Introdução ao Linux. Básico de Linux. 1. Estrutura de Diretórios: Listando Arquivos e Diretórios (pastas). Mudando de Diretório. Criando um Diretório.

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1 Introdução ao Linux 1. Estrutura de Diretórios: Listando Arquivos e Diretórios (pastas). Básico de Linux Abrir um terminal indo em APLICATIVOS ACESSÓRIOS TERMINAL ou usando alt+f2 e digitando na caixa de texto gnome-terminal. Digite pwd: $ pwd Estamos no diretório /home/labinfo/, mas qual o conteúdo desse diretório? Digite o comando ls: Mudando de Diretório. Entre no diretório pasta-exemplo/. $ cd pasta-exemplo/ Liste seu conteúdo agora usando o parâmetro -a da função ls. a O diretório pasta-exemplo/ está vazio, com exceção da presença dos diretórios (.) e (..). Retornem ao diretório anterior. $ cd.. Criando um Diretório. Crie um diretório chamado pasta-aula. $ mkdir pasta-aula pwd print working (current) directory indica qual o diretório em que o usuário está. A pasta home do usuário pode ser indicada por ~, por exemplo, ls ~ ls list lista todos os arquivos e pastas contidos no diretório atual. Possui parâmetros como -a (lista arquivos e diretórios ocultos), -l (long listing, lista com detalhes os arquivos e pastas), -s (lista o tamanho dos arquivos e pastas em blocos), -h (-h se refere, nesse caso, a human readable, mostrando o tamanho dos arquivos formatos mais diretamente claros, i.e megabyte). cd change directory comando usado para mudar de diretórios. Usa-se com o cd seguido do caminho para o diretório.. - indica o diretório atual, então cd. resulta em continuar no mesmo diretório. Testar ls e ls... - indica o diretório anterior ao atual, cd.. retorna ao diretório anterior. Testar ls.. Listem, para verificar se a pasta foi criada, e listem o conteúdo da pasta.

2 pasta-aula/ 2. Arquivos Copiando Arquivos Copiar o enterobactersp638.tar.gz de /home/labinfo/ para pasta-aula/. Para copiar usem o comando cp. $ cp enterobactersp638.tar.gz pasta-aula/ Descompactando Arquivos Dentro do arquivo enterobactersp638.tar.gz, que é um arquivo compactado, existem dois arquivos que precisaremos utilizar. Devemos descompactar esse arquivo com o comando tar. $ cd pasta-aula/ $ tar xzvf enterobactersp638.tar.gz Verifiquem a resposta dessa função na tela do terminal e percebam que os dois arquivos de que precisamos foram extraídos. Movendo e Renomeando Arquivos Depois de extrair o conteúdo de enterobactersp638.tar.gz vamos movê-lo para outras pastas. Criaremos duas pastas, uma em que os arquivos ficarão guardados, backup, e outra em que os utilizaremos. $ mkdir enterobacter backup Verifique a criação das pastas: Movam o arquivo tar.gz para a pasta backup e depois movam os outros dois arquivos para o diretório enterobacter. Para mover utilizem a função mv. $ mv enterobactersp638.tar.gz backup $ mv Enterobactersp638.ptt enterobacter $ mv NC_ fasta enterobacter mkdir make directory cria diretórios (pastas) vazios. O comando mkdir é seguido dos nomes das pastas que devem ser criadas separadas separados por um espaço simples. cp copy copia arquivos e diretórios. Possui parâmetros como -v, verbose, e -r, recursivo. Dependendo dos parâmetros usados, sua sintaxe muda. tar é uma função que concatena arquivos e se utiliza de de programas de compactação como o zip e o como bzip para o gzip a e compactação. o bzip. Os parâmetros Os -x parâmetros -f, -z -x, e -f, -v-z vão, e -v respectivamente, são, respectivamente, extrair, arquivo, extrair, arquivo, gzip (extensão zip (que gz do sabemos arquivo que compactado é por causa pelo da extensão programa gz do gzip) arquivo e verbose. que será O descompatado, parâmetro -j é utilizado se tivessemos para compactar bz então pelo teríamos programa que usar bzip. -j para bzip) e verbose. mv - move move e renomeia mv - move arquivos. move Sua e sintaxe renomeia básica arquivos. é simples: Sua mv sintaxe [origem] básica [destino] é simples: ou mv [origem] [velhonome] [destino] ou [novonome]. mv [velhonome] [novonome].

3 Listem para verificar a mudança e entrem no diretório enterobacter. backup/ enterobacter/ $ cd enterobacter/ rm remove função que remove arquivos e diretórios. Para remover diretórios precisa do parâmetro de recursão -r, também possui -v para verbose. O arquivo fasta que está na pasta enterobacter é da bactéria Enterobacter sp. 638, porém o nome do arquivo é o código da sequência no NCBI. Para ficar óbvio que o arquivo é da Enterobacter sp 638 renomearemos o arquivo da seguinte maneira: $ mv NC_ fasta Enterobactersp638.fasta Verifiquem se a renomeação funcionou: A renomeção terá funcionado se não mais tivermos um arquivo NC_ fasta mas sim um que se chama Enterobactersp638.fasta, o qual não existia antes. Removendo Arquivos e Diretórios Agora vamos aprender a remover arquivo e diretórios. Primeiramente copie o arquivo Enterobactersp638.ptt da maneira abaixo: $ cp Enterobactersp638.ptt tempfile.txt Verifiquem a criação do novo arquivo: Agora, usando a função rm com o nome do arquivo a ser apagado, removeremos a cópia: $ rm tempfile.txt Para remover um diretório, primeiramente, vamos criar um diretório vazio temp. $ mkdir temp

4 Verifiquem a criação do novo diretório vazio. A função rmdir remove diretórios, mas somente quando estes não tem conteúdo algum. Tentem remover o diretório backup que possui o arquivo enterobacter.tar.gz. $ rmdir backup Verão que um aviso é emitido dizendo que o diretório é não vazio. Agora removam o diretório temp $ rmdir temp Verifiquem se o diretório vazio temp realmente foi removido. Exibindo o Conteúdo de um Arquivo Temos dois arquivos texto dentro da pasta enterobacter e queremos olhar o seu conteúdo. Uma das maneiras é usando a função cat. Essa função imprime o conteúdo completo do arquivo na tela. Outras duas opções são as funções head e tail, head por padrão, imprime as 10 primeiras linhas do começo do arquivo, já o tail imprime as 10 últimas linhas do final do arquivo. A quantidade de linhas que essas duas funções podem mostrar pode ser estabelecida usando o parâmetro -n seguido do número de linhas. cat concatenate Concatena arquivos e imprime na saída padrão (geralmente a tela). head Retorna as primeiras linhas dos arquivos. tail Retorna as últimas linhas dos arquivos. less Leitor de arquivos que permite navegação em todo o arquivos, tanto em direção ao final do arquivo como retornando ao começo. $ cat Enterobactersp638.ptt $ head Enterobactersp638.ptt $ tail Enterobactersp638.ptt As três funções anteriores imprimem o conteúdo do arquivo, mas se quero poder ler o arquivo por inteiro e navegar sobre suas páginas? Para isso utilizaremos o less. Para mover pelas páginas do arquivo usamos as setas. $ less Enterobactersp.ptt Para fechar o less usamos a letra q. Buscando em Conteúdos de Arquivos. Ainda no less podemos fazer uma busca por padrões, palavras e números, por exemplo, da seguinte maneira: /padrao

5 A busca por padrões no less é sensível ao caso, ou seja, para ele /padrao, /Padrao e /padrao são três buscas diferentes. Alguns outros comandos de busca podem ser n para repetir a busca anterior indo até o final do arquivo, N para repetir a busca anterior indo para o começo do arquivo, &padrao para mostrar apenas as linhas que casam com o padrao e?padrao que faz a busca em direção ao começo do arquivo. Procure os padrões gyra, gyra, gyr e Gyr. grep Imprime linhas de um arquivo que contém um padrão. Sua sintaxe mais simples é grep padrão [arquivo] Outra maneira de procurar padrões dentro de arquivos é usando a função grep. Testemos os mesmo padrões usados para o less da seguinte maneira: $ grep [parâmetros] padrão arquivo $ grep gyr Enterobactersp.ptt $ grep Gyr Enterobactersp.ptt $ grep i Gyr Enterobactersp.ptt 3. Redirecionamento Em Linux a maioria dos processos lê informações do dispositivo de entrada padrão, o teclado, e imprime informações no dispositivo de saída padrão, a tela. Porém, o Linux nos dá a opção de redirecionar tanto a entrada como a saída de informações. Redirecionando Saídas Anteriormente, usamos o comando cat para mostrar o conteúdo de um arquivo na tela o usando seguido do nome de um arquivo existente. Quando usamos o cat sozinho ele receberá entradas da entrada padrão e mandará a resposta para a saída padrão. Sigam o exemplo: $ cat alanina cisteína glicina

6 asparagina histidina triptofano tirosina ^D (ctrl+d usado para terminar um processo) O que aconteceu? Vamos repetir o exemplo anterior da seguinte maneira: $ cat > aminoacidos.txt alanina cisteína glicina asparagina histidina triptofano tirosina ^D O sinal de maior que (>) é usado para redirecionar a saída do programa. No exemplo atual o arquivo aminoacidos.txt, que não existia anteriormente, foi criado e nele foram adicionados os aminoácidos digitados. Caso o arquivo já existisse e nele já houvesse algo escrito, o uso desse redirecionador teria sobrescrito o conteúdo anterior com essa nova listagem: $ cp aminoácidos.txt teste.txt $ cat teste.txt $ cat > teste.txt teste ^D $ cat teste.txt Caso queiramos continuar a adicionar aminoácidos no arquivo aminoacidos.txt, sem apagar a listagem que já começamos, podemos usar o seguinte redirecionador de saída para adicionar novos elementos ao final da lista:

7 $ cat >> aminoácidos.txt valina fenilalanina ^D cat aminoácidos.txt Redirecionando Entradas Também podemos redirecionar a entrada para uma função com o sinal de menor que (<). A função sort é uma função de ordenação (numérica e alfabética, por exemplo), a usaremos para ordenar a nossa lista de aminoácidos. Como segue: $ sort < aminoácidos.txt A lista ordenada dos aminoácidos escritos no arquivo foi impressa na tela, mas seria melhor que conseguíssemos guardar essa saída para uso posterior. Podemos juntar nossos conhecimentos de redirecionamento de entrada e saída para cumprir esse objetivo: $sort < aminoácidos.txt > aaordenado.txt $ cat aaordenado.txt Usando Pipes Podemos repetir o exemplo anterior com o uso do caractere pipe ( ). Esse caractere, quando usado em uma linha de comando, tem a propriedade de redirecionar a saída de uma função transformando-a em entrada para a função seguinte: $ cat aminoácidos.txt sort $ cat aminoácidos.txt sort > aaordenado2.txt $ cat aaordenado.txt $ cat aaordenado2.txt 4. Páginas de Manual e Caracteres Coringa (Wildcard) Para quase todas as funções presentes no Shell do Linux temos páginas de manual explicando suas funcionalidades, seus parâmetros e sua usabilidade, podemos acessar esses manuais através da função man: $ man grep Saímos da página de manual da mesma maneira como saímos do less, usando a letra q. De maneira alternativa podemos somente perguntar o que é a função com whatis: $ whatis grep

8 Outra facilidade do Shell é o uso do asterisco (*) e do sinal gráfico de interrogação (?) para mimetizar outros caracteres. O asterisco mimetiza zero ou mais caracteres de qualquer tipo, por exemplo: Enterobacter* Nos retornará todos os arquivos contidos na pasta atual que começam com Enterobacter, alternativamente temos: *ptt que nos retornará a listagem de qualquer arquivo que contenha no final do seu nome ptt. O sinal gráfico de interrogação mimetiza um caractere de qualquer tipo. Primeiro copie o arquivo Enterobactersp638.ptt mudando-o para Enterobactersp637.ptt: $ cp Enterobactersp638.ptt Enterobactersp637.ptt Agora liste o diretório da seguinte maneira: Enterobactersp63?.ptt E isso nos retornará os dois arquivos ptt presentes. 5. Processos A cada programa que está em funcionamento chamamos de processo e, às vezes, é interessante saber se o processo continua ativo ou mesmo pausá-lo. Alguns processos quando iniciado pelo terminal o deixam travado, e uma das soluções é o uso do E comercial (&) ao final da linha de comando que executará esse tipo de processo: $ sleep 10 Agora desta maneira: $ sleep 10 & Percebam que o terminal continuou livre. Quando nos esquecermos de colocar o & ao final de um processo que trave o terminal podemos lançar mão do ctrl+z (aqui como ^Z) e da função bg (background): $sleep 100 ^Z [1] PID (Process Id) $ bg 1 Que continuará executando em background. Podemos listar os processos suspensos e os que estão executando em background usando a função jobs.

9 $ jobs Para terminar um processo temos a função kill. Digite: $ sleep 200 ^Z Agora digite jobs e verifique o número do lado esquerdo, o utilize para terminar o processo desta maneira: $ jobs [1] $ kill %1 $ jobs Outra maneira de terminar um processo é buscando seu PID: $ ps aux less Vejam qual a coluna que guarda o PID. Terminem o less. Agora vamos procurar o PID do próximo sleep: $ sleep 500 & $ ps aux grep sleep Podemos terminar esse processo com: $ kill PID