Programa Integrado das Redes Ômicas e Computação Científica na Saúde e Ambiente - ROCC

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1 Programa Integrado das Redes Ômicas e Computação Científica na Saúde e Ambiente - ROCC Relatório Geral de Atividades Vice Presidência de Pesquisa e laboratórios de Referência Vice-presidência de Pesquisa e Laboratórios de Referência - VPPLR 4 de março de 2015

2 Sumário Sumário 1 Programa Criação Alinhamento a Metas Institucionais Missão Objetivos e Metas Grupos de Trabalho Participantes Unidades Coordenação Projetos Estruturantes planejados para iniciar em Iniciados em Iniciados em Projetos Planejados não iniciados Capacitação Cursos realizados e/ou divulgados em Cursos realizados e/ou divulgados em Reuniões Planejadas para Executadas em Executadas em Equipe Coordenadores de Grupo Equipe de Apoio... 9 Vice Presidência de Pesquisa e laboratórios de Referência i

3 Pág Programa Aqui vai uma frase de impacto do Wim" 1 Programa 1.1 Criação Nos dias 3 a 5 de julho de 2013 foi realizada uma oficina na Fiocruz de Minas Gerais com o objetivo de levantar e discutir as dificuldades, características e necessidades dos grupos de pesquisa das áreas Ômicas e Computação Científica. O resultado dessa reunião foi o comprometimento dos pesquisadores em ampliar os grupos colaborativos, que aliado as necessidades de atendimento às metas institucionais da Fiocruz culminou na criação do Programa Integrado das Redes Ômicas e Computação Científica em Saúde e Ambiente denominado Rede ROCC. 1.2 Alinhamento a Metas Institucionais A criação da Rede ROCC auxilia a FIOCRUZ no desenvolvimento de suas metas institucionais apoiando a estratégia organizacional estabelecida em Congresso Interno, e definida no Plano Quadrienal 2011/2014 através da participação em três macroprojetos (VI Congresso Interno da Fiocruz), que são: Macroprojeto 1: Redes e programas de pesquisa, desenvolvimento tecnológico, ensino e plataformas tecnológicas integrados entre as Unidades da Fiocruz e as instituições de C&T nas diversas regiões do país p 48. Macroprojeto 2: Pesquisa e atuação na fronteira das áreas de competência da Fiocruz p 50. Macroprojeto 3: Formação de competências em áreas estratégicas para o sistema de C&T em saúde, especialmente naquelas voltadas para as áreas de biotecnologia, propriedade intelectual, inovação e gestão em C&T p Missão A ROCC tem como missão promover a integração da comunidade de cientistas nas áreas de fronteira em bioinformática, biologia computacional, 1

4 Pág Programa tecnologias ômicas como genômica, proteômica, metabolômica, transcriptômica etc e computação científica na saúde e ambiente, e de estimular a formação de recursos humanos e a geração de conhecimento, produtos e serviços nestas áreas. Essa integração se dará através de cooperação entre os grupos de pesquisa no desenvolvimento de projetos, na maximização da capacidade e infraestrutura organizacional, no uso compartilhado das Plataformas Tecnológicas e na formação de recursos humanos. Assim, a ROCC se baseia na infraestrutura otimizada, capacidade técnica ( know-how ) da comunidade de P&D da Fiocruz, e na força da pesquisa e ensino da Instituição. 1.4 Objetivos e Metas Para realizar a missão proposta, as metas iniciais da Rede são: Mapeamento de infraestrutura, atividades e conhecimento (pessoas e projetos) existentes. Mapeamento de problemas e necessidades; Mapeamento de oportunidades e atividades de capacitação; Desenvolver pesquisa colaborativa na Instituição. 1.5 Grupos de Trabalho Alguns membros da rede participam de grupos de trabalho além do Comitê Gestor. A VPPLR dá suporte organizacional e logístico para a Rede, e auxiliará na gestão dos projetos e atividades. Grupo 1- Recursos Humanos Grupo 2- Hardware e software Grupo 3- Infraestrutura, ômicas, proteômicas e genômicas. Grupo 4- Comitê Gestor 1.6 Participantes A ROCC é composta por pesquisadores, tecnólogos, técnicos e estudantes com atuação nas áreas ômicas e computação científica, bem como pelos gerentes e equipes 2

5 Pág Programa das Plataformas Tecnológicas Fiocruz nestas áreas, e pelos gestores envolvidos com as atividades, nas Unidades e na Presidência. A adesão é por livre vontade, mediante registro. A reunião que culminou com a criação do programa contou com 33 participantes, em 2014 passamos para 61 e em 2015 temos 73 participantes, em sua maioria pesquisadores. 1.7 Unidades Os grupos de pesquisa participantes internos são de diversas unidades da Fiocruz como Ceará, Manaus, Minas Gerais, Pernambuco, Rio de Janeiro, Rondônia, Salvador, Bio-Manguinhos, além do IOC, PROCC, ICICT, ENSP, IFF PROCC, DIRAD, CGTI, FARManguinhos, DIPLAN e VPEIC. Externamente temos parceria com o Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) e Instituto Paster. 1.8 Coordenação Este programa é coordenado pela VPPLR. 3

6 Pág Projetos Estruturantes 2 Projetos Estruturantes Projetos Estruturantes são aqueles que geram novas competências e/ou contribuem para aumento da infraestrutura, esses projetos deverão ter o apoio da VPPLR para a captação de recursos internos e/ou externos. Antes de serem classificados como estruturantes, esses projetos devem ser submetidos ao Comitê Gestor que irá verificar se os mesmos cabem nesta classificação. Necessariamente envolvem no mínimo três grupos de pesquisa de no mínimo duas unidades diferentes, idealmente com tecnologias mistas, e alinhados à estratégia da Fiocruz. Devem ter início-meio-fim planejados e produtos claramente definidos, que beneficiem a Fiocruz e/ou a saúde/ambiente. 2.1 planejados para iniciar em 2015 Genomica comparativa de isolados de Aedes aegypti Estudo de formação de computação em núvem e/ou grids institucionais. 2.2 Iniciados em 2014 Projetos de interface com colaborações existentes ou potenciais entre a Fiocruz (ROCC) e LNCC. Projeto Capacitação em Bioinformática e Computação Científica com cursos especiais, pós-graduação Biologia Computacional e Sistemas (IOC), e Biologia Celular e Molecular (BCM), capacitação on-line Projetos genoma de micro-organismos com importância em Saúde e ambiente, e projetos metagenômicas, desenvolvimento de barcodes Proteoma de micro-organismos, identificação por espectrometria de massas. WorldCommunityGrid (IBM) Discovering Genome Mysteries : banco de dados sobre a Rede da Vida. Bioprospecção em proteoma de patógenos para desenho de antígenos e vacinas 4

7 Pág Projetos Estruturantes Modelagem computacional de célula completa. 2.3 Iniciados em 2013 Projeto 51 de capacitação em Bioinformática com apoio da Capes Desenvolvimento de barcodes para microorganismos Genomas Microbianas Ambiente computacional para proteômica: Paulo Costa Carvalho Uso de dados abertos ligados e ontologias para a extração de conhecimento e integração de dados sobre alvos essenciais e drogáveis, redes metabólicas e fármacos reposicionáveis para doenças de interesse em saúde pública. 2.4 Projetos Planejados não iniciados Estudo de viromas Genoma humano e câncer, genoma e biota do ser humano saudável (projeto internacional), farmacogenética, marcadores de doenças crônicas, degenerativas, hereditárias, imunogenética 5

8 Pág Capacitação 3 Capacitação 3.1 Cursos realizados e/ou divulgados em 2015 Descrição Coordenação Data Local Vagas Ana Carolina Vicente 2/2 RJ Metagenomics Workshop III International Workshop on Environmental Microbiology Mini-course 1 - Bacterial metagenomics Mini-course 2 - Phage genomics and metagenomics courses Guilherme Oliveira 2 a 6/2 MG 3.2 Cursos realizados e/ou divulgados em 2014 Descrição Coordenação Data Local Vagas Tratamento de dados NGS usando Stingray@Galaxy Alberto Dávila 22/6 RJ 30 Caracterização de Proteinas através Alexander de Espectometria de Massa e Chapearouge Ressonância Magnética Filogenômica Aplicada Laila Nahum e Sergio Mendonça NGS for Infectious Disease Diagnostics externo - divulgação xtgeneration_content.aspx?id= &libID= Análise e anotação funcional de dados Alberto Dávila NGS usando Stingray@Galaxy Mineração de dados e de textos Roney Santos Coimbra 15 a 18/7 RO a RJ 16 12/8 20/8 online - 25 a RJ 30 27/8 8 a MG 16 19/9 6

9 Pág Capacitação Curso básico de programação em Perl Luciano Kalabric 15 e BA 16 para bioinformática Silva 17/9 Análise, montagem e anotação de Wim de Grave 3 a 14 RJ 16 genomas de patógenos e estudo de transcriptoma /11 Curso de Nivelamento: Análise, Wim de Grave 27 a PR 15 montagem e anotação de genom 31/10 Análise de dados proteomicos Paulo Carvalho 10 a 14 RJ 25 /11 Cadeias de Markov Aplicadas à Gustavo 24/11 a RJ 20 Bioinformática (IOC 14114) Guerberoff 05/12 Caracterização de Proteinas através Alexander 17 a PE 20 de Espectometria de Massa e Ressonância Magnética Chapearouge 19/11 Total de vagas oferecidas 216 7

10 Pág Reuniões 4 Reuniões 4.1 Planejadas para 2015 Está planejado uma reunião com todos os membros. 4.2 Executadas em 2014 Reunião anual com os membros : 05 de dezembro de 2014 na Fiocruz Rio de Janeiro. 4.3 Executadas em 2013 O esforço inicial para a criação do programa ocasionaram um número maios de reuniões, sendo elas: 10 de setembro Reunião do Comitê Gestor / Fiocruz Rio de Janeiro. 16 de setembro Membros da ROCC / Fiocruz Rio de Janeiro. 18 de outubro Comitê Gestor / Fiocruz Rio de Janeiro. 03 de novembro Membros da ROCC / Recife. Plataforma Fiocruz - MG

11 Pág Equipe 5 Equipe 5.1 Coordenadores de Grupo Recursos Humanos Cristiana Brito cristiana@cpqrr.fiocruz.br Hardware e Software Angela Volpini avolpini@cebio.org Infraestrutura, omicas, proteômicas e genômicas. Guilherme Oliveira Pesquisador Fiocruz Minas Tel [Telefone] oliveira@cebio.org 5.2 Equipe de Apoio Andréia G. Gestão Operacional Tel pmo-vpplr@fiocruz.br Cássia P. Dias Gerente Executiva do PDTIS Tel cassia.pereira@fiocruz.br Eliana Campagnuci Coordenadora da Rede de Plataformas Tel elianecampa@fiocruz.br 9

12 Pág Contato 6 Contato Vice Presidência de Pesquisa e laboratórios de Referência Av. Brasil, Manguinhos, Rio de Janeiro - CEP: Tel