Ciência aberta na prática: Reproducibilidade, notebooks e tudo mais. Luiz Irber Michigan State University

Transcrição

1 Ciência aberta na prática: Reproducibilidade, notebooks e tudo mais Luiz Irber Michigan State University

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3 Meu primeiro projeto Efeitos de feromônios em insetos Software disponível para Windows portar para Linux Borland C++ Builder/Kylix Python + GStreamer Sourceforge! ~

4 SACAM SACAM

5 Python Brasil Primeira participação: Recém-formado "A gente tem um supercomputador novo e precisamos de engenheiros, tá a fim?"

6 Tupã

7 Modelagem climática Modelagem climática: processos envolvidos

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9 Desenvolvimento Modelo escrito em Fortran Equipe quatro integrantes inicialmente cresceu para mais de quinze Como organizar o processo?

10 Desenvolvimento Sistema de controle de versões Mercurial Redmine Google docs Lista de

11 Thalassa Edição da grade oceânica Python Numpy + Matplotlib + Basemap + PyQt Windows, OS X, Linux

12 Um grande designer de UI =P

13 Integração contínua Bosun Fabric Jenkins monitorar o repositório disparar os scripts monitorar os status dos builds/runs

14 Operacionalização Execução diária Formatação dos dados Entradas Saídas Bosun Python ~> Bash Vários truques novos

15 Validação do modelo Modelo gera resultados condizentes com a realidade? Validação é necessária para disponibilização do modelo Análise humana leva muito tempo E necessita de uma equipe muito maior Testes Comparar com medições Avaliar numericamente quão bom está Como fazer?

16 Buscando alternativas Mercado Ambiente técnico fantástico, mas... Qual o objetivo? Academia 'level up' Muita autorreflexão Seguir na modelagem?

17 Bioinformática?

18 Bioinformática?

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20 Bioinformática! Chicken genome improvement project Regiões não mapeadas Microcromossomos khmer: HyperLogLog estimativa de cardinalidade Treinamento Software Carpentry undergrads 'pair support'

21 (slide: Titus Brown)

22 (slide: Titus Brown)

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24 (slide: Titus Brown)

25 (slide: Fernando Perez)

26 Better science through superior software (slide: Titus Brown)

27 Licença e Makefile!

28 Um notebook por passo

29 Hmmmm.

30 Visualizando notebooks

31 Explicações, código e comandos

32 Figuras também!

33 (slide: Fernando Perez)

34 (slide: Fernando Perez)

35 Reproducibilidade em Ciência da Computação "Can a CS student build the software within 30 minutes, including finding and installing any dependent software and libraries, and without bothering the authors?"

36 Measuring Reproducibility in Computer Systems Research

37 Measuring Reproducibility in Computer Systems Research

38 (slide: Fernando Perez)

39 Open source como exemplo "It should be possible to reproduce, byte for byte, every build of every package in Debian." (quantos anos até o projeto Debian ter estrutura suficiente para isso?)

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41 (slide: Fernando Perez)

42 Make it work, then make it better Soluções de baixo atrito Pessoas devem ser capazes de usar! e entender! Makefile Pipeline Scripts código reusável Notebooks Análise Figuras "Amarrar"

43 Treinamento Como ensinar pensamento computacional para cientistas? Como evitar "push button research"?

44 Software Carpentry organização sem fins lucrativos voluntários ensinar habilidades computacionais básicas para fazer cientistas mais produtivos e seu trabalho mais confiável a longo prazo Workshops curtos (e intensos!) organização de programas, controle de versões, testes e automação de tarefas.

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