INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Transcrição

1 INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos Minicurso: Dados de ocorrência de espécies de plantas e fungos: da coleta ao uso para e-ciência Palestrantes: Ingrid Koch (Unicamp) e Dora Ann Lange Canhos (CRIA)

2 Tópicos do Programa Dia 1: Apresentação do INCT Herbário Virtual e a importância dos dados de herbário Dia 2: Interface de busca do Herbário Virtual: apresentação e oficina Dia 3: Qualidade dos dados e Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil Dia 4: BioGeo: apresentação e oficina Dia 5: Agenda aberta a ser formulada com a participação dos alunos

3 21 de agosto de 2017 Apresentação dos participantes Importância dos dados de herbários Programa Breve apresentação do INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos O projeto A rede de herbários e outros provedores de dados indicadores Herbário Virtual on-line: apresentação sucinta dos componentes do sistema on-line

4 22 de agosto de 2017 Programa (Cont.) Apresentação da interface de busca on-line: formulário de busca análise dos resultados: inventários; gráficos, mapas, imagens, resumo, download Oficina dos participantes: prática utilizando a interface de busca Discussão: o que funciona, o que não funciona ou pode melhorar, o que não existe e seria importante implementar

5 Programa (Cont.) 23 de agosto de Qualidade dos dados Apresentação A coleta de espécimes: erros e omissões A digitação dos dados: erros e omissões Ferramentas para completar informações geográficas: geoloc, infoxy, conversor Aplicativos para detectar possíveis erros: Data Cleaning Ferramenta para informar erros ao curador (comentários ou anotações) Oficina: análise dos dados de herbários Discussão: o que funciona, o que não funciona ou pode melhorar, o que não existe e seria importante implementar

6 Programa (Cont.) 24 de agosto de 2017 Apresentação das ferramentas Lacunas ( Ferramenta que apresenta o status dos dados do Herbário Virtual na rede specieslink para cada espécie da Flora do Brasil 2020 BioGeo ( Sistema que usa técnicas de modelagem de nicho ecológico para expandir o conhecimento sobre a biogeografia de plantas e fungos do Brasil. Mapas de distribuição potencial podem ser gerados, buscados, visualizados e baixados para cada espécie. Discussão sobre as ferramentas 25 de agosto de 2017 Agenda aberta

7 INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos O projeto

8 Dados de herbário O que, onde, quem, quando

9 A base... SBB Sociedade Botânica do Brasil Políticas Para Coleções Botânicas Congresso Nacional de Botânica Rede Brasileira de Herbários Pós-Graduação Pesquisa Parcerias Internacionais Parcerias Internacionais Tecnologia da Informação Botânica Tecnologia da Comunicação

10 Registro Expedição splinker: mapeamento dos campos N catálogo Armário Acesso livre e aberto a dados não sensíveis Banco de dados da coleção Família Gênero Espécie País Localidade Habitat Mapeamento dos campos Modelo de dados DarwinCore catalog number family genus species country locality Registros on-line (Todos de acesso público) Lat/long BLOQUEADO Observação notes Filtro para dados sensíveis Computador do Herbário Servidor Regional

11 Componentes do Sistema on-line Análise dos dados indicadores Serviços Web Requisições externas network manager Metadados datacleaning Indicadores Uso dos dados Relatório data cleaning ferramentas metadados Interface de busca dados gráficos mapas imagens Provedor TAPIR/IPT Exsiccatae modelagem mapcria Lacunas BioGeo abelhas Flora 2020 idigbio GBIF SIBBr Repositório Central Indexador Coleções com provedores IPT/TAPIR/DiGIR TAPIR Coleções sem provedores Servidores Regionais splinker NYBG MNHN Smithsonian idigbio Mobot

12 INCT-HVFF serviço exsiccatæ BAH R BOTU SP UFG BHCB CESJ E specieslink banco de dados servidor de imagens imagens metadados serviços web P NY E SP CESJ R UFG BHCB

13 CRIA RNP/IDC (Topologia do CRIA em Brasília) RNP / IDC Switch CRIA no IDC INTERNET FIREWALL CRIA (Brasília) FIREWALL (Brasília) FIREWALL CRIA (Campinas) Túnel VPN Rede privada Rede IDC

14 Evolução do número de registros on-line Projeto INCT-HVFF (CNPq)

15 Evolução do N o. de conjuntos de dados on-line

16 Uso dos dados

17 Pesquisa sobre o uso dos dados (rede specieslink)

18 Perfil dos usuários (625 respostas)

19 Origem dos Usuários Brasil: 95% Outros países: Estados Unidos, Reino Unido, Alemanha, Argentina, Portugal, Itália, México, Holanda, Colômbia

20 Infraestrutura de pesquisa e uso dos dados 1,6 milhão registros/dia Canhos DAL, Sousa-Baena MS, de Souza S, Maia LC, Stehmann JR, et al. (2015) The Importance of Biodiversity E-infrastructures for Megadiverse Countries. PLoS Biol 13(7): e doi: /journal.pbio

21 Evoluçãode dados primáriosda flora do Brasilon-line e no. de espécies descritas por especialistas brasileiros e do exterior Canhos DAL, Sousa-Baena MS, de Souza S, Maia LC, Stehmann JR, et al. (2015) The Importance of Biodiversity E-infrastructures for Megadiverse Countries. PLoS Biol 13(7): e doi: /journal.pbio

22 O que é uma e-infraestrutura? Interface de busca Banco de dados centralizado Bancos de dados dos herbários

23 dados de ocorrência de espécies imagens (vouchers, planta viva, pólen) mapas, gráficos, sínteses, catalogos(dinâmico) Interface de busca INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos dados imagens mapas ferramentas Serviços web Ferramentas dados de ocorrência de espécies imagens data cleaning georreferenciamento automático indicadores Cibertaxonomia Sistema de anotação Lacunas BioGeo

24 Dados de herbário O que, onde, quem, quando interação com outros grupos taxonômicos, filogenia, DNA,, uso por outros públicos

25

26 preparando o caminho para o futuro

27 22/08/2017 Apresentação da interface de busca on-line: formulário de busca análise dos resultados: inventários; gráficos, mapas, imagens, resumo, download Oficina dos participantes: prática utilizando a interface de busca Discussão: o que funciona, o que não funciona ou pode melhorar, o que não existe e seria importante implementar Para quem tiver um tempinho veja: SpeciesLink - Interface de busca e dicas de uso ( Veja dicas de uso na barra superior da interface de busca (