BUSCA BIBLIOGRÁFICA NA INTERNET: USO DA BASE DE DADOS PUBMED DO CENTRO NACIONAL DE INFORMAÇÃO BIOTECNOLÓGICA, INSTITUTO NACIONAL DE SAÚDE (NCBI, NIH)

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1 1 BUSCA BIBLIOGRÁFICA NA INTERNET: USO DA BASE DE DADOS PUBMED DO CENTRO NACIONAL DE INFORMAÇÃO BIOTECNOLÓGICA, INSTITUTO NACIONAL DE SAÚDE (NCBI, NIH) Vitor Hugo Moreau 1 RESUMO: Uma busca bibliográfica eficiente é o ponto de partida fundamental para um projeto de pesquisa ou uma publicação de sucesso. Com o número crescente de informação produzida pela comunidade científica, estratégias de armazenamento e busca dessa informação se tornam campo de pesquisa e desenvolvimento, tanto quanto a informação propriamente dita. Hoje em dia, é improvável que projetos de pesquisa competitivos e artigos científicos de alto impacto sejam produzidos sem conhecimentos, no mínimo básicos, de estratégias de busca bibliográfica. Este trabalho traz um guia rápido de utilização da principal ferramenta de busca bibliográfica na área biomédica na Internet o PubMed, do Instituto Nacional de Saúde Norte Americano. Com esse guia, pretende-se apoiar o uso dessa ferramenta por alunos de graduação e pós-graduação, profissionais das áreas científica e acadêmica, assim como demais profissionais de Biologia e Saúde. Palavras-chave: Busca bibliográfica; PubMed; NCBI. ABSTRACT: An efficient bibliographic search is a pivotal key point for a successness research project and publication. With the growing amount of scientific information availabel on the Internet, strategies to store and search such information became a wild field of investigation and development. Now a days, it is unprobabel that high-impact scientific projects be carried out with minimal knowledges about bibliographic and data search. This paper aims to become a quick reference for the use of the PubMed search tool and to be usefull for undergraduating and graduating students, as well as for profissionals from medical and biological research areas. Key-words: Bibliographic search; PubMed; NCBI. 1 Doutor em Química Biológica - Universidade Federal do Rio de Janeiro UFRJ. Professor da Faculdade de Tecnologia e Ciências. vcunha.ssa@ftc.br

2 2 1 Introdução Busca e revisão bibliográfica são etapas fundamentais na elaboração e publicação de pesquisas científicas. Levantar o fundamento teórico que suporte os temas de estudo proposto exige agilidade e abrangência da fonte de informação utilizada, principalmente deseja-se utilizar o conhecimento no estado da arte. Desde a década de 90, com o desenvolvimento da Internet e de mídias digitais com alta capacidade de armazenamento e processamento de dados, a informática tem sido fundamental na tarefa de publicação, armazenamento e busca de informação e conhecimento científico. Diversas ferramentas se propõem a este fim, de maneira mais ou menos abrangente, segundo as necessidades e especificidades de seus usuários. Dentre as principais ferramentas de busca bibliográfica, nas áreas de Ciências Biológicas e da Saúde na Internet, destaca-se o PubMed, base de dados mantida pelo Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI) do Instituto Nacional de Saúde (NIH) dos Estados Unidos da América do Norte. A base PubMed cataloga artigos científicos publicados em periódicos indexados nas principais coleções científicas do mundo. Este artigo tem como objetivo servir como um guia para estudantes de graduação e pósgraduação e para profissionais da área de saúde, que os possibilite explorar mais adequadamente as potencialidades da base de dados PubMed, por intermédio da página do NCBI, complementando, assim, um passo importante no desenvolvimento e na publicação de projetos e trabalhos científicos. 2 Banco de Dados Apesar de utilizar-se de bancos de dados sempre que se usar um computador, na maioria das vezes não se dá conta disso. A maioria dos usuários de bancos de dados não conhece o uso das principais ferramentas de armazenamento e busca de dados. Na verdade, para fazer uma boa

3 3 busca bibliográfica, não é preciso saber mais do que dois ou três conceitos de armazenamento e busca de dados. Vamos lá. 2.1 Campos Bancos de dados são, em geral, organizados em tabelas. Essas tabelas dividem-se em campos, que são as áreas de informação dos bancos de dados. Por exemplo, um banco de dados de artigos científicos precisa ter, pelo menos, campos para o registro de título do artigo, nome da revista, nome dos autores, filiação dos autores, palavras-chave, número, volume, página e ano de publicação. Cada área dessas é chamada de campo. Dessa forma, cada artigo catalogado no banco de dados possui, pelo menos, nove registros (título do artigo, nome da revista, nome dos autores, filiação dos autores, palavras-chave, número, volume, página e ano de publicação). Os bancos de dados de artigos científicos existentes hoje possuem muito mais do que nove campos, de forma a aumentar a possibilidade de busca. Então, cada informação fica registrada no seu campo específico. Assim, não se corre o risco de procurar um artigo publicado no ano de 2006 procurar um que fica na página 2006 da revista, ou ainda, procura-se um artigo sobre câncer e encontra-se um cujo autor se chame Robert Cancer. Quando se faz uma busca por uma palavra qualquer, sem especificar em qual campo se quer procurar aquela palavra, as ferramentas de busca procuram por ela em todos os campos, ou seja, em todos os locais do artigo. 2.3 Argumentação Booleana Argumentos de busca é a combinação de palavras que utilizamos para fazer a procura na base de dados. Quando fazemos uma busca em um servidor de procura na Internet (Google, por exemplo) não costumamos nos preocupar com a utilização da argumentação correta. Na verdade, esses servidores são preparados para buscar o maior número possível de páginas, sem o real compromisso de estar totalmente dentro do tema procurado. Na maioria dos servidores sérios de busca bibliográfica, existe um compromisso de retornar resultados que satisfaçam à

4 4 argumentação fornecida pelo usuário. Por isso, a utilização da argumentação adequada se torna extremamente importante. A forma de montar o argumento de busca mais utilizado é a chamada argumentação Booleana, que recebeu este nome em homenagem ao matemático George Boole. A argumentação Booleana consiste no uso dos operadores de inclusão (OR), restrição (AND) e exclusão (NOT) entre os termos procurados. Pode-se, então, montar uma argumentação de forma a combinar termos e especificar o que se deseja de maneira mais adequada. Por exemplo, se procurar-se por poluição AND ar, a busca deverá retornar artigos sobre poluição do ar, mas se utiliza-se poluição OR ar deve-se ter como resultados artigos sobre poluição da água, do solo etc.; assim como artigos sobre fisiologia respiratória, compressão de ar, etc. Se, ainda, utilizar-se o termo poluição NOT ar, ter-se-á como resultado artigos sobre poluição de água, solo, mas não do ar. Algumas vezes, o operador Booleano NOT também pode ser encontrado como AND NOT. 2.4 Refinamento da busca Não existe um número adequado de artigos para que uma busca bibliográfica seja considerada boa. Em geral, o número adequado de resultados é determinado pelo usuário, segundo suas necessidades. É de esperar-se que uma tese de doutorado possua mais referências do que uma monografia de conclusão de curso. Além disso, o levantamento bibliográfico não precisa, nem deve, ser feito de uma única forma. Anseia-se que o usuário seja capaz de combinar diversos termos de forma a selecionar os artigos mais importantes e interessantes para fundamentar o seu trabalho, sempre levando em consideração o nível de aprofundamento esperado. Quando uma busca bibliográfica retorna um número muito grande de resultados, existe a possibilidade da busca estar muito abrangente e até fugindo do tema de estudo. Nesse caso, é necessário fazer um refinamento da busca. O refinamento consiste em adicionar termos ou restringir os campos de busca dos termos utilizados. Por exemplo, uma busca pela palavra cancer pode retornar muitos artigos mas se inclui-se AND uterus certamente o número de artigos será menor. Deve-se lembrar que, como a maioria dos artigos publicados no mundo estão escritos em inglês e a base PubMed funciona nesse idioma, deve-se também escrever os termos de busca em inglês. Se, aparentemente, não se tem mais como restringir pode ser o caso de o usuário estar interessado em saber sobre tudo que se publicou sobre câncer de útero, pode-se

5 5 restringir a busca pelo ano de publicação, por exemplo. Se deseja-se saber tudo sobre câncer de útero, possivelmente, não vai-se interessar sobre o que se publicava 30 anos atrás. Então, pode-se restringir a busca aos anos 2000, incluindo o termo AND 200 no campo referente ao ano de publicação. Repare que quando se inclui 200 como ano de publicação, a maioria das ferramentas de busca deverá retornar artigos publicados entre 2000 e Neste caso, 200 é uma palavra parcial que gera um resultado que inclui todos os anos que possuem 200. Outra forma de restrição do resultado seria selecionar o tipo de artigo. Por exemplo, ao se fazer um apanhado de todo o conhecimento publicado sobre câncer de útero, pode-se restringir a estudar somente os artigos de revisão, neste caso, poder-se-á adicionar AND review no campo referente ao tipo de artigo. As possibilidades, enfim, são muitas. A utilização dos operadores Booleanos, campos de busca e palavras parciais possibilitam a montagem de um argumento de busca que satisfaça as expectativas do usuário, não só no que diz respeito à abrangência do tema a ser estudado, mas, também, ao número de artigos que se pretende estudar. 3 Ferramentas de Busca Bibliográfica Diversas ferramentas de busca bibliográfica estão disponíveis na Internet. Aqui, vai-se focar em duas principais: a ferramenta internacional PubMed e a nacional do SciELO. Ambas trabalham de maneira bastante semelhante. Embora este artigo venha tratar somente da base PubMed x ferramenta de busca do Scielo seja estudada em uma outra ocasião, diversas instruções servirão para a utilização das duas ferramentas de busca bibliográfica. 3.1 A base de dados bibliográficos PubMed (Public Medical) Um dos servidores de informação biotecnológica mais completos e utilizados no mundo é o Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI), um serviço da Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) e do Instituto Nacional de Saúde (NIH) dos Estados Unidos ( Entre os serviços fornecidos estão: indexação bibliográfica, seqüências gênicas e genômicas, seqüências e estrutura tridimensional de proteínas, banco de dados taxonômicos, informação genética humana etc. Os serviços do NCBI podem ser divididos pelo

6 6 tipo de informação que se deseja encontrar, o que pode ser selecionado pela base de dados investigada. As principais bases de dados do NCBI são: PubMed busca bibliográfica no NCBI; Protein busca por seqüências de proteínas; Nucleotide busca por seqüências de nucleotídeos (DNA e RNA); Structure busca por estrutura tridimensional de proteínas e ácidos nucléicos; Genome busca por projetos de senqüenciamento genômico; Books busca por livros; OMIM online mendelian inheritance in man ; catálogo de genes e desordens genéticas humanas; Taxonomy servidor de denominação taxonômica: Diversos serviços de busca na Internet são utilizados nos meios acadêmico e científico. Entre eles pode-se destacar o PubMed ( PubMed faz buscas por palavraschaves, autores e temas entre artigos de revistas indexadas nas respectivas bases de dados. As revistas indexadas no PubMed são internacionais, por isso, em geral, estão escritas em inglês. Revistas brasileiras podem ser consideradas internacionais, se escritas em inglês e indexadas em bancos de dados internacionais. A base de dados PubMed faz parte do Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI). Ela trabalha por meio da busca por palavras-chaves, nome de autores, título de revistas, etc. Para isso, a ferramenta de busca conta com um sistema de procura em banco de dados que trabalha com argumentação Booleana. A ferramenta de busca no NCBI considera palavras separadas por espaços como um único termo de busca, por isso, buscar por air pollution não deverá ter o mesmo resultado que a busca por air AND pollution. É importante lembrar que os operadores Booleanos devem sempre ser escritos em maiúsculo, do contrário, serão tratados como termos de busca. A seguir, tem-se uma imagem da tela inicial do servidor NCBI utilizando a base de dados PubMed:

7 7 Figura 1: Página do PubMed. O ícone no alto da página identifica a base de dados em uso, no caso, PubMed. A barra preta logo abaixo do ícone traz links para outras bases de dados mais utilizadas. Logo abaixo temse uma cortina, à esquerda, para a seleção da base de dados de busca ( Search ) e uma caixa de texto ( for ) onde o termo de busca deverá ser escrito. À direita, os botões Go, para iniciar a busca e Clear para limpar a caixa de texto. Mais abaixo há cinco orelhas ( Limits, Preview/Index, History e Details ). Destas, a mais utilizada será a Preview/Index. Para proceder-se à busca, basta escrever o termo de busca na caixa de texto for e clicar em Go. No entanto, algumas buscas podem necessitar de refinamento, ou seja, adição de novos termos e de argumentação Booleana para tornar a busca mais específica. Nesse sentido, pode-se escolher em qual campo quer-se procurar o termo desejado. Por exemplo, se anseia-se um artigo de 2007, não deve-se procurar por 2007 no título do artigo; se quer-se um artigo sobre mal de Alzheimer, não deve-se procurar por Alzheimer no campo Autor. O campo que desejamos procurar o termo de busca deverá ser escrito logo após este, entre colchetes. Por exemplo, para procurar por artigos publicados em 2007, deve-se usar: 2007[Publication date]

8 8 ou seja, 2007 no campo Publication date (data de publicação). Se ainda quiser-se procurar por artigos sobre poluição do ar publicados em 2007: air pollution AND 2007[Publication date] Em geral, a adição de termos à busca (refinamento) é definida pelo número de resultados obtidos. Se objetivar mais resultados do que o número esperado, devemos considerar o refinamento, ou seja, adição de termos ou especificação de campos de busca. No caso acima, se tivéssemos encontrado muitos resultados com o exemplo, poderíamos restringir a buscar por air pollution somente no título do artigo (campo Title ): air pollution[title] AND 2007[Publication date] Ou ainda, procura-se somente por artigos de revisão (campo Publication type, ou tipo de publicação): air pollution[title] AND 2007[Publication date] AND review[publication type] A essa altura, você deve estar se perguntando como decorar os nomes de todos os campos possíveis de busca. Para isso e para ajudar a montar nosso termo de busca, com argumentação Booleana e campos de busca, existe a ferramenta Preview/Index em uma das cinco orelhas da página do PubMed mostradas na Figura 1. A ferramenta Preview/Index permite escolher de forma rápida e fácil em qual quer-se procurar o termo, assim como inserir os operadores Booleanos e acompanhar o refinamento de dessa busca.

9 9 Figura 2: Ferramenta Preview/Index. Entre os campos adicionais mostrados na ferramenta Preview/Index, encontra-se uma cortina à esquerda onde se lê All Fields (todos os campos). Deixando esta opção, ter-se-á o mesmo efeito de escrever o termo de busca sem especificação de campo. Ao lado, a caixa de texto para se escreve o termo de busca a ser utilizado e os botões Preview, para efetuar a busca e mostrar somente o número de resultados obtidos, e Index, para mostrar uma lista de termos encontrados com os respectivos números de resultados. Abaixo ( Click ) os botões com os operadores Booleanos AND, OR e NOT, para adicionar o termo da caixa de texto do Preview/Index na caixa de texto principal, utilizando o operador Booleano escolhido. Para refazer a busca do exemplo anterior, devemos proceder da seguinte maneira: i) Escrever o termo de busca na caixa de texto e selecionar o campo desejado: Figura 3: Ferramenta Preview/Index. ii) Clicar no operador AND :

10 10 Figura 3B: Ferramenta Preview/Index. Repare que o termo, já com o campo entre colchetes foi transferido automaticamente para a caixa de texto principal, no alto da página. iii) Adicionar o segundo termo de busca, escolher o campo de busca e clicar no operador desejado: Figura 3C: Ferramenta Preview/Index. E assim por diante, até a busca estar montada. Há, ainda, a possibilidade de acompanhar-se o número de resultados de nossa busca enquanto se adicionar termos. Para isso, basta clicar no botão Preview ao lado da caixa de texto principal, onde o termo de busca está sendo montado. Por exemplo, se adiciona-se somente o primeiro termo ( air pollution[title] ) e clicarmos em Preview, obtem-se o seguinte resultado: Figura 4: Previsão do resultado da busca.

11 11 Abaixo ( Search ), a ferramenta mostra sua busca, na mesma linha, a hora e o número de resultados obtidos. Neste caso, a busca encontrou 4755 artigos com o termo air pollution no título. Pode-se então adicionar, um a um, os outros termos e acompanhar o refinamento da busca: Figura 5. Detalhe dos resultados do refinamento da busca. Repare que a adição do refinamento para a busca de artigos publicados em 2007 reduziu o número de resultados para 29 e a adição do termo revisão reduziu para zero. Isso significa que forma encontrados 29 artigos publicados em 2007 contendo o termo air pollution no título, mas nenhum deles é um artigo de revisão. Quando se deseja, então, visualizar no resultado, basta clicar no número mostrado à direita. Esta ação terá o mesmo efeito de clicar no botão Go no alto da página, ou seja, mostrará os artigos resultantes da busca: Figura 6: Resultado da busca bibliográfica.

12 12 A página de resultados mostra uma lista com sumários dos artigos encontrados. No alto, as opções Display, Show, Sort by e Send to podem ser alteradas. Display dá opções da forma de visualização do resultado. Entre as formas mais comuns estão: Summary sumário, mostra as principais informações do artigo, como: autores, título, referência, número de registro; Brief mostra as informações de forma altamente resumida: primeiro autor, início do título e número de registro; Abstract e Abstract plus mostram os resumos dos artigos. Citation mostra as referências citadas pelo artigo; Related articles mostra artigos relacionados ao encontrado. E muitas outras opções igualmente úteis que podem ser amplamente exploradas pelo usuário. A cortina Show seleciona o número de resultados que deve ser mostrado em cada página. A cortina Sort by altera a ordem em que os resultados são mostrados, podendo ser em ordem de data de publicação, nome do primeiro ou do último autor ou pelo nome da revista. Por definição, os artigos resultantes são mostrados por ordem de publicação. Finalmente, a cortina Send to traz opções de exportação dos resultados. As principais são: Text exibe os resultados em texto plano, sem formatação; File grava os resultados no disco rígido, em texto plano; Printer imprime os resultados; Clipboard copia os resultados para a área de transferência; abre a ferramenta de envio dos resultados por correio eletrônico. Quaisquer alterações feitas nas opções afetarão os artigos selecionados pela caixa de seleção à esquerda de cada resultado. Se nenhum artigo for selecionado, as alterações serão feitas em todos os artigos. Ao lado de cada resultado, há um ícone no formato de uma página de artigo. Esse ícone se trata de um link para o resumo do artigo e traz um código importante sobre a disponibilidade do artigo por meio eletrônico. A B C D Figura 6: Códigos de disponibilidade dos artigos no PubMed.

13 13 Duas páginas em branco: somente o título do artigo disponível (Figura 6A). Sem resumo. Duas páginas com pequeno texto (Figura 6B): somente o resumo disponível. Várias páginas com cabeçalho verde (Figura 6C): texto completo disponível de graça na página da editora. Várias páginas com cabeçalho verde e laranja (Figura 6D): texto completo, disponível de graça na página da editora e no PubMed Central. Em geral, mesmo quando o artigo apresenta o símbolo de resumo disponível, o texto completo pode ser encontrado na página da editora mediante compra do artigo avulso. Adicionalmente, instituições públicas de ensino e pesquisa, assim como algumas instituições privadas, possuem acesso livre ao conteúdo de várias revistas, por meio do portal de periódicos da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). Quando o texto completo está disponível de graça, basta clicar no ícone o nome dos autores para visualizar o resumo do artigo. Na página do resumo, logo abaixo da referência do artigo ou no canto superior direito, vem o ícone da editora. Ao clicar nesse ícone, verifica-se o transporte para o endereço da editora, onde o artigo pode ser baixado no formato de documento portátil (PDF). Figura 7: Resumo do artigo mostrando no alto à direita o link para o texto completo na editora e no PubMed Central respectivamente.

14 14 É muito importante extrair o máximo possível das potencialidades desta ferramenta. Mesmo que a princípio pareça trabalhoso e desnecessário, o uso demonstra que as estratégias certas ajudam a tornar o resultado da busca muito mais eficiente em termos de abrangência do tema e relevância dos resultados. Com a escolha dos termos adequados e a utilização das estratégias descritas neste artigo, acredita-se que os resultados das buscas e revisões bibliográficas não poderão ser outras o sucesso. Boa sorte! Referências PUBMED TUTORIAL. Disponível em: < Acesso em: 08 jun