Universidade de São Paulo Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz

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1 Universidade de São Paulo Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Diversidade genética em germoplasma de arroz japonês utilizando marcadores moleculares e agromorfológicos Fátima Bosetti Tese apresentada para obtenção do título de Doutor em Ciências. Área de concentração: Genética e Melhoramento de Plantas Piracicaba 2012

2 Fátima Bosetti Engenheira Agrônoma Diversidade genética em germoplasma de arroz japonês utilizando marcadores moleculares e agromorfológicos Orientador: Prof. Dr. JOSÉ BALDIN PINHEIRO Tese apresentada para obtenção do título de Doutor em Ciências. Área de concentração: Genética e Melhoramento de Plantas Piracicaba 2012

3 Dados Internacionais de Catalogação na Publicação DIVISÃO DE BIBLIOTECA - ESALQ/USP Bosetti, Fátima Diversidade genética em germoplasma de arroz japonês utilizando marcadores moleculares e agromorfológicos / Fátima Bosetti.- - Piracicaba, p: il. Tese (Doutorado) - - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Arroz 2. Diversidade genética 3. Germinação 4. Germoplasma vegetal 5. Marcador molecular I. Título CDD B743d Permitida a cópia total ou parcial deste documento, desde que citada a fonte O autor

4

5 3 Aos meus pais, Hermes e Beatris, por tudo o que fizeram pela minha formação, pelo amor incondicional, apoio e incentivo. Ao meu irmão, Ezequiel, pelo ombro amigo de sempre. DEDICO.

6 4

7 5 AGRADECIMENTOS À Deus pela benção da vida, por cada dia e cada experiência. Ao Prof. Dr. José Baldin Pinheiro pela acolhida e orientação, e mais do que isso, pela paciência, amizade, abertura e exemplo profissional. À Profª. Drª. Maria Imaculada Zucchi pelas contribuições, incentivo, amizade e disponibilidade em ajudar sempre. À Profª. Drª. Ana Dionísia Novembre e à Helena Pescarin Chamma pela disponibilização da estrutura do Laboratório de Sementes e auxílio nos experimentos de caracterização de tolerância ao frio. Aos professores, colegas e funcionários do departamento de Genética, em especial ao Márcio Araújo Silva, Domingos de Salvio Amaral e Cláudio Roberto Segatelli pela ajuda nos experimentos de campo e sempre que necessário. Ao Dr. Alisson Fernando Chiorato e à Dr. Aluana Gonçalves de Abreu pelo auxílio e discussões de análise de dados. A cada um dos colegas do Laboratório de Diversidade Genética e Melhoramento pela convivência nesses cinco anos, amizade, troca de ideias, ajudas, momentos de descontração, por tudo. À Camila Montebelli pelas constantes ajudas na implantação e avaliação dos experimentos, estendendo o agradecimento para Thiago, Glauber, Carlos, Michelle, Milene, Carlos Eduardo, Talita, Jake, Natália, Keila e Mariza, e a cada um que, mesmo não citado aqui, auxiliou em algum momento. Muito Obrigada! À Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz e ao Departamento de Genética pelo ensino de qualidade. Ao CNPq e à Capes pelos períodos de bolsa de estudos concedida. À FAPESP pelo financiamento deste trabalho (processo n 2007/ ). À Embrapa Arroz e Feijão pelo fornecimento de sementes dos genótipos utilizados como padrões nas análises de diversidade molecular. À Pioneer Hi-Bred International Inc. pelo auxílio financeiro e à Dr.ª Sandra Cristina Kothe Milach, ao Dr. Charlie Messina e Dr. Zhanshan Dong pelo incentivo e exemplo de dedicação à pesquisa. Aos meus pais, Hermes e Beatris, por acreditarem e sem medir esforços me apoiarem em cada passo. Ao meu irmão, Ezequiel, pelas conversas e discussões. À todos os familiares e amigos pelas palavras de incentivo e carinho. À todos que colaboraram para a realização desse trabalho. Muito Obrigada!

8 6

9 7 SUMÁRIO RESUMO ABSTRACT LISTA DE FIGURAS LISTA DE TABELAS INTRODUÇÃO Referências DIVERSIDADE FENOTÍPICA EM GERMOPLASMA DE ARROZ JAPONÊS Resumo Abstract Introdução Material e Métodos Instalação e condução dos experimentos Caracterização e avaliação dos acessos Descritores utilizados no ano agrícola 2007/ Descritores utilizados no ano agrícola 2008/ Análise de dados Estatísticas descritivas, análise univariada e estimativa de parâmetros Análises multivariadas Resultados Características avaliadas no ano agrícola 2007/ Características avaliadas no ano agrícola 2008/ Análises considerando os dois anos de avaliação Discussão Referências DIVERSIDADE GENÉTICA MOLECULAR EM GERMOPLASMA DE ARROZ JAPONÊS UTILIZANDO MARCADORES MOLECULARES ANÔNIMOS E EXPRESSOS (SSRs E EST-SSRs) Resumo Abstract Introdução Material e Métodos... 78

10 Material vegetal Extração de DNA e Genotipagem com marcadores SSR Análise de dados Resultados Diversidade detectada pelos marcadores SSRs Análises de agrupamento e estrutura populacional Discussão Referências VARIABILIDADE PARA TOLERÂNCIA AO FRIO NA GERMINAÇÃO EM GERMOPLASMA DE ARROZ DE ORIGEM JAPONESA Resumo Abstract Introdução Material e Métodos Material Vegetal Avaliação da tolerância ao frio Análise de dados Resultados Experimento I: Germinação a 13ºC e 28ºC Experimento II: Germinação em grandiente de temperaturas Experimento III: Tolerância ao frio na fase de germinação-emergência e desenvolvimento inicial Discussão Referências OBTENÇÃO DE UMA COLEÇÃO NUCLEAR DE ACESSOS JAPONESES DE ARROZ Introdução Material e Métodos Dados fenotípicos e moleculares usados na obtenção da coleção nuclear Obtenção e representatividade da coleção nuclear Resultados Coleção nuclear Comparação de propriedades fenotípicas Comparação de propriedades moleculares

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