UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS MINISTÉRIO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA CONSELHO NACIONAL DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA

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1 UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS MINISTÉRIO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA CONSELHO NACIONAL DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA PLATAFORMA DE SEQUENCIAMENTO DE NOVA GERAÇÃO NGS-SOLID : SEQUENCIAMENTO, MONTAGEM E ANOTAÇÃO DE UM GENOMA BACTERIANO 30/08 10/09/2010 COORDENAÇÃO: DR. VASCO ARISTON DE CARVALHO AZEVEDO DR. ARTUR LUIZ DA COSTA DA SILVA DRA. MARIA PAULA CRUZ SCHNEIDER REALIZAÇÃO FINANCIAMENTO APOIO CERTIFICAÇÃO

2 Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração NGS-SOLiD : Sequenciamento, montagem e anotação de genomas bacterianos PROGRAMAÇÃO LOCAIS: AUDITÓRIO RIO GUAMÁ - PRÉDIO DO CENTRO DE CAPACITAÇÃO - CAPACIT -( CAMPUS BÁSICO DA UFPA BLOCO M LABORATÓRIO DE INFORMÁTICA MB SEGUNDA-FEIRA (30/08/2010) 08:00-09:00 Credenciamento dos alunos do curso Entrega de material 09:00-09:40 Abertura Prof. Artur Silva (Prof. Dr. Associado, Universidade Federal do Pará, UFPA) Secretário de Ciência e Tecnologia, Reitor, Vice reitor, Coordenador PPGBM e coordenadores do curso. 9:40-10:10 Coffee break 10:10-11:00 Palestra Dra. Ana Guaraldi (Profa. Dra. Adjunto, Universidade Estadual do Rio de Janeiro, UERJ) Corinebacterioses 11:00-11:50 Palestra Dr. Raphael Hirata Junior (Prof. Dr. Adjunto, Universidade Estadual do Rio de Janeiro, UERJ) Mecanismos de Virulência do gênero Corynebacterium 14:00-14:50 Palestra Dr. Andreas Tauch (PD Dr. Universidade de Bielefeld, CeBiTech - Alemanha) - Genomics of pathogenic Corynebacteria from human infections 14:50-15:20 Palestra Msc. Eva Trost (Universidade de Bielefeld, CeBiTech - Alemanha) - Pangenomics of Corynebacterium diphtheria 15:20-16:10 Palestra Dr. Mohammad Salah (Biólogo Molecular, PhD, Biotechnology Center for Services & Researches (BCSR), Veterinary College, Cairo University) OSD in Buffaloes 16:10-16:30 Intervalo 16:30-17:20 Palestra Dr. Andreas Tauch (PD Dr. Universidade de Bielefeld, CeBiTech - Alemanha) The transcriptional regulatory network of Corynebacterium glutamicum: regulators, modules and interactions 17:20-18:10 Palestra Msc. Eva Trost (Universidade de Bielefeld, CeBitech - Alemanha) Genome sequence analysis of Corynebacteria from the humna microflora, a natural source of (fatal) infections 18:10-19:00 Palestra Dr. Artur Silva (Prof. Dr. Associado, Universidade Federal do Pará, UFPA) De Sanger a SOLiD 19:00 Coquetel TERÇA-FEIRA (31/08/2010) 09:00-09:50 Palestra Dr. Prof. Dr. Luis Pacheco (Prof. Adjunto, Universidade Federal da Bahia, UFBA) Estrutura e Plasticidade do Genoma Bacteriano 09:50-10:40 Palestra Prof Dr. John McCulloch (Prof. Dr. Adjunto, Universidade Federal do Pará, UFPA) Estratégias de Sequenciamento Automático de DNA de Nova Geração (Principais Tecnologias NGS) 11:10-12:00 Palestra Dr. Rodrigo Benevides (The Life Technologies) Plataforma SOLiD System: Panorama e Aplicações

3 14:00-14:50 Palestra Prof. Dr. Luis Pacheco (Prof. Adjunto, Universidade Federal da Bahia, UFBA) Metodologias de Construção de Bibliotecas 14:50-19:00 Prática: Laboratório LPDNA Utilização da plataforma SOLiD Preparação de bibliotecas pareadas (Fragmentação de DNA) e início do Sequenciamento utilizando a plataforma SOLiD (Silvanira). (3:40 horas) 16:00-16:30 Intervalo QUARTA-FEIRA (01/09/2010) 09:00-10:30 Palestra Prof. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) Análises automáticas de nova geração 10:30-11:00 Intervalo 11:00-12:00 Prática Laboratório de Bioinfomática Prof. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) Fundamentos de Informática Conceitos básicos de Linux e hardware (1:00 hora) Tarde (Laboratório de Bioinfomática) 14:00-19:00 Prática Laboratório de Bioinfomática Federal de Minas Gerais, UFMG) Uso do sistema operacional Linux em análises biológicas. (4:30 horas) QUINTA-FEIRA (02/09/2010) 09:00-10:15 Prática Laboratório LPDNA Silvanira Barbosa Sequenciamento de um genoma bacteriano utilizando a plataforma SOLiD 10:15-10:55 Palestra Prof. Dra. Sylvia Cardoso Leão (Profa. Associada, Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP) O gênero Mycobacterium pré- e pósgenoma 10:55-11:10 Intervalo 11:10-12:00 Palestra Prof. Dr. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) Bancos de dados de genomas Tarde (Laboratório de Bioinfomática) 14:00-19:00 Prática Laboratório de Bioinfomática Federal de Minas Gerais, UFMG) Alinhamento de sequências e análises de genomas (4:30 horas) 16:00-16:30 Intervalo SEXTA-FEIRA (03/09/2010) 09:0-09:50 Palestra Dr. Todd Michael (Rutgers University, Piscataway, New Jersey) Bioinformatics tools (filtering and de novo) 09:50-10:40 Palestra Prof. Dr. Ariel Amadio (Institute of Microbiology and Agricultural Zoology - Argentina) Montagem de Genomas utilizando dados de NGS 10:40-11:10 Intervalo 11:10-12:00 Palestra Dr. Todd Michael (Rutgers University, Piscataway, New Jersey) RNA-seq in Maize Tarde (Prática Laboratório de Bioinformática) 14:00-19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Federal de Minas Gerais, UFMG) Banco de dados biológicos: utilização em análise de genomas (4:30 horas) SÁBADO (04/09/2010) 09:00-13:00 Prática Laboratório de Bioinformática Agricultural Zoology - Argentina) Montagem de Genomas utilizando dados de NGS (4:00 horas)

4 SEGUNDA-FEIRA (06/09/2010) 09:00-09:50 Palestra Prof. Dr. Ariel Amadio (Institute of Microbiology and Agricultural Zoology - Argentina) Pipelines de Anotação Automática de genomas bacterianos 09:50-10:40 Palestra Msc. Anderson Rodrigues dos Santos (Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) Bancos de dados relacionais para Montagem e Anotação de Genomas 11:10-11:35 Palestra Louise Teixeira Cerdeira (Universidade Federal do Pará, UFPA) Montagem de novo NGS utilizando biblioteca mate-pair 11:35-12:00 Palestra Rommel Thiago Jucá Ramos (Universidade Federal do Pará, UFPA) Tratamento de sequências genômicas e finalização de montagens utilizando NGS 14:00-19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Msc. Anderson Rodrigues dos Santos (Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) Montagem e Anotação de Genomas (Anotação Automática de Genomas) (4:30 horas) TERÇA-FEIRA (07/09/2010) 09:00-09:50 Palestra Dra. Syeda Marriam Bakhtiar, (Wilhelm Johannsen Centre for Funcional Genome Research, Universidade de Copenhague, Dinamarca) Genome Sequencing by SOLEXA and Affymetrix SNP6 09:50-10:40 Palestra Dr. Jan Baumbach (Max Planck Institute for Informatics, Alemanha) Identification of functionally related proteins with Transitivity Clustering Dr. Jan Baumbach (Max Planck Institute for Informatics, Alemanha) "On the detection of functionally related proteins with Cytoscape & Transitivity Clustering" (1:00 hora) 12:10-14:00 Almoço 14:00 19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Msc. Vívian D Afonseca da Silva (Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) Workshop Montagem e Anotação de Genomas (Anotação Funcional de Genomas) (4:30 horas) QUARTA-FEIRA (08/09/2010) Manhã Prática 09:00 12:00 Prática Laboratório de Bioinformática Montagem e Anotação de Genomas (Anotação Funcional de Genomas) (3:00 horas) 14:00 15:00 Palestra Dr. Jan Baumbach (Max Planck Institute for Informatics, Alemanha) Interspecies transfer of bacterial gene regulatory networks - On the power of evolutionary conservation 15:00 16:00 Palestra Msc. Siomar de Castro Soares (Pós-Graduação em Genética UFMG) Predição de ilhas de Patogenicidade em genomas bacterianos 16:30 19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Montagem de Genomas (Anotação Funcional de Genomas) (2:30 horas) 11:10-12:10 Prática Laboratório de Bioinformática

5 QUINTA-FEIRA (09/09/2010) Manhã Laboratório de Bioinformática 09:00 12:00 Prática Laboratório de Bioinformática Montagem de Genomas (Anotação Funcional de Genomas) (3:00 horas) 14:00 15:00 Palestra Prof Dr. Horácio Schneider (Vice-reitor, Universidade Federal do Pará) XXXXXXXXX 16:30 19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Prof Dr. Horácio Schneider (Vice-reitor, Universidade Federal do Pará) Workshop Montagem de Genomas (Análises Filogenéticas / Anotação Funcional de Genomas) (2:30 horas) SEXTA-FEIRA (10/09/2010) Manhã Laboratório de Bioinformática 09:00-09:50 Palestra Profa. Dra. Tereza Cristina Corvelo (Profa. Associada, Universidade Federal do Pará, UFPA) MHC 09:50 12:00 Prática Laboratório de Bioinformática Profa. Dra. Tereza Cristina Corvelo (Profa. Associada, Universidade Federal do Pará, UFPA) Workshop Montagem de Genomas (Predição insilico de epítopos imunogênicos / Submissão de genomas ao NCBI) 14:00 16:00 Prática Laboratório de Bioinformática Msc. Síntia Silva de Almeida (Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) Workshop Montagem de Genomas (Predição insilico de epítopos imunogênicos / Submissão de genomas ao NCBI) 16:30 17:30 Palestra Dr. Artur Silva (Prof. Dr. Associado, Pós Graduação em Genética UFPA) Direções futuras na pesquisa Genômica 17:30 19:00 Encerramento