Programação PERL. Israel Tojal da Silva

Transcrição

1 Programação PERL Israel Tojal da Silva

2 Sumário Introdução visão geral Variáveis e Estrutura de Dados Referências Expressões Regulares Funções Manipulação de Arquivos Ordenação

3 Introdução Perl : Guia de Consulta Rápida Decio Jr. - Ed. Novatec Learning Perl (4th ed) by Randal L. Schwartz, Tom Phoenix, brian d foy. Ed. O'Reilly Programming Perl (2nd Edition) by Larry Wall, Tom Christiansen, Randal L. Schwartz, Stephen Potter Ed. O'Reilly Advanced Perl Programming (2th ed) by Simon Cozens. Ed. O'Reilly

4 Introdução O que é PERL? Perl is a language for getting your job done Larry Wall

5 Introdução PERL ( Practical Extraction and Report Language ) é uma linguagem de programação criada por Larry Wall em 1987 e que pode ser usada em uma grande variedade de tarefas : Processamento de texto; Desenvolvimento Web; Administração de sistemas; Acesso a Banco de Dados;

6 Introdução Características da PERL Linguagem simples; Alto nível; Suporte a várias plataformas (Unix, Mac OS, Windows,...); Modular e Orientadas a Objetos; Desenvolvimento rápido;

7 Perl x Bioinformática

8 Perl x Bioinformática

9 Perl x Bioinformática

10 Perl x Bioinformática

11 Primeiro programa #!/usr/bin/perl hello.pl print Imprimindo uma mensagem\n ; $ perl hello.pl

12 Variáveis O que são? Posições na memória do computador, que são usadas para guardarem valores E0 E1 E2 E3 E4 $var E0 E1 E2 E3 E4 6 #!/usr/bin/perl $var = 6; En En

13 Sintaxe das variáveis Tipo Caracter Exemplo É um nome para: Escalar $ $dna Um valor individual ( números ou string Uma lista de valores Hash % %codons Um grupo de valores, indexado por string

14 Sintaxe das variáveis Escalares : $dna = 'ATGCTTATTGTT'; $hits = 5; $evalue = 5e-120; $directory = `pwd`;

15 Sintaxe das variáveis = ('BRCA1', 'NAT2', 'MMP9', = (1,3,5,7,9,11,13,15,17,21,'X','Y ); Os valores são acessados pelos seus índices: print $gene[0] ; # imprime BRCA1; print $cromossomos[3] ; # imprime 7; Tamanho do array print $#gene ; # imprime 3; Acessando uma fatia do array print join( \t,@cromossomos[3..5]), \n ; imprime

16 Sintaxe das variáveis Hash: %codons = ( ); 'ATG'=>'M', 'CTT'=>'L', 'ATT'=>'I', Acessando o valor de uma chave do hash print $codons{'ctt'\n ; # imprime: L Acessando os valores de todas as chaves do hash foreach my $key ( keys %codons ){ # imprime: # CTT L print $key\t$codon{$key\ n ; # ATT I # ATG M

17 Controlando avisos e variáveis Variáveis em Perl são globais por default use warnings; use strict; my $var = 10;

18 Operadores Operador Tipo +, -, *, /, %, **, ++, -- Aritmético <, <=, ==, >=, >,!= Comparação Numérica &&,,!, and, or, not Lógicos lt, gt, le, ge, eq, ne Comparação de String =, +=, -=,*=,.= Atribuição

19 Operadores Exemplos : $x = 8; $y = 2; $z = $x * $y $z == 16 $codona = 'ACG'; $codonb = 'ACG'; $codona ne $codonb

20 Instruções if e unless If : A declaração será executada se a expressão lógica for verdadeira: my $vara = 3; my $varb = 5; if ( $vara < $varb ) {... unless: A declaração não será executada se a expressão for verdadeira: my $vara = A ; unless ( $vara eq 'B' ) {...

21 Instruções Interativas = ('BRCA1', 'NAT2', 'MMP9', 'MYC'); while (expr) bloco my $i = 0; while ( $i <= $#genes ){ print $i : $genes[$i]\n ; $i++; foreach var (lista) bloco foreach my $gene ) { print $gene\n ; for(expr;expr;expr) bloco for ( my $i =0 ; $i <= $#genes ; $i++ ) { print $i : $genes[$i]\n ;

22 Formas especiais da instrução = ('BRCA1', 'NAT2', 'MMP9', 'MYC'); do bloco while expr; my $i = 0; do{ print $genes[$i]\n ; $i++; while ( $i <= $#genes ); do bloco until expr; my $i = 0; do{ print $genes[$i]\n ; $i++; until ( $i > $#genes );

23 Desviando do caminho : next e = ('BRCA1', 'NAT2', 'MMP9', 'MYC'); my $i = 0; while ( $i <= $#genes ){ next; next if ($genes[$i] =~ /A/); print $genes[$i]\n ; $i++; last; my $i = 0; while ( $i <= $#genes ){ last if ($genes[$i] eq MYC ); print $genes[$i]\n ; $i++;

24 Um programa Perl #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $dna; = ('a','c','g','g','a','g','c','t','c','g'); for (my $i =0; $i <= $#array; $i++) { $dna.= $array[$i]; print $dna\n ; 0 a 1 ac 2 acg 3 acgg 4 acgga 5 acggag 6 acggagc 7 acggagct 8 acggagctc 9 acggagctcg perl dna.pl

25 Referências Referências são ponteiros para tipos de dados previamente definidos : my $var = 6; my $ref_var = \$var; E0 E1 E2 E3 E4 $var $ref_var E0 E1 E2 E3 E4 6 E1 print $ref_var; # imprime E print $$ref_var; # imprime 6 En En

26 Referências Referência Definição Valor Escalar $ref_var = \$var; $$ref_var Array $ref_array = \@genes; $ref_array->[0] Hash $ref_hash = \%hash; $ref_hash->{'atg'

27 Expressões Regulares Pesquisa A procura por grandes quantidades de dados de modo conveniente e eficaz é realizada através da combinação de padrões expr =~ [ m ] /padrão/[g][i][m][o][v][x] my $dna = 'ACGTTCCAACA'; if ( $dna =~ /aac/ ){... my $dna = 'ACGTTCCAACA'; if ( $dna =~ /aac/i ){...

28 Expressões Regulares Substituição Pesquisa uma string procurando um padrão e, se encontrado, troca aquele padrão pelo texto de substituição $var =~ s/padrão/substituto/[e][g][i][m][o][s][x] my $dna = 'acgtccatc ccccatta'; $dna =~ s/\-//g; print $dna ; #imprime acgtccatcccccatta my $dna = 'TCCTCCATCCG'; $dna =~ s/c/c/; print $dna ; #imprime TcCTCCATCCG

29 Sub-rotinas A sub-rotina agrupa uma sequência de declarações e funções que poderão ser reutilizadas pelo programa. #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my ($x,$y,$sum) = (5,9,0); $sum= &sum ($x,$y); print $x + $x = $sum\n ; sub sum{ my ($var1,$var2) my $sum = $var1 + $var2; #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my ($x,$y,$sum) = (5,9,0); &sum ($x,$y,\$sum); print $x + $x = $sum\n ; sub sum{ my ($var1,$var2,$rs_sum) $$rs_sum = $var1 + $var2; return $sum; return;

30 Manipulação de Arquivos... open (IN,'arquivo.txt') or die $!; while (<IN>){ print $_ ; close (IN); open (OUT,'>arquivo.txt') or die $!; print OUT $var\n ; close (OUT);...

31 Estruturas Avançadas 1 BRCA1 2 IKZF2 1 FOXD3 4 WFS1 4 RUFY3 3 COLQ 4 NSUN7 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my %HoA; Hash de Array MMP9 FOXD3 IKZF2 WFS1 RUFY3 NSUN7 COLQ my $filein = shift or die $!; open(in,$filein) or die $!; while(<in>){ = split( \t,$_); push { $HoA{$array[0], $array[1] ); close(in); foreach my $key ( keys %HoA ){ print $key\n\t ; print join ( \t,@{$hoa{$key ), \n ;

32 Estruturas Avançadas 1 BRCA1 NM_11 1 BRCA1 NM_32 2 IKZF2 NM_13 2 IKZF2 NM_14 1 FOXD3 NM_82 4 WFS1 NM_54 4 RUFY3 NM_88 4 RUFY3 NM_89 3 COLQ NM_92 3 COLQ NM_93 4 NSUN7 NM_52 Hash de Hash de Array #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my %HoHoA; my $filein = shift or die $!; open(in,$filein) or die $!; while(<in>){ BRCA1 FOXD3 WFS1 RUFY3 NSUN7 COLQ IKZF2 NM_11 NM_32 NM_82 NM_54 NM_88 NM_89 NM_52 NM_92 NM_93 NM_13 NM_14 = split( \t,$_); push { $HoHoA{$array[0]{$array[1], $array[2] ); close(in); foreach my $ka ( keys %HoHoA ){ print $ka\n ; foreach my $kb ( keys %{$HoHoA{$ka ){ print $kb\t ; print join (,@{$HoHoA{$ka{$kb ), \n ;

33 Ordenação BRCA MMP NAT2 3 4 NAD HOX TP #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my %HoA; my $filein = shift or die $!; open(in,$filein) or die $!; while(<in>){ TP HOX BRCA MMP NAD NAT2 3 4 = split( \t,$_); push { ); close(in); foreach my $key ( sort { $HoA{$b[0] $HoA{$a[0] keys %HoA ){ print $key\n ; print join (,@{$HoA{$key ), \n ;

34 split join sort substr length push pop chomp sqrt glob reverse Funções PERL

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36 Vamos praticar? Faça um script para traduzir uma sequência de nucleotídeos para uma ORF. Dica : perldoc split join reverse substr hash rotina