Linux. - Comando básicos

Transcrição

1 - Comando básicos Linux ls (- la) <dir> : lista os arquivos do diretório local cd <dir> : muda de diretório. Exemplos úteis : cd <enter> : muda para o home dir cd - <enter> : volta para o diretório de onde vc saiu cp (- rf) <origem> <destino> : copia arquivos ou diretórios mv <origem> <destino> : move ou renomeia arquivos rm (- rf) <arquivo/dir> : remove um arquivo ou diretório less <arquivo> : mostra o conteúdo do arquivo e possue ferramentas de busca por palavras. Lê os seguintes formatos : ASCII,.gz,.tgz,.rpm,.html grep (- i) <palavra> <arquivo> : funciona como um filtro de palavras para um arquivo

2 chmod (- R) NNN <arquivo/dir> : altera as permissões para usuário, grupo e todo mundo (respectivamente) de arquivos ou diretórios. O parâmetro numérico (N) representa : 1= x, 2= w, 3= wx, 4= r, 5= rx, 6= rw, 7=rwx chown - R<usuário.grupo> <arquivo/dir> : altera o usuário e o grupo em arquivos ou diretórios rpm (- iqaufe) <arquivo.rpm> : instala pacotes (arquivos.rpm) no linux ( Exemplos úteis : rpm - i : instala um novo pacote rpm - rpm - qa : lista os pacotes instalados U: atualiza o pacote rpm - e : desinstala o pacote rpm - f : força a instalação

3 tar (-xzvf) <arquivo.tgz/arquivo.tar.gz> : descompacta arquivos ln s <origem> <destino> : cria um link em arquivos ou diretórios runlevel : mostra o nível de execução do linux O diretório /etc/rcx.d : X representa o nível de execução, obtido pelo comando runlevel Os links criados neste diretório devem estar no seguinte padrão: SNNscript Onde S significa que o script será ligado : script start NN são dois dígitos que representam a sequência em que o script será ligado

4 Perl Linguagem de programação interpretada Totalmente incorporada pelo Linux Simples de ser utilizada. Exemplos : my $var1= duas vezes ; my $var2=10; my $var3= 2 * $var2; my $concatenacao=$var1..$var2. =.$var3; my $concatenacao= $var1 $var2 = $var3 ; Muito útil na manipulação de arquivos grandes. Exemplos : Busca por padrões : \w\w-\d\d-(.*) Quebrar arquivos grandes em muitos arquivos pequenos

5 Bibliotecas específicas para a criação de sites (CGI-common gateway interface). Exemplos : perl-cgi ou CGI.pm.tar.gz ( Funções para gerar comandos de html Funções para gerar processos filhos (fork) Funções para ler variáveis internas ao protocolo TCP-IP Bibliotecas para manuseio de bancos de dados que rodam em servidores de internet (Por exemplo : MySQL) : perl-dbi e perl-dbd-mysql (Fedora) Conexão com o banco Interface de comunicação, via SQL

6 #! /usr/bin/perl -w my $file=$argv[0];my $numero_g=0;my $numero_c=0;my $numero_total=0;my $um=0; open NEW, $file; while (<NEW>) { chomp; if (/\>/) { next; } for ($i=0; $i<length($_); $i++) { $numero_total++; if (substr($_,$i,1) eq "C") { $numero_c++; } if (substr($_,$i,1) eq "G") { $numero_g++; } } } print "Total de Gs : $numero_g \n"; print "Total de Cs : $numero_c \n"; print "Total de bases : $numero_total \n"; print "Total de GCs (%) : ". (($numero_g + $numero_c) / $numero_total) * 100;

7 RPMs relacionados (Fedora) httpd libghttp redhat-config-httpd httpd-manual Servidor Web - Apache Estrutura de diretórios (/etc/httpd/): auth : diretórios onde são armazenados os arquivos de usuários e grupos (htpasswd.file e htpasswd.groups) conf : diretórios onde são armazenados os arquivos de configurações do site (httpd.conf)

8 Criação de usuários e grupos : htpasswd htpasswd.file <usuário> - armazena o usuário e a senha no arquivo htpasswd.file Para criar um grupo é necessário editar o arquivo htpasswd.groups e inserir um novo grupo no seguinte formato : <grupo1> : <usuário1> <usuário2>... Editando o arquivo httpd.conf : Escolhendo o User e o Group Escolhendo o ServerName Acrescentando itens ao DirectoryIndex Ligando o AddHandler

9 Configurando os acessos as páginas : <Directory /var/www/cgi-bin/projetox> Options +ExecCGI AuthType Basic AuthName ProjetoX AuthUserFile /etc/httpd/auth/htpasswd.file AuthGroupFile /etc/httpd/auth/htpasswd.groups require group grupo1... require user usuário3 Allow from NNN.NNN.NN </Directory>

10 Mysql RPMs (Fedora) : mysql mod_auth_mysql libdbi-dbd-mysql mysql-server php-mysql Comando mysqladmin : Configurando a senha de root : mysqladmin u root password senharoot Atualizando configurações : mysqladmin u root p flush-privileges

11 phpmyadmin Webpage que auxilia a criação e manutenção dos bancos de dados Instalando phpmyadmin pl1.tar.gz Alterar o usuário e o grupo para o cadastrado no apache configurar os arquivo config.inc.php e httpd.conf (apache) Ligando o Mysql : /etc/init.d/mysqld start O banco de dados Mysql Tabela host cadastro dos hosts que terão acesso aos bancos Tabela user cadastro dos usuários que terão acesso aos bancos Tabela db cadastro de novos bancos com a lista dos usuários que terão acesso com seus devidos privilégios Qualquer alteração nessas tabelas devem ser atualizadas pelo comando : mysqladmin u root p flush-privileges

12 Usando o Mysql : Comandos básicos : show databases; show tables; create database <database>; drop database <database>; drop table <table>; describe <table>; use <database>; Criando novos bancos de dados Criando tabelas

13 Um pouco de SQL insert into <tabela> set <campo1>=< dados1 >; select <campo1>, <campo2> from <tabela> where <cláusula>; update <tabela> set <campo1>=< dados2 >; delete from <tabela> where <cláusula>; Trabalhando com as tabelas via perl my $dbh=dbi->connect("dbi:mysql:<banco>, <usuário>", <senha>", { RaiseError => 1}); $dbh->do("insert into <tabela> set <campo1>=<dado1>"); $dbh->do("delete from <tabela> where <cláusula>");

14 Download : Blast Local ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/blast ia32-linux.tar.gz Executáveis : blastall : programa que faz o blast formatdb : programa que formata um arquivo fasta transformando-o num banco de blast. bl2seq : programa que faz blast de uma sequência contra outra. Existem outros : blastclust, megablast, rpsblast,... Subdiretório data : armazena as matrizes usadas no cálculo do e-value

15 formatdb t <bancox> -i <fasta> -p T/F : -t <nome do banco> : título para o banco de dados (opcional) -i <arquivo fasta> : nome do arquivo que será formatado -p : tipo de arquivo : T : proteína F : nucleotídeo A saída serão vários arquivos formatados cujo o nome será igual ao arquivo de input e a extensão dependerá do tipo de arquivo : Nucleotídeo :.nhr,.nin,.nsq Proteína :.phr,.pin,.psq

16 blastall : criar o arquivo.ncbirc com as seguintes linhas : [NCBI] Data= /root/rpms/blast_local/data/ blastall p <programa> -d <banco de blast> -i <arquivo fasta> -o <arquivo de saída> -e <e-value de corte> -T T/F : -p <programa> : define o programa : blastx, blastn, tblastx, tblastn -d <banco de blast> : define o banco de blast -i <arquivo fasta> : arquivo fasta que será blastado -o <arquivo de saída> : arquivo que armazena os resultados -e <e-value de corte> : valor máximo do e-value para não ser considerado no hits found -T : gera as saídas no formato HTML

17 Download : WWWBlast ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/latest- WWWBLAST/blast ia32-linux.tar.gz Configurar o httpd : <Directory /var/www/html/blast> Options +ExecCGI AuthType Basic AuthName Serviço de Blast </Directory> Configurar o arquivo blast.rc Este arquivo define quais as combinações permitidas de programas (blastx/blastn/...) contra os bancos

18 Diretório db : Neste diretório são armazenados os novos bancos de blast de interesse Bancos de blast NR e NT : Download : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr.tar.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.00.tar.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.01.tar.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.02.tar.gz