- Comando básicos Linux ls (- la) <dir> : lista os arquivos do diretório local cd <dir> : muda de diretório. Exemplos úteis : cd <enter> : muda para o home dir cd - <enter> : volta para o diretório de onde vc saiu cp (- rf) <origem> <destino> : copia arquivos ou diretórios mv <origem> <destino> : move ou renomeia arquivos rm (- rf) <arquivo/dir> : remove um arquivo ou diretório less <arquivo> : mostra o conteúdo do arquivo e possue ferramentas de busca por palavras. Lê os seguintes formatos : ASCII,.gz,.tgz,.rpm,.html grep (- i) <palavra> <arquivo> : funciona como um filtro de palavras para um arquivo
chmod (- R) NNN <arquivo/dir> : altera as permissões para usuário, grupo e todo mundo (respectivamente) de arquivos ou diretórios. O parâmetro numérico (N) representa : 1= x, 2= w, 3= wx, 4= r, 5= rx, 6= rw, 7=rwx chown - R<usuário.grupo> <arquivo/dir> : altera o usuário e o grupo em arquivos ou diretórios rpm (- iqaufe) <arquivo.rpm> : instala pacotes (arquivos.rpm) no linux (http://rpmfind.net/linux/rpm). Exemplos úteis : rpm - i : instala um novo pacote rpm - rpm - qa : lista os pacotes instalados U: atualiza o pacote rpm - e : desinstala o pacote rpm - f : força a instalação
tar (-xzvf) <arquivo.tgz/arquivo.tar.gz> : descompacta arquivos ln s <origem> <destino> : cria um link em arquivos ou diretórios runlevel : mostra o nível de execução do linux O diretório /etc/rcx.d : X representa o nível de execução, obtido pelo comando runlevel Os links criados neste diretório devem estar no seguinte padrão: SNNscript Onde S significa que o script será ligado : script start NN são dois dígitos que representam a sequência em que o script será ligado
Perl Linguagem de programação interpretada Totalmente incorporada pelo Linux Simples de ser utilizada. Exemplos : my $var1= duas vezes ; my $var2=10; my $var3= 2 * $var2; my $concatenacao=$var1..$var2. =.$var3; my $concatenacao= $var1 $var2 = $var3 ; Muito útil na manipulação de arquivos grandes. Exemplos : Busca por padrões : \w\w-\d\d-(.*) Quebrar arquivos grandes em muitos arquivos pequenos
Bibliotecas específicas para a criação de sites (CGI-common gateway interface). Exemplos : perl-cgi ou CGI.pm.tar.gz (http://stein.cshl.org/www/software/cgi) Funções para gerar comandos de html Funções para gerar processos filhos (fork) Funções para ler variáveis internas ao protocolo TCP-IP Bibliotecas para manuseio de bancos de dados que rodam em servidores de internet (Por exemplo : MySQL) : perl-dbi-1.37-1 e perl-dbd-mysql-2.9002-1 (Fedora) Conexão com o banco Interface de comunicação, via SQL
#! /usr/bin/perl -w my $file=$argv[0];my $numero_g=0;my $numero_c=0;my $numero_total=0;my $um=0; open NEW, $file; while (<NEW>) { chomp; if (/\>/) { next; } for ($i=0; $i<length($_); $i++) { $numero_total++; if (substr($_,$i,1) eq "C") { $numero_c++; } if (substr($_,$i,1) eq "G") { $numero_g++; } } } print "Total de Gs : $numero_g \n"; print "Total de Cs : $numero_c \n"; print "Total de bases : $numero_total \n"; print "Total de GCs (%) : ". (($numero_g + $numero_c) / $numero_total) * 100;
RPMs relacionados (Fedora) httpd-2.0.47-10 libghttp-1.0.9-8 redhat-config-httpd-1.1.0-5 httpd-manual-2.0.47-10 Servidor Web - Apache Estrutura de diretórios (/etc/httpd/): auth : diretórios onde são armazenados os arquivos de usuários e grupos (htpasswd.file e htpasswd.groups) conf : diretórios onde são armazenados os arquivos de configurações do site (httpd.conf)
Criação de usuários e grupos : htpasswd htpasswd.file <usuário> - armazena o usuário e a senha no arquivo htpasswd.file Para criar um grupo é necessário editar o arquivo htpasswd.groups e inserir um novo grupo no seguinte formato : <grupo1> : <usuário1> <usuário2>... Editando o arquivo httpd.conf : Escolhendo o User e o Group Escolhendo o ServerName Acrescentando itens ao DirectoryIndex Ligando o AddHandler
Configurando os acessos as páginas : <Directory /var/www/cgi-bin/projetox> Options +ExecCGI AuthType Basic AuthName ProjetoX AuthUserFile /etc/httpd/auth/htpasswd.file AuthGroupFile /etc/httpd/auth/htpasswd.groups require group grupo1... require user usuário3 Allow from NNN.NNN.NN </Directory>
Mysql RPMs (Fedora) : mysql-3.23-58-4 mod_auth_mysql-20030510-3 libdbi-dbd-mysql-0.6.5-7 mysql-server-3.23.58-4 php-mysql-4.3.3-6 Comando mysqladmin : Configurando a senha de root : mysqladmin u root password senharoot Atualizando configurações : mysqladmin u root p flush-privileges
phpmyadmin Webpage que auxilia a criação e manutenção dos bancos de dados Instalando phpmyadmin-2.5.7-pl1.tar.gz Alterar o usuário e o grupo para o cadastrado no apache configurar os arquivo config.inc.php e httpd.conf (apache) Ligando o Mysql : /etc/init.d/mysqld start O banco de dados Mysql Tabela host cadastro dos hosts que terão acesso aos bancos Tabela user cadastro dos usuários que terão acesso aos bancos Tabela db cadastro de novos bancos com a lista dos usuários que terão acesso com seus devidos privilégios Qualquer alteração nessas tabelas devem ser atualizadas pelo comando : mysqladmin u root p flush-privileges
Usando o Mysql : Comandos básicos : show databases; show tables; create database <database>; drop database <database>; drop table <table>; describe <table>; use <database>; Criando novos bancos de dados Criando tabelas
Um pouco de SQL insert into <tabela> set <campo1>=< dados1 >; select <campo1>, <campo2> from <tabela> where <cláusula>; update <tabela> set <campo1>=< dados2 >; delete from <tabela> where <cláusula>; Trabalhando com as tabelas via perl my $dbh=dbi->connect("dbi:mysql:<banco>, <usuário>", <senha>", { RaiseError => 1}); $dbh->do("insert into <tabela> set <campo1>=<dado1>"); $dbh->do("delete from <tabela> where <cláusula>");
Download : Blast Local ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/blast- 2.2.9-ia32-linux.tar.gz Executáveis : blastall : programa que faz o blast formatdb : programa que formata um arquivo fasta transformando-o num banco de blast. bl2seq : programa que faz blast de uma sequência contra outra. Existem outros : blastclust, megablast, rpsblast,... Subdiretório data : armazena as matrizes usadas no cálculo do e-value
formatdb t <bancox> -i <fasta> -p T/F : -t <nome do banco> : título para o banco de dados (opcional) -i <arquivo fasta> : nome do arquivo que será formatado -p : tipo de arquivo : T : proteína F : nucleotídeo A saída serão vários arquivos formatados cujo o nome será igual ao arquivo de input e a extensão dependerá do tipo de arquivo : Nucleotídeo :.nhr,.nin,.nsq Proteína :.phr,.pin,.psq
blastall : criar o arquivo.ncbirc com as seguintes linhas : [NCBI] Data= /root/rpms/blast_local/data/ blastall p <programa> -d <banco de blast> -i <arquivo fasta> -o <arquivo de saída> -e <e-value de corte> -T T/F : -p <programa> : define o programa : blastx, blastn, tblastx, tblastn -d <banco de blast> : define o banco de blast -i <arquivo fasta> : arquivo fasta que será blastado -o <arquivo de saída> : arquivo que armazena os resultados -e <e-value de corte> : valor máximo do e-value para não ser considerado no hits found -T : gera as saídas no formato HTML
Download : WWWBlast ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/latest- WWWBLAST/blast-2.2.9-ia32-linux.tar.gz Configurar o httpd : <Directory /var/www/html/blast> Options +ExecCGI AuthType Basic AuthName Serviço de Blast </Directory> Configurar o arquivo blast.rc Este arquivo define quais as combinações permitidas de programas (blastx/blastn/...) contra os bancos
Diretório db : Neste diretório são armazenados os novos bancos de blast de interesse Bancos de blast NR e NT : Download : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr.tar.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.00.tar.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.01.tar.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.02.tar.gz