artus EBV QS-RGQ Kit Características de desempenho Maio 2012 Sample & Assay Technologies Sensibilidade analítica plasma

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1 artus EBV QS-RGQ Kit Características de desempenho artus EBV QS-RGQ Kit, Versão 1, Verificar a disponibilidade de novas revisões de rotulagem electrónica em antes da realização do teste. O estado de revisão actual é indicado pela data de emissão (formato: mês/ano). Sensibilidade analítica plasma O limite de detecção analítica relativo à purificação (limite de sensibilidade) foi avaliado para o artus EBV QS-RGQ Kit utilizando amostras clínicas positivas para EBV em combinação com a extracção no QIAsymphony SP. Para o plasma, a sensibilidade analítica relativa à purificação do artus EBV QS-RGQ Kit foi determinada utilizando amostras de plasma clínicas contaminadas com uma série de diluições de material do vírus VEB de 3160 ao valor nominal de 1 VEB cópia/ml. Estas foram sujeitas a extracção de ADN usando o QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit, em conjunto com o protocolo Cellfree1000 (volume de extracção: 1 ml, volume de eluição: 60 µl). Cada uma das 10 diluições foi analisada com o artus EBV QS-RGQ Kit em 4 dias diferentes, em 4 ensaios com 8 modelos de replicação cada. Os resultados foram determinados por análise de probit. A figura 1. representa uma ilustração gráfica da análise de probit. O limite de detecção analítica relativa à purificação do artus EBV QS-RGQ Kit em combinação com o Rotor-Gene Q é de 157 cópias/ml (p = 0,05). Isto significa que existe uma probabilidade de 95% de o limite 157 cópias/ml ser detectado. Maio 2012 Sample & Assay Technologies

2 1.0 95% Proporções Proportions ,20 ~ 157 cópias/ml (95%) 2.20 ~ 157 copies/ml (95%) ( cópias/ml) ( copies/ml) log (dose) Figura 1. Análise de probit: plasma, EBV (Rotor-Gene Q). Sensibilidade analítica relativa à purificação (plasma, utilizando o QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit) do artus EBV QS- RGQ Kit no Rotor-Gene Q. Especificidade plasma A especificidade do artus EBV QS-RGQ Kit é, antes de mais, assegurada pela selecção dos primers e sondas, bem como pela selecção de condições de reacção rigorosas. Os primers e as sondas foram verificados em termos de possível homologia com todas as sequências publicadas nos bancos de genes, por análise comparativa de sequências. A detectabilidade de todos os genótipos relevantes foi assim assegurada. Além disso, a especificidade foi validada com 30 amostras diferentes de plasma negativo para VEB. Estas não geraram quaisquer sinais com os primers e sondas específicos do VEB que estão incluídos no VEB RG Master. Foi também testada a possibilidade de reacções cruzadas do artus EBV QS-RGQ Kit, usando o grupo de controlo listado na Tabela 1 (abaixo). Nenhum dos patogénios testados demonstrou reactividade. Não ocorreram reacções cruzadas com infecções mistas. Características de desempenho: artus EBV QS-RGQ Kit página 2 de 7

3 Tabela 1. Testes de especificidade do kit com patogénios com potencial de reacção cruzada Grupo de controlo VEB (Cycling Green [verde]) Controlo Interno (Cycling Yellow [amarelo]) Vírus herpes humano 1 (vírus herpes simplex 1) + Vírus herpes humano 2 (vírus herpes simplex 2) + Vírus herpes humano 3 (vírus varicelazoster 3) + Vírus herpes humano 5 (citomelagovírus) + Vírus da leucemia de células T humano tipo 1 + Vírus da leucemia de células T humano tipo 2 + Intervalo linear plasma O intervalo linear relativo à purificação do artus EBV QS-RGQ Kit foi determinado por análise de uma série de diluições do material do vírus VEB, variando entre 1,00 x 10 7 cópias/ml e 1,00 x 10 2 cópias/ml, em plasma. A purificação foi efectuada em modelos de replicação (n = 4 para concentrações 1,00 x 10 6 cópias/ml; n = 8 cada para concentrações <1,00 x 10 6 cópias/ml) usando o QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit em combinação com o protocolo Cellfree1000 (volume de extracção: 1 ml, volume de eluição: 60 µl). Cada uma das amostras foi analisada usando o artus EBV QS-RGQ Kit. O intervalo linear relativo à purificação do artus EBV QS-RGQ Kit foi determinado para abranger as concentrações de 3,16 x 10 2 cópias/ml a 1,00 x 10 7 cópias/ml para plasma (figura 2). Características de desempenho: artus EBV QS-RGQ Kit página 3 de 7

4 10 log 10 Concentração estimada (cópias/ml) log 10 estimated concentration (copies/ml) 8 6 y = x 1,0528x , R 22 = , log 10 log Concentração 10 nominal concentration nominal (cópias/ml) (copies/ml) Figura 2. Intervalo linear do artus EBV QS-RGQ Kit (plasma). Cálculo do intervalo linear. A linha recta foi determinada por uma regressão linear das concentrações calculadas de log 10 com as concentrações nominais de log 10. A equação da linha de regressão está incluída na figura. Robustez plasma A verificação da robustez permite a determinação da taxa de insucesso total do artus EBV QS-RGQ Kit. Para verificação da robustez, 30 amostras negativas de plasma para VEB foram contaminadas com 500 cópias/ml de VEB (uma concentração aproximadamente três vezes superior ao limite de sensibilidade analítica). Após extracção usando o QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit, em conjunto com o protocolo Cellfree1000_DSP (volume de extracção: 1 ml, volume de eluição: 60 µl), estas amostras foram analisadas com o artus EBV QS-RGQ Kit. Adicionalmente, a robustez do controlo interno foi avaliada por purificação e análise das 30 amostras de plasma contaminadas. Não foram observadas inibições. A robustez do artus EBV QS-RGQ Kit é, assim, 99%. Sensibilidade analítica sangue total Para o sangue total, a sensibilidade analítica relativa à purificação do artus EBV QS-RGQ Kit foi determinada utilizando amostras de sangue total humano contaminadas com uma série de diluições de material do vírus VEB de 3160 ao valor nominal de 3,16 cópias de VEB/ml. Estas foram sujeitas a extracção de ADN usando o QIAsymphony DNA Mini Kit em combinação com o protocolo VirusBlood200 (volume de extracção: 200 µl, volume de eluição: 60 µl). Cada uma das 10 diluições foi analisada com o artus EBV QS-RGQ Kit em 3 dias diferentes, em 3 procedimentos de ensaio com 11 modelos de replicação cada. Os resultados foram determinados por análise de probit. A figura 3 representa uma ilustração gráfica da análise de probit. O limite de detecção Características de desempenho: artus EBV QS-RGQ Kit página 4 de 7

5 analítica relativa à purificação do artus EBV QS-RGQ Kit em combinação com o Rotor-Gene Q é de 288,42 cópias/ml (p = 0,05). Isto significa que existe uma probabilidade de 95% de o limite de 288,42 cópias/ml ser detectado % 0.8 Proporções Proportions , ~ 288, cópias/ml copies/ml (95%) ( copies/ml) log (dose) Figura 3. Análise de probit: sangue total, EBV (Rotor-Gene Q). Sensibilidade analítica relativa à purificação (sangue total, utilizando o QIAsymphony DNA Mini Kit) do artus EBV QS-RGQ Kit no Rotor-Gene Q. Especificidade sangue total A especificidade do artus EBV QS-RGQ Kit é, antes de mais, assegurada pela selecção dos primers e sondas, bem como pela selecção de condições de reacção rigorosas. Os primers e as sondas foram verificados em termos de possível homologia com todas as sequências publicadas nos bancos de genes, por análise comparativa de sequências. A detectabilidade de todos os genótipos relevantes foi assim assegurada. Além disso, a especificidade foi validada com 30 amostras diferentes de sangue total negativo para VEB. Estas não geraram quaisquer sinais com os iniciadores e sondas específicos do VEB, os quais estão incluídos no VEB RG Master. Foi também testada a possibilidade de reacções cruzadas do artus EBV QS-RGQ Kit, usando o grupo de controlo listado na Tabela 1 (consulte a página 3). Nenhum dos patogénios testados demonstrou reactividade. Não ocorreram reacções cruzadas com infecções mistas. Intervalo linear sangue total O intervalo linear relativo à purificação do artus EBV QS-RGQ Kit foi determinado por análise de uma série de diluições do material do vírus VEB, variando entre 5,00 x 10 7 cópias/ml e Características de desempenho: artus EBV QS-RGQ Kit página 5 de 7

6 1,00 x 10 2 cópias/ml, em sangue total. A purificação foi efectuada em modelos de replicação (n = 4 para concentrações 1,00 x 10 7 cópias/ml; n = 8 cada para concentrações <1,00 x 10 7 cópias/ml) usando o QIAsymphony DNA Mini Kit em combinação com o protocolo VirusBlood200 (volume de extracção: 200 µl, volume de eluição: 60 µl). Cada uma das amostras foi analisada usando o artus EBV QS-RGQ Kit. O intervalo linear relativo à purificação do artus EBV QS-RGQ Kit foi determinado para abranger as concentrações de 1,00 x 10 3 cópias/ml a 5,00 x 10 7 cópias/ml para sangue total (figura 4). 10 log 10 Concentração estimada (cópias/ml) log 10 estimated concentration (copies/ml) 8 6 y = x 1,0261x , R 2 = 0, log 10 logconcentração 10 nominal concentration nominal (copies/ml) (cópias/ml) Figura 4. Intervalo linear do artus EBV QS-RGQ Kit (sangue total). Cálculo do intervalo linear. A linha recta foi determinada por uma regressão linear das concentrações calculadas de log 10 com as concentrações nominais de log 10. A equação da linha de regressão está incluída na figura. Robustez sangue total A verificação da robustez permite a determinação da taxa de insucesso total do artus EBV QS- RGQ Kit. Para verificação da robustez, 30 amostras negativas de sangue total para VEB foram contaminadas com 750 cópias/ml de VEB (uma concentração aproximadamente três vezes superior ao limite de sensibilidade analítica). Após extracção usando o QIAsymphony DNA Mini Kit, em conjunto com o protocolo VirusBlood200 (volume de extracção: 200 µl, volume de eluição: 60 µl), estas amostras foram analisadas com o artus EBV QS-RGQ Kit. Adicionalmente, a robustez do controlo interno foi avaliada por purificação e análise das 30 amostras de sangue total contaminadas. Não foram observadas inibições. A robustez do artus EBV QS-RGQ Kit é, assim, 99%. Características de desempenho: artus EBV QS-RGQ Kit página 6 de 7

7 Reprodutibilidade Os dados de reprodutibilidade permitem uma avaliação regular do desempenho do artus EBV QS- RGQ Kit, bem como uma comparação de eficiência com outros produtos. Estes dados foram obtidos pela participação nos programas de competência estabelecidos. Contaminação cruzada A ausência de contaminação cruzada entre amostras para a totalidade do processo foi comprovada pela detecção correcta de todas as amostras positivas e negativas conhecidas, em posições alternadas (padrão xadrez) para o sistema artus QS-RGQ representativo. Para informações actualizadas sobre licenciamento e limitações de responsabilidade específicas do produto, consulte o respectivo manual do kit QIAGEN ou do utilizador. Os manuais do kit QIAGEN e do utilizador estão disponíveis em ou podem ser pedidos à Assistência Técnica ou ao distribuidor local da QIAGEN. Marcas registadas: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); Acrometrix (Life Technologies). May QIAGEN. Todos os direitos reservados France The Netherlands Australia Austria 0800/ Belgium Canada China Denmark Finland Germany Hong Kong Ireland Italy Japan Korea (South) Luxembourg Norway Singapore Spain Sweden Switzerland UK USA Sample & Assay Technologies