.3. Fluxo de execução de instruções 5.4. Instruções de decisão 5.5. Instruções de ciclo 5.6. Listas e arrays 6. Agoritmos clássicos 6.1. Algoritmos de pesquisa 6.2. Algoritmos de ordenação 7. Entrada e saída de dados 8. Introdução ao desenvolvimento de software 8.1. Desenho aplicacional 8.2. Técnicas de programação 8.3. Teste de programas. 3.3.5. Syllabus: 1. The general purpose computer and its components 2. Algorithms: 2.1. Definition and history of algorithms 2.2. Examples of simple algorithms 2.3. How to write an algorithm 3. Introduction to programming languages 4. Python programming language 5. Elements of imperative programming languages 5.1. Variables and basic types 5.2. Expressions and value assignment 5.3. Execution flow instructions 5.4. Decision instructions 5.5. Cycle instructions 5.6. Lists and arrays 6. Classic algorithms 6.1. Search algorithms 6.2. Sorting algorithms 7. Data input/output 8. Introduction to software development 8.1. Application design 8.2. Programming techniques 8.3. Program testing 3.3.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade Os conteúdos da unidade curricular de Programação de Computadores I têm como objetivo transmitir aos alunos da Licenciatura em Bioinformática os conhecimentos teóricos e práticos necessários à programação de computadores, competência chave para o profissional da área da informática. O programa foi elaborado de modo a apresentar aos alunos os fundamentos e conceitos e teóricos básicos da programação de computadores em paralelo com a sua aplicação prática e com a concretização de exemplos reais. A variedade dos conteúdos apresentados abrange de forma transversal os principais tópicos da programação de modo a dotar os alunos das ferramentas necessárias à criação de programas completos e úteis. Pretende se igualmente que os alunos dominem os conceitos práticos expostos de modo a aplicá los de forma correta e sistemática na resolução de problemas. 3.3.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit s intended learning outcomes: The goals of the Computer Programming I curricular unit are to provide the students of the Bioinformatics study cycle with a theoretical and practical knowledge on computer programming which is a key skill to any informatics professional. The unit syllabus was designed to present the fundamentals and basic theoretical concepts of computer programming, simultaneously with its practical applications and real example exercises. The variety of subjects presented during the course comprises the main topics of programming in order to provide students with the required tools to create complete and useful computer programs. It is also intended that students master the practical concepts presented in the course so they are able to apply them to problem solving in a correct and systematic fashion. 3.3.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída): Aulas teóricas expositivas. Aulas práticas com resolução de exercícios. Execução de projectos práticos de aplicação dos conceito leccionados. Avaliação: 50% exame, 20% aulas práticas, 30% projecto.

3.3.7. Teaching methodologies (including assessment): Theoretical lectures. Practical lectures with solutions to exercises. Development of practical projects. Evaluation: Final exam 50%, practical classed tests 20%, project 30%. 3.3.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade A metodologia de ensino apresentada assenta em três vertentes complementares de transmissão de conhecimentos: formação teórica, formação prática acompanhada e trabalho autónomo. Estas três vertentes são fundamentais nesta unidade curricular, cujos objetivos de aprendizagem são essencialmente práticos, e que fornece aos alunos um conjunto de ferramentas e metodologias de programação de computadores essenciais na sua atividade profissional futura. Assim a formação teórica, em sala, permite a exposição dos conceitos chave da programação de computadores e o seu enquadramento numa visão abrangente, sistemática da disciplina. As aulas práticas têm dois objetivos principais: por um lado apresentar uma grande diversidade de exemplos práticos da utilização dos conceitos adquiridos nas aulas teóricas; por outro permitir que os alunos desenvolvam as suas competências de programação de forma acompanhada. Por fim, nos projectos práticos, realizados tanto individualmente como em equipa, os alunos devem aplicar os conhecimentos adquiridos de forma autónoma. Estes trabalhos, de dimensão e complexidade crescente, procuram reproduzir situações de projeto reais. 3.3.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit s intended learning outcomes: The present teaching methodology is supported by three complementary types of activities: theoretical lectures, tutorials and autonomous work. These three types are indispensable in a curricular unit whose learning goals are essentially practical, providing students with a set of computer programming tools and methodologies, which are key for their future professional activity. The theoretical lectures allow the transmission of fundamental concepts on computer programming and how they fit in a broad and systematic perspective of the field. The tutorials have two main goals: on one hand to present a big number of practical examples on how to use the concepts transmitted in the theoretical lectures; on the other hand to allow students to develop their programming skills with teacher support. Finally, in the practical projects, developed either individually as in teams, students should apply the acquired skills in an autonomous fashion. These projects, of increasing size and complexity, intend to reproduce real life project scenarios. 3.3.9. Bibliografia principal: Python for Software Design: How to Think Like a Computer Scientist, Allen B. Downey, 2009, Cambridge University Press Mapa IV Introdução à Bioinformática/Introduction to Bioinformatics 3.3.1. Unidade Introdução à Bioinformática/Introduction to Bioinformatics 3.3.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respectivas horas de contacto na unidade João Sollari Allegro Machado Lopes 36h 3.3.3. Outros docentes e respectivas horas de contacto na unidade 3.3.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes): Familiarizar se com os principais conceitos da Bioinformática: sequências, genomas, proteomas, estruturas e bases de dados. Conhecer a organização dos genomas e proteomas e a sua análise. Compreender a diferença entre genomas de procariotas e eucariotas; os níveis de informação armazenada nos genomas e proteomas. Conhecer os tipos de bases de dados biológicas (sequências, estruturas, redes, etc) e os métodos de recuperação de informação. Conhecer o conceitos de alinhamento de sequências e similaridade. Perceber a diferença entre alinhamento local e global. Interpretar alinhamentos múltiplos. Compreender o significado, aplicação e construção de árvores filogenéticas. Compreender o conceito de "folding" de proteínas e as abordagens básicas de predição da estrutura e função de proteínas. Compreender as abordagens clássicas de desenvolvimento de novas drogas. Compreender a estrutura e os elementos das redes regulatórias e o conceito de integração nos sistemas biológicos. 3.3.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students): Familiarize with the main bioinformatics concepts: sequences, genomes, proteomes, structures and databases. To know the organization of genomes and proteomes and how they are analyzed. To understand the differences

between prokaryote and eukaryote genomes; and the information stored in genomes and proteomes. To know the different types of biological databases (sequences, structures, networks, etc) and the data retrieval methods. To understand the concept of sequence alignment and similarity. To appreciate the differences between global and local alignments. To be able to interpret multiple alignments. To understand the meaning, purpose and construction techniques of phylogenetics trees. To understand the concept of protein folding and the basic approaches to predict protein structure and function. To understand the classical approaches to drug development. To understand the structure and the building blocks of regulatory networks and the concept of integration in system biology. 3.3.5. Conteúdos programáticos: 1. Introdução 1.1. Objectivos e alcance 1.2. Aplicações comuns 1.3. Limitações 2. Organização genómica e evolução 2.1. Genomas e proteomas 2.2. Genomas de procariotas e eucariotas 2.3. Diversidade genética e evolução 3. Bases de dados biologicas 3.1. Introdução 3.2. Problemas das bases de dados biológicas 3.3. Formas de acesso 4. Alinhamentos e árvores filogenéticas 4.1. Pares de sequências 4.2. Medidas de similaridade 4.3. Alinhamentos de múltiplas sequências 4.4. Pesquisa de sequências 4.5. Filogenética 4.6. Árvores filogenéticas 5. Bioinformática estrutural 5.1. Estrutura de proteínas 5.2. Evolução da estrutura de proteínas 5.3. Previsão e modelação de estruturas 5.4. Previsão da função de proteínas 5.5. Descoberta e desenvolvimento de novas drogas 6. Proteómica e sistemas biológicos 6.1. Microarrays 6.2. Espectrometria de massa 6.3. Sistemas biológicos 6.4. Redes regulatórias 3.3.5. Syllabus: 1. Introduction 1.1. Goals and scope 1.2. Common Applications 1.3. Limitations 2. Genome organization and evolution 2.1. Genomes and proteomes 2.2. Genomes of prokaryotes and eukaryotes 2.3. Genetic diversity and evolution 3. Biological databases 3.1. Introduction 3.2. Pitfalls of Biological databases 3.3. Accessing biological databases 4. Alignments and phylogenetic trees 4.1. Pairwise sequence alignment 4.2. Measures of sequence similarity 4.3. Multiple sequences alignment 4.4. Sequence search 4.5. Phylogenetics 4.6. Phylogenetic trees 5. Structural bioinformatics 5.1. Protein Structure 5.2. Evolution of Protein Structure 5.3. Protein structure prediction and modelling 5.4. Prediction of protein function 5.5. Drug discovery and development 6. Proteomics and system biology

6.1. DNA microarrays 6.2. Mass spectrometry 6.3. Systems biology 6.4. Regulatory networks 3.3.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade Esta unidade curricular é um curso introdutório à bioinformática. Esta área multidisciplinar emergente estuda o desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais à biologia. Um dos maiores desafios da área é conseguir explorar, organizar e fazer inferências sobre quantidades enormes de dados gerados por técnicas biológicas experimentais de high throughput. O objectivo desta unidade curricular é familiarizar os estudantes com os elementos fundamentais da bioinformática e com a variedade de técnicas matemáticas e estatísticas utilizadas, bem como, as técnicas de gestão de bases de dados necessárias. O curso está estruturado de maneira a focar se nas aplicações mais frequentes desta área, tais como a simulação de processos biológicos, o desenvolvimento de novas drogas e a descoberta de redes regulatórias. 3.3.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit s intended learning outcomes: This curricular unit is an introductory course to the field of Bioinformatics. This is an emerging interdisciplinary field that deals with the development and application of computational methods in biology. One of the major challenges is how to mine, organize and make sense out of the vast amounts of data generated by highthroughput biological experimental techniques. The aim of this curricular unit is to introduce the major players in the field and familiarize the students to a range of mathematical and statistical techniques as well as database management. The course is also structured to provide insight on the most common applications of the field such as simulations of biological processes, drug design and regulatory networks discovery. 3.3.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída): Aulas teóricas expositivas com apresentação dos conceitos teóricos da unidade curricular. Realizar se á frequências a meio do ano para avaliar o conhecimento dos estudantes em diferentes secções da unidade curricular. Avaliação: 60% exame, 40% frequências. 3.3.7. Teaching methodologies (including assessment): Lectures covering the theoretical concepts of the curricular unit. There will be midterm exams to evaluate the knowledge of student on different sections of the curricular unit. Evaluation: 60% Final exam, 40% Midterm exams 3.3.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade Esta unidade curricular visa dar uma visão global da área multidisciplinar que é a bioinformática. Como tal, este curso consiste unicamente em aulas teóricas expositivas onde os alunos irão entrar em contacto com conceitos e aplicações da bioinformática em vários contextos diferentes. 3.3.8. Evidence of the teaching methodologies coherence with the curricular unit s intended learning outcomes: The curricular unit intends to give a broad view of the multidisciplinary field of bioinformatics. As such, this unit consists solely of lectures in which the students are put in contact with concepts and applications of bioinformatic techniques under various contexts. 3.3.9. Bibliografia principal: Introduction to Bioinformatics, Third Edition (2002). Lesk, A. M. Oxford University Press (ISBN: 978 0199208043). Mapa IV Biologia Molecular e Bioquímica/Molecular Biology and Biochemistry 3.3.1. Unidade Biologia Molecular e Bioquímica/Molecular Biology and Biochemistry 3.3.2. Docente responsável (preencher o nome completo) e respectivas horas de contacto na unidade Rui Filipe Nunes Pais de Oliveira 84h 3.3.3. Outros docentes e respectivas horas de contacto na unidade

3.3.4. Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes): A disciplina de Biologia Molecular e Bioquímica tem como principais objectivos: A aprendizagem dos diferentes grupos de constituintes bioquímicos dos sistemas vivos tendo em conta a sua constituição química, a sua estrutura e a sua função; Compreensão das diferentes vias metabólicas existentes nos sistemas vivos, relacionando o processo bioquímico subjacente e os mecanismos regulatórios das diferentes vias metabólicas; Compreensão dos mecanismos bioquímicos necessários à obtenção de energia; Procura se que os alunos desenvolvam as seguintes competências: Compreender as diferentes classes de constituintes bioquímicos dos sistemas vivos; Compreender as principais vias metabólicas existentes em sistemas vivos e os seus processos de regulação; Aquisição de metodologia laboratorial com aplicação de técnicas químicas e bioquímicas; Aquisição, tratamento e interpretação de dados experimentais obtidos. Incorporação de conceitos teóricos na interpretação dos resultados obtidos. 3.3.4. Intended learning outcomes (knowledge, skills and competences to be developed by the students): Objectives: Molecular Biology and Biochemistry course mail goals are: Learn the different biochemical constituents of the biological systems, without forgetting its chemical composition, structure and function; Understand the different metabolic pathways present in the living systems, focusing on the biochemical mechanism and its regulation processes; Understand the biochemical mechanisms demanded for energy production: Competencies: Understand the different biochemical constituents of the living systems; Understand the principal metabolic pathways existent in the living systems, as well as understands its regulation processes; Acquire laboratorial methodology with application of chemical and biochemical techniques; Experimental data treatment and interpretation. Incorporation of the theoretical concepts in the discussion of the obtained results. 3.3.5. Conteúdos programáticos: 1. A célula 1.1 A célula: unidade básica da vida 1.2 Célula procariota e eucariota 1.3 Biomoléculas: estrutura e composição química 1.4 Hierarquia estrutural e biomolecular 2. Ácidos Nucléicos 2.1 ADN e ARN 2.2 Modelo de Watson e Crick 2.3 Duplicação do ADN 2.4 Transcrição do ADN 2.5 Tradução do código genético e síntese de proteínas 3. Proteínas 3.1 Aminoácidos 3.2 Ligação peptídica 3.3 Estrutura tridimensional e função 4. Lipidos 4.1 Diferentes classes de lípidos 5. Hidratos de Carbono 5.1 Nomenclatura função e classificação 5.2 Monossacarideos 5.3 Ciclização dos monossacarideos 5.4 Dissacarideos e a ligação glicosidica 5.5 Polissacarideos 5.6 Estrutura e função dos Hidratos de Carbono 5.7 Diferentes unidades estruturais dos Hidratos de Carbono 6. Metabolismo 6.1 Glicólise 6.2 Gluconeogénese 6.3 Ciclo de Krebs 6.4 Cadeia respiratória/transporte electrónico 6.5 Fosforilação oxidativa 6.6 Via das pentoses fosfatadas 6.7 Metabolismo dos lípidos

3.3.5. Syllabus: 1. The Cell 1.1 The Cell: life's fundamental unit 1.2 Prokaryote and Eukaryote Cell 1.3 Biomolecules: Structural and Chemical Composition 1.4 Structural and Biomolecular Hierarchy 2.Nucleic Acids 2.1 DNA and ARN 2.2 Watson and Crick Model 2.3 DNA Duplication 2.4 DNA Transcription 2.5 Genetic code Translation and Protein Synthesis 3. Proteins 3.1 Aminoacids 3.2 Peptide bond 3.3 Three Dimensional Structure and Function 4. Lipids 4.1 Distinct Classes of Lipids 5. Carbohydrates 5.1 Nomenclature, Function and Classification 5.2 Monosaccharides 5.3 Cyclization of Monosaccharides 5.4 Disaccharides and glycosidic bond 5.5 Polysaccharides 5.6 Carbohydrates Structure and Function 5.7 Carbohydrates Distinct Structural Units 6. Metabolism 6.1 Glycolysis 6.2 Gluconeogenesis 6.3 Krebs Cycle 6.4 Electron transport chain 6.5 Oxidative phosphorylation 6.6 Pentose phosphate pathway 6.7 Lipid Metabolism 3.3.6. Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objetivos de aprendizagem da unidade Os conteúdos da unidade curricular de Biologia Molecular e Bioquímica fornecem aos alunos da licenciatura em Biologia os conceitos necessários para a compreensão das unidades estruturais dos sistemas biológicos, bem como as vias metabólicas essenciais para a obtenção de energia. O programa foi elaborado de forma a permitir a compreensão dos sistemas biológicos, entender os conceitos bioquímicos subjacentes, aplicando os conceitos previamente abordados noutras disciplinas da licenciatura, nomeadamente Biofísica. 3.3.6. Evidence of the syllabus coherence with the curricular unit s intended learning outcomes: The contents of the Molecular Biology and Biochemistry course provide to the students the necessary concepts in order to understand the biochemical basic structural units of the biological system, as well as the principal metabolic pathways of producing energy The course program was designed in order to promote the understanding of biological systems, understand the biochemical concepts, applying the concepts mentioned in other courses, namely biophysics 3.3.7. Metodologias de ensino (avaliação incluída): Aulas teóricas expositivas com discussão interaciva da matéria leccionada com a turma Aulas práticas com conteudo laboratorial, elaboração de relatórios. Execução, apresentação e discussão obrigatória de seminários com os restantes elementos da turma Avaliação: 60% exame, 40% aulas práticas 3.3.7. Teaching methodologies (including assessment): Theoretical expositive classes with interactive discussion between the class members. Pratical classes with laboratorial component with report delivery. Seminars presentation and discussion with the class. Assessment: Written exam (60%) and partical work (40%). 3.3.8. Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objetivos de aprendizagem da unidade