Sistema de Sequenciação iseq 100

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1 Sistema de Seqenciação iseq 100 Manal de Preparação do Centro Clínico Introdção 3 Entrega e instalação 3 Reqisitos de laboratório 6 Reqisitos elétricos 8 Fonte de alimentação ininterrpta 9 Considerações ambientais 9 Diretrizes de rede do anfitrião 10 Consmíveis e eqipamento fornecidos pelo tilizador 14 Histórico de revisão 17 Assistência técnica 19 Docmento n.º v04 POR Agosto de 2018 Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. PROPRIEDADE DA ILLUMINA

2 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Este docmento e respetivo conteúdo são propriedade da Illmina, Inc. e das sas afiliadas ("Illmina") e destinam-se nicamente a tilização contratal por parte dos clientes relativamente à tilização dos prodtos descritos no presente docmento e para nenhm otro fim. Este docmento e respetivo conteúdo não podem ser tilizados o distribídos para qalqer otro fim e/o de otra forma transmitidos, divlgados o reprodzidos por qalqer via, seja de qe natreza for, sem a atorização prévia por escrito da Illmina. A Illmina não concede qalqer licença ao abrigo da sa patente, marca comercial, direito de ator o direitos de jrisprdência nem direitos semelhantes de qaisqer terceiros por via deste docmento. As instrções contidas neste docmento têm de ser estrita e explicitamente segidas por pessoal qalificado e com a devida formação para garantir a tilização adeqada e segra dos prodtos aqi descritos. Todo o conteúdo deste docmento tem de ser integralmente lido e compreendido antes da tilização dos referidos prodtos. A NÃO OBSERVÂNCIA DA RECOMENDAÇÃO PARA LER INTEGRALMENTE E SEGUIR EXPLICITAMENTE TODAS AS INSTRUÇÕES AQUI CONTIDAS PODE RESULTAR EM DANOS NOS PRODUTOS, LESÕES EM PESSOAS, INCLUINDO NOS UTILIZADORES OU OUTROS, E EM DANOS MATERIAIS, E IRÁ ANULAR QUALQUER GARANTIA APLICÁVEL AOS PRODUTOS. A ILLUMINA NÃO ASSUME QUALQUER RESPONSABILIDADE RESULTANTE DA UTILIZAÇÃO INADEQUADA DOS PRODUTOS AQUI DESCRITOS (INCLUINDO PARTES DOS MESMOS OU DO SOFTWARE) Illmina, Inc. Todos os direitos reservados. Todas as marcas comerciais são propriedade da Illmina, Inc. o dos respetivos proprietários. Para obter informações específicas sobre marcas comerciais, conslte Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 2

3 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Introdção Este manal fornece especificações e diretrizes de preparação do centro clínico para instalação e operação do Sistema de Seqenciação Illmina iseq 100. Considerações de entrega e instalação Reqisitos de espaço em laboratório Reqisitos elétricos Restrições ambientais Reqisitos informáticos Consmíveis e eqipamento fornecidos pelo tilizador Considerações de segrança Conslte o Manal de Conformidade e Segrança do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ) para obter informações importantes sobre as considerações de segrança. Recrsos adicionais As páginas de sporte do Sistema de Seqenciação iseq 100 no sítio Web da Illmina fornecem recrsos adicionais do sistema. Estes recrsos inclem software, formação, prodtos compatíveis e a seginte docmentação. Conslte sempre as páginas de sporte para obter as versões mais recentes. Recrso Seletor de protocolo personalizado Cartaz de Configração do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ) Manal de Conformidade e Segrança do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ) Manal de Conformidade do Leitor RFID (docmento n.º ) Manal do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ) Descrição Uma ferramenta para gerar instrções completas adaptadas ao método de preparação de bancos, parâmetros de execção e método de análise, com opções para refinar o nível de detalhes. Fornece instrções para a instalação do instrmento e para iniciar a configração pela primeira vez. Fornece informações sobre considerações de segrança operacional, declarações de conformidade e etiqetas do instrmento. Fornece informações sobre o leitor RFID no instrmento, inclindo certificações de conformidade e considerações de segrança. Fornece ma descrição geral do instrmento e procedimentos associados. Estão inclídos os componentes do instrmento, os componentes de reagentes, as instrções de tilização e os procedimentos de mantenção e resolção de problemas. Entrega e instalação O Sistema iseq 100 é m sistema instalável pelo tilizador. As instrções de instalação são fornecidas no Cartaz de Configração do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ), qe é fornecido com o instrmento. Após a instalação, pode mover o instrmento para aceder às portas USB e a otros componentes do painel traseiro. Para obter instrções detalhadas sobre a deslocação do instrmento, conslte o Manal do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ). Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 3

4 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Configração pela primeira vez Desempacotar e instalar o Sistema iseq 100 demora cerca de 30 mintos. A instalação incli ligar o instrmento à alimentação e às fontes de rede, ligar e segir as indicações no ecrã para efetar ma verificação do sistema e configrar o software. Para realizar a verificação do sistema, necessita do cartcho de teste retilizável e da célla de flxo retilizável. Prepare o espaço no laboratório com antecedência para estar preparado para desempacotar e instalar o sistema aqando da entrega. Se estiver a ligar o instrmento ao armazenamento de rede, determine a rede antes da instalação. NOTA Adicionar o sistema a ma rede pode demorar mais tempo. Como parte do processo de instalação, a Illmina recomenda qe conslte antecipadamente o se representante de TI. Para mais informações, conslte Diretrizes de rede do anfitrião na página 10. Todos os componentes necessários para a instalação são enviados com o instrmento. Não são necessárias ferramentas adicionais. Alteração da palavra-passe O sistema operativo Windows tem das contas: administrador (sbsadmin) e tilizador padrão (sbsser). A primeira vez qe iniciar sessão no sistema operativo, tem de alterar a palavra-passe de ambas as contas. O sistema operativo apresenta o nome de tilizador e a palavra- passe predefinida de cada conta. Copie a palavra-passe de sbsadmin e depois do sbsser para conclir a alteração reqerida da palavra- passe. As novas palavras-passe têm de conter pelo menos 10 carateres. Contine a configração pela primeira vez no sbsser. Caso pretenda personalizar as definições de rede, mde para sbsadmin. Conteúdo da caixa de envio O instrmento e os componentes são enviados nma caixa de envio castanha. A caixa de envio castanha contém das caixas: ma caixa branca com o instrmento e ma caixa de acessórios com a etiqeta de acessórios do Sistema de Seqenciação iseq 100. Estão inclídos os segintes componentes: Cabo Ethernet Cabo de alimentação Cartcho de teste retilizável iseq 100 Célla de flxo de teste retilizável iseq 100 Filtro de ar sobresselente iseq 100 Tapete do tableiro de recolha sobresselente iseq 100 Cartaz de Configração do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ) Informações importantes para o cliente (docmento n.º ) NOTA Os manais não enviados com o instrmento, inclindo o manal do sistema, estão disponíveis online. Conslte Recrsos adicionais na página 3. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 4

5 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Dimensões da caixa Utilize as segintes dimensões da caixa para determinar o transporte, a montagem e o armazenamento. Tabela 1 Caixa castanha Medida Altra Largra Profndidade Peso Tabela 2 Caixa branca Medida Altra Largra Profndidade Peso Tabela 3 Caixa de acessórios Medida Altra Largra Profndidade Peso Dimensão 49,5 cm (19,5 pol.) 56,3 cm (21 pol.) 58,4 cm (23 pol.) 21 kg (47 lb) Dimensão 35,6 cm (14 pol.) 43,2 cm (17 pol.) 43,2 cm (17 pol.) 17 kg (38 lb) Dimensão 8,9 cm (3,5 pol.) 33 cm (13 pol.) 21,6 cm (8,5 pol.) 0,82 kg (1,8 lb) Armazenar componentes de teste retilizáveis e sobresselentes Armazene os segintes componentes à temperatra ambiente na embalagem original: cartcho de teste retilizável, célla de flxo de teste retilizável, filtro de ar sobresselente e tapete sobresselente do tableiro de recolha. Retire do armazenamento conforme necessário para resolção de problemas e mantenção do sistema: Após a configração pela primeira vez, o cartcho de teste retilizável e a célla de flxo de teste retilizável permitem exectar qaisqer verificações ftras do sistema. Sbstita após 5 anos o 36 tilizações, o qe ocorrer primeiro. Seis meses após a configração pela primeira vez, o filtro de ar sobresselente sbstiti o qe está instalado. Se algma vez ocorrer ma fga, o tapete sobresselente do tableiro de recolha sbstitirá o qe está instalado. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 5

6 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Reqisitos de laboratório Utilize as especificações e os reqisitos fornecidos nesta secção para configrar o espaço no laboratório. Dimensões do instrmento Medida Altra (monitor levantado) Largra Profndidade Peso Dimensões do instrmento instalado 42,5 cm (16,8 pol.) 30,5 cm (12 pol.) 33 cm (13 pol.) 16 kg (35 lb) Reqisitos de colocação Posicione o instrmento de forma a permitir ma ventilação adeqada e acesso para mantenção. Utilize as segintes dimensões mínimas de espaço livre para garantir qe o instrmento está acessível de todos os lados. Acesso Lados Parte de trás Parte de cima Espaço livre mínimo Deixe pelo menos 30 cm (12 pol.) de cada lado do instrmento. Deixe pelo menos 15,25 cm (6 pol.) atrás do instrmento. Deixe pelo menos 30 cm (12 pol.) por cima do instrmento (monitor baixo). Certifiqe-se de qe consege ter acesso pelo lado direito do instrmento ao interrptor de alimentação no painel traseiro. Posicione o instrmento de forma a poder rapidamente desligar o cabo de alimentação da tomada. Diretrizes para a bancada do laboratório O instrmento incli elementos de precisão ótica. Coloqe o instrmento nma bancada resistente e plana do laboratório afastado de fontes de vibração. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 6

7 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Diretrizes de vibração Drante execções de seqenciação, tilize as segintes melhores práticas para minimizar vibrações contínas e intermitentes e assegrar m desempenho ideal. Mantenha a bancada livre de potenciais fontes de vibração, como: Agitadores, centrifgadores com agitação tipo vórtex, centrífgas, gavetas, armários e prateleiras qe possam casar choqes não intencionais na sperfície da bancada. Ar pressrizado o azoto e otros flxos de ar importantes. Mantenha o espaço livre arrmado. Não coloqe consmíveis sados o otras ferramentas e acessórios de laboratório sobre o instrmento. Ao interagir com o instrmento, tilize apenas o monitor do ecrã tátil e o flxo de trabalho recomendado para carregar e retirar consmíveis. Não provoqe impactos diretos nas sperfícies do instrmento. Reqisitos de armazenamento para Reagentes iseq 100 i1 A seginte tabela indica a temperatra de armazenamento e as dimensões dos componentes fornecidos com os Reagentes iseq 100 i1. Componente Temperatra de armazenamento Comprimento Largra Altra Cartcho -25 C a -15 C 19,6 cm (7,7 pol.) 13,7 cm (5,4 pol.) 13 cm (5 pol.) Célla de flxo 2 C a 8 C* 10,2 cm (4 pol.) 10,2 cm (4 pol.) 2,5 cm (1 pol.) *Enviado à temperatra ambiente. Saída de dados e reqisitos de armazenamento O BaseSpace Seqence Hb reqer até 900 MB de armazenamento para acomodar os dados carregados de m ensaio. Se os dados forem armazenados localmente, tilize os segintes tamanhos de ficheiro aproximados como referência. Estes ficheiros são gerados por ma execção de seqenciação e análise sbseqente. Ficheiros de saída BAM BCL FASTQ gvcf e VCF InterOp Tamanho aproximado 600 MB 850 Mb 850 MB < 10 MB 2,5 Mb Configração do laboratório para procedimentos de PCR Algns métodos de preparação de bancos reqerem o processo de reação em cadeia da polimerase (PCR). Estabeleça áreas dedicadas e procedimentos de laboratório para prevenir a contaminação do prodto de PCR antes de começar a trabalhar no laboratório. Os prodtos de PCR podem contaminar reagentes, instrmentos e amostras, atrasando as operações normais e casando resltados imprecisos. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 7

8 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Áreas de pré-pcr e pós-pcr Utilize as segintes diretrizes para evitar a contaminação crzada. Estabeleça ma área pré-pcr para processos pré-pcr. Estabeleça ma área pós-pcr para processar prodtos PCR. Não tilize o mesmo lavatório para lavar materiais de pré-pcr e pós-pcr. Não tilize o mesmo sistema de prificação de ága para as áreas de pré-pcr e pós-pcr. Armazene os materiais tilizados para protocolos pré-pcr na área pré-pcr. Transfira-os para a área pós-pcr, conforme necessário. Materiais e eqipamentos dedicados Não partilhe eqipamento e materiais entre os processos pré-pcr e pós-pcr. Dediqe m conjnto de eqipamentos e materiais em separado para cada área. Estabeleça áreas de armazenamento dedicadas para os consmíveis tilizados em cada área. Reqisitos elétricos Especificações de alimentação Tipo Tensão de linha Pico de consmo energético Especificação VCA a 50/60 Hz 80 Watts É necessária ma ligação à terra. Se a tensão fltar mais de 10%, é necessário m reglador de potência. Ligação à massa de proteção O instrmento tem ma ligação à massa de proteção através do compartimento. A segrança do cabo de alimentação coloca a ligação à massa de proteção nma referência de segrança. A ligação à massa de proteção do cabo de alimentação tem de estar em boas condições de trabalho qando tilizar este dispositivo. Cabos de alimentação O instrmento tem m recetáclo em conformidade com a norma internacional IEC C13 e é enviado com m cabo de alimentação específico para cada região. O cabo norte-americano tem 2,44 m (8 pés) de comprimento. Todos os otros cabos têm 2,5 m (8,2 pés) de comprimento. Para obter recetáclos o cabos de alimentação eqivalentes qe cmpram as normas locais, conslte m fornecedor de terceiros como a Interpower Corporation ( As tensões perigosas só são removidas do instrmento qando o cabo de alimentação é desligado da fonte de alimentação CA. Fsíveis O módlo de entrada de alimentação incli dois fsíveis nas linhas de entrada de alta tensão. Estes fsíveis têm 5 mm 20 mm, com capacidade de 10 Amps, 250 VCA, ação lenta. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 8

9 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Fonte de alimentação ininterrpta A Illmina recomenda a tilização de ma fonte de alimentação ininterrpta (UPS) adeqada a nível regional com ma capacidade de pelo menos 500 VA. A seginte tabela fornece três modelos de exemplo. O tempo de execção (a dração da alimentação da bateria) depende do modelo UPS selecionado e da idade e qalidade da bateria UPS. Tabela 4 Especificação Japão APC Smart-UPS 750 LCD 100 V Peça n.º SMT750J América do Norte APC Smart-UPS 750 VA LCD 120 V US Peça n.º SMT750US Máximo de Watts 500 W 500 W 500 W Corrente máxima 750 VA 750 VA 750 VA Tensão de entrada (nominal) Ligação de entrada Dimensões (A L P) 100 VCA 120 VCA 230 VCA Internacional APC Smart-UPS 750 VA LCD 230 V Peça n.º SMT750I NEMA 5-15P NEMA 5-15P IEC-320 C14 Schko CEE 7/EU1-16P British BS1363A 16,7 cm 14 cm 36 cm (6,6 pol. 5,5 pol. 14,2 pol.) 16 cm 13,8 cm 36,3 cm (6,3 pol. 5,4 pol. 14,3 pol.) Peso 13,2 kg (29 lb) 13,2 kg (29 lb) 13,2 kg (29 lb) Tempo de execção aproximado com alimentação por UPS Recomendações específicas para cada região ~95 mintos ~95 mintos ~95 mintos 15,7 cm 13,8 cm 35,8 cm (6,2 pol. 5,4 pol. 14 pol.) A Illmina não é responsável por execções afetadas por interrpções na alimentação, independentemente de o instrmento estar ligado a ma UPS. Uma alimentação fornecida por m gerador padrão pode ser interrompida, pelo qe é normal haver m corte de energia antes de a alimentação ser retomada. Considerações ambientais Elemento Temperatra Especificação Mantenha a temperatra do laboratório entre os 15 C e os 30 C (22,5 C ±7,5 C). Drante ma execção, não permita qe a temperatra ambiente varie mais do qe ±2 C. Hmidade Mantenha ma hmidade relativa sem condensação entre 20 e 80%. Elevação Qalidade do ar Vibração Saída de calor Coloqe o instrmento a ma elevação abaixo dos 2000 metros (6500 pés). Utilize o instrmento em espaços interiores. Mantenha os níveis de limpeza partíclas no ar de acordo com a ISO 9 (ar em salas normais) o melhor. Limite a vibração ambiental de acordo com o nível de escritório estabelecido na ISO o melhor. Potência nominal máxima Saída térmica 80 Watts 273 BTU/h Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 9

10 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Saída de rído Saída de rído (db) Distância do instrmento < 62 db 1 metro (3,3 pés) Uma medição de < 62 dba está ao nível de ma conversa normal a ma distância de cerca de 1 metro (3,3 pés). Diretrizes de rede do anfitrião O Sistema de Seqenciação iseq 100 foi concebido para tilização com ma rede, independentemente de as execções serem configradas para o BaseSpace Seqence Hb. As segintes operações reqerem ma ligação externa à Internet, mesmo qe o BaseSpace Seqence Hb não seja tilizado: Atalizar atomaticamente o software de controlo. Carregar os dados de desempenho do instrmento para o Illmina. Configrar a pasta de saída para residir na sa rede. Assistência remota do Sporte Técnico da Illmina. A configração de rede predefinida é sficiente para transferir dados e operar o sistema. Se a sa organização tiver reqisitos de rede específicos, conslte o se representante de TI para obter ajda nas definições de rede avançadas. Esta secção fornece diretrizes de rede destinadas aos representantes de TI. Considerações de transferência de dados Uma ligação Wi- Fi o Ethernet é sficiente para transferir dados, mas a Ethernet fornece ma ligação mais fiável. Uma força da rede variável e interrpções freqentes no Wi-Fi podem prolongar a transferência de dados e atrasar as execções sbseqentes. Até o Universal Copy Service (UCS) conclir a transferência de dados da execção anterior, não é possível iniciar ma nova execção. NOTA Uma interrpção do Wi-Fi drante a transferência de dados não casa perda de dados. O Wi- Fi está desativado por predefinição. Para ativar, conslte o Manal do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ) para obter instrções. Segrança informática e de rede As segintes secções fornecem diretrizes para mantenção da segrança informática e de rede. Para recomendações de configração, conslte a secção Configração do sistema operativo na página 13. Para obter informações sobre atalizações de segrança, firewalls e Remote Desktop Protocol (RDP), conslte o Manal de Melhores Práticas de Segrança da Illmina (Pb. N.º ). Segrança do comptador de controlo O comptador de controlo combina as Políticas de restrição de software (SRP) do Windows e o software antivírs fornecido pelo tilizador para segrança melhorada. As SRP amentam a fiabilidade, a integridade e a capacidade de gestão dos comptadores de m domínio. Ao restringir configrações, apenas as aplicações identificadas podem ser exectadas. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 10

11 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Se necessário, desative o reconfigre as SRP. Para mais informações, conslte o Manal do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ). Software antivírs Instale m software antivírs à sa escolha para proteger o comptador de controlo do instrmento contra vírs. Para obter diretrizes detalhadas sobre como manter o desempenho do sistema, salvagardando o comptador de controlo, conslte Configrar o software antivírs em Seqenciadores da Illmina (Pb. N.º ). Para evitar interrpções o a perda de dados, configre o software antivírs da seginte forma: Defina as atalizações do software antivírs para transferir (mas não instalar) sem a atorização do tilizador. Defina verificações manais e execte as verificações apenas qando o instrmento não estiver a ser tilizado. Não permita verificações atomáticas. É importante desativar a verificação atomática de pacotes enviados e recebidos através de m link TCP/IP. A verificação de porta antivírs pode interferir na comnicação interna do sistema. Não faça atalizações drante o fncionamento do instrmento. Faça atalizações apenas qando o instrmento não estiver em fncionamento e for segro reiniciar o comptador de controlo. Não reinicie o comptador atomaticamente após a atalização. Excla o diretório da aplicação (C:\Illmina) e o diretório de dados (D:\SeqencingRns) de qalqer proteção do sistema de ficheiros em tempo real. Desative o Windows Defender. Este prodto do pode afetar os recrsos do sistema operativo tilizados pelo software da Illmina. Utilização correta O comptador de controlo do instrmento foi concebido para operar os sistemas de seqenciação da Illmina. Por motivos de qalidade e segrança, não o tilize como m comptador para fins gerais. Navegar na Internet, consltar o , rever docmentos e otras atividades desnecessárias podem redzir o desempenho e casar a perda de dados. Ligações de rede A Illmina não instala nem fornece sporte técnico para ligações de rede. Reveja as atividades de mantenção da rede para verificar potenciais riscos de compatibilidade com o Sistema iseq 100. Utilize as segintes diretrizes para instalar e configrar ma ligação de rede: Utilize ma ligação dedicada de 1 gigabit entre o instrmento e o sistema de gestão de dados. Estabeleça esta ligação diretamente o através de m comtador de rede. A largra de banda reqerida para ma ligação é de 5 Mb/s/instrmento para carregamentos com rede interna, carregamentos de rede do BaseSpace Seqence Hb e carregamentos de dados operacionais de instrmento. Os switches e otro eqipamento de rede têm de ter ma velocidade de ligação mínima de 1 gigabit por segndo. A tilização total de qalqer comtador não pode ltrapassar a velocidade nominal. Calcle a capacidade total do volme de trabalho em cada comtador de rede. O número de instrmentos ligados e eqipamento axiliar, como a impressora, podem ter impacto na capacidade. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 11

12 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Se o instrmento estiver a ser tilizado nm ambiente de rede complexo, tilize os switches passíveis de gestão. Para ambientes menos complexos com pocos dispositivos na rede, os switches passíveis de gestão não são necessários. Os cabos têm de ser CAT-5e o posterior. A caixa de envio contém m cabo de rede CAT-5e com 3 metros (9,8 pés) de comprimento. Se possível, isole o tráfego de seqenciação do tráfego de otras redes. Servidores proxy A configração do Sistema iseq 100 para ser tilizado com m servidor proxy depende da configração exclsiva da sa rede. Para obter instrções, conslte o Manal do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ). Unidades de rede mapeadas O mapeamento de nidades de rede é sportado, mas para ligar à pasta de saída o a ma folha de amostra é necessário m caminho UNC. Ao especificar ma pasta de saída o ma folha de amostra no software de controlo, introdza m caminho UNC. Ao introdzir ma nidade de rede mapeada casa m erro. Um caminho UNC tiliza barra invertida antes do nome do comptador e separar o caminho (diretório) no comptador. Uma letra identifica ma nidade de rede mapeada. Exemplo de caminho UNC: \\nomedoservidor\diretório-partilha Exemplo de caminho da nidade de rede: T:\sbsfiles É necessária ma pasta de saída a menos qe o sistema esteja configrado para Rn Monitoring e Storage no BaseSpace Seqence Hb. Os sistemas configrados para o modo Manal com Rn Monitoring e Storage no BaseSpace Seqence Hb reqerem ma folha de amostra. NOTA A seqenciação no modo Local Rn Manager também reqer ma folha de amostras. No entanto, a localização não é especificada no software de controlo. Para obter mais informações sobre a configração de pastas de saída e folhas de amostras, conslte o Manal do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ). Ligações do comptador de controlo O comptador de controlo tem das ligações de interface de rede. Uma foi concebida para comnicação de rede externa. A otra foi concebida apenas para comnicação interna do sistema. Não desative a ligação de comnicação interna. O sistema obtém m endereço IP da rede anfitriã através do Protocolo DHCP (Protocolo de configração dinâmica de anfitrião) por predefinição. Em alternativa, pode escolher m endereço estático nas definições de rede do Windows. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 12

13 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Ligações de saída A seginte tabela fornece as portas de saída de rede do comptador de controlo. O endereço MAC, qe fornece acesso de rede para Ethernet e Wi-Fi, é específico do instrmento e não pode ser fornecido antes do envio do instrmento. Porta Finalidade 80 BaseSpace Seqence Hb, Local Rn Manager o Dados de desempenho do instrmento 443 BaseSpace Seqence Hb o Dados de desempenho do instrmento 8080 Atalizações de software Domínios do BaseSpace Seqence Hb Os segintes domínios fornecem acesso do Universal Copy Service ao BaseSpace Seqence Hb e aos Dados de desempenho do instrmento. Algns endereços empresariais inclem m campo de domínio definido pelo tilizador. Este campo personalizado está reservado com {domain} (domínio). Instância Empresa nos EUA Empresa na UE Básico e profissional nos EUA Básico e profissional na UE Endereço {domain}.basespace.illmina.com {domain}.api.basepace.illmina.com basespace- data-east.s3-external-1.amazonaws.com basespace- data-east.s3.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com {domain}.ec1.sh.basespace.illmina.com {domain}.api.ec1.sh.basepace.illmina.com ec1-prd-seq-hb-data-bcket.s3- e-central-1.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com basespace.illmina.com api.basepace.illmina.com basespace- data-east.s3-external-1.amazonaws.com basespace- data-east.s3.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com ec1.sh.basespace.illmina.com api.ec1.sh.basepace.illmina.com ec1-prd-seq-hb-data-bcket.s3- e-central-1.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com Configração do sistema operativo Antes do envio, os sistemas Illmina são testados e verificados para fncionar dentro das especificações. Se alterar as definições após a instalação pode introdzir riscos de desempenho o segrança. As segintes recomendações mitigam os riscos de desempenho e segrança do sistema operativo: Crie palavras-passe com pelo menos 10 carateres e cmpra as políticas locais. Mantenha m registo da palavra-passe. A Illmina não garda as credenciais de início de sessão do cliente e não é possível repor palavraspasse desconhecidas. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 13

14 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Uma palavra-passe desconhecida reqer a reposição das predefinições de fábrica do sistema. Esta reposição remove todos os dados do sistema e cria inatividade. Utilize a conta do administrador apenas para fazer atalizações do sistema e para otras tilizações dos fncionários de TI. Para todas as otras fnções, tilize a conta de tilizador. Se o software do sistema fncionar incorretamente, conslte o se administrador de TI sobre ma possível interferência de Objeto de política de grpo (GPO). Ao ligar m domínio a m GPO, algmas definições podem afetar o sistema operativo o o software do instrmento. Desative o RDP e tilize a firewall do Windows o ma firewall de rede (hardware o software). Desative a atalização atomática do Windows. Atalizações do Windows Para controlar a configração e o fncionamento do comptador de controlo e para obter m ambiente operativo mais robsto, o sistema operativo Windows predefinido tem as atalizações do Windows desativadas. As atalizações do sistema não são sportadas, porqe podem colocar em risco o ambiente operativo. As alternativas à ativação das atalizações do Windows inclem: Firewall e isolamento de rede mais fortes (LAN virtal). Isolamento de rede do armazenamento ligado à rede (NAS), qe permite a sincronização dos dados com a rede. Armazenamento USB local. Evitar a tilização incorreta do comptador de controlo e assegrar os controlos apropriados baseados em atorizações. Software de terceiros A Illmina sporta apenas o software fornecido na instalação. Chrome, Java, Box e otro software de terceiros não foram testados e podem casar interferência no desempenho e na segrança. Por exemplo, o RoboCopy interrompe a transmissão exectada pelo software de controlo. A interrpção pode casar dados de seqenciação danificados e em falta. Consmíveis e eqipamento fornecidos pelo tilizador Os segintes consmíveis e eqipamento fornecidos pelo tilizador são tilizados para seqenciação, mantenção e resolção de problemas. Para obter mais informações sobre estes processos, conslte o Manal do Sistema de Seqenciação iseq 100 (docmento n.º ). Consmíveis para seqenciação Consmível Fabricante Finalidade Lvas descartáveis, sem pó Fornecedor geral do laboratório Uso geral. Reagentes iseq 100 i1 Illmina, catálogo n.º (individal) o n.º (embalagem de qatro nidades) Fornece os reagentes e a célla de flxo para m ensaio. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 14

15 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Consmível Fabricante Finalidade Microtbos, 1,5 ml Fisher Scientific, catálogo n.º o eqivalentes de baixa ligação Dilir bancos na concentração de carregamento. Papel absorvente Fornecedor geral do laboratório Secar o cartcho após m banho com ága. Pontas de pipeta, 20 µl Fornecedor geral do laboratório Dilir e carregar bancos. Pontas de pipeta, 100 µl Fornecedor geral do laboratório Dilir e carregar bancos. Tampão de ressspensão (RSB) Illmina, fornecido com os kits de preparação de bancos Dilir bancos na concentração de carregamento. [Opcional] 10 mm Tris-HCl, ph 8,5 Fornecedor geral do laboratório Sbstitto de RSB para dilir bancos na concentração de carregamento. [Opcional] PhiX Control v3 Illmina, catálogo n.º FC Exectar m ensaio apenas PhiX o contaminar m controlo PhiX. Consmíveis para mantenção e resolção de problemas Consmível Fabricante Finalidade Toalhetes com lixívia a 10% VWR, catálogo n.º o eqivalente Lvas descartáveis, sem pó Fornecedor geral do laboratório Uso geral. Tapete sobresselente para tableiro de recolha iseq 100¹ Illmina, catálogo n.º Descontaminar o instrmento e limpar as sperfícies de trabalho. Forrar o tableiro de recolha para absorver a fga de flidos. Filtro de ar sobresselente iseq 100¹ Illmina, catálogo n.º Sbstitir o filtro de ar de seis em seis meses. Kit de testes de ADN iseq 100² Illmina, catálogo n.º Realizar ma verificação do sistema. Toalhetes de álcool isopropílico a 70% Pano de laboratório, libertação redzida de pelo VWR, catálogo n.º o eqivalente VWR, catálogo n.º o eqivalente Limpar o instrmento e a célla de flxo de teste retilizável. Secar o tableiro de recolha e a célla de flxo de teste retilizável. Papel absorvente Fornecedor geral do laboratório Secar os flidos à volta do instrmento. [Opcional] Solção de lixívia a 10% VWR, catálogo n.º (32 oz), (16 oz) o eqivalente [Opcional] toalhetes de etanol a 70% Fisher Scientific, catálogo n.º o eqivalente Limpar as sperfícies de trabalho após a descontaminação. Sbstitto dos toalhetes de álcool isopropílico para limpar o instrmento e a célla de flxo de teste retilizável. ¹ O instrmento é enviado com m instalado e otro sobresselente. Qando não estiver ao abrigo da garantia, as sbstitições são fornecidas pelo tilizador. Mantenha na embalagem até à tilização. ² Sbstiti os componentes de teste retilizáveis fornecidos com o instrmento qando expirarem após 5 anos o 36 tilizações. Eqipamento Item Origem Finalidade Congelador, -25 C a -15 C Fornecedor geral do laboratório Armazenar o cartcho. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 15

16 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Item Origem Finalidade Balde para gelo Fornecedor geral do laboratório Reservar bancos. Pipeta, 10 µl Fornecedor geral do laboratório Dilir bancos na concentração de carregamento. Pipeta, 20 µl Fornecedor geral do laboratório Dilir bancos na concentração de carregamento. Pipeta, 100 µl Fornecedor geral do laboratório Dilir bancos na concentração de carregamento. Frigorífico, 2 C a 8 C Fornecedor geral do laboratório Armazenar a célla de flxo. [Opcional] Teclado Fornecedor geral Complementar o teclado no ecrã. [Opcional] Rato Fornecedor geral Complementar a interface do ecrã tátil. [Opcional] Banho com ága Fornecedor geral do laboratório Descongelar o cartcho. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 16

17 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Histórico de revisão Docmento Data Descrição da alteração Docmento N.º v04 Docmento N.º v03 Docmento N.º v02 Agosto de 2018 Jnho de 2018 Maio de 2018 Adicionadas informações sobre servidores proxy e nidades de rede mapeadas. Recomendações atalizadas sobre software antivírs para verificação de portas antivírs e Configrar o software antivírs em Seqenciadores da Illmina (Pb. N.º ). Foi descrito qe as das ligações de interface de rede e a ligação da comnicação interna não podem ser desativadas. Atalização de tbos tilizados para dilir bancos no Fisher Scientific, catálogo n.º o eqivalentes de baixa ligação. Números de catálogo Illmina atalizados: Tapete para tableiro de recolha iseq para Filtro de ar do sistema iseq para Recomendações atalizadas de pipeta e ponta de pipeta. Descrições atalizadas do conteúdo da caixa de envio para corresponder às etiqetas. Maior qantidade de tilizações do cartcho de teste retilizável e célla de flxo para 36. Dimensões amentadas da embalagem do cartcho. Referido qe a célla de flxo é enviada à temperatra ambiente. Referido qe pode deslocar o instrmento após a instalação. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 17

18 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Docmento Data Descrição da alteração Docmento N.º v01 Docmento N.º v00 Fevereiro de 2018 Dezembro de 2017 Foram adicionados os segintes consmíveis e eqipamento fornecidos pelo tilizador: Illmina, catálogo n.º para Reagentes iseq 100 i1 Illmina, catálogo n.º para Reagentes iseq 100 i1 (embalagem de qatro nidades) Illmina, catálogo n.º para o Tapete do tableiro de recolha iseq 100 Illmina, catálogo n.º para o Filtro de ar do Sistema iseq 100 VWR, catálogo n.º para toalhetes com lixívia a 10% Fischer Scientific, catálogo n.º para toalhetes de etanol a 70% Fornecedor geral do laboratório de micropipetas, pontas de micropipeta e m banho com ága opcional Foram adicionadas informações à configração pela primeira vez e alterações de palavras-passe. Foram adicionadas condições de armazenamento para consmíveis retilizáveis e sobresselentes. Foi adicionado m reqisito de armazenamento de 900 MB por ensaio para o BaseSpace Seqence Hb. Foi adicionado o Local Rn Manager à porta 80 para ligações de saída. Foi adicionada ma recomendação sobre a tilização correta das contas de administrador e de tilizador. Foi indicado qe as bancadas do laboratório têm de ser planas. Foi clarificado como é qe o sistema obtém m endereço IP. Foi clarificado qando é qe se deve tilizar switches passíveis de gestão. Foi atalizado o exemplo dos modelos UPS (Fonte de alimentação ininterrpta). Foi atalizada a configração da caixa de envio: Foram adicionados o peso e as dimensões da caixa de acessórios. Foram corrigidos os docmentos qe são fornecidos com o instrmento. Foi removida a recomendação de manter os privilégios administrativos para tilizadores. Foi alterado o nome do kit de reagentes para Reagentes iseq 100 i1. Foi alterado o nome do docmento n.º para Cartaz de configração do Sistema de Seqenciação iseq 100. Foram removidas as dimensões do componente dos kits de qatro nidades, qe tem as mesmas dimensões dos kits individais. Foi removido o EMET (Enhanced Mitigation Experience Toolkit). Edição inicial. Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 18

19 Manal de Preparação do Centro Clínico para o Sistema de Seqenciação iseq 100 Assistência técnica Para obter assistência técnica, contacte o Sporte Técnico da Illmina. Sítio Web: techspport@illmina.com Números de telefone do Apoio ao Cliente da Illmina Região Número gratito Regional América do Norte Alemanha Astrália Ástria Bélgica China Dinamarca Espanha Finlândia França Hong Kong Irlanda Itália Japão Norega Nova Zelândia Países Baixos Reino Unido Singapra Sécia Síça Taiwan Otros países Fichas de dados de segrança (FDS) Disponíveis no sítio Web da Illmina em spport.illmina.com/sds.html. Docmentação do prodto Disponível para transferência em PDF a partir do sítio Web da Illmina. Aceda a spport.illmina.com, selecione m prodto e, em segida, selecione Docmentation & Literatre (Docmentação e literatra). Docmento n.º v04 POR Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico. 19

20 Docmento n.º v04 POR Illmina 5200 Illmina Way San Diego, California EUA ILMN (4566) (fora da América do Norte) Apenas para efeitos de investigação. Não se destina a tilização em procedimentos de diagnóstico Illmina, Inc. Todos os direitos reservados.