Estudo Dirigido Sequenciamento de DNA

Transcrição

1 Estudo Dirigido Sequenciamento de DNA Professores Dra. Daniela Alves Silvestre OBJETIVOS Compreender a partir do estudo da técnica de sequenciamento do DNA através da utilização de didesoxinucleotídeos, a importância da compreensão das bases moleculares do processo de replicação. É importante que você leia antes da aula este material, para que possa esclarecer suas dúvidas e realizar os procedimentos sem problemas. INTRODUÇÃO O sequenciamento do DNA baseia-se na interrupção da síntese da cadeia complementar pela incorporação de um nucleotídeo quimicamente modificado, um didesoxinucleotídeo. Observe na imagem a seguir as diferenças entre os nucleotídeos que compõem o RNA (ribonucleotídeos), o DNA (desoxinucleotídeos) e os didesoxinucleotídeos. Ribonucleotídeo Desoxinucleotídeo Didesoxinucleotídeo Na reação de sequenciamento, da qual esta atividade é uma simulação, são misturados num mesmo tubo: o segmento de DNA a ser sequenciado (1), cadeias curtas de DNA denominadas de iniciadores ou primers (2), a enzima DNA polimerase (3), os desoxinucleotídeos das quatro bases nitrogenadas: A, T, C e G (4) e os seus respectivos didesoxinucleotídeos (5). Inicialmente, as duas cadeias de cada molécula de DNA são separadas, aquecendo-se a amostra a temperaturas superiores a 90 C. Em seguida, a temperatura é reduzida, permitindo que os iniciadores ou primers (2), se associem, por complementaridade, ao segmento a ser sequenciado (1). A DNA polimerase (3) sintetiza, então, a cadeia nova: onde houver um nucleotídeo de Adenina na cadeia-modelo, será acrescentado um nucleotídeo de Timina e vice-versa, onde houver um de Guanina, será acrescentado um de Citosina e vice-versa. Como não há, por parte da DNA polimerase, nenhuma preferência entre os desoxinucleotídeos (4) ou didesoxinucleotídeos (5), esses últimos podem ser incorporados em lugar de um nucleotídeo normal. No entanto, quando a cadeia nova (6) recebe um didesoxinucleotídeo, a sequência é interrompida. Você consegue explicar por que isso acontece? Cada didesoxinucleotídeo empregado na reação está associado a um cromóforo, uma substância que apresenta uma determinada cor quando é estimulada por um feixe de laser. Desta forma, para conhecer a sequência da cadeia-molde (1), um aparelho chamado sequenciador automático de DNA, separa os fragmentos sintetizados de diferentes tamanhos por meio da eletroforese (7), na qual fragmentos menores migram mais rápido que fragmentos maiores. Finalmente, o

2 aparelho identifica o último nucleotídeo do conjunto de fragmentos de mesmo tamanho pelo seu cromóforo correspondente, obtendo-se, assim, a sequência da cadeia de DNA desconhecida. Imagem obtida após o sequenciamento de DNA. Cada pico colorido representa um nucleotídeo na sequência do DNA. Neste caso, uma sequência pode ser lida entre a posição 264 e 333 a partir do início da sequência. PROCEDIMENTO Os materiais descritos a seguir serão disponibilizados pelos professores: Uma base de madeira com 6 hastes fixas e uma haste móvel (que contém a cadeia molde), cada uma delas com 4 contas transparentes 4 saquinhos com contas coloridas e brancas que encaixam nas hastes de madeira, e representam as bases nitrogenadas do DNA (30 contas brancas para 12 contas coloridas por saquinho) o Verde representa Adenina (A) o Amarelo representa Guanina (G) o Azul representa Citosina (C) o Vermelho representa Timina (T) o Em cada saquinho haverá contas coloridas que representarão os didesoxinucleotídeos (conforme as cores acima representadas pelos saquinhos) e contas brancas que representarão os desoxinucleotídeos para síntese da fita complementar de DNA Uma placa de madeira com furos suficientes para fixar as hastes de todos os grupos participantes 1 Organizar o material como indica a figura. Fig. 1 Posicionamento inicial dos bastões na placa de madeira

3 2 Iniciar uma simulação de síntese da cadeia complementar à cadeia molde (em nosso exemplo: TCCGTGAC) através do sorteio da conta complementar à primeira letra da conta encontrada após as contas transparentes (na Fig. 1, a letra é T). O saquinho escolhido para o sorteio deverá ser, portanto, o verde, pois ele contém os nucleotídeos complementares a T, ou seja, lembrar que as relações de complementaridade são: A-T e C-G. 3 Colocar a conta sorteada no bastão em frente à cadeia molde. Caso a conta sorteada seja de cor branca (desoxinucleotídeo), repetir o procedimento com um novo sorteio, agora relacionado com a letra da cadeia molde (no caso da Fig. 2, C). Caso seja sorteada uma conta colorida (didesoxinucleotídeo), o processo deve ser interrompido e a cadeia molde é deslocada para o furo seguinte. Reiniciar o mesmo procedimento (1 e 2) para a formação de uma nova cadeia complementar (Fig. 2 à direita) Fig. 2 Movimento inicial da cadeia molde. 4 Repetir os mesmos passos até que todas as cadeias sintetizadas terminem com uma conta colorida ou sejam totalmente completadas com contas brancas (Fig. 3). Fig. 3 Movimento da cadeia-modelo após interrupção da síntese pelo sorteio de uma conta colorida. 5 Por fim, as cadeias sintetizadas por todos os grupos devem ser ordenadas na placa grande de madeira de acordo com seus tamanhos (em ordem crescente). Os bastões com maior número de contas devem ser colocados nos primeiros furos, seguidos pelos de menor número, e assim sucessivamente, até que o último contenha apenas uma conta colorida.

4 QUESTOES: 1) No texto de INTRODUÇÃO existem números entre parênteses após certas palavras e conceitos. Relacione estes números aos materiais utilizados em nossa atividade (cada número pode ser utilizado mais de uma vez): a) Contas brancas ( ) b) Contas coloridas ( ) c) Você ou seus colegas de grupo ( ) d) Cadeia sintetizada ( ) e) Cadeia molde ( ) f) Placa grande de madeira com furos ( ) g) Contas transparentes ( ) TESTES DE REVISÃO DOS CONCEITOS Para responder as questões a seguir consulte as seguintes referências (não é necessário estudar todas elas): Bases da Biologia Celular e Molecular, De Robertis e Hibb, 3ª. Ed. Cap. 13 Os Genes, p.225 Cap. 17 A Replicação do DNA, p. 283 Fundamentos da Biologia Celular, B. Alberts e colaboradores, 3ª. Ed. Cap. 6 DNA (foco nos itens A Estrutura e a Função do DNA e Replicação do DNA ), p.186 Cap. 8 Cromossomos e Regulação Gênica (foco no item estrutura dos Cromossomos Eucarióticos ) Biologia Celular e Molecular, Junqueira e Carneiro, 7. Ed. Cap. 9 Ciclo Celular e Meiose, p. 171 (foco no processo de Replicação) Genética, G.W. Birus e P.J. Bottino, 6ª. Ed. Cap. 10 O Código Genético, p.173 Introdução à Genética, Griffiths e colaboradores, 8ª. Ed. Cap. 7 DNA: Estrutura e Replicação, p.219 QUESTÕES 1) Gene é a) o mesmo que cromossomo. b) o mesmo que cromossomo c) qualquer segmento da molécula do DNA. d) conjunto de moléculas de DNA de uma espécie. e) conjunto de moléculas de DNA de uma espécie. f) um segmento de molécula de DNA que transcreve um RNA. 2) O material hereditário dos seres vivos é a) a desoxirribose. b) o acido desoxirribonucleico (DNA). c) o acido ribonucleico (RNA). d) a base nitrogenada.

5 3) O modo pelo qual uma molécula de DNA se reproduz é chamado de a) duplicação conservativa. b) duplicação semiconservativa. c) reprodução assexuada. d) reprodução sexuada. 4) A polimerase do DNA é uma enzima que a) separa as duas cadeias de um RNA. b) atua na fabricação de nucleotídios. c) sintetiza RNA a partir de um modelo de DNA. d) promove a união de desorribonucleotídios. 5) Se as ligações de hidrogênio de uma molécula de DNA forem quebradas obtêm-se a) bases nitrogenadas livres. b) cadeias polinucleotídicas isoladas. c) desoxirriboses livres. d) nucleotídíos livres. 6) Dizer que as duas cadeias de uma molécula de DNA são complementares significa que a) elas têm os mesmos tipos de bases nitrogenadas. b) uma delas é formada apenas pelas bases A e T, e a outra, por C e G. c) uma delas é formada apenas pelas letras A e G, e a outra, por T e C. d) onde houver uma base A em uma delas, havera um T na outra, e onde houver um C em uma cadeia, haverá um G na outra. 7) Um pesquisador determinou que a sequência de bases de um segmento de molécula de DNA é ATTACGAGGTACATTCG. A sequência de bases do segmento correspondente da cadeia complementar a) será ATTACGAGGTACATTCG. b) será GCCGTAGAACGTGCCTA. c) sera TAATGCTCCATGTAAGC. d) não pode ser determinada. 8) (Ufrj 97) O ADN é um polímero constituído por vários nucleotídeos e as proteínas são polímeros constituídos por vários aminoácidos. Um gene é constituído por um número N de nucleotídeos que codifica uma proteína constituída por P aminoácidos. Por que sempre encontramos N > P? 9) (Ufrj 2001) Uma técnica usada como uma ferramenta da taxonomia emprega a seguinte abordagem: extrai-se o ADN de um organismo e este é, então, marcado com fósforo radioativo. O ADN radioativo é então desnaturado (suas cadeias são separadas por calor) e posto em contato com o ADN de um outro organismo, igualmente

6 desnaturado, porém não radioativo. Após a hibridação (reassociação formando moléculas híbridas), é possível medir quanto ADN radioativo existe num ADN de cadeia dupla. Foi feito um experimento em que o ADN do organismo 1 (ADN radioativo) foi "hibridado" com o ADN não radioativo de três outros organismos, obtendo-se os seguintes resultados: ADN do organismo 1 + ADN do organismo 1 = 100% de radioatividade no ADN híbrido ADN do organismo 1 + ADN do organismo 2 = 10% de radioatividade no ADN híbrido ADN do organismo 1 + ADN do organismo 3 = 40% de radioatividade no ADN híbrido ADN do organismo 1 + ADN do organismo 4 = 85% de radioatividade no ADN híbrido Qual o organismo que pertence à mesma espécie do organismo 1? Justifique sua resposta. 10) (Ufrj 2002) Em Junho de 2001, foi publicada a sequência quase completa do genoma humano. Esse projeto contou com a participação de diversos laboratórios, que individualmente determinaram a sequência de vários trechos diferentes do ADN de todos os cromossomos, a partir da amostra de somente um indivíduo, que permaneceu anônimo. Sabe-se, no entanto, que o ADN era de um indivíduo do sexo masculino. Por que foi importante determinar a sequência do ADN de um homem e não de uma mulher?