Introdução à Programação de Computadores para Biologia. Arrays e Hashes
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- Cacilda Rodrigues
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1 Introdução à Programação de Computadores para Biologia Arrays e Hashes PERL ECLIPSE E EPIC 1 Verificar a instalação do Eclipse; 2 Se eclipse instalado, verificar a presença do EPIC - Help > Install New SoBware - What is already installed? 3 Se EPIC instalado, conenuar a aula; 4 Se EPIC não instalado: - Help > Install New So8ware - Adicionar o site h<p://e- p- i- csfnet/updates/tesbng 1
2 PERL ECLIPSE E EPIC h<p://e- p- i- csfnet/updates/tesbng PERL ECLIPSE E EPIC 1 Verificar a instalação do Eclipse; 2 Se eclipse instalado, verificar a presença do EPIC - Help > Install New SoBware - What is already installed? 3 Se EPIC instalado, conenuar a aula; 4 Se EPIC não instalado: - Help > Install New So8ware - Adicionar o site h<p://e- p- i- csfnet/updates/tesbng - Restart ECLIPSE 2
3 ARQUIVOS E EXEMPLOS Página da disciplina: biologiaibuspbr/torres/introprog/ Baixar arquivo: - dmel- subset- gene- r545fasta PROBLEMA No arquivo dmel- all- gene- r545fasta estão todos os genes ideneficados no genoma de Drosophila melanogaster Quero armazenar cada sequencia em uma variável com um número ideneficador único 1 Como fazer? 3
4 PROBLEMA No arquivo dmel- all- gene- r545fasta estão todos os genes ideneficados no genoma de Drosophila melanogaster Quero armazenar cada sequencia em uma variável com um número ideneficador único 1 Como fazer? $gene = "ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA"; $gene = "AAGAGAGAGGATAGAGAGATCTTCTCTCTCGGGGTAGCGCTAGCTG"; PROBLEMA No arquivo dmel- all- gene- r545fasta estão todos os genes ideneficados no genoma de Drosophila melanogaster Quero armazenar cada sequencia em uma variável com um número ideneficador único 1 Como fazer? $gene = "ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA"; $gene = "AAGAGAGAGGATAGAGAGATCTTCTCTCTCGGGGTAGCGCTAGCTG"; 2 Quantas variáveis seriam geradas? 4
5 PROBLEMA No arquivo dmel- all- gene- r545fasta estão todos os genes ideneficados no genoma de Drosophila melanogaster Quero armazenar cada sequencia em uma variável com um número ideneficador único 1 Como fazer? $gene = "ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA"; $gene = "AAGAGAGAGGATAGAGAGATCTTCTCTCTCGGGGTAGCGCTAGCTG"; 2 Quantas variáveis seriam geradas? $gene = "ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA"; $gene = "AAGAGAGAGGATAGAGAGATCTTCTCTCTCGGGGTAGCGCTAGCTG"; n 5
6 @seqs n ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA 6
7 @genes n for Mvl Cyp6g1 Cut Ovo Npf Tyrion Lannister Cersei Lannister Daenerys Targaryen Jon Snow Bran Stark Eddard Stark Tywin Lannister Sansa Stark 7
8 @agenda_enderecos Spoiler King's Landing Meereen Beyond The Wall Winterfell Spoiler Eyrie 1 No terminal, descobrir quais são os cinco primeiros genes de Dmel 8
9 1 No terminal, descobrir quais são os cinco primeiros genes de Dmel $ grep ">" dmel-all-gene-r545fasta head -5 >FBgn loc=2r:complement( ) name=cg7856; length=2202; release=r545; species=dmel; >FBgn type=gene; loc=3r:complement( ); name=scpr-b; length=951; release=r545; species=dmel; >FBgn type=gene; loc=2r:complement( ); name=cg4294; length=5231; release=r545; species=dmel; >FBgn type=gene; loc=2l: ; name=sgt; length=3171; release=r545; species=dmel; >FBgn type=gene; loc=x: ; name=cg42308; length=781; release=r545; species=dmel; 1 No terminal, descobrir quais são os cinco primeiros genes de Dmel 2 No Eclipse, New > New Project; - aula04 3 No Eclipse, New > New Perl File; - arrayspl 4 Copiar exemplo01 da página e subsetuir o nome dos genes 9
10 Script: arrayspl Output: #! /usr/bin/perl # script para entender arrays # criando o array de = ( "gene01", "gene02", "gene03", "gene04", "gene05" ); Script: arrayspl Output: #! /usr/bin/perl # script para entender arrays # criando o array de = ( "CG7856", "scpr-b", "CG4294", "Sgt", "CG42308" ); 10
11 @gene_names CG7856 scpr- B CG4294 Sgt CG42308 Script: arrayspl Copiar exemplo02 da página da disciplina Output: #! /usr/bin/perl # script para entender arrays # criando o array de = ( "CG7856", "scpr-b", "CG4294", "Sgt", "CG42308" ); # criando o array de = ( "FBgn ", "FBgn ", "FBgn ", "FBgn ", "FBgn " ); 11
12 @gene_names CG7856 scpr- B CG4294 Sgt FBgn FBgn FBgn FBgn FBgn Script: arrayspl Output: #! /usr/bin/perl # script para entender arrays # criando o array de = ( "CG7856", "scpr-b", "CG4294", "Sgt", "CG42308" ); # criando o array de = ( "FBgn ", "FBgn ", "FBgn ", "FBgn ", "FBgn " ); # acessando os elementos individuais do array print "$gene_ids[0] \= $gene_names[0]\;\n"; 12
13 Script: arrayspl; copiar exemplo04 #! /usr/bin/perl # script para entender arrays # criando o array de = ( "CG7856", "scpr-b", "CG4294", "Sgt", "CG42308" ); # criando o array de = ( "FBgn ", "FBgn ", "FBgn ", "FBgn ", "FBgn " ); # acessando os elementos individuais do array print "$gene_ids[0] \= $gene_names[0]\;\n"; print "$gene_ids[1] \= $gene_names[1]\;\n"; print "$gene_ids[2] \= $gene_names[2]\;\n"; print "$gene_ids[3] \= $gene_names[3]\;\n"; print "$gene_ids[4] \= $gene_names[4]\;\n"; Script: arrayspl; exemplo05 Output: #adicionando elementos no array $gene_names[5] = "CG15556"; $gene_ids[5] = "FBgn "; print "$gene_ids[5] \= $gene_names[5]\;\n"; 13
14 Script: arrayspl; exemplo06 Output: #adicionando elementos no array $gene_names[5] = "CG15556"; $gene_ids[5] = "FBgn "; print "$gene_ids[5] \= $gene_names[5]\;\n"; # adicionando mais elementos no array $gene_names[7] = "CG9773"; $gene_ids[7] = "FBgn "; print "$gene_ids[6] \= $gene_names[6]\;\n"; print "$gene_ids[7] \= $gene_names[7]\;\n"; Script: arrayspl; exemplo07 Output: #adicionando elementos no array $gene_names[5] = "CG15556"; $gene_ids[5] = "FBgn "; print "$gene_ids[5] \= $gene_names[5]\;\n"; # adicionando mais elementos no array $gene_names[7] = "CG9773"; $gene_ids[7] = "FBgn "; $gene_names[6] = "CG7059"; $gene_ids[6] = "FBgn "; print "$gene_ids[6] \= $gene_names[6]\;\n"; print "$gene_ids[7] \= $gene_names[7]\;\n"; 14
15 Script: arrayspl, copiar exemplo08 Funções para a manipulação de arrays: 1 push() # exemplo08 # o que faz a funcao push()? push(@gene_names, "RabX4"); push(@gene_ids, "FBgn "); print "\nexemplo08\:\n$gene_ids[8] \= $gene_names[8]\;\n"; Script: arrayspl; exemplo09 Funções para a manipulação de arrays: 2 pop() # o que faz a funcao pop()? pop(@gene_names); pop(@gene_ids); print "\nexemplo09\:\n"; print "$gene_ids[0] \= $gene_names[0]\;\n"; print "$gene_ids[1] \= $gene_names[1]\;\n"; print "$gene_ids[2] \= $gene_names[2]\;\n"; print "$gene_ids[3] \= $gene_names[3]\;\n"; print "$gene_ids[4] \= $gene_names[4]\;\n"; print "$gene_ids[5] \= $gene_names[5]\;\n"; print "$gene_ids[6] \= $gene_names[6]\;\n"; print "$gene_ids[7] \= $gene_names[7]\;\n"; print "$gene_ids[8] \= $gene_names[8]\;\n"; 15
16 Script: arrayspl, exemplo10 Funções para a manipulação de arrays: 3 shib() # exemplo10 # o que faz a funcao shift()? $gene_name01 = shift(@gene_names); $gene_id01 = shift(@gene_ids); print "\nexemplo10\:\n"; print "$gene_id01 \= $gene_name01\;\n"; print "Novo array\:\n"; print "$gene_ids[0] \= $gene_names[0]\;\n"; print "$gene_ids[1] \= $gene_names[1]\;\n"; print "$gene_ids[2] \= $gene_names[2]\;\n"; print "$gene_ids[3] \= $gene_names[3]\;\n"; print "$gene_ids[4] \= $gene_names[4]\;\n"; print "$gene_ids[5] \= $gene_names[5]\;\n"; #continua Script: arrayspl; exemplo11 Funções para a manipulação de arrays: 4 unshib() # exemplo11 # o que faz a funcao unshift()? unshift(@gene_names, $gene_name01); unshift(@gene_ids, $gene_id01); print "\nexemplo11\:\n"; print "$gene_ids[0] \= $gene_names[0]\;\n"; print "$gene_ids[1] \= $gene_names[1]\;\n"; print "$gene_ids[2] \= $gene_names[2]\;\n"; print "$gene_ids[3] \= $gene_names[3]\;\n"; print "$gene_ids[4] \= $gene_names[4]\;\n"; print "$gene_ids[5] \= $gene_names[5]\;\n"; print "$gene_ids[6] \= $gene_names[6]\;\n"; print "$gene_ids[7] \= $gene_names[7]\;\n"; #continua 16
17 Script: arrayspl Contexto de lista ou contexto escalar? # contexto lista ou escalar? $n print "n \= $n!\n"; Script: arrayspl Contexto de lista ou contexto escalar? # contexto lista ou escalar? $n print "n \= $n!\n"; 17
18 Script: arrayspl Contexto de lista ou contexto escalar? # contexto lista ou escalar? $n print "n \= $n!\n"; print "\n@gene_names\n"; Script: arrayspl Contexto de lista ou contexto escalar? # contexto lista ou escalar? $n print "n \= $n!\n"; print "\n@gene_names\n"; print join(", 18
19 Script: arrayspl Arrays sequeciais # arrays = = = (az); print "@var_10\n"; print "@var_20\n"; print "@var_abc\n"; Script: arrayspl Subconjuntos # print "\n@subset_genes\n"; 19
20 Script: arrayspl Subconjuntos # print "\n@subset_genes\n"; Script: arrayspl Funções para a manipulação de arrays: 5 splice() # funcao splice() para substituicao # uso: splice (@array, = (120); print "Antes splice(@nums, 5, 5, 2125); print "Depois 20
21 Script: arrayspl, copiar exemplo12 Funções para a manipulação de arrays: 6 split() # funcao split() # transformar string em array # strings $var_music = "Rain-Drops-On-Roses-And-Whiskers-On-Kittens"; $var_jon = "You know nothing, Jon Snow"; # transformar strings em = split('-', = split(' ', $var_jon); print "$music[5]\n"; print "$Jon[3]\n"; Script: arrayspl, copiar exemplo13 Funções para a manipulação de arrays: 7 join() # funcao join() # transformar array em string $string1 = join( ' ); $string2 = join( ); print "$string1\n"; print "$string2\n"; 21
22 DOIS CG7856 scpr- B CG4294 Sgt FBgn FBgn FBgn FBgn FBgn DOIS VETORES genes CG7856 scpr- B CG4294 Sgt CG42308 CG15556 CG7059 CG9773 ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCT ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCT ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGAGT 22
23 VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) %genes CG7856 scpr- B CG4294 Sgt CG42308 CG15556 CG7059 CG9773 keys ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCT ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCT ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCTGAGCTAGCTGAGCTGCGTAGCTGAGCTGAGTATA ATAGCGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTAGCTGAGCTGAGT value VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) 1 No Eclipse, New > New Perl File; - hashespl 2 Copiar exemplo14 da página 23
24 VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Copiar exemplo02 da página da disciplina #! /usr/bin/perl # script para entender hashes Output: # criando o hash de genes %genes = ("FBgn ", "CG7856", "FBgn ", "scpr-b", "FBgn ", "CG424", "FBgn ", "Sgt", "FBgn ", "CG42308", "FBgn ", "CG15556", "FBgn ", "CG7059", "FBgn ", "CG9773"); VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Output: #! /usr/bin/perl # script para entender hashes # criando o hash de genes %genes = ("FBgn ", "CG7856","FBgn ", "scpr- B","FBgn ", "CG424", "FBgn ", "Sgt", "FBgn ", "CG42308", "FBgn ", "CG15556","FBgn ", "CG7059", "FBgn ", "CG9773"); 24
25 VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Output: #! /usr/bin/perl # script para entender hashes # criando o hash de genes %genes = ("FBgn " => "CG7856", "FBgn " => "scpr-b", "FBgn " => "CG424", "FBgn " => "Sgt", "FBgn " => "CG42308", "FBgn " => "CG15556", "FBgn " => "CG7059", "FBgn " => "CG9773"); VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Output: #! /usr/bin/perl # script para entender hashes # criando o hash de genes %genes = ("FBgn ", "CG7856", "FBgn ", "scpr-b", "FBgn ", "CG424", "FBgn ", "Sgt", "FBgn ", "CG42308", "FBgn ", "CG15556", "FBgn ", "CG7059", "FBgn ", "CG9773"); # acessando elementos individuais do hash $gene01 = $genes{fbgn }; $gene02 = $genes{fbgn }; print "$gene01 e $gene02\n"; 25
26 VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Output: # continuacao script para entender hashes # acessando elementos individuais do hash $gene01 = $genes{fbgn }; $gene02 = $genes{fbgn }; print "$gene01 e $gene02\n"; # criar uma nova entrada $genes{"fbgn "} = "RabX4"; VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Funções para a manipulação de hashes: 1 keys() # continuacao do script para entender hashes # recuperar os = keys(%genes); print "@gene_ids\n"; 26
27 VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Funções para a manipulação de hashes: 2 values() # continuacao do script para entender hashes # recuperar os = values(%genes); print "@gene_values\n"; VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Funções para a manipulação de arrays: 3 sort() # continuacao do script para entender hashes # recuperar os IDs em ordem = sort(keys(%genes)); print "@gene_ids\n"; 27
28 VETORES ASSOCIATIVOS (HASHES) Script: hashespl Funções para a manipulação de arrays: 4 reverse() # continuacao do script para entender hashes # o que faz a funcao = reverse(@gene_values); print "@gene_values_rev\n"; ARRAYS & HASHES EXERCÍCIOS PARA PRÓXIMA AULA 1 (1,0 pt) Testar algoritmo do bolo de cenoura (úlema chamada); 2 (0,5 pt) Criar um hash para o código genéeco 28
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