Entraremos em sistema linux para realizar algumas tarefas e aprender alguns comandos.

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1 Entraremos em sistema linux para realizar algumas tarefas e aprender alguns comandos. Como se conectar a partir do sistema Windows: Conexão direta SSH: Putty (download) Entrando numa conta no servidor: Abra o programa Putty Complete o campo Host name com : ??? e mude Protocol para SSH Complete o campo Saved sessions com BioinfoIMS Clique o botão Save Entrar login como aluno, pegue a senha com o professor Os sistema linux apresentam um terminal de comandos que utilizamos para enviar comandos e rodar scripts que executam tarefas úteis para nos ajudar a analisar dados em larga escala. Nessa aula aprenderemos vários comandos básicos e úteis do sistema linux para nos ajudar a fazer análises de sequências. 1. Organização dos diretórios no linux, arvore de diretórios. O sistema linux é organizado na forma de diretórios hierárquicos, chamado de arvore de diretório Figura 1. Arvore de diretórios do linux. Todos os diretórios (exceto o diretório raiz / ) estão contidos dentro de outro diretório chamando de diretório pai (parent directory) O diretório bill esta dentro do diretório home O diretório home esta dentro do diretório raiz / 2. Usando comandos no Terminal Linha de comando do linux aluno-imac:~aluno $ Para saber qual é o diretório atual que você esta use o comando pwd

2 -pwd mostra o diretório que você está desde a raiz, chamado de endereço absoluto. Exemplo: $pwd /home/aluno Endereço absoluto porque esta sendo mostrando todos os parent directories, inclusive a raiz. -ls comando usando para listar o conteúdo do diretório #lista o conteúdo do diretório de forma simples $ls #lista o conteúdo do diretório de forma longa $ls -l #lista o conteúdo do diretório (inclusive arquivos ocultos) de forma longa $ls -la Figura2. Saída do comando ls -l. Type = Tipo - informa se e um arquivo - ou um diretório d' Access modes = Modo de acesso - mostra as permissões para o diretório ou arquivo, leitura, escrita, execução. # de links, mostra quantos links esse arquivo ou diretório tem com outros locais Owner = Dono do arquivo, quem criou Group = Grupo que o arquivo pertence Size = Tamanho (bites) Modification date and time = Data de modificação (data e hora) Name = Nome do arquivo ou diretório Tabela 1. Permissão para arquivos e diretórios. Leitura escrita, execução Permissão Significado para o diretório Significado para o arquivo R Lista o conteúdo do diretório Leitura do arquivo W Criar ou remover arquivos Escrever no arquivo X Acessar arquivos e subdiretório Executar

3 Figura 3. Arquivos listados em um diretório. Figura 4. Exemplo de permissões de um arquivo ou diretório. As permissões de leitura, escrita e execução são apresentadas para dono, grupo e outros usuários. As três primeiras letras, no exemplo acima, rwx, são as permissões para o dono, as próximas três letras rw- são as permissões para o grupo, e as ultimas três r-- permissões são para os outros usuários. Quando aparece o sinal -, significa que aquele usuário não tem aquela permissão. Exemplo, na figura 4 o grupo tem as seguintes permissões rw-, significa que o grupo pode ler e escrever, mas não pode executar o arquivo. Tabela 2: Valores numéricos para alterar as permissões Valor Significado x 2 -w- 3 -wx 4 r-- 5 r-x 6 rw- 7 rwx -cd comando usado para mudar de diretório exemplo $cd diretonaoexiste vai aparecer a mensagem -bash: cd: bla: No such file or directory #vai direto para o diretório HOME do usuário $cd Se você já estiver no diretório home esse comando não executara nenhuma ação

4 #muda para o diretório determinado pelo usuário $cd nomediretorio #voltar para o diretório que estava trabalhando anteriormente $cd - Vai para o diretório anterior, equivalente a voltar #muda para o diretório acima (superior) $cd.. TAREFA. Entrar e sair dos diretórios que estão abaixo do diretório bioinfo. Fazer isso repetidas vezes!

5 Criando diretório. -mkdir comando para criar diretório #basta usar o comando mkdir e colocar o nome do diretório desejado $mkdir nomediretorio Movendo e renomeando arquivos -mv move arquivos, renomeia arquivos #movendo um arquivo. Basta colocar o nome do arquivo e o local de destino para onde deseja mover $mv nomearquivo localdestino #renomeando um arquivo. Usado quando você deseja trocar o nome de um arquivo $mv nomeantivo nomenovo -cat lista o conteúdo de uma arquivo texto puro -more abre um arquivo texto puro e permite que você avance página por página 1. Vamos criar a seguinte estrutura hierárquica de diretórios (usar comando mkdir ) Caso você digite o nome do diretório errado pode apagar e refazer (comando rmdir ) ou renomear (comando mv ) seunome Genoma RNA proteina mtdna nuclear 2. Agora você deve copiar os arquivos que estão no diretório /Users/aluno/bioinfo/projeto para os seus diretórios (use o comando cp") 3. Entre em cada um dos diretórios (usar o comando cd ) 4. Verifique se os arquivos estão no diretórios corretos (usar o comando ls ) 5. Visualizar o conteúdo de cada arquivo (usar os comando cat e more )