Pesquisador em Saúde Pública Prova Discursiva INSTRUÇÕES

Transcrição

1 Bioinformática Pesquisador em Saúde Pública Prova Discursiva 1. Você recebeu do fiscal o seguinte material: INSTRUÇÕES a) Este Caderno de Questões contendo o enunciado das 2 (duas) questões da prova discursiva. b) 1 (um) Caderno de Texto Definitivo da Prova Discursiva, onde você deverá transcrever a resposta de cada uma das questões da prova discursiva no lugar apropriado, usando tinta azul ou preta. 2. Somente após autorizado o início da prova, verifique se este Caderno de Questões está completo e em ordem. Notifique ao fiscal qualquer irregularidade IMEDIATAMENTE. Folhear o Caderno de Questões antes do início da prova implica na eliminação do candidato. 3. Tenha muito cuidado com o Caderno de Texto Definitivo da Prova Discursiva para não DOBRAR, AMASSAR ou MANCHAR. 4. Cada uma das questões discursivas deverá ter como resposta um mínimo de 50 e um máximo de 120 linhas. 5. O caderno de texto definitivo da prova discursiva não poderá ser assinado, rubricado e/ou conter qualquer palavra e/ou marca que o identifique, sob pena de ser anulado. Assim, a detecção de qualquer marca identificadora no espaço destinado à transcrição dos textos definitivos acarretará nota ZERO na respectiva prova discursiva. 6. Não deixe de transcrever a resposta das questões da prova discursiva para os Cadernos de Texto Definitivo da Prova Discursiva, único documento válido para a correção das questões (o rascunho não será considerado). 7. O tempo de duração das provas será de 4 (quatro) horas, incluindo o tempo para o preenchimento do Caderno de Texto Definitivo da Prova Discursiva. Nenhum rascunho SERÁ LEVADO EM CONTA. 8 Quando terminar, entregue ao fiscal o Caderno de Questões e o Caderno de Texto Definitivo da Prova Discursiva. ASSINE OBRIGATORIAMENTE A LISTA DE PRESENÇA.

2 Questão 01 De posse de um fragmento de sequência de proteína, fizemos a sua anotação por comparação com outras proteínas. Inicialmente foi realizado um BLAST. Para este BLAST utilizou-se a matriz BLOSUM62. Em seguida foi feito o PSI-BLAST com 4 iterações. O resultado do BLAST gerou um Score = 85 e o e-value = 2.8. O resultado de PSI-BLAST indicou um Score = 141 e o e-value = 3e-6 a) Explique o que é PSI-BLAST e descreva uma situação em que o PSI-BLAST seria mais útil que o BLAST convencional. b) Por que o valor do Score aumentou com o resultado do PSI-BLAST? c) Por que o e-value diminuiu? Questão 02 Quando Leonhard Euler resolveu o problema das pontes de Königsberg, em 1736, ele iniciou toda uma área de pesquisa conhecida como teoria de grafos. Desde então grafos têm sido aplicados em diversas áreas; uma delas na montagem de genomas. Tempos depois, o holandês Nicolaas de Bruijn adaptou essas ideias para encontrar uma sequência de letras de um dado alfabeto para o qual toda palavra possível de um tamanho (k) aparece como uma sequência (string) de caracteres consecutivos na sequência de interesse exatamente uma vez. Mais recentemente esta abordagem foi novamente retomada para aplicações de montagem de genomas com base em sequências curtas de DNA. a) Descreva por que o uso de k-mers é preferível ao uso de leituras (reads) completas. b) Descreva por que utilizar os grafos de Brujin, em vez de uma abordagem hamiltoniana. c) Dado um genoma de 450 Mbp de um parasito helminto humano. Não há nenhum outro genoma sequenciado que seja de uma espécie de taxonomia próxima. Descreva uma estratégia para o sequenciamento de novo deste genoma. Especificamente descreva qual a tecnologia(s) de sequenciamento a ser utilizada, tipo(s) de bibliotecas, método de montagem, abordagem para a geração de modelos de genes, abordagem para a anotação automática do genoma. 2

3 Rascunho da Questão 01 3

4 Rascunho da Questão 01 4

5 Rascunho da Questão 01 5

6 Rascunho da Questão 01 6

7 Rascunho da Questão 02 7

8 Rascunho da Questão 02 8

9 Rascunho da Questão 02 9

10 Rascunho da Questão 02 10