OM Species Distribution Modelling & TerraView Alexandre Jardim Lúbia Vinhas Luciana Arasato Silvana Amaral O Projeto openmodeller - Oficina de Trabalho 8 e 9 de outubro de 2008 - INPE
What is TerraView? Geographical application built using TerraLib Is an example of: how to build a geographical application using TerraLib what you can do using this library Has been developed by Image Processing Division (DPI) of INPE
What is TerraView? Set of graphical interfaces (QT toolkit) that use the TerraLib functionalities. Jfddfjh gfsdfgdfssf fsdf fsdfsd Jfddfjh sdfsdf gfsdfgdfssf fsdf fsdfsd sdfsdf Jfddfjh gfsdfgdfssf fsdf fsdfsd sdfsdf TerraLib DBMS
What is TerraView? Free and open source GNU Public License GNU Lesser General Public License Available for Linux and Windows Release 3.2.0 Beta version Official version on November ~ 8000 downloads in 2005 and also in 2006
What is TerraView? www.dpi.inpe.br/terraview Documentation, Download and Forum
What can you do with TerraView? Visualize and handle vector and raster data Import and Export well-known geographical formats Shapefile, MID/MIF, ASCII SPRING GeoTIFF (TIFF + tfw), JPEG (+jgw) Address Geocoding
What can you do with TerraView? Analyze the geographical data through: Attribute and Spatial Queries Grouping functions (creating legends) Pie and Bar charts Graphs and brushing tool
What can you do with TerraView? Geographical Operations: Buffer Intersection (Clipping) Union and Difference Assign Data by Location Clipping A A Buffer B Intersection C B
Spatial Analyses: What can you do with TerraView? Spatial Statistics: Moran Index, Local Mean, etc.. Kernel Map Kernel Ratio Map Proximity Matrix Skater Semivariogram Empirical Bayes
TerraView Data Model Main concepts: Database Layer Geometrical Representation Theme View
Database TerraView works over a database created in a DBMS, where the geographical data (raster and vector) is stored: Free: MySQL, PostgreSQL and PostGIS Commercial: ACCESS, SQLServer, Oracle and Oracle Spatial A TerraView database is composed of a set of tables that stored the data and its metadata.
Layer Set of geographical information, on the same geographic region, sharing the same set of attributes. Aggregates similar things Contains vector or raster data Is associated to a cartographical projection Layer of São Paulo municipalities
Geometrical Representation The geographical objects of a layer can be represented by different geometries, that is, they can have different geometrical representations Point, polygon, line, cell, arc and node.
Theme Subset of geographical objects of a layer created based on: Attribute restriction ex.: the municipalities whose population is smaller than 300.000. Spatial restriction: ex.: the municipalities that are adjacent to São Paulo city. Temporal restriction ex.: the crimes that happened in January. Defines the graphical visual of the data. It does not duplicate the layer objects, it maintains a pointer to layer objects.
Theme Tema1 (grouping) Layer Tema2 (Population > 70000) Tema3 (Adjacent of São Paulo city)
View Defines a particular view of a user over the database Groups themes that will be simultaneously displayed. Is associated to a cartographical projection Since each theme can come from layers with different projections, the themes of a view are presented in the view projection.
Data Sources / Tools TerraView: TerraLib OM Plugin Species occurrences Environmental variables Results of species distribution modeling
Hands on Using TerraView Preparando ambiente... Criar diretório D:\Oficina_OM Acessar http://www.dpi.inpe.br/sil/2008_om_ofic/ Baixar os arquivos (instalar do CD)
Hands on Using TerraView Preparando ambiente... Unzip arquivo dadosclimaticos.zip Instalar TerraView (2 versões) TerraView_Plugin C:\arquivo de programas TerraView_3.2.0s C:\arquivo de programas Criar ícones na área de trabalho.
Hands on Using TerraView Uso do software - TerraView Rodar a versão TerraView3.2.0s Abrir Banco: D:\Oficina_OM\ Eedulis_LL.mdb Estrutura de Vistas e Temas Vista: Oficina Tema: IBGE_UF_2008 Visual
Hands on Using TerraView Montar Base de Dados Importar Variáveis bioclimáticas Arquivo Importar Raster... Arquivo... D:\Oficina_OM\dados climaticos\bio_tiff Bio1 (next, next, next, Finish) Ver o dado? SIM Repetir para Bio4, Bio13 e Bio15 Estrutura de Vistas e Temas Visualizar todas as variáveis em uma Vista: Bioclimat Editar Legenda Bio1 Fatias (100), escolher gradação de cores importar para as demais Criar Tema BR_DEM_LL na vista Oficina Usar opção Conectar para comparar as Vistas Bioclimat e Oficina
SDM & TerraView Euterpe edulis Influência das variáveis bioclimáticas para a distribuição da palmeira Euterpe edulis Mar. (Juçara) 1. Variáveis Climáticas Precipitação meses janeiro e julho Temperatura máxima meses janeiro e julho Temperatura mínima meses janeiro e julho 2. Variáveis de Relevo: Altitude Declividade Aspecto 3. Variáveis Bioclimáticas BIO1 Temperatura média anual BIO4 Sazonalidade da Temperatura (desvio padrao*100) BIO13 Precipitação dos meses mais úmidos BIO15 Sazonalidade da Precipitação (Coeficiente de variação) Experimentos 1-2, 1-2-3 e 1-3
Hands on SDM & TerraView E. edulis Modelagem de distribuição de E. Edulis Rodar a versão TerraView e Plugin Abrir Banco: D:\Oficina_OM\ Eedulis_LL.mdb Importar dados de ocorrência (dbf) Arquivo Importar Tabela de Pontos... Arquivo... D:\Oficina_OM\ Euterpe_edulis_63.dbf Projeção... Lat/Long SAD69 Informação de Geometria: Coord Y: LAT / CoordX:LONG Visualizar na Vista Oficina Alterar o Visual... Default (pontos)
Plugin... OpenModeller: Hands on SDM & TerraView E. edulis ALGORITMO Algoritmo: Distância a Média Saída: Nome PI: Eedulis_media_E12 Diretório: D:\Oficina_OM\ Modelos (Criar nova pasta) DADOS LOCALIDADE PI de localidade: Euterpe_edulis_63 DADOS AMBIENTAIS Contrução de modelos Prec1, prec7 - Precipitação meses janeiro e julho tmax1, tmax7 - Temperatura máxima meses janeiro e julho Tmin1, tmin7 - Temperatura mínima meses janeiro e julho BR_DEM_LL - Altitude BR_Slope_LL - Declividade BR_Aspect_LL Aspecto Projeção de Modelo Mesmos PIs Máscara e Formato tmin7 FINISH (Terminar) - esperar Experimento 1-2 Clima e Relevo Criar Tema e Legenda
Hands on SDM & TerraView E. edulis Plugin... OpenModeller (MESMO do ANTERIOR MUDAR) ALGORITMO Saída: Nome PI: Eedulis_media_E123 DADOS AMBIENTAIS Contrução de modelos Prec1, prec7 - Precipitação meses janeiro e julho tmax1, tmax7 - Temperatura máxima meses janeiro e julho Tmin1, tmin7 - Temperatura mínima meses janeiro e julho BR_DEM_LL - Altitude BR_Slope_LL - Declividade BR_Aspect_LL Aspecto Bio1, Bio4, Bio13 e Bio15 Projeção de Modelo Mesmos PIs Experimento 1-2-3 Climat, Bio e Relevo FINISH (Terminar) - esperar ~10 min. Criar Tema e Legenda Comparar resultados em Vistas diferentes, usando opção Conectar...
Hands on SDM & TerraView E. edulis Plugin... OpenModeller (MESMO do ANTERIOR MUDAR) ALGORITMO Saída: Nome PI: Eedulis_media_E13 DADOS AMBIENTAIS Contrução de modelos Prec1, prec7 - Precipitação meses janeiro e julho tmax1, tmax7 - Temperatura máxima meses janeiro e julho Tmin1, tmin7 - Temperatura mínima meses janeiro e julho Bio1, Bio4, Bio13 e Bio15 Projeção de Modelo Mesmos PIs FINISH (Terminar) - esperar ~10 min. Experimento 1-3 Climat e Bio Criar Tema e Legenda Comparar resultados em Vistas diferentes, usando opção Conectar...
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