2016 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

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2 Download do pyzo A partir do pyzo (disponível em o processo de instalação do Python fica facilitado. A instalação integra, além do Python, um conjunto de bibliotecas, necessárias para computação científica e bioinformática. Clique em Quickstart. 2

3 Download do Pyzo IDE Clique em Pyzo for Windows. Nesta etapa instalaremos o ambiente integrado de desenvolvimento do Pyzo, chamado Pyzo IDE (Integrated Development Environment). 3

4 Download do Pyzo IDE Clique em Download. 4

5 Instalação do Pyzo IDE Para instalação do Pyzo IDE, abra a pasta de Downloads e clique em Abrir pasta. 5

6 Instalação do Pyzo IDE Clique duas vezes no arquivo de instalação baixado. 6

7 Instalação do Pyzo IDE Clique Next no instalador. 7

8 Instalação do Pyzo IDE Deixe a pasta default indicada para instalação e clique Next. 8

9 Instalação do Pyzo IDE Deixe as configurações indicadas e clique Next. 9

10 Instalação do Pyzo IDE Clique Install para iniciar o processo de instalação. 10

11 Instalação do Pyzo IDE A barra verde indica o progresso da instalação. 11

12 Instalação do Pyzo IDE Instalação finalizada com sucesso, clique em Finish. 12

13 Download do Ambiente Python Para download do ambiente Python, clique em Miniconda for Windows (64 bits). 13

14 Download do Ambiente Python Clique em Download. 14

15 Instalação do Ambiente Python Para instalar o ambiente Python, temos que abrir a pasta de Downloads. 15

16 Instalação do Ambiente Python Na pasta Downloads, clique duas vezes no arquivo de instalação baixado. 16

17 Instalação do Ambiente Python No instalador, clique Next. 17

18 Instalação do Ambiente Python Se concordar com os termos, clique em I Agree. 18

19 Instalação do Ambiente Python Selecione Just Me e clique Next. 19

20 Instalação do Ambiente Python Deixe a pasta indicada e clique Next. 20

21 Instalação do Ambiente Python Para instalar, clique em Install. 21

22 Instalação do Ambiente Python A evolução do processo de instalação é indicado pela barra verde. 22

23 Instalação do Ambiente Python Uma vez finalizada a instalação, você tem a mensagem abaixo. Clique em Next. 23

24 Instalação do Ambiente Python Clique em Finish. A instalação do ambiente Python está concluída. 24

25 Instalação das Bibliotecas Científicas Para instalação das bibliotecas científicas, clique no ícone do pyzo, como mostrado abaixo. 25

26 Instalação das Bibliotecas Científicas Clique em Shell>Create shell 1: (Pyhton). 26

27 Instalação das Bibliotecas Científicas Você terá a janela de comandos (shell) aberta, como mostrado abaixo. 27

28 Instalação das Bibliotecas Científicas Na janela abaixo (shell), digite conda install scipy, como mostrado abaixo. Depois pressione <Enter>. 28

29 Instalação das Bibliotecas Científicas Quando aparecer a pergunta abaixo, digite y e pressione a tecla <Enter>. 29

30 Instalação das Bibliotecas Científicas É mostrada a evolução da instalação das bibliotecas científicas. 30

31 Instalação das Bibliotecas Científicas O processo pode levar vários minutos. 31

32 Instalação das Bibliotecas Científicas Ao finalizar, você terá a mensagem mostrada abaixo. 32

33 Instalação das Bibliotecas Científicas Para continuar a instalação, digite conda install pyqt matplotlib pandas sympy e depois pressione a tecla <Enter>. 33

34 Instalação das Bibliotecas Científicas Ao aparecer a mensagem abaixo, digite y e pressione a tecla <Enter>. 34

35 Instalação das Bibliotecas Científicas Como sempre, você pode acompanhar a evolução do processo de instalação. 35

36 Instalação das Bibliotecas Científicas Quando você tiver a mensagem abaixo, a instalação estará completa. Instale também o scikit-learn com conda install scikit-learn. 36

37 Usando IEP para Desenvolver Códigos em Python Podemos usar o Integrated Editor for Python (IEP) para desenvolver códigos. Vamos ilustrar com um código que faz uso de duas bibliotecas científicas. Clique em File>New, como mostrado abaixo. 37

38 Usando IEP para Desenvolver Códigos em Python Temos a janela de edição. Nela podemos digitar nosso código. 38

39 Usando IEP para Desenvolver Códigos em Python Abaixo temos um pequeno programa que gera um gráfico, a partir do uso da biblioteca Matplotlib. O gráfico é da função quadrática, que usa um array da biblioteca NumPy. 39

40 Usando IEP para Desenvolver Códigos em Python Para salvar o código digitado, clique em File>Save as..., como mostrado abaixo. 40

41 Usando IEP para Desenvolver Códigos em Python Escolha uma pasta para salvar o arquivo fonte, e coloque como nome test01.py, como indicado. Depois clique em Salvar. 41

42 Usando IEP para Desenvolver Códigos em Python Para executar o código, clique em Run>Run file as script, como mostrado abaixo. 42

43 Usando IEP para Desenvolver Códigos em Python O gráfico é gerado e mostrado na tela. 43

44 Usando IEP para Desenvolver Códigos em Python Para finalizar, clique em File>Quit Pyzo como indicado abaixo. 44

45 Referências -BRESSERT, Eli. SciPy and NumPy. Sebastopol: O Reilly Media, Inc., p. -DAWSON, Michael. Python Programming, for the absolute beginner. 3ed. Boston: Course Technology, p. -HETLAND, Magnus Lie. Python Algorithms. Mastering Basic Algorithms in the Python Language. Nova York: Springer Science+Business Media LLC, p. -IDRIS, Ivan. NumPy 1.5. An action-packed guide dor the easy-to-use, high performance, Python based free open source NumPy mathematical library using real-world examples. Beginner s Guide. Birmingham: Packt Publishing Ltd., p. -KIUSALAAS, Jaan. Numerical Methods in Engineering with Python. 2ed. Nova York: Cambridge University Press, p. -LANDAU, Rubin H. A First Course in Scientific Computing: Symbolic, Graphic, and Numeric Modeling Using Maple, Java, Mathematica, and Fortran90. Princeton: Princeton University Press, p. -LANDAU, Rubin H., PÁEZ, Manuel José, BORDEIANU, Cristian C. A Survey of Computational Physics. Introductory Computational Physics. Princeton: Princeton University Press, p. -LUTZ, Mark. Programming Python. 4ed. Sebastopol: O Reilly Media, Inc., p. -MODEL, Mitchell L. Bioinformatics Programming Using Python. Sebastopol: O Reilly Media, Inc., p. -TOSI, Sandro. Matplotlib for Python Developers. Birmingham: Packt Publishing Ltd., p. Última atualização: 23 de novembro de

46 Colophon This text was produced in a DELL Inspiron notebook with 6GB of memory, a 750 GB hard disk, and an Intel Core i5-3337u 1.80 GHz running Windows 8.1. Text and layout were generated using PowerPoint This tutorial uses Arial font. 54

47 Author I graduated in Physics (BSc in Physics) at University of Sao Paulo (USP) in I completed a Master Degree in Applied Physics also at USP (1992), working under supervision of Prof. Yvonne P. Mascarenhas, the founder of crystallography in Brazil. My dissertation was about X-ray crystallography applied to organometallics compounds (De Azevedo Jr. et al.,1995). During my PhD I worked under supervision of Prof. Sung-Hou Kim (University of California, Berkeley. Department of Chemistry), on a split PhD program with a fellowship from Brazilian Research Council (CNPq)( ). My PhD was about the crystallographic structure of CDK2 (Cyclin-Dependent Kinase 2) (De Azevedo Jr. et al., 1996). In 1996, I returned to Brazil. In April 1997, I finished my PhD and moved to Sao Jose do Rio Preto (SP, Brazil) (UNESP) and worked there from 1997 to In 1997, I started the Laboratory of Biomolecular Systems- Department of Physics-UNESP - São Paulo State University. In 2005, I moved to Porto Alegre/RS (Brazil), where I am now. My current position is coordinator of the Laboratory of Computational Systems Biology at Pontifical Catholic University of Rio Grande do Sul (PUCRS). My research interests are focused on application of computer simulations to analyze protein-ligand interactions. I'm also interested in the development of biological inspired computing and machine learning algorithms. We apply these algorithms to molecular docking simulations, proteinligand interactions and other scientific and technological problems. I published over 160 scientific papers about protein structures and computer simulation methods applied to the study of biological systems (H-index: 36). These publications have over 4000 citations. I am editor for the following journals: 47