Bioinformática. Tipos de Bases de Dados (BD) Principais BD Primárias. Bases de dados Não-Redundantes. 3 - Bases de dados
|
|
- Neusa Caldas Porto
- 8 Há anos
- Visualizações:
Transcrição
1 Tipos de Bases de Dados (BD) Bioinformática 3 - Bases de dados Primárias: sequência de ácidos nucleicos e proteínas com vários níveis de anotação Primárias compostas: combinações de várias bases de dados primárias de sequências Exemplo: bases de dados não redundantes Secundárias: derivadas das primárias: ex. Bases de dados de domínios proteicos e alinhamentos múltiplos de domínios conservados Secundárias compostas: combinações de várias bases de dados secundárias tais como bases de dados de dmínios proteicos que usam a informação dos domínios de outras bases de dados 2 Principais BD Primárias Bases de dados Não-Redundantes Ácidos nucleicos National Center for Biotechnology (NCBI), European Molecular Biology Laboratory (EMBL) at the European Bioinformatics Institute (EBI) DNA Database of Japan (DDBJ) Proteínas CDS (coding sequence) tradução do GenBank Swiss-Prot: base de dados referência para investigação na área das proteínas TrEMBL (Translated EMBL): tradução da CDS da BD EMBL UniProt (the Universal Protein Resource) A maioria das organizações possui BD não redundantes que combinam as diferentes sequências de diferentes BDs de modo a obter um conjunto de sequências coerente. Algumas BDs não-redundantes simplesmente eliminam sequências idênticas, outras incluem uma entrada representativa para um conjuno de sequencias relacionadas. A BD não redundante de proteínas ( nr ) do NCBI elimina somente sequências identicas. Reference Sequence (RefSeq) no NCBI e UniRef (parte do UniProt no EMBL) são BDs não redundantes. UniRef oferece versões com máximos de 100%, 90%, e 50% de identidade (
2 Bases de dados Secundárias Contêm resultados de análises feitas a BDs primárias Podem ser de polipéptidos (pp) e conterem padrões, motivos, domínios, com representações de regiões conservados nas sequências de a.a. BDs de estruturas proteicas O maior repositório de estruturas proteicas 3D encontra-se na Protein Data Bank (PDB): The PDB archive contains information about experimentally-determined structures of proteins, nucleic acids, and complex assemblies. Exemple: Interpro ( is an integrated database of predictive protein signatures used for the classification and automatic annotation of proteins and genomes. InterPro classifies sequences at superfamily, family and subfamily levels, predicting the occurrence of functional domains, repeats and important sites. BDs secundárias de DNA contêm padrões como locais de restrição, sequências de promotores, locais de ligação a proteínas, repetições, etc. 5 6 Outros tipos de BDs Microarrays Genomas e análise comparativa de genomas Organização dos genomas permitindo comparações com as estruturas dos cromossomas e a sintenia entre espécies Expressão génica Resultados de experiências com microarrays The ArrayExpress Archive is a database of functional genomics experiments including gene expression where you can query and download data Gene Expression Omnibus at NCBI Comparative RNA Web Site
3 Microarrays Principais BDs de nucleótidos em Bioinformática GenBank (NCBI) Nucleotide Sequence Database (EMBL) DNA Databse of Japan (DDBJ) NCBI National Center for Biotechnology Information Últimas estatísticas do NCBI Ano Nº. Pares Bases Nº Seq ,101,066,288 10,106, ,849,921,438 14,976, ,507,990,166 22,318, ,575,745,176 40,604, ,019,290,705 64,893, ,116,431,942 98,868,465 15/2/ ,384,889, ,819, Fev ,141,354, ,886,727 3
4 Entrez Bases de dados integradas Expressed Sequence Tags database Divisão do GenBank que contém sequências de cdna ou "Expressed Sequence Tags", pertencentes a determinados organismos Um EST é uma sequência específica de um exão de pb que foi sujeita a transcrição reversa do mrna Um EST representa uma parte de um gene: Há bibliotecas específicas de tecidos, de condições ambientais específicas de fase de desenvolvimento, etc. 16 Expressed Sequence Tags A collection of curated, non-redundant genomic DNA, transcript (RNA), and protein sequences produced by NCBI. RefSeqs provide a stable reference for genome annotation, gene identification and characterization, mutation and polymorphism analysis, expression studies, and comparative analyses. The RefSeq collection is accessed through the Nucleotide and Protein databases
5 A public registry of nucleic acid reagents designed for use in a wide variety of biomedical research applications, together with information on reagent distributors, probe effectiveness, and computed sequence similarities. Genome Survey Sequences Database The GSS database is a collection of unannotated short single-read primarily genomic sequences from GenBank including random survey sequences clone-end sequences and exon-trapped sequences. Esta divisão contêm os seguintes tipos de dados: Sequências que resultaram da leitura somente de uma das cadeias de DNA Sequências das extremidades de cosmídeos, BACs e YACs Sequências genómicas contidas entre exões Sequências alvo de transposões Sites importantes a explorar
6 Ficheiros de sequências em formato FASTA É o formato mais comum para guardar sequências em ficheiros e para submetê-los a aplicações bioinformáticas 1ª Linha linha com a descrição da informação; TEM QUE COMEÇAR COM o caracter > O 1º campo tem que ser único de modo a poder comparar diferentes sequências em ficheiros diferentes As linhas seguintes possuem a sequência Admite espaçoes em branco e linhas vazias Não admite algarismos Um ficheiro pode conter várias sequências ; O início de cada sequência é identificado e reconhecido pela linha de definição que começa sempre por > EMBL
7 E muito mais... DDBJ Para informação mais completa visitar O seguinte local possui importantes recursos educacionais em Bioinformática
8 Ligações entre bases de dados INSDC ( Colaboração Internacional entre bases de dados de sequências TIGR - The Institute for Genomic Research Mais locais importantes Responsável pelas duas sequenciações completas de genomas de bactérias em 1995 Hoje englobado no J. Craig Venter Institute Compreende múltiplas bases de dados incluindo importantes recursos em genomas microbianos; Genómica Vegetal incluindo o genoma de A. thaliana; vários parasitas; fungos bactérias de ruminantes. Disponibilização de vários softwares ExPASy Expert Protein Analysis System Compreende: Análise de sequências proteicas e respectivas estruturas BDs Ferramentas e softwares bioinformáticos FTP server para BDs e software Links para os servers mais importantes e listagem destes servers
9 ExPASy Expert Protein GFP - Green Fluorescent Protein 1. Go to Genbank in 2. Search for GFP in Nucleotide database 3. This search retrieves to many results 1. How many results were retrieved? 2. How many results did you obtained in each category? 1. All, bacteria, RefSeq, mrna, EST, GSS? 3. Identify three other databases and defined them 4. Limit your search for gene 1. How many results did you obtained? GFP - Green Fluorescent Protein 1. Go to the M62653 entry and explore it. 1. Answer the following questions: 1. Which is the Latin name of the organism from where the GFP gene was sequenced? 2. Which is the taxonomy for this species? 3. How many entries are in the nucleotide DB for this species? 4. And how many proteins? 5. And How many structures? 6. How many versions are for this accession? 7. Which is the GI? 8. How many nucleotides have this sequence? 9. From what biological material was obtained this sequence? 10. How many aminoacids has the protein? 11. Write the bibliographic reference associated with this entry. 9
Banco de Dados aplicado a Sistemas Biológicos
Dados Biológicos Banco de Dados aplicado a Sistemas Biológicos A internet mudou a maneira como os cientistas compartilham os dados e possibilitou que um depósito central de informações atendesse totalmente
Leia maisIntrodução ao SRS Sequence Retrieval System. Marcelo Falsarella Carazzolle
Introdução ao SRS Sequence Retrieval System Marcelo Falsarella Carazzolle Resumo Motivação Introdução Bancos de Dados Ferramentas de bioinformática SRS Exemplos Motivação Existem muitos bancos de dados
Leia maisBioinformática. Licenciaturas em Biologia, Bioquímica, Biotecnologia, Ciências Biomédicas, Engenharia Biológica. João Varela jvarela@ualg.
Bioinformática Licenciaturas em Biologia, Bioquímica, Biotecnologia, Ciências Biomédicas, Engenharia Biológica João Varela jvarela@ualg.pt Docentes Paulo Martel (alinhamentos, pesquisas de sequências em
Leia maisBANCO DE DADOS BIOLÓGICOS Aula 11
BANCO DE DADOS BIOLÓGICOS Aula 11 Estudo dirigido 1. O que fazer com uma sequência de DNA? 2. Bancos de dados públicos e internacionais: GenBank, ENA, DDBJ; 3. NCBI; EMBL; DDBJ; 4. Sequências completas
Leia maisAnotação de Genomas. Fabiana G. S. Pinto
Anotação de Genomas Fabiana G. S. Pinto Obtenção de Seqüências geradas pelo MegaBace 1000 Dados brutos (medidas analógicas) de saída do seqüênciamento Base calling BIOINFORMÁTICA * PHRED: - Transforma
Leia maisTurma de terça-feira 14 hs. Total: 31 alunos
n. alunos Turma de terça-feira 14 hs 14 Distribuição de notas 12 10 8 6 4 2 Média = 6,7 0 0 -- 2 2 -- 4 4 -- 6 6 -- 8 8 -- 10 notas 18 alunos Total: 31 alunos BANCO DE DADOS BIOLÓGICOS Aula 12 Estudo dirigido
Leia maisUniversidade Federal de Pelotas Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel Programa de Pós-Graduação em Agronomia CENTRO DE GENOMICA E FITOMELHORAMENTO
Universidade Federal de Pelotas Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel Programa de Pós-Graduação em Agronomia CENTRO DE GENOMICA E FITOMELHORAMENTO Introdução à Bioinformática Professores: Luciano Maia Antonio
Leia maisBusca em banco de dados
Busca em banco de dados Busca em banco de dados A quantidade imensa de dados existentes nos bancos públicos torna critica a existência de ferramentas eficientes que permitam a recuperação de dados desejados
Leia maisBusca em banco de dados
Busca em banco de dados Busca em banco de dados A quantidade imensa de dados existentes nos bancos públicos torna critica a existência de ferramentas eficientes que permitam a recuperação de dados desejados
Leia maisBanco de Dados Biológicos
Pontifícia Universidade Católica de Goiás Departamento de Biologia Disciplina: Bioinformática Bio1015 Banco de Dados Biológicos Prof. Macks Wendhell Gonçalves, Msc mackswendhell@gmail.com INTRODUÇÃO BANCO
Leia maisO surgimento da Bioinformática Banco de Dados Biológicos
Rede de Biodiversidade e Biotecnologia da Amazônia Legal Programa de Pós-Graduação da Bionorte FUNDAÇÃO UNIVERSIDADE FEDERAL DE RONDÔNIA NÚCLEO DE SAÚDE DEPARTAMENTO DE MEDICINA PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO
Leia maisBases de Dados. Freqüentemente usadas em. Bioinformática
Bases de Dados Freqüentemente usadas em Bioinformática Ana Carolina Q. Simões anakqui@yahoo.com Organização da aula NCBI Translate tool Genome Browser EBI SwissProt KEGG Gene Ontology SMD Revistas relevantes
Leia maisANÁLISE GENÔMICA, MAPEAMENTO E ANÁLISE DE QTLs
ANÁLISE GENÔMICA, MAPEAMENTO E ANÁLISE DE QTLs João Meidanis Scylla Bioinformática e UNICAMP III Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas Gramado, RS Maio 2005 MINI-CURSO - AGENDA 1. Primeiro Dia
Leia maisIdentificação de Padrões em Proteínas Utilizando a Ferramenta de Bioinformática CD- Search
4ª Jornada Científica e Tecnológica e 1º Simpósio de Pós-Graduação do IFSULDEMINAS 16, 17 e 18 de outubro de 2012, Muzambinho MG Identificação de Padrões em Proteínas Utilizando a Ferramenta de Bioinformática
Leia maisANÁLISE GENÔMICA, MAPEAMENTO E ANÁLISE DE QTLs
ANÁLISE GENÔMICA, MAPEAMENTO E ANÁLISE DE QTLs João Meidanis Scylla Bioinformática e UNICAMP III Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas Gramado, RS Maio 2005 MINI-CURSO - AGENDA 1. Primeiro Dia
Leia maisCurso de Verão 2012 - Bioinformática
Curso de Verão 2012 - Bioinformática Bancos de Dados Biológicos Márcio K. Oikawa - UFABC marcio.oikawa@ufabc.edu.br Agenda Introdução: O que são bancos de dados? Por que são importantes? Bancos de dados
Leia maisBioinformática. João Varela jvarela@ualg.pt. Aula T4 CURSOS EM BIOLOGIA, BIOQUÍMICA, BIOTECNOLOGIA, CIÊNCIAS BIOMÉDICAS E ENGENHARIA BIOLÓGICA
Bioinformática CURSOS EM BIOLOGIA, BIOQUÍMICA, BIOTECNOLOGIA, CIÊNCIAS BIOMÉDICAS E ENGENHARIA BIOLÓGICA João Varela jvarela@ualg.pt Aula T4 Esquema de anotação Annothaton 1. Determinar a localização das
Leia maisBioinformática Aula 01
Bioinformática Aula 01 Prof. Ricardo Martins Ramos * * Doutorando em Genética e Toxicologia Aplicada CEFET-PI/ULBRA-RS Linha de Pesquisa Bioinformática Estrutural E-mail: ricardo@cefetpi.br Visão Holística
Leia maisBancos de dados de biomacromoléculas e recuperação de informação
Bancos de dados de biomacromoléculas e recuperação de informação O fluxo da informação genética cirauqui@pharma.ufrj.br Bancos de dados Bancos de dados Ferramenta de extração de informação 1 Bancos de
Leia maisDezembro - 2006. Bioinformática. e Anotação. Eduardo Fernandes Formighieri Laboratório de Genômica e Expressão / UNICAMP
Dezembro - 2006 Bioinformática e Anotação Eduardo Fernandes Formighieri Laboratório de Genômica e Expressão / UNICAMP Hoje 1. Introdução à Genômica 2. Introdução à Bioinformática 3. Introdução à Anotação
Leia maisVersão 0.3 Capítulo 5. Bancos de dados. Estrutura e modelos de dados
Versão 0.3 Capítulo 5 Bancos de dados Estrutura e modelos de dados Banco de dados, em uma definição geral, é uma coleção dados inter-relacionados que representa algum aspecto do mundo real ou um subconjunto
Leia maisBioinformática. Licenciaturas em Biologia, Bioquímica, Biotecnologia, Engenharia Biológica. João Varela
Bioinformática Licenciaturas em Biologia, Bioquímica, Biotecnologia, Engenharia Biológica João Varela jvarela@ualg.pt Docentes João Varela (bioinformática: conceitos, bases de dados, aplicações, pesquisa
Leia maisCONTROLE DO METABOLISMO GENES
CONTROLE DO METABOLISMO GENES 10/06/15 1º ANO - BIOLOGIA 1 ESTRUTURA DO GENE Segmentos (pedaços) da molécula de DNA, o constituinte dos nossos cromossomos, onde estão inscritas receitas (códigos genéticos)
Leia maisTESTE ESCRITO. Written test. MGSIM Management of Medical Information Systems Bioinformática Avançada Advanced Bioinformatics
TESTE ESCRITO Written test MESTRADO MASTER: UNIDADE CURRICULAR DISCIPLINE MGSIM Management of Medical Information Systems Bioinformática Avançada Advanced Bioinformatics ANO YEAR: SEMESTRE SEMESTER DATA
Leia maisEquipe de Biologia. Biologia
Aluno (a): Série: 3ª Turma: TUTORIAL 5B Ensino Médio Equipe de Biologia Data: Biologia Ácidos nucléicos Os ácidos nucléicos são moléculas gigantes (macromoléculas), formadas por unidades monoméricas menores
Leia maisReplicação Quais as funções do DNA?
Replicação Quais as funções do DNA? Aula nº 4 22/Set/08 Prof. Ana Reis Replicação O DNA é a molécula que contém a informação para todas as actividades da célula. Uma vez que as células se dividem, é necessário
Leia maisBioinformática aplicada ao estudo e análise de Genes e Genomas Aula Teórico e Prá/ca
Bioinformática aplicada ao estudo e análise de Genes e Genomas Aula Teórico e Prá/ca Prof. Dr. Alessandro de M. Varani Dep. de Tecnologia - UNESP, FCAV Conteúdo da Aula de Hoje Introdução ao GenBank; GOLD
Leia maisNúcleo Celular. Biomedicina primeiro semestre de 2012 Profa. Luciana Fontanari Krause
Núcleo Celular Biomedicina primeiro semestre de 2012 Profa. Luciana Fontanari Krause Núcleo Celular Eucarioto: núcleo delimitado por membrana nuclear (carioteca) Portador dos fatores hereditários e controlador
Leia maisInstituto Superior de Ciências da Saúde-Norte Curso de Bioquímica 2ºAno Projecto Tutorial BIOINFORMÁTICA
Instituto Superior de Ciências da Saúde-Norte Curso de Bioquímica 2ºAno Projecto Tutorial 2006-2007 BIOINFORMÁTICA Bioinformática PROJECTO TUTORIAL YFP YOUR FAVORITE PROTEIN Introdução A bioinformática
Leia maisÁCIDOS NUCLEÍCOS RIBOSSOMO E SÍNTESE PROTEÍCA
ÁCIDOS NUCLEÍCOS RIBOSSOMO E SÍNTESE PROTEÍCA ÁCIDOS NUCLÉICOS: Moléculas orgânicas complexas, formadas polimerização de nucleotídeos (DNA e RNA) pela Contêm a informação que determina a seqüência de aminoácidos
Leia maisDNA barcoding é um método que utiliza um trecho do DNA de cerca de 650 nucleotídeos como marcador para caracterizar espécies. Trata-se de uma sequência extremamente curta em relação à totalidade do genoma,
Leia mais> ESTUDO DO RNA. (C) O ácido nucléico I é DNA e o II, RNA. (D) O ácido nucléico I é RNA e o II, DNA. (E) I é exclusivo dos seres procariontes.
Biologia > Citologia > Sintese Protéica > Alunos Prof. Zell (biologia) (C) O ácido nucléico I é DNA e o II, RNA. (D) O ácido nucléico I é RNA e o II, DNA. (E) I é exclusivo dos seres procariontes. > ESTUDO
Leia maisUNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL: PREDIÇÃO DE ESTRUTURA 3D DE PROTEÍNAS
UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL: PREDIÇÃO DE ESTRUTURA 3D DE PROTEÍNAS 2 BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL Área da bioinformática que se aplica ao estudo da estrutura das moléculas Desafio
Leia maisO DNA é formado por pedaços capazes de serem convertidos em algumas características. Esses pedaços são
Atividade extra Fascículo 2 Biologia Unidade 4 Questão 1 O DNA é formado por pedaços capazes de serem convertidos em algumas características. Esses pedaços são chamados de genes. Assinale abaixo quais
Leia maisO que são domínios protéicos
Domínios protéicos O que são domínios protéicos Domínios protéicos é uma parte da cadeia polipeptídica que pode de enovelar independentemente para formar uma estrutura compacta e estável A existência de
Leia maisSequenciamento de DNA
Sequenciamento de DNA Figure 8-50a Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008) Método de Sanger Reação de síntese de DNA por uma DNA polimerase A incorporação de um dideoxinucleotídeo interrompe
Leia maisPROGRAMA TEÓRICO. 2. O Dogma Central da Biologia Molecular
PROGRAMA TEÓRICO 1. As moléculas da Biologia Molecular: DNA, RNA e proteínas Aspectos particulares da composição e estrutura do DNA, RNA e proteínas. EG- Características bioquímicas dos ácidos nucleicos,
Leia maisOrganização do Material Genético nos Procariontes e Eucariontes
Organização do Material Genético nos Procariontes e Eucariontes Organização do Material Genético nos Procariontes e Eucariontes Procariontes Eucariontes Localização Organização Forma Disperso no citoplasma
Leia maisDOCUMENTO DE APOIO AO ESTUDO BIOLOGIA E GEOLOGIA 11.º
DOCUMENTO DE APOIO AO ESTUDO BIOLOGIA E GEOLOGIA 11.º Avisos 1.EstedocumentoapenasservecomoapoioparcialàsaulasdeBiologiaeGeologia11.ºano Unidade5 lecionadas na Escola Secundária Morgado Mateus(Vila Real)
Leia maisAnálise de Dados de Expressão Gênica
Análise de Dados de Expressão Gênica Ivan G. Costa Filho igcf@cin.ufpe.br Centro de Informática Universidade Federal de Pernambuco Tópicos O que e expressão gênica? Como medir expressão gênica? Aspectos
Leia maisBioinformática. Trabalho prático enunciado complementar. Notas complementares ao 1º enunciado
Bioinformática Trabalho prático enunciado complementar Neste texto, enunciam- se algumas considerações adicionais ao 1º enunciado e uma lista de possíveis tarefas que complementam o enunciado original
Leia maisÁcidos nucléicos. São polímeros compostos por nucleotídeos. Açúcar - pentose. Grupo fosfato. Nucleotídeo. Base nitrogenada
ÁCIDOS NUCLÉICOS Ácidos nucléicos São polímeros compostos por nucleotídeos Açúcar - pentose Nucleotídeo Grupo fosfato Base nitrogenada Composição dos Ácidos nucléicos pentoses: numeração da pentose: pentose
Leia maisSistema Web para Projeto de PCR
Sistema Web para Projeto de PCR Abstract. This paper describes a web system that help the work of molecular biologists, automatizating the steps necessary for preparing a PCR experiment. This system will
Leia maisDO GENE À PROTEÍNA ALGUNS CONCEITOS BASICOS COMO SE ORGANIZAM OS NUCLEÓTIDOS PARA FORMAR O DNA?
DO GENE À PROTEÍNA O processo de formação das proteínas no ser humano pode ser difícil de compreender e inclui palavras e conceitos que possivelmente nos são desconhecidos. Assim, vamos tentar explicar
Leia maisTutorial Introdução a anotação e comparação de genomas Tiago Mendes Doutorando em Bionformática
Tutorial Introdução a anotação e comparação de genomas Tiago Mendes Doutorando em Bionformática Hoje iremos trabalhar com dois programas free desenvolvidos pelo Sanger institute: Artemis e ACT. Artemis
Leia maisHoje estudaremos a bioquímica dos ácidos nucléicos. Acompanhe!
Aula: 2 Temática: Ácidos Nucléicos Hoje estudaremos a bioquímica dos ácidos nucléicos. Acompanhe! Introdução: Os ácidos nucléicos são as moléculas com a função de armazenamento e expressão da informação
Leia maisMEDICINA VETERINÁRIA. Disciplina: Genética Animal. Prof a.: D rd. Mariana de F. Gardingo Diniz
MEDICINA VETERINÁRIA Disciplina: Genética Animal Prof a.: D rd. Mariana de F. Gardingo Diniz TRANSCRIÇÃO DNA A transcrição é o processo de formação de uma molécula de RNA a partir de uma molécula molde
Leia maisAs bactérias operárias
A U A UL LA As bactérias operárias Na Aula 47 você viu a importância da insulina no nosso corpo e, na Aula 48, aprendeu como as células de nosso organismo produzem insulina e outras proteínas. As pessoas
Leia maisColónias satélite: ao fim de 2 dias (a e b) e de 4 (c)
Colónias satélite: ao fim de 2 dias (a e b) e de 4 (c) 1 Regulação da expressão de genes 2 A decisão em iniciar a transcrição de um gene que codifica uma proteína em particular é o principal mecanismo
Leia maisExplorando bancos de dados genômicos e introdução à bioinformática. Guilherme Targino Valente Marcos Tadeu Geraldo. Bioinformática
Explorando bancos de dados genômicos e introdução à bioinformática Guilherme Targino Valente Marcos Tadeu Geraldo 22/07/2011 Bioinformática É a aplicação de estatística e ciência da computação no campo
Leia maisGABARITO BIOLOGIA REVISÃO 01 3 ANO A/B ENSINO MÉDIO
GABARITO BIOLOGIA REVISÃO 01 3 ANO A/B ENSINO MÉDIO Resolução: 01. B 02. E 03. No alantóide da ave há uma rede de capilares sangüíneos onde ocorre a respiração. O principal excreta nitrogenado da ave é
Leia maisBioinformática Aplicada ao Estudo e Análise de Genes e Genomas. Prof. Dr. Alessandro de M. Varani Dep. de Tecnologia - UNESP, FCAV
Bioinformática Aplicada ao Estudo e Análise de Genes e Genomas Prof. Dr. Alessandro de M. Varani Dep. de Tecnologia - UNESP, FCAV Conteúdo Introdução ao GenBank; Introdução ao GOLD (Genomes Online) Database;
Leia maisModelagem por Homologia passo-a-passo. Prof. Rommel Ramos
Modelagem por Homologia passo-a-passo Prof. Rommel Ramos 1 Busca de um candidato a template Para identificar os melhores candidatos a template é necessário fazer o download do banco de dados de estruturas
Leia maisCONHECIMENTOS ESPECÍFICOS
Acerca da bioinformática em geral, julgue os itens subsequentes. 41 A bioinformática pode ser definida como uma área multidisciplinar que envolve principalmente a Biologia, a Ciência da Computação, a Matemática
Leia maisMEDICINA VETERINÁRIA. Disciplina: Genética Animal. Prof a.: Drd. Mariana de F. G. Diniz
MEDICINA VETERINÁRIA Disciplina: Genética Animal Prof a.: Drd. Mariana de F. G. Diniz Gene, é a unidade fundamental da hereditariedade. Cada gene é formado por uma sequência específica de ácidos nucléicos
Leia maisCriado e Desenvolvido por: Todos os direitos são reservados 2015. www.tioronni.com
Criado e Desenvolvido por: Todos os direitos são reservados 2015. www.tioronni.com O NÚCLEO E A SÍNTESE PROTEÍCA O núcleo celular, descoberto em 1833 pelo pesquisador escocês Robert Brown, é uma estrutura
Leia maisUso do calcário no solo Desenvolvimento de pesticidas e fertilizantes. Máquinas a vapor substituindo a força animal
Fepagro em foco Samuel Mazzinghy Alvarenga Histórico recente da Agropecuária Era científica: a partir de ~ 1.700 Rotação de culturas e métodos de cultivo intensivo Drenagem Utilização de arado, máquinas
Leia maisArmazenamento e Disponibilização de dados e metadados PPBio/CENBAM
CENBAM Armazenamento e Disponibilização de dados e metadados PPBio/CENBAM Flávia Fonseca Pezzini Pablo Hendrigo Alves de Melo Rainer Xavier de Amorim Dayane Oliveira (PPBio/CENBAM - INPA) Bancos x Repositórios
Leia maisCurriculum Vitae. Informação pessoal. Experiência profissional. Datas Desde 2013. Datas Desde 2009. Datas De 2009 a 2013. Datas De 2010 a 2013
Curriculum Vitae Informação pessoal Nome completo Nacionalidade Sandra Balseiro Portuguesa Data de nascimento 08/03/1978 Experiência profissional Função ou cargo ocupado Datas Desde 2013 Consultora Marcação
Leia maisBases de dados de interesse biológico
Bases de dados de interesse biológico Pedro Fernandes Instituto Gulbenkian de Ciência Oeiras, Portugal 15-9-2005 LEBM - Bioinformática 1 Bases de dados em Biologia Antes do aparecimento da Biologia Molecular
Leia maisPCR Real-time thermal cycler Standard thermal cycler
PCR Real-time thermal cycler Standard thermal cycler Tópicos (1) Estratégias gerais de estudo de sequências de DNA específicas em populações de DNA complexas Requisitos da reacção de polimerização em cadeia
Leia maisBioinformática. Conceitos Fundamentais de Biologia Molecular. Paulo Henrique Ribeiro Gabriel phrg@ufu.br
Bioinformática Conceitos Fundamentais de Biologia Molecular Paulo Henrique Ribeiro Gabriel phrg@ufu.br Faculdade de Computação Universidade Federal de Uberlândia 24 de agosto de 2015 Paulo H. R. Gabriel
Leia maisRachel Siqueira de Queiroz Simões, Ph.D rachelsqsimoes@gmail.com rachel.simoes@ioc.fiocruz.br
Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro Centro de Ciências Biológicas e da Saúde Casa da Medicina Unidade Gávea Coordenação Central de Extensão EPIDEMIOLOGIA MOLECULAR Rachel Siqueira de Queiroz
Leia maisSoftware para detecção de repetições encadeadas (SSR) em sequências de DNA
Software para detecção de repetições encadeadas (SSR) em sequências de DNA Daniel Xavier de Sousa 1, Wellington Santos Martins 1, and David Bertioli 2 1 Universidade Católica de Goiás, Goiânia, Brasil,
Leia maisPesquisador em Saúde Pública Prova Discursiva INSTRUÇÕES
Bioinformática Pesquisador em Saúde Pública Prova Discursiva 1. Você recebeu do fiscal o seguinte material: INSTRUÇÕES a) Este Caderno de Questões contendo o enunciado das 2 (duas) questões da prova discursiva.
Leia maisProgramas de Alinhamento. Sumário
Programas de Alinhamento Departamento de Genética FMRP- USP Alynne Oya Chiromatzo alynne@lgmb.fmrp.usp.br Sumário Introdução para buscas em base de dados Fasta Blast Programa para alinhamento Clustal 1
Leia maisBIOLOGIA MOLECULAR. Prof. Dr. José Luis da C. Silva
BIOLOGIA MOLECULAR Prof. Dr. José Luis da C. Silva BIOLOGIA MOLECULAR A Biologia Molecular é o estudo da Biologia em nível molecular, com especial foco no estudo da estrutura e função do material genético
Leia maisCURSO SOBRE ACESSO ÀS BIBLIOTECAS ON-LINE DA MEDLINE/PubMed
TUTORIAL PARA ACESSO BIBLIOTECA ON-LINE da MEDLINE/PUBMED CURSO SOBRE ACESSO ÀS BIBLIOTECAS ON-LINE DA MEDLINE/PubMed Este tutorial faz parte do curso de extensão da UNIFESP sobre acesso on-line às publicações
Leia maisMiguel Rocha Dep. Informática - Universidade do Minho. BIOINFORMÁTICA: passado, presente e futuro!!
Miguel Rocha Dep. Informática - Universidade do Minho BIOINFORMÁTICA: passado, presente e futuro!! Bragança, 11 de Maio de 2006 Porquê a Bioinformática?! Novas tecnologias experimentais da Biologia Molecular
Leia maisGenética Humana. Prof. João Ronaldo Tavares de Vasconcellos Neto
Genética Humana Prof. João Ronaldo Tavares de Vasconcellos Neto JAN/2012 Princípios Básicos As proteínas são vinculo entre genótipo e fenótipo; A expressão gênica é o processo pelo qual o DNA coordena
Leia maisÉ uma rede mundial de computadores ligados entre si. INTERNET
INTERNET O QUE É A INTERNET? O QUE É NECESSÁRIO PARA ACEDER À INTERNET? QUAL A DIFERENÇA ENTRE WEB E INTERNET? HISTÓRIA DA INTERNET SERVIÇOS BÁSICOS DA INTERNET 2 1 INTERCONNECTED NETWORK INTERNET A Internet
Leia maisResposta: Interbits SuperPro Web
1. (Fuvest 2012) Uma mutação, responsável por uma doença sanguínea, foi identificada numa família. Abaixo estão representadas sequências de bases nitrogenadas, normal e mutante; nelas estão destacados
Leia maisAvaliação Curso de Formação Pós-Graduada da Biologia Molecular à Biologia Sintética 15 de Julho de 2011 Nome
1 Avaliação Curso de Formação Pós-Graduada da Biologia Molecular à Biologia Sintética 15 de Julho de 2011 Nome 1 - As enzimas de restrição ou endonucleases recebem uma designação que provem (1 valor) a)
Leia maisIBM1029 Introdução à Bioinformática. O Início da Bioinformática 27/03/2017. Aula 2. O Início. Bioionformática: definição
IBM1029 Introdução à Bioinformática Profa Dra Silvana Giuliatti Departamento de Genética FMRP silvana@fmrp.usp.br O Início da Bioinformática Aula 2 O Início Trabalho de Margaret Dayhoff e colaboradores:
Leia maisO fluxo da informação é unidirecional
Curso - Psicologia Disciplina: Genética Humana e Evolução Resumo Aula 3- Transcrição e Tradução Dogma central TRANSCRIÇÃO DO DNA O fluxo da informação é unidirecional Processo pelo qual uma molécula de
Leia maisPrincípios moleculares dos processos fisiológicos
2012-04-30 UNIVERSIDADE AGOSTINHO NETO FACULDADE DE CIÊNCIAS DEI-BIOLOGIA ---------------------------------------------- Aula 5: Princípios moleculares dos processos fisiológicos (Fisiologia Vegetal, Ano
Leia maisPainéis Do Organismo ao Genoma
Painéis Do Organismo ao Genoma A série de 5 painéis do organismo ao genoma tem por objetivo mostrar que os organismos vivos são formados por células que funcionam de acordo com instruções contidas no DNA,
Leia maisRNA: transcrição e processamento
Universidade Federal do Piauí Centro de Ciências Agrárias Programa de Pós-graduação em Genética e Melhoramento Núcleo de Estudos em Genética e Melhoramento Bases Moleculares da Hereditariedade RNA: transcrição
Leia maisCitar e referenciar: gestores de referências bibliográficas. Isabel Marcos Direção de Serviços de Documentação Universidade Aberta Junho de 2015
Citar e referenciar: gestores de referências bibliográficas Isabel Marcos Direção de Serviços de Documentação Universidade Aberta Junho de 2015 Gestores de referências bibliográficas Os gestores de referências
Leia maisBancos de Dados Biológicos. CCM205 Sistema de Bancos de Dados Ugo Henrique Pereira da Silva Professora Maria Camila N. Barioni
Bancos de Dados Biológicos CCM205 Sistema de Bancos de Dados Ugo Henrique Pereira da Silva Professora Maria Camila N. Barioni Banco de Dados Cientificos Bancos de Dados Biológicos Introdução Conceitos
Leia maisDETERMINAÇÃO DA ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL DE PROTEÍNAS POR DIFRAÇÃO DE RAIOS-X
DETERMINAÇÃO DA ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL DE PROTEÍNAS POR DIFRAÇÃO DE RAIOS-X Disciplina: Engenharia de Proteínas Ma. Flávia Campos Freitas Vieira NÍVEIS ESTRUTURAIS DAS PROTEÍNAS Fonte: Lehninger, 2010.
Leia maisAULA 1 ORGANIZAÇÃO CELULAR DOS SERES VIVOS
AULA 1 ORGANIZAÇÃO CELULAR DOS SERES VIVOS Apesar da diversidade entre os seres vivos, todos guardam muitas semelhanças, pois apresentam material genético (DNA) em que são encontradas todas as informações
Leia maisEstrutura e função dos ácidos nucléicos. Profa. Melissa de Freitas Cordeiro-Silva
Estrutura e função dos ácidos nucléicos Profa. Melissa de Freitas Cordeiro-Silva > Polímeros de nucleotídeos Funções: DNA (ácido desoxirribonucléico) : > Armazenar as informações necessárias para a construção
Leia maisPrograma Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática - Universidade de São Paulo
*Tópicos e Bibliografia da Prova de Seleção em Bioinformática Área: Biológicas 1 Estrutura e Função de ácidos nucleicos 1.1 Fluxo da Informação genética 1.2 Blocos estruturais do DNA e RNA 1.3 Níveis de
Leia maisDocumentos. ISSN 0102-0110 Dezembro, 2007 224. O programa BLAST: guia prático de utilização
Documentos ISSN 0102-0110 Dezembro, 2007 224 X O programa BLAST: guia prático de utilização ISSN 0102 0110 Dezembro, 2007 Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia
Leia maisCOMPARAÇÃO DE SEQÜÊNCIAS DE DNA
144 COMPARAÇÃO DE SEQÜÊNCIAS DE DNA PUCCI NETO, João 1 Resumo: A comparação de seqüências é uma operação básica muito importante na área de biologia computacional. Neste trabalho, é implementado um algoritmo
Leia mais((lambda (h q) (list h (list q h) (list q q))) (quote (lambda (h q) (list h (list q h) (list q q)))) (quote quote))
The depressing truth Ultimately, it all comes down to 3 facts: 1.All things eventually disappear. 2.Making copies can delay this. 3.With limited resources, what is left is that which makes good copies
Leia maisEXAME DE BIOLOGIA Prova de Acesso - Maiores 23 Anos (21 de Abril de 2009)
INSTITUTO POLITÉCNICO DE BEJA EXAME DE BIOLOGIA Prova de Acesso - Maiores 23 Anos (21 de Abril de 2009) Nome do Candidato Classificação Leia as seguintes informações com atenção. 1. O exame é constituído
Leia maisAplicações de Escritório Electrónico
Universidade de Aveiro Escola Superior de Tecnologia e Gestão de Águeda Curso de Especialização Tecnológica em Práticas Administrativas e Tradução Aplicações de Escritório Electrónico Folha de trabalho
Leia maisBefore Molecular Biology
Before Molecular Biology 1 2 4 5 DeVries, Correns and Tsechemark 3 Genetic material in the nucleus 6 7 1903 Sutton suggests that genetic information is on chromosomes 1905 Baetson introduces the term genetics
Leia maisobjetivos Complexidade dos genomas II AULA Pré-requisitos
Complexidade dos genomas II AULA 31 objetivos Ao final desta aula, você deverá ser capaz de: Explicar os fatores envolvidos com a complexidade dos genomas de eucariotos. Descrever as principais características
Leia maisR(Igraph): Métricas para análise de Redes Complexas. Valdete Gonçalves-Almeida valdete@dcc.ufmg.br
: para análise de Redes Complexas Valdete Gonçalves-Almeida valdete@dcc.ufmg.br SUMÁRIO em grafos Grafos ou Redes Complexas O que são grafos? Um grafo é definido formalmente como G = (V, E) Conjunto de
Leia maisIntrodução à Bioinformática e Aplicações
Laboratório de Bioinformática, Modelagem e Simulação de Bi Introdução à Bioinformática e Aplicações Osmar Norberto de Souza osmar.norberto@pucrs.br Porto Alegre, Células Tecidos Tecidos Órgãos Sistemas
Leia maisBiologia Avançada Jatropha curcas L.
1 Pesquisadores: Hugo Bruno C. Molinari Betania F. Quirino Biologia Avançada Jatropha curcas L. Maior banco de informações moleculares em todo o mundo Gerar ferramentas para subsidiar programa de Melhoramento
Leia maisLINGUAGEM DE BANCO DE DADOS
LINGUAGEM DE BANCO DE DADOS Gabriela Trevisan Bacharel em Sistemas de Informação Universidade Federal do Rio Grande Pós-Graduanda Formação Pedagógica de Professores (FAQI) Conceito de BD Um banco de dados
Leia maisControle da expressão gênica
Programa de Biologia Celular V Curso de Verão Controle da expressão gênica Renata Ramalho Oliveira roliveira@inca.gov.br Desenvolvimento e fenótipos explicados pela modulação da expressão gênica Lehninger.
Leia maisBASES DE DADOS COM INTERESSE BIOLÓGIO
Disciplina de BIOLOGIA COMPUTACIONAL Mestrado em ENGENHARIA BIOMÉDICA 4º Ano, 1º Semestre 2007/08 BASES DE DADOS COM INTERESSE BIOLÓGIO Relatório 1 Ana Calhau Ângela Pisco Nuno Santos 54605 55748 55746
Leia maisProfessor Fernando Stuchi M ETABOLISMO DE C ONSTRUÇÃO
M ETABOLISMO DE C ONSTRUÇÃO P ROTEÍNAS P ROPRIEDADE BÁSICA São grandes moléculas (macromoléculas) constituídas por aminoácidos, através de ligações peptídicas. É o composto orgânico mais abundante no corpo
Leia maisTarefa Orientada 2 Criar uma base de dados
Tarefa Orientada 2 Criar uma base de dados Objectivos: Criar uma base de dados vazia. O Sistema de Gestão de Bases de Dados MS Access Criar uma base dados vazia O Access é um Sistema de Gestão de Bases
Leia maisTópicos. Visão Geral Roadmap Versões Arquitetura Estruturas Básicas Web Parts Segurança
André Montevecchi Tópicos Visão Geral Roadmap Versões Arquitetura Estruturas Básicas Web Parts Segurança Visão Geral Requisitos de Hardware 64 bits (4 núcleos) 8GB RAM 80GB HD Sistema Operacional Windows
Leia mais