MANUAL DE INSTALAÇÃO E TUTORIAL BÁSICO DE UTILIZAÇÃO DO PROGRAMA YASARA VIEW

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1 MANUAL DE INSTALAÇÃO E BÁSICO DE UTILIZAÇÃO DO PROGRAMA

2 1 Neste tutorial será apresentada uma ferramenta informática intuitiva e de acesso livre YASARA View que pode ser usada na sala de aula para que professores e alunos dissequem as complexidades da estrutura proteica e assim melhor entendam o papel central das proteínas na manutenção da Vida. O YASARA, acrónimo de Yet Another Scientific Artificial Reality Application (ou em Português, Uma Outra Aplicação de Realidade Artificial Científica ) é um programa de visualização de moléculas fácil de usar, especialmente vocacionado para a análise de estruturas de proteínas. 1.1 INSTALAÇÃO O YASARA corre localmente no seu computador, o que significa que precisa de ser descarregado de um servidor apropriado. Para isso pode visitar a secção de descargas da página inicial do YASARA ou seguir directamente para a página de descargas do YASARA View: Preencha o formulário de pedido de descarga do programa: Figura 1. Imagem da página de descargas, onde necessita de introduzir o seu nome e endereço de correio electrónico. O pacote a descarregar será gerado e, passado algum tempo, receberá um com o URL (endereço de internet) onde poderá descarregar o programa. Pode assim descarregar o pacote e executá-lo clicando duas vezes sobre o ficheiro (DeployYASARA.exe). Isto cria uma pasta chamada "yasara". 2

3 Figura 2. Imagem da estrutura da pasta "yasara". O programa propriamente dito é o ficheiro Yasara.exe, aqui seleccionado. Para mais facilmente aceder ao programa, coloque um atalho do ficheiro Yasara.exe na barra de programas. Pode agora começar a visualizar de uma forma interactiva a estrutura 3D das proteínas... Vamos começar por abrir o programa, clicando duas vezes no atalho criado ou sobre o ficheiro Yasara.exe Figura 3. Imagem da área de trabalho e menus do YASARA quando nenhuma estrutura foi ainda aberta. 3

4 1.2 ABRIR/FECHAR FICHEIROS PDB O YASARA consegue abrir diferentes tipos de ficheiros, mas os mais comuns são os ficheiros PDB ("nomeficheiro.pdb") e o ficheiro no formato YASARA ("nomeficheiro.sce"). Figura 4. Menu para abrir um ficheiro PDB ou um ficheiro YASARA. Para abrir um ficheiro PDB: File >> Load >> PDB File Para abrir um ficheiro YASARA: File >> Load >> YASARA Scene 4

5 1.3 DEPOIS DE ABRIR O FICHEIRO... Figura 5. Visualização de um ficheiro PDB. Ao centro aparece a representação da proteína seleccionada com todos os seus átomos. Uma proteína simples, constituída por uma cadeia, será carregada para um objecto. No menu do lado direito poderá ver o conteúdo do ficheiro que carregou. Na base da tela, o selector de sequência irá agora mostrar a sequência de aminoácidos da estrutura carregada. 1.4 OBJECTOS, MOLÉCULAS, RESÍDUOS, ÁTOMOS... podem todos ser manipulados independentemente. Por exemplo, se seleccionar um átomo com um clique do botão esquerdo do rato, seguido por um clique do botão direito do rato, aparecerá um menu pop-up. Aqui pode mudar a cor ou a perspectiva daquele átomo/resíduo/molécula ou objecto. Pode também utilizar o menu View na barra do topo. Por exemplo, para mudar a cor de um átomo, resíduo, molécula ou objecto, basta seguir os menus View >> Color e seleccionando o elemento que pretende manipular. 5

6 Por exemplo, se quiser colorir o resíduo 10, clique View >> Color >> Residue escolha o resíduo 10 e clique em "OK". A vantagem é que pode utilizar este menu para colorir uma parte da estrutura. Por exemplo, os resíduos 10 a 15. Basta usar a tecla Shift/Ctrl para seleccionar vários resíduos de uma só vez, tal como mostramos na figura abaixo. Figura 6. O menu de selecção. Aqui, os resíduos 10 a 15 do objecto 1 estão seleccionados. Vê-se ainda o efeito da selecção (a amarelo) na proteína OPÇÕES DE VISUALIZAÇÃO A estrutura de uma proteína pode ser representada de muitas formas diferentes. No YASARA pode experimentar os vários modos de representação disponíveis e escolher o seu modo de visualização preferido. Isto pode ser feito através das teclas F1 a F7 do teclado, ou escolhendo a visualização desejada no menu "View". 6

7 F1 = Raios de Van der Waals de todos os átomos (no inglês Ball) F2 = Modelo de bolas & paus (no inglês Ball & Stick) F3 = Modelo em paus (no inglês Stick) 7

8 F4 = Cadeia principal com átomos Cα F5 = Modelo em tubo da cadeia principal F6 = Modelo em fitas da cadeia principal (no inglês Ribbon) 8

9 F7 = Representação esquemática da cadeia principal (no inglês Cartoon) F8 = Ligar/desligar as cadeias laterais 1.6 OPERAÇÕES BÁSICAS Rotação Pressione o botão ESQUERDO do rato sobre a proteína e mova o rato. Ampliação/Zooming Pressione o botão DIREITO do rato sobre a proteína e mova o rato. Translação Pressione em simultâneo os botões ESQUERDO e DIREITO do rato sobre a proteína e mova o rato. 9

10 1.7 MANIPULAÇÕES SIMPLES Cores Utilize o menu View >> Color e seleccione o elemento onde aplicar a alteração de cor: Object / Molecule / Residue / Atom Em seguida, seleccione a nova cor. Ligações de Hidrogénio Utilize o menu View >> Show hydrogen bond of e seleccione o elemento: Object / Molecule / Residue / Atom Superfícies A representação da superfície de uma proteína oferece uma perspectiva real da forma e áreas acessíveis de uma proteína. Utilize o menu View >> Show hydrogen bond of e seleccione o elemento: Object / Molecule / Residue / Atom Pode optar entre 3 tipos de visualização de superfícies: Superfície de van der Waals (no inglês Van der Waals surface) Superfície molecular (no inglês Molecular surface) Superfície acessível ao solvente (no inglês Solvent accessible surface ) 10

11 1.8 EXPORTAR FIGURAS Se esta é a primeira vez que utiliza esta funcionalidade, comece por instalar o programa POVRay. Pode fazê-lo através da interface do YASARA, mas necessita de estar ligado à internet. Basta seleccionar o menu: Help >> Install programa >> POVRay e siga as instruções que lhe vão sendo apresentadas. Depois de completar a instalação o POVRay pode começar a exportar imagens!!! Para guardar no seu computador a imagem da proteína que produziu, utilize o menu: File >> Save as >> Ray-traced Screenshot Em seguida aparecerá no seu monitor uma nova janela tal como mostramos na figura abaixo. Figura 7. Menu para exportar uma image. Clique em Run POVRay and save ray-traced image, e em seguida escolha o nome do ficheiro e o local onde pretende guardar a sua imagem. 11

12 1.9 FECHAR E GUARDAR O SEU FICHEIRO Para fechar o programa YASARA basta seleccionar o menu: File >> Exit Ao realizar esta acção ser-lhe-á perguntado se pretende fechar o programa sem guardar as alterações feitas. Se clicar em Yes, todo o trabalho que esteve a fazer será perdido. Caso clique No, tem a possibilidade de guardar dois tipos de informação: apenas as coordenadas da proteína, seleccionando o menu: File >> Save As >> PDB File todas as configurações de representações, cores, perspectivas até então manipuladas, seleccionando o menu: File >> Save As >> YASARA Scene Esta segunda opção é a ideal se pretende continuar a trabalhar na imagem mais tarde OUTROS RECURSOS Para obter mais informação sobre esta ferramenta recomendamos que consulte o Manual do YASARA também distribuído nesta formação, bem como os recursos que estão integrados na ferramenta e disponíveis através do menu Help. Para começar, recomendamos que visualize o vídeo sobre o YASARA: Help >> Play help movie 12