Memorial de Luciano Antonio Digiampietri Agosto de 2011 1
SUMÁRIO INTRODUÇÃO... 3 I - IDENTIFICAÇÃO... 4 II - FORMAÇÃO... 4 III IDIOMAS... 4 IV PRÊMIOS... 5 V EXPERIÊNCIAS DIDÁTICAS UNIVERSITÁRIAS... 5 VI ATIVIDADES DE PESQUISA... 6 VII PRODUÇÃO CIENTÍFICA - PUBLICAÇÕES... 8 VIII PARTICIPAÇÃO EM CONGRESSOS, SEMINÁRIOS E EVENTOS SIMILARES... 13 IX - ATIVIDADES RELACIONADAS À EXTENSÃO E SERVIÇOS À COMUNIDADE... 15 X SOFTWARES, PATENTES E OUTROS... 16 XI ATIVIDADES ADMINISTRATIVAS... 16 XII SUPERVISÕES E ORIENTAÇÕES CONCLUÍDAS... 17 XII SUPERVISÕES E ORIENTAÇÕES EM ANDAMENTO... 18 2
INTRODUÇÃO Este documento apresenta meu memorial circunstanciado, apresentando toda a minha trajetória acadêmica, com destaque aos últimos cinco anos. Cópias dos documentos citados foram depositadas em versão eletrônica num CD, juntamente com a cópia deste memorial. Em 1999 ingressei no curso Ciência da Computação na Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), durante a graduação fiz iniciação científica no Instituto de Biologia da UNICAMP trabalhando com bioinformática de projetos genoma sob a orientação do professor Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, tendo bolsa FAPESP por dois anos. Ingressei no Doutorado Direto em Ciência da Computação pela UNICAMP no ano de 2003, sob a orientação dos professores João Carlos Setubal e Claudia Bauzer Medeiros. De 2003 a 2004 desenvolvi minha pesquisa no Laboratório de Bioinformática (LBI) do Instituto de Computação da UNICAMP onde trabalhei com montagem e anotação de genomas e ajudei na orientação de alunos de Iniciação Científica. De 2005 a 2007 finalizei a pesquisa de meu doutorado no Laboratório de Sistemas de Informação (LIS) da UNICAMP. Em 2005 concorri e ganhei uma das duas bolsas de doutorado da Microsoft Research (Microsoft Research Latin America Graduate Fellowship). O fato de ter ganho essa bolsa me possibilitou fazer dois estágios internacionais na Microsoft Research. Um dos estágios ocorreu de maio a julho de 2006 no grupo de banco de dados e o outro de maio a julho de 2007 no grupo de computação técnica, ambos pertencentes à Microsoft Research. Defendi meu doutorado no dia 3 de agosto de 2007. No dia 17 de agosto de 2007 comecei a trabalhar no projeto HARPIA (um convênio entre a Secretaria da Receita Federal e universidades brasileiras para o desenvolvimento de sistemas computacionais que facilitem a detecção de fraudes) exercendo a função de pesquisador/pós-doutorando. Fui aprovado no concurso para professor doutor da EACH-USP realizado em dezembro de 2007 e minha contratação ocorreu no dia 18/04/2008. Desde minha contratação, além das oito horas de aulas semestrais de disciplinas da graduação, me dediquei a outras atividades didáticas como criação de nova disciplina optativa; criação e coordenação dos grupos de estudos sobre algoritmos e sobre jogos; sou treinador dos times da EACH que participaram (e participarão) das Maratonas de Programação da Sociedade Brasileira de Computação nos anos de 2010 e 2011. Também participo de atividades administrativas, com destaque para duas: desde 2010 sou membro da comissão coordenadora do curso (CoC) de Sistemas de Informação, sendo suplente da coordenadora do curso; participei do processo de proposta e implantação do Mestrado em Sistemas de Informação da EACH, no qual sou membro titular da comissão coordenadora do programa (CCP) desde sua criação no ano de 2010. Participo de projetos de pesquisa e fui contemplado com uma bolsa FAPESP na modalidade Jovem Pesquisador em Centros Emergentes (com vigência de janeiro de 2010 até dezembro de 2013) e possuo Bolsa Produtividade em Pesquisa do CNPq nível 2 (com vigência de março de 2011 a fevereiro de 2014). Participo ativamente da orientação de alunos de graduação e mestrado, sendo que nos últimos 4 anos conclui a orientação de 10 trabalhos de conclusão de curso e 6 iniciações científicas e atualmente sou orientador de 3 dissertações de mestrado, 3 trabalhos de conclusão de curso, 5 iniciações científicas. Além disso, sou conselheiro da Empresa Júnior de Sistemas de Informação da EACH-USP (Si Júnior). 3
I - IDENTIFICAÇÃO Nome completo: Luciano Antonio Digiampietri Filiação: Edson Antonio Digiampietri e Vera Lucia Migliorini Digiampietri Data de nascimento: 31/03/1981, local de nascimento: Sorocaba - SP, nacionalidade: brasileiro Profissão: Professor Doutor em RDIDP no curso de Sistemas de Informação da Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo Endereço: Praça da República, 177, São Paulo, SP. CEP 01045-001, telefones: (11) 94676875 e (11) 31205830, e-mail: digiampietri@usp.br Membro da Sociedade Brasileira de Computação. Bolsista Produtividade em Pesquisa do CNPq nível 2 II - FORMAÇÃO 1. Graduação: Bacharel em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas, 24 de janeiro de 2003 (Doc. II-1). 2. Pós-Graduação: Doutor em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas, título defendido dia 3 de agosto de 2007. (Doc. II-2) 3. Formação complementar: projeto de pós-doutoramento no HARPIA: Inteligência Computacional Aplicada a Gestão do Risco Alfandegário (convênio MF-SRF-ITA-Unicamp), de agosto de 2007 a março de 2008. (Doc. II-3) III IDIOMAS 1. Português: nativo 2. Inglês: conhecimento de trabalho / proficiente 3. Espanhol: conhecimento de trabalho 4
IV PRÊMIOS 1. Ganhador da bolsa Microsoft Research Latin America Graduate Fellowship no processo seletivo de 2005 (para recebimento de bolsa em 2006 e 2007). (Doc. IV-1) 2. Ganhador do Prêmio da empresa Google: The top PhD student at UNICAMP 2008. (Doc. IV-2) 3. Terceiro Lugar no Concurso de Testes e Dissertações de 2008 do XXVIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. (Doc. IV-3) 4. Obtenção de Menção Honrosa no Prêmio Capes de Teses 2008. (Doc. IV-4) V EXPERIÊNCIAS DIDÁTICAS UNIVERSITÁRIAS 1. Programa de Estágio Docente (PED I) pela Universidade Estadual de Campinas, ministrando a disciplina Engenharia de Software (MC426) no primeiro semestre de 2004. Este estágio corresponde à disciplina MO831 do Histórico Escolar do Doutorado (Doc. II-2) 2. Disciplinas ministradas na EACH-USP para o Bacharelado em Sistemas de Informação: o ACH2023 - Algoritmos e Estruturas de Dados I - 1º Semestre de 2008 (duas turmas). o ACH2002 - Introdução a Ciência da Computação II - 2º Semestre de 2008. o ACH2016 - Inteligência Artificial - 2º Semestre de 2008. o ACH2023 - Algoritmos e Estruturas de Dados I - 1º Semestre de 2009 (duas turmas). o ACH2002 - Introdução a Ciência da Computação II - 2º Semestre de 2009 (duas turmas). o ACH2023 - Algoritmos e Estruturas de Dados I - 1º Semestre de 2010. o ACH0041 - Resolução de Problemas I - 1º Semestre de 2010. o ACH2002 - Introdução a Ciência da Computação II - 2º Semestre de 2010. o ACH2107 - Desafios de Programação I - 2º Semestre de 2010. o ACH2023 - Algoritmos e Estruturas de Dados I - 1º Semestre de 2011. o ACH2108 - Desafios de Programação II - 1º Semestre de 2011. o ACH2002 - Introdução a Ciência da Computação II - 2º Semestre de 2011 (duas turmas). 3. Disciplina ministrada na EACH-USP para o programa de pós-graduação em Sistemas de Informação: o SIN5001 - Organização de Sistemas de Informação - 1º Semestre de 2011 (esta disciplina foi ministrada por mim e outros dois professores, o conteúdo foi dividido de maneira uniforme). 5
4. Outras atividades didáticas: o Formação e coordenação dos grupos de estudo em algoritmos (anos de 2009 e 2010) e jogos (no ano de 2010) da EACH. o Treinamento para os times da EACH competidores nas Maratonas de Programação de 2010 e 2011. o Criação da disciplina optativa Desafios de Programação II e desenvolvimento do material didático da mesma. VI ATIVIDADES DE PESQUISA Linhas de pesquisas atuais: gerenciamento de workflows científicos; governo eletrônico; bioinformática, composição automática de tarefas; uso de jogos na educação e otimização de bancos de dados; e processamento de imagens e vídeos digitais. Projetos de pesquisa (dos últimos 5 anos): 1. Primeiro Estágio Internacional na Microsoft Research: gerenciamento de proveniência de experimentos científicos executados na forma de workflows científicos. Microsoft Database Group at Microsoft Research. De maio a julho de 2006. 2. Segundo Estágio Internacional na Microsoft Research: gerenciamento de experimentos em oceanografia através do projeto e execução de workflows científicos via Web. Microsoft Technical Computing at Microsoft Research. De maio a julho de 2007. 3. Projeto HARPIA (pós-doutorado): Inteligência Computacional Aplicada a Gestão do Risco Alfandegário (MF-SRF-ITA-Unicamp). Atuação no projeto: (i) otimização do acesso ao banco de dados e data warehouse; e (ii) estabelecimento de regras para um sistema especialista que detectará informações anômalas nas declarações de importações entregues a Receita Federal. De agosto de 2007 a março de 2008 na condição de pesquisador e de maio de 2008 a dezembro de 2008 na condição de consultor científico. 6
4. Plataforma para o Ensino da Informática: Este projeto visou ao desenvolvimento de um ambiente computacional a ser utilizado por professores e alunos para o aperfeiçoamento no aprendizado de disciplinas ligadas à computação. O domínio desenvolvimento jogos foi escolhido pelos seguintes motivos: (i) por envolver os mais diversos assuntos da computação; (ii) por ser de interesse dos alunos e das empresas; (iii) por apresentar desafios científicos; e (iv) pela sua grande visibilidade para alunos do ensino médio. Período: de 2008-2010. 5. Estudo e desenvolvimento de técnicas de processamento de imagens e vídeos digitais: O objetivo geral deste projeto é desenvolver um conjunto de funções (ou biblioteca) para o processamento de imagens e vídeos. Esse conjunto de funções possuirá funções básicas para o processamento de imagens; funções para a recuperação de imagens por conteúdo; e também funções específicas para o processamento de imagens relacionadas a LIBRAS (Língua Brasileira de Sinais) e para a análise morfológica de imagens relacionadas à biomedicina. Período: 2009 - Atual. 6. Uma infraestrutura para otimização de bancos de dados e controle de carga de trabalho: Atualmente, otimizadores de bancos de dados utilizam índices e visões materializadas (VMs) para produzir planos de execução de consultas. Enquanto índices e VMs podem acelerar a execução de consultas, existe um custo para armazená-los e gerenciá-los. Este projeto pretende especificar e implementar uma infraestrutura capaz de recomendar um conjunto de índices e VMs com o propósito de otimizar um banco de dados, dadas uma carga de trabalho e a restrição de espaço disponível em disco. Período: 2009 - Atual. 7. Estudo e Desenvolvimento de Ferramentas para a Análise de Redes Sociais de Pesquisa: Diversas informações relevantes para pesquisadores encontram-se disponíveis na web. Porém, muitas vezes, as mesmas acabam sendo subutilizadas. Este projeto visa o estudo e implementação de um sistema para análise de redes sociais de pesquisa. Currículos Lattes serão utilizados para a identificação de relações de pesquisa entre autores. A partir 7
dessas relações, o sistema será capaz de formar redes sociais e disponibilizar um conjunto de métricas sobre as mesmas. Período: 2010 - Atual. 8. Gerenciamento e Composição Automática de Serviços Web Semânticos: Este projeto visa explorar o conceito de Serviços Web Semânticos de forma a permitir que sistemas de software, baseados em Planejamento em Inteligência Artificial, possam compor serviços básicos para desempenharem tarefas mais complexas. Adicionalmente, este projeto irá combinar os recursos oferecidos pelos modelos ontológicos para anotação de Serviços Web Semânticos (WSMO, WSDL-S e OWL-S) com os padrões de workflows (Workflow Patterns) a fim de possibilitar o desenvolvimento de uma infraestrutura robusta e extensível para o gerenciamento e composição de Serviços Web Semânticos. Período: 2010 - Atual. Este projeto é financiado pela FAPESP - Projeto Jovem Pesquisador em Centros Emergente (Doc. VI-1) e está relacionado à bolsa de Produtividade em Pesquisa do CNPq (Doc. VI-2). VII PRODUÇÃO CIENTÍFICA - PUBLICAÇÕES Artigos publicados em periódicos 1. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal: A data model for comparative genomics. Revista Tecnologia da Informação. Dezembro de 2003, 3(2): 35-40, 2003. ISSN 1516-9197. (Doc. VII-1). 2. A. L. T. O. Nascimento, S. Verjovski-Almeida, M. A. Van Sluys, C. B. Monteiro-Vitorello, L. E. A. Camargo, Luciano A. Digiampietri, R. A. Harstkeerl, P. L. Ho, M. V. Marques, M. C. Oliveira, J. C. Setubal, D. A. Haake and E. A. L. Martins. Genome features of Leptospira interrogans serovar Copenhageni. Brazilian Journal of Medical and Biological Research. 37(4):459-477, 2004. ISSN 0100-879X. (Doc. VII-2). 8
3. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal: A framework based in Web services orchestration for bioinformatics workflow management. Genetics and Molecular Research 4(3), 2005. ISSN 1676-5680. (Doc. VII-3). 4. L. M. Moreira, R. F. de Souza, Luciano A. Digiampietri, A. C. R. da Silva, J. C. Setubal: Comparative analyses of Xanthomonas and Xylella complete genomes. OMICS - A Journal of Integrative Biology (2005) Spring, 9(1):43-76. (Doc. VII-4). 5. C. B. Medeiros and J. Perez-Alcazar and L. Digiampietri and G. Pastorello and A. Santanche and R. Torres and E. Madeira and E. Bacarin: WOODSS and the Web: Annotating and Reusing Scientific Workflow. SIGMOD Record 34(3):18-23, 2005. ISSN: 0163-5808. (Doc. VII-5). 6. M.F. Carazzolle, E.F. Formighieri, Luciano A. Digiampietri, M.R.R. Araujo, G.G.L. Costa, and G.A.G. Pereira. Gene projects: a web application for ongoing annotation in est and shotgun genome projects. Genetics and Molecular Biology, vol.30, 2007. (Doc. VII-6). 7. Luciano A. Digiampietri, José J. Pérez-Alcázar and Claudia B. Medeiros: An ontology-based framework for bioinformatics workflows. International Journal of Bioinformatics Research and Applications (IJBRA), 3(3):258-285, 2007. (Doc. VII-7). 8. Roger S. Barga and Luciano A. Digiampietri. Automatic capture and efficient storage of e-science experiment provenance. Concurrency and Computation: Practice and Experience 1:10-21, 2008. (Doc. VII-8). 9. Formighieri, E, Tiburcio, R, Armas, E, Medrano, F, Shimo, H, Carels, N, Goesneto, A, Cotomacci, C, Carazzolle, M, Sardinhapinto, N, Digiampietri, L. The mitochondrial genome of the phytopathogenic basidiomycete Moniliophthora perniciosa is 109kb in size and contains a stable integrated plasmid. Mycological Research, v. 112, p. 1136-1152, 2008. (Doc. VII-9). 10. Souza, K. S., Alcazar, J. J. P., Digiampietri, L.A., Zuñiga Torres, J. C.. Um estudo comparativo de frameworks para desenvolvimento de aplicações baseadas em Serviços Web Semânticos. REIC. Revista Eletrônica de 9
Iniciação Científica (Online), v. II, p. 5, 2009. (Doc. VII-10). 11. Moreira, Leandro M, Almeida, Nalvo F, Potnis, Neha, Digiampietri, Luciano A, Adi, Said S, Bortolossi, Julio C, da Silva, Ana C, da Silva, Aline M, de Moraes, Fabricio E, de Oliveira, Julio C, de Souza, Robson F, Fancincani, Agda P, Ferraz, Andre L, Ferro, Maria I, Furlan, Luiz R, Gimenez, Daniele F, Jones, Jeffrey B, Kitajima, Elliot W, Laia, Marcelo L, Leite, Rui P, Nishiyama, Milton Y, Rodrigues Neto, Julio, Nociti, Leticia A, Norman, David J, Ostroski, Eric H, Pereira, Haroldo A, Staskawicz, Brian J, Tezza, Renata I, Ferro, Jesus A, Vinatzer, Boris A, Setubal, Joao C. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics, v. 11, p. 238, 2010. (Doc. VII-11). 12. Alves-Junior, A.C., Scarabelin, F.D., Digiampietri, Luciano A.. A framework for database optimization and workload control. Revista de Sistemas de Informação da FSMA, v. 5, p. 14-21, 2010. (Doc. VII-12). Trabalhos completos publicados em anais de eventos científicos: 13. G.G.L. Costa, Luciano Antonio Digiampietri, E.H. Ostroski and J.C. Setubal: Evaluation of graph based protein clustering methods. Fifth Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology (BIOMAT2005), Petropolis, RJ, Brazil. Dezembro de 2005. (Doc. VII-101). 14. R. S. Barga and Luciano A. Digiampietri: Automatic Generation of Workflow Provenance. Provenance and Annotation of Data - International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2006, Chicago, Il, EUA, Maio de 2006. Publicado na série Lecture Notes in Computer Science, Volume 4145, 2006, XI, ISBN: 3-540-46302-X. (Doc. VII-102). 15. Luciano A. Digiampietri, J. C. Setubal, C. B. Medeiros: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Anais do V Workshop de Teses e Dissertações em Bancos de Dados, WTDBD 2006, 10
Florianópolis, SC, Brasil, Outubro, 2006, pp. 2-9. (Doc. VII-103). 16. Luciano A. Digiampietri, J. J. Pérez-Alcázar and C. B. Medeiros: AI Planning in Web Services Composition: a review of current approaches and a new solution. VI ENIA Anais da XXVII Conferência da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC2007), Rio de Janeiro, Brasil, Julho, 2007, pp. 983-992. (Doc. VII-104). 17. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal and R. S. Barga: Traceability Mechanisms for Bioinformatics Scientific Workflows. Anais do AAAI2007's Workshop on Semantic E-Science (SeS2007), Vancouver, Canada, Julho, 2007, pp. 26-33. (Doc. VII-105). 18. Digiampietri, Luciano A., Medeiros, C. M. B., Setubal, J. C.. Gerenciamento de workflows científicos em bioinformática. In: Concurso de Teses e Dissertações - CTD SBC2008, 2008, Belém. (Doc. VII-106). 19. Digiampietri, L. A., Roman, N.T., Meira, L. A. A., Jambeiro Filho, J., Ferreira, C. D., Kondo, A. A., Constantino, E. R., Rezende, R., Brandao, B. C., Ribeiro, H. S., Carolino, P. K., Lanna, A., Wainer, J., Goldenstein, S.. Uses of Artificial Intelligence in the Brazilian Customs. Proceedings of the 9th Annual International Conference on Digital Government Research (dg.o 2008), 2008. v. 289. p. 181-187. (Doc. VII-107). 20. Roman, N.T., Ferreira, C. D., Meira, L. A. A., Rezende, R., Digiampietri, L. A., Jambeiro Filho, J., Kondo, A. A., Brandao, B. C., Constantino, E. R., Ribeiro, H. S., Wainer, J., Goldenstein, S.. Attribute-Value Specification in Customs Fraud Detection: A Human-Aided Approach. Proceedings of the 10th Annual International Conference on Digital Government Research (dg.o 2009), 2009. (Doc. VII-108). 21. Zuñiga Torres, J. C., Alcazar, J. J. P., Digiampietri, L.A.. Implementation Issues for Automatic Composition of Web Services. In: 9th International Workshop on Web Semantics - WebS '10, 2010, Bilbao, Spain. Proceedings of the Twenty-First International Workshop on Database and Expert Systems 11
Applications - DEXA 2010. Los Vaqueros Circle: IEEE Computer Society, 2010. p. 201-205. (Doc. VII-109). 22. Digiampietri, L.A., Kropiwiec, D.D., Silva, R. A. C.. O uso de jogos como fator motivacional em cursos de computação. In: XVIII Workshop sobre Educação em Computação (WEI), 2010, Belo Horizonte. Anais do XXX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC 2010), 2010. p. 768-777. (Doc. VII-110). Trabalhos completos aceitos para publicação em anais de eventos científicos: 23. Alcazar, J. J. P., Escalante, M., Kureck, Eric, Digiampietri, Luciano A., Tuesta, E. F.. Avaliação de Redes de Inovação usando uma ferramenta baseada em redes sociais - caso Brasileiro de Nanotecnologia. In: XIV Congreso Latino-Iberoamericano de Gestión Tecnológica (ALTEC 2011), 2011, Lima, Peru. Anais do XIV Congreso Latino-Iberoamericano de Gestión Tecnológica, 2011. (Doc. VII-111). 24. Digiampietri, Luciano A., Perez-Alcazar, J., Freitas, R. S., Araujo, J. C., Ostroski, E. H., Santiago, C. R. N.. Uso de Planejamento em Inteligência Artificial para o Desenvolvimento Automático de Software. In: Autonomous Software Systems (AutoSoft 2011), 2011, São Paulo, SP - Brazil. Proceedings of Autosoft 2011, 2011. (Doc. VII-112). 25. Oliveira, P. R., Digiampietri, L.A., Honda, W. Y., Pereira, M. C. A Parallel PCA Neural Network Approach for Feature Extraction In: X Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional (CBIC 2011), 2011, Fortaleza, Brasil. 2011. (Doc. VII-113). Resumos publicados em anais de eventos científicos: 26. Luciano A. Digiampietri et al.: Fact and Task Oriented System for genome assembly and annotation. Anais do Simpósio Brasileiro de Bioinformática, BSB 2005. Publicado na série Lecture Notes in Bioinformatics, Julho 2005, vol. 2594, 238-241, 2005. ISBN: 3-540-28008-1. (Doc. VII-201). 12
27. Digiampietri, L., Kropiwiec, D.D.. Desenvolvimento de Jogos para o Aperfeiçoamento na Aprendizagem de Disciplinas de Ciência da Computação. In: VII Simpósio Brasileiro de Jogos para Computadores e Entretenimento Digital, 2008, Belo Horizonte, MG, Brasil. Anais do VII Simpósio Brasileiro de Jogos para Computadores e Entretenimento Digital (SBGames), 2008. p. 49-52. (Doc. VII-201) Outras publicações Relatório Técnico: 28. Luciano A. Digiampietri, José J. Pérez-Alcázar, Claudia B. Medeiros and João C. Setubal: A framework based on semantic Web services and AI planning for the management of bioinformatics scientific workflows. Technical Report IC- 06-004, Institute of Computing, University of Campinas, February 2006. (Doc. VII-301) Tese de Doutorado 29. Luciano A. Digiampietri, Claudia B. Medeiros, João C. Setubal. Gerenciamento de Workflows Científicos em Bioinformática. Instituto de Computação, Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), Campinas, SP, Agosto de 2007. (Doc. VII-401) VIII PARTICIPAÇÃO EM CONGRESSOS, SEMINÁRIOS E EVENTOS SIMILARES Participação como conferencista ou palestrante 1. III Workshop Brasileiro de Bioinformática. Apresentação do trabalho: A framework based in Web services orchestration for bioinformatics workflow management. Outubro de 2004. (Doc. VIII-1) 2. International Workshop on Genomic Databases. Apresentação do trabalho: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Novembro de 2005. (Doc. VIII-2) 13
3. Workshop de Teses e Dissertações de Bancos de Dados (WTDBD2006). Apresentação do trabalho: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Outubro de 2006. (Doc. VIII-3) 4. II Workshop de Teses em Andamento do Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas. Apresentação do trabalho: A framework based on semantic Web services and AI planning for the management of bioinformatics scientific workflows. Novembro de 2006. (Doc. VIII-4) 5. XXVIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC2008). Apresentação do Trabalho Gerenciamento de workflows científicos em bioinformática no Concurso de Teses e Dissertações. (Doc. VIII-5) 6. Twenty-First International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA 2010). Apresentação do Trabalho: Implementation Issues for Automatic Composition of Web Services no 9th International Workshop on Web Semantics (Doc. VIII-6) 7. VII CONGED - Congresso de Tecnologias para Gestão de Dados e Metadados do Cone Sul 2010. Apresentação da Palestras: Workflows Científicos em Bioinformática. (Doc. VIII-7) Participação como congressista 8. XXIII Congresso da Sociedade Brasileira Computação. Campinas SP. Agosto de 2003. (Doc. VIII-101) 9. V Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão SP. Novembro de 2003. (Doc. VIII-102) 10. II Workshop Brasileiro de Bioinformática. Macaé RJ. Dezembro de 2003. (Doc. VIII-103) 11. Campinas Inova 2004. Campinas SP. Março de 2004. (Doc. VIII-104) 12. Unicamp de Portas Abertas. Campinas SP. Setembro de 2004. (Doc. VIII-105) 13. VI Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão SP. Novembro de 2004. (Doc. VIII-106) 14
14. International Workshop on Genomic Databases. Rio de Janeiro RJ. Novembro de 2005. (Doc. VIII-107) 15. Unicamp de Portas Abertas 2005. Campinas SP. Setembro de 2005. (Doc. VIII-108) 16. VII Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão SP. Novembro de 2005. (Doc. VIII-109) 17. XXIII Congresso da Sociedade Brasileira Computação. São Leopoldo, RS. Julho de 2005. (Doc. VIII-110) 18. XXI Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. Florianópolis, SC. Outubro de 2006. (Doc. VIII-111) 19. II Workshop de Teses em Andamento do Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas. Campinas SP. Novembro de 2006. (Doc. VIII-112) 20. VIII Simpósio Brasileiro de Geoinformática. Campos do Jordão SP. Novembro de 2005. (Doc. VIII-113) 21. Simpósio Brasileiro de Bioinformática 2007 (BSB2007) e International Workshop on Genomic Databases (IWGD 2007). Angra dos Reis - RJ. Agosto de 2007. (Doc. VIII-114) IX - ATIVIDADES RELACIONADAS À EXTENSÃO E SERVIÇOS À COMUNIDADE 1. Assessor científico da FAPESP para projetos de Iniciação Científica no país desde agosto de 2007. (Doc. IX-1) 2. Revisor de diversos congressos e workshops nacionais, tais como: Simpósio Brasileiro de Bioinformática (BSB2005 e BSB2007), Concurso de Teses de Doutorado da SBC (CTD2007), Workshop e-science, Workshop de Teses e Dissertação de Bancos de Dados (WTDBD2007). (Doc. IX-2) 3. Membro do Comitê de Programa dos seguintes eventos: e-science (edições 2009, 2010 e 2011); seção de pôsteres e workshop de Teses e Dissertações do SBBD (edição 2008); seção de pôsteres do SBBD (edição 2009), WCGE (edições 2008 e 2009), SBCARS (edição 2011). (Doc. IX-2) 15
4. Apresentação do seminário: Gerenciamento de Workflows Científicos: desafios e oportunidades na disciplina Série de Seminários do Instituto de Computação da Unicamp em agosto de 2007. (Doc. IX-3) 5. Conselheiro da Empresa Júnior de Sistemas de Informação da EACH-USP (SI Júnior) desde 2010. X SOFTWARES, PATENTES E OUTROS 1. Patente de Software: Gene Projects (Sistema de Anotação Genômica). Autores: Marcelo Carazzolle, Marcos R.R. Araújo, Eduardo Formighieri, Luciano A. Digiampietri, Gonçalo A.G. Pereira. Patente: PAT002-04 Unicamp. Protocolo no. 0057290, de 09/01/2004. (Doc. X-1) 2. Co-submissão de sequência genômica no banco de dados genômicos Genbank do NCBI (Nacional Center for Biotechnology Information): genoma completo da mitocôndria do organismo Moniliophthora perniciosa. Sequência aceita e revisada em maio de 2006. (Doc. X-2) XI ATIVIDADES ADMINISTRATIVAS 1. Membro da Comissão Assessora da Comissão de Pesquisa e Pós-Graduação da EACH para a discussão de questões referentes à distribuição de espaço físico para a pesquisa na unidade de 10/2009 a 11/2009. 2. Participante do desenvolvimento do projeto de criação do Mestrado em Sistemas de Informação, sendo corresponsável pela escrita, submissão e implantação do Mestrado em Sistemas de Informação na EACH-USP (projeto submetido em 2009 para a CAPES e programa de pós-graduação aprovado e iniciado em 2010). 3. Membro Titular da Comissão Coordenadora do Programa de Pós-graduação em Sistemas de Informação (CCP-PPGSI), EACH/USP de 06/2010 atual. 4. Membro Titular da Comissão Coordenadora do Curso (CoC) do Bacharelado em Sistemas de Informação da EACH-USP, de 05/2010 atual. 16
5. Suplente do cargo de Coordenador de Curso do Bacharelado em Sistemas de Informação da EACH-USP, de 09/2010 atual. XII SUPERVISÕES E ORIENTAÇÕES CONCLUÍDAS Trabalho de conclusão de curso de graduação 1. José Rogério de Araújo Júnior. Implementação de sistema de estabilização de imagens. 2009. EACH-USP. 2. Danilo Martins de Araújo. Estudo e Desenvolvimento de Um Sistema para Síntese Automática de Melodia. 2009. EACH-USP. 3. Felipe Massao Tanaka Masutani. Estudo de técnicas avançadas de Inteligência Artificial para o desenvolvimento de bots: estudo de caso em Go. 2009. EACH-USP. 4. Antonio Ricelly Batista Cunha. Estudo e proposta de metodologia para especificação de Ontologias. 2009. EACH-USP. 5. Alvaro Henrique Walder de Mello. Comparativo de desempenho do algoritmo RC4, desenvolvido em Visual C++ e em CUDA. 2010. EACH-USP. 6. Thays Pelegrin Dias. Estudo e Desenvolvimento de Sistema para Integração Sintática e Semântica de Dados e Metadados Científicos. 2010. EACH-USP. 7. Marco Antonio Miras Ferreira. Estudo e Desenvolvimento de Sistema Execução de Workflows Científicos. 2010. EACH-USP. 8. Ana Carolina Valença. Uso de Mineração de Dados para Aperfeiçoar Sistemas de Recuperação de Imagens por Conteúdo. 2010. EACH-USP. 9. Ernando Eduardo da Silva. Estudo e Desenvolvimento de Ferramentas para a Análise de Redes Sociais de Pesquisa. 2010. EACH-USP. 10. Antonio Ricelly Batista Cunha. Classificação de Textos da Web. 2011. EACH-USP. Iniciação Científica 11. Fernando Dias Scarabelin. Uso de Índices e Visões Materializadas para a Otimização de Bancos de Dados. 2009. EACH-USP, Bolsista CNPq. 17
12. Antonio Carlos Alves Júnior. Seleção Automática de Índices e Visões Materializadas para a Otimização de Bancos de Dados. 2009. EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 13. Renato Alexey Cruz Silva. Desenvolvimento de Jogos para o Aperfeiçoamento na Aprendizagem de Disciplinas de Ciência da Computação. 2009. EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 14. Felipe Freire. Desenvolvimento de Sistema de Recomendação de Artigos Científicos. 2010. EACH-USP, Bolsista CNPq. 15. Lucas Altieri Garcia. Desenvolvimento de Jogos Educativos para Web. 2010. EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 16. Jonatas Correia Araujo. Execução Automática de Serviços Web Compostos. 2010. EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. XII SUPERVISÕES E ORIENTAÇÕES EM ANDAMENTO Dissertação de mestrado 1. Éric Hainer Ostroski. Workflows Científicos em Bioinformática (título provisório). Início: 2010. Mestrado em Sistemas de Informação - EACH-USP. 2. Daniel Marques Gomes de Morais. Sistema para Simulação de Tráfego (título provisório). Início: 2011. Mestrado em Sistemas de Informação - EACH-USP. 3. Christian Lacerda. Análise de Redes Sociais (título provisório). Início: 2010. Mestrado em Sistemas de Informação - EACH-USP. Trabalho de conclusão de curso de graduação 4. Fernando Dias Scarabelin. Desenvolvimento de sistema de estabilização de vídeos. Início: 2011. Trabalho de Conclusão de Curso - EACH-USP. 5. Antonio Carlos Alves Junior. Uso de algoritmo genético para otimização de banco de dados. Início: 2011. Trabalho de Conclusão de Curso - EACH-USP. 6. Jonatas Correia Araujo. Construção e execução de workflows científicos a partir da composição de métodos em Java. Início: 2011. Trabalho de Conclusão de Curso - EACH-USP. 18
Iniciação científica 7. Guilherme Araujo de Oliveira. Desenvolvimento de sistema de composição automática de workflows. Início: 2011 - EACH-USP, Bolsista CNPq. 8. Caio Rafael do Nascimento Santiago. Desenvolvimento de sistema de composição e execução automáticas de workflows. Início: 2011 - EACH- USP, Bolsista FAPESP. 9. Beatriz Teodoro. Desenvolvimento de biblioteca de funções para o processamento de imagens e vídeos digitais. Início: 2011 - EACH-USP, Bolsista do Ministério da Educação. 10. Diogo Takaki Ferreira. Identificação e Organização de Fontes de Dados Textuais na Web. Início: 2011 - EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 11. Edjonathan Santos Guedes Silva. Processamento de Imagens para Extração de Características Morfológicas. Início: 2011 - EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 19