O panorama geral e informática para a biodiversidade

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1 Formação sobre uso do GBIF em Agrobiodiversidade de Setembro de 2016 O panorama geral e informática para a biodiversidade Rui Figueira Nó Português do GBIF ruifigueira@isa.ulisboa.pt Apoios

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4 Observatório Global da Biodiversidade GBIF BOL EOL BHL COL

5 Do relatório Final Report of the Task Group on GBIF Data Fitness for Use in Agrobiodiversity,

6 A natureza da informação sobre a biodiversidade Slide de Francisco Pando,

7 Slide de Francisco Pando, Dos conceitos às ferramentas

8 Web semântica (dados ligados) In addition to the classic Web of documents W3C is helping to build a technology stack to support a Web of data, the sort of data you find in databases. The ultimate goal of the Web of data is to enable computers to do more useful work and to develop systems that can support trusted interactions over the network. The term Semantic Web refers to W3C s vision of the Web of linked data. Semantic Web technologies enable people to create data stores on the Web, build vocabularies, and write rules for handling data. Linked data are empowered by technologies such as RDF, SPARQL, OWL, and SKOS.

9 Web semântica (dados ligados) Para ser possível ligar dados, precisa de: Uma estrutura para expressar os dados ==> RDF (Resource Description Framework), XML (XSD), JSONLD Identificar dos os objectos de uma forma global ==> GUID (Global Object Identifier) Dar significado aos dados ==> Ontologias

10 Web semântica: triple (sujeito, predicado, objeto) Slide de Francisco Pando, Para ser possível ligar dados, precisa de: Uma estrutura para expressar os dados ==> RDF (Resource Description Framework), XML (XSD), JSONLD Identificar dos os objectos de uma forma global ==> GUID Dar significado aos dados ==> Ontologias

11 Ontologias An ontology is a formal naming and definition of the types, properties, and interrelationships of the entities that really or fundamentally exist for a particular domain of discourse A ontologia inclui, normalmente as seguintes componentes: Indivíduos Classes Atributos Relações

12 Stand Genomic Sci. 2014; 9: 17. Published online 2014 Dec 8. doi: / Ontologia NEON dataset. A directed graph representing of a subset of the NEON soil sampling data that was coded into RDF, according to the semantics of the Biological Collections Ontology (BCO). In this graph, an instance of the type obi:specimen collection called Soil Sampling Process 1 occurs in Location 1, which is an instance of the class dwctype: Location. Blue ovals represent instances, green ovals ontology classes, and black ovals literals, whereas relations (a.k.a. properties) are represented as arrows

13 Web services

14 Analysis workflows

15 Obrigado! Rui Figueira Nó Português do GBIF Instituto Superior de Agronomia Herbário Tapada da Ajuda Lisboa, Portugal