Instrumento MiSeq FGx Guia de preparação do local

Transcrição

1 Instrumento MiSeq FGx Guia de preparação do local PARA USO EXCLUSIVO EM PESQUISAS, ANÁLISES FORENSES OU DE PATERNIDADE Introdução 3 Entrega e instalação 4 Requisitos do laboratório 5 Requisitos elétricos 8 No-break 9 Restrições ambientais 10 Considerações sobre rede 11 Software antivírus 13 Materiais de consumo e equipamentos fornecidos pelo usuário 14 Assistência técnica 17 PROPRIEDADE DA ILLUMINA Nº da peça Rev. A PTB Setembro de 2014

2 Este documento e seu conteúdo são propriedade da Illumina, Inc. e suas afiliadas ("Illumina"), e destinam-se exclusivamente ao uso contratual de seu cliente com relação ao uso dos produtos descritos neste documento e para nenhuma outra finalidade. Este documento e seu conteúdo não serão usados ou distribuídos para nenhuma outra finalidade e/ou comunicados, divulgados ou reproduzidos em nenhuma forma sem o consentimento prévio por escrito da Illumina. A Illumina não transmite nenhuma licença sob seus direitos de patente, marca registrada, direitos autorais ou lei comum nem direitos semelhantes de terceiros por este documento. As instruções neste documento devem ser estrita e explicitamente seguidas por pessoal devidamente treinado e qualificado para garantir o uso adequado e seguro dos produtos descritos neste documento. Todo o conteúdo deste documento deve ser inteiramente lido e entendido antes da utilização de tais produtos. NÃO LER COMPLETAMENTE E NÃO SEGUIR EXPLICITAMENTE TODAS AS INSTRUÇÕES AQUI CONTIDAS PODE RESULTAR EM DANOS AOS PRODUTOS, FERIMENTOS A PESSOAS, INCLUINDO USUÁRIOS OU OUTROS, E DANOS A OUTROS BENS. A ILLUMINA NÃO ASSUME NENHUMA RESPONSABILIDADE RESULTANTE DA UTILIZAÇÃO INDEVIDA DOS PRODUTOS AQUI DESCRITOS (INCLUINDO SUAS PARTES OU SEU SOFTWARE) OU DE QUALQUER USO DE TAIS PRODUTOS FORA DO ESCOPO DAS LICENÇAS EXPRESSAS POR ESCRITO OU PERMISSÕES CONCEDIDAS PELA ILLUMINA EM CONEXÃO COM A AQUISIÇÃO DE TAIS PRODUTOS POR PARTE DO CLIENTE. PARA USO EXCLUSIVO EM PESQUISAS, ANÁLISES FORENSES OU DE PATERNIDADE 2014 Illumina, Inc. Todos os direitos reservados. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iscan, iselect, ForenSeq, MiSeq FGx, NeoPrep, Nextera, NextBio, NextSeq, Powered by Illumina, SeqMonitor, SureMDA, TruGenome, TruSeq, TruSight, Understand Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, a cor de abóbora e o desenho de sequências de DNA onduladas são marcas registradas da Illumina, Inc. e/ou de seus afiliados nos Estados Unidos e/ou em outros países. Todos os outros nomes, logotipos e marcas são de propriedade de seus respectivos proprietários.

3 Introdução Este guia fornece as informações de que você precisa para preparar seu local para a instalação e operação do MiSeq FGx: } Requisitos de espaço do laboratório } Requisitos elétricos } Restrições ambientais } Requisitos de informatização } Materiais de consumo e equipamentos fornecidos pelo usuário Introdução Recursos adicionais A documentação a seguir está disponível para download no site da Illumina: } Guia de segurança e conformidade do instrumento MiSeq FGx (nº da peça _PTB): fornece informações sobre a rotulagem de instrumentos, certificações de conformidade e considerações de segurança. } Guia de referência do instrumento MiSeq FGx (nº da peça _PTB): fornece uma visão geral do software e dos componentes do instrumento, instruções para a realização de execuções de sequenciamento e procedimentos para a manutenção adequada do instrumento e para a solução de problemas. } Guia de preparação de reagente do Kit de sequenciamento MiSeq ForenSeq (nº da peça ): fornece uma descrição do conteúdo do kit e instruções para a preparação do cartucho de reagentes antes do início da execução de sequenciamento. } Guia do ForenSeq Universal Analysis Software (nº da peça ): fornece uma visão geral abrangente dos procedimentos de análise e dos requisitos de computação. Visite a página de suporte do Instrumento MiSeq FGx no site da Illumina para obter acesso à documentação, downloads de software, perguntas frequentes e cursos de treinamento on-line. Guia de preparação do local do instrumento MiSeq FGx 3

4 Entrega e instalação Um provedor de serviço autorizado pela Illumina entrega, retira das caixas e posiciona o MiSeq FGx na bancada do laboratório. O espaço e a bancada devem estar prontos antes da entrega. CUIDADO Apenas pessoal autorizado pela Illumina deve desencaixotar, instalar ou mover o MiSeq FGx. O manuseio incorreto do instrumento pode afetar o alinhamento ou danificar componentes do instrumento. O instrumento é pesado. Retirar da caixa, instalar ou mover inadequadamente o MiSeq FGx pode: } Causar graves lesões se houver queda ou manuseio incorreto. } Ser danificado ou quebrado. Um representante da Illumina instalará e alinhará o instrumento. É necessário ter uma conexão com o armazenamento de dados para que o sistema funcione adequadamente. Consulte Considerações sobre rede na página 11 para obter etapas que devem ser realizadas antes da instalação. CUIDADO Depois que o representante da Illumina instalar e alinhar o MiSeq FGx, não mude o instrumento de lugar. Mover o instrumento incorretamente pode afetar o alinhamento óptico e comprometer a integridade dos dados. Se você precisar mudar o MiSeq FGx de lugar, entre em contato com o representante da Illumina. Conteúdo e dimensões na caixa O MiSeq FGx é enviado em uma caixa. Use as dimensões a seguir para determinar a largura de porta mínima necessária para acomodar o recipiente de transporte. Medida Largura Altura Profundidade Peso Dimensões na caixa 72,4 cm (28,5 pol) 76,8 cm (30,25 pol) 83,8 cm (33 pol) 90,7 kg (200 lb) A caixa contém o instrumento MiSeq FGx juntamente com os seguintes componentes: } Frasco de resíduos, bandeja coletora e duas etiquetas para locais de limitação para transporte. } MiSeq FGx Kit de acessórios, que contém os seguintes componentes: Bandeja de limpeza Frasco de resíduos, 500 ml Tampa para frasco de resíduos (vermelha) Ferramenta de acionamento sextavada com alça em T, 6 mm Ferramenta de acionamento sextavada com alça em T, 5/64 pol Cabo de rede, blindado CAT6 } Cabo de alimentação 4 Nº da peça Rev. A PTB

5 Requisitos do laboratório Esta seção apresenta os requisitos e as orientações para configurar corretamente o espaço do laboratório para o MiSeq FGx. Para obter mais informações, consulte Restrições ambientais na página 10. Dimensões do instrumento Figura 1 MiSeq FGx Instrumento Requisitos do laboratório O MiSeq FGx tem as seguintes dimensões após a instalação: Medida Largura Altura Profundidade Peso Dimensões do instrumento 68,6 cm (27 pol) 52,3 cm (20,6 pol) 56,5 cm (22,2 pol) 57,2 kg (126 lb) Requisitos de posicionamento O MiSeq FGx deve ser posicionado de forma a garantir o acesso ao interruptor e à tomada, a ventilação adequada e a manutenção do instrumento. } Verifique se você consegue alcançar o lado direito do instrumento para ligar ou desligar o botão localizado no painel traseiro, ao lado do cabo de alimentação. } Posicione o instrumento para que qualquer um possa desligar rapidamente o cabo de alimentação da tomada. } O instrumento deve ser acessível por todos os lados, com o uso das seguintes dimensões de distância mínima: Acesso Laterais Posterior Superior Distância mínima Deixe pelo menos 61 cm (24 pol) de cada lado do instrumento. Deixe pelo menos 10,2 cm (4 pol) de distância atrás do instrumento. Deixe pelo menos 61 cm (24 pol) de distância acima do instrumento. Se o instrumento estiver posicionado sob uma prateleira, verifique se a distância mínima é respeitada. Guia de preparação do local do instrumento MiSeq FGx 5

6 CUIDADO Se você precisar mudar o MiSeq FGx de lugar, entre em contato com o representante da Illumina. Mover o instrumento incorretamente pode afetar o alinhamento óptico e comprometer a integridade dos dados. Dimensões do servidor, roteador e monitor O servidor do ForenSeq Universal Analysis Software tem as seguintes dimensões após a instalação: Medida Largura Altura Profundidade Dimensões do instrumento 17,78 cm (7 pol) 45,72 cm (18 pol) 63,5 cm (25 pol) O roteador tem as seguintes dimensões após a instalação: Medida Largura Altura Profundidade Peso Dimensões do instrumento 25,4 cm (10 pol) 4,1 cm (1,6 pol) 17,78 cm (7 pol) 590 g (1,3 lb) O monitor, com o suporte de monitor, tem as seguintes dimensões após a instalação: Medida Largura Altura Profundidade Peso Dimensões do instrumento 51 cm (20,11 pol) 36 cm (14,37 pol) 24 cm (9,45 pol) 6,45 kg (14,22 lb) Orientações para a bancada do laboratório A Illumina recomenda colocar o instrumento em uma bancada de laboratório sem rodas. A bancada deve conseguir suportar o peso do aparelho, que é de 57,2 kg (126 lb). Largura Altura Profundidade Rodas 122 cm (48 pol) 91,4 cm (36 pol) 76,2 cm (30 pol) Não Para os clientes dos EUA, a Illumina recomenda a seguinte bancada de laboratório: Bench-Tek Solutions ( nº do catálogo BT40CR-3048BS-PS 6 Nº da peça Rev. A PTB

7 Orientações sobre vibração CUIDADO O MiSeq FGx é sensível a vibrações. Use as seguintes orientações para minimizar as vibrações durante o sequenciamento e garantir o melhor desempenho: } Coloque o instrumento sobre uma bancada de laboratório forte e imobilizada. } Não coloque na bancada nenhum outro equipamento que possa provocar vibrações, como um agitador, centrifugador, ou instrumentos com ventiladores pesados. } Não instale o instrumento perto de portas usadas com frequência. Abrir e fechar portas pode provocar vibrações. } Não instale um suporte para teclado que fique abaixo da bancada. } Enquanto o instrumento estiver executando o sequenciamento, não toque nele, não abra a porta do reagente e não coloque nada em cima dele. Requisitos do laboratório Configuração de laboratório para procedimentos de PCR O processo de reação em cadeia de polimerase (PCR) é usado para preparar bibliotecas para sequenciamento de amplicon. A menos que você tenha bastante cuidado, os produtos PCR podem contaminar reagentes, instrumentos e amostras, causando resultados imprecisos e não confiáveis. A contaminação de produtos PCR pode afetar negativamente os processos do laboratório e atrasar as operações normais. CUIDADO Antes começar a trabalhar no laboratório, é preciso estabelecer áreas dedicadas e procedimentos de laboratório para evitar a contaminação de produtos PCR. Aplicação de áreas separadas fisicamente Verifique se o seu laboratório está configurado adequadamente para reduzir o risco de contaminação por produtos PCR. Dedique um espaço do laboratório pré-pcr fisicamente separado no qual os processos pré-pcr serão realizados (extração de DNA, quantificação e normalização). Dedique um espaço do laboratório pós-pcr fisicamente separado no qual os produtos PCR serão feitos e processados. Nunca utilize a mesma pia para limpar materiais pré-pcr e pós-pcr. Nunca compartilhe o mesmo sistema de purificação de água para processos pré- PCR e pós-pcr. Guarde todos os suprimentos usados nos protocolos pré-pcr na área pré-pcr, e transfira-os para a área pós-pcr conforme necessário. O instrumento precisa estar localizado no laboratório pós-pcr. Equipamentos e suprimentos dedicados Dedique conjuntos completos e separados de equipamentos e suprimentos (pipetas, incubadora, bloco térmico, agitador, centrífuga etc.) para processos de laboratório pré e pós-pcr, e nunca compartilhe entre processos. Dedique áreas de armazenamento separadas (congeladores e refrigeradores) para materiais de consumo pré e pós-pcr. Guia de preparação do local do instrumento MiSeq FGx 7

8 Requisitos elétricos Esta seção lista as especificações de energia e descreve os requisitos elétricos para a sua instalação. Especificações de energia Tipo Tensão de linha Consumo de energia Especificação Volts CA a 50/60 Hz 400 Watts Conexões Sua instalação deve contar com os seguintes equipamentos: } Para Volts CA: é necessária uma linha dedicada de 10 amp aterrada e com tensão adequada. América do Norte e Japão Tomada: NEMA 5-15 } Para Volts CA: é necessária uma linha de 6 amp aterrada e com tensão adequada. } Se a tensão oscilar mais de 10%, será necessário um regulador de linha de energia. Terra de proteção Cabos de alimentação O MiSeq FGx tem uma ligação à terra de proteção pelo seu compartimento. O aterramento de segurança no cabo de alimentação retorna o terra de proteção para uma referência segura. A conexão do terra de proteção no cabo de alimentação deve estar em boas condições durante o uso deste dispositivo. O MiSeq FGx vem com uma conexão padrão internacional IEC C13 e é fornecido com um cabo de alimentação específico da região. As tensões perigosas são removidas do instrumento somente quando o cabo de alimentação for desconectado da fonte de alimentação CA. CUIDADO Nunca use um cabo de extensão para ligar o instrumento a uma fonte de alimentação. Fusíveis O MiSeq FGx não contém fusíveis que podem ser substituídos pelo usuário. 8 Nº da peça Rev. A PTB

9 No-break É recomendável o uso de um no-break fornecido pelo usuário. A Illumina não é responsável por execuções afetadas por interrupções de energia, independentemente de haver um no-break para o instrumento ou não. A energia fornecida por gerador padrão muitas vezes não é ininterrupta e tem uma breve queda de energia antes de retomá-la, o que causa a interrupção de uma execução de sequenciamento. No-break Guia de preparação do local do instrumento MiSeq FGx 9

10 Restrições ambientais Elemento Temperatura Umidade Elevação Qualidade do ar Ventilação Especificação Transporte e armazenamento: -10 C a 40 C (14 F a 104 F) Condições operacionais: 19 a 25 (66 F a 77 F) Transporte e armazenamento: Umidade sem condensação Condições operacionais: 30-75% de umidade relativa (sem condensação) Abaixo de metros (6.500 pés) Ambiente com grau de poluição II ou melhor Observação: um ambiente com grau de poluição II é definido como aquele que normalmente inclui somente poluentes não condutores. Consulte o seu departamento de instalações para obter requisitos de ventilação para o nível de saída de calor esperado do instrumento. Saída de calor Potência medida Saída térmica 400 Watts Btu/h Saída de ruído O MiSeq FGx é um instrumento refrigerado a ar. O ruído do ventilador é claramente audível quando o instrumento está funcionando. Saída de ruído (db) Distância do instrumento < 62 db 1 metro (3,3 pés) Uma medição de < 62 db é o nível de uma conversa normal a uma distância de aproximadamente 1 metro (3,3 pés). 10 Nº da peça Rev. A PTB

11 Considerações sobre rede Uma conexão de rede é exigida devido à quantidade de dados gerados pelo MiSeq FGx. Essa conexão de rede pode ocorrer por meio de uma LAN do cliente ou de um roteador fornecido pela Illumina. } Um cabo de rede CAT6 blindado com 3 metros (9,8 pés) de comprimento é fornecido com o instrumento. Os clientes acessam uma interface da web no servidor para se comunicar com o MiSeq FGx Forensic Genomics System. Se o servidor não estiver listado no DNS (Sistema de Nomes de Domínio), certifique-se de que você tenha um endereço IP de servidor estático ou uma concessão estática em um endereço de DHCP (Protocolo de Configuração Dinâmica de Host) no momento da instalação. Para usar os seguintes recursos, é necessário ter conexões de rede: } Acessar arquivos de manifesto, planilhas de amostra e referências localizados em um servidor de rede a partir da interface do MFCS. } Mover facilmente dados de execução e análises anteriores para um local do servidor para armazenamento e para gerenciar o espaço em disco no computador do MiSeq FGx integrado. } Monitorar e gerenciar a análise secundária utilizando o ForenSeq Universal Analysis Software. OBSERVAÇÃO Após a conexão com uma rede, configure o Windows Update de modo que o MiSeq FGx não seja atualizado automaticamente. Se as atualizações automáticas permanecerem ativadas, talvez o MiSeq FGx reinicialize durante uma execução. Se uma reinicialização ocorrer, inicie a execução desde o princípio. Use as seguintes recomendações para instalar e configurar uma conexão de rede: } Use uma conexão de 1 gigabit entre o instrumento e seu sistema de gerenciamento de dados. Essa conexão pode ser feita diretamente ou por meio de um switch de rede. } Após a conexão com uma rede, configure o Windows Update de modo que o Instrumento não atualize automaticamente. A Illumina recomenda aguardar um mês após um lançamento do Windows antes de permitir uma atualização. Considerações sobre rede Suporte de rede A Illumina não fornece suporte para instalação ou suporte técnico para inclusão do instrumento na rede. Revise as atividades de manutenção de rede em busca de possíveis riscos de compatibilidade com o sistema do Illumina, incluindo os seguintes riscos: } Remoção dos GPOs (Objetos de Política de Grupo): os GPOs podem afetar o sistema operacional (SO) dos recursos conectados da Illumina. Mudanças no SO podem interromper o software proprietário nos sistemas da Illumina. Os instrumentos da Illumina foram testados e tiveram sua operação correta confirmada. Após a conexão com GPOs do domínio, algumas configurações podem afetar o software do instrumento. Se o software do instrumento operar de forma incorreta, consulte o administrador de TI de sua instalação sobre uma possível interferência de GPO. Guia de preparação do local do instrumento MiSeq FGx 11

12 } Ativação do firewall do Windows e do Windows Defender: esses produtos do Windows podem afetar os recursos do SO acessados pelo software da Illumina. A Illumina recomenda a instalação de um software antivírus para proteger o computador de controle do instrumento contra vírus. Para obter mais informações, consulte Software antivírus na página 13. } Mudanças nos privilégios de usuários pré-configurados: a Illumina recomenda a manutenção de privilégios pré-existentes para usuários pré-configurados. No entanto, os usuários pré-configurados podem ficar indisponíveis. 12 Nº da peça Rev. A PTB

13 Software antivírus O Illumina recomenda a compra e instalação de um software antivírus de sua preferência a fim de proteger o computador de controle de instrumento contra vírus. A Illumina testou o Symantec no Windows 7 com as configurações a seguir. Para evitar perda de dados ou interferência na operação do instrumento, configure o software antivírus da seguinte forma: } Configure para verificações manuais. Não permita verificações manuais. } Execute verificações manuais apenas quando o instrumento não estiver em uso. } Configure as atualizações para que sejam baixadas sem a autorização do usuário, mas não instaladas. } Não reinicialize automaticamente o computador após a atualização. } Exclua o diretório do aplicativo e as unidades de dados de qualquer proteção de sistema de arquivos em tempo real, especificamente C:\Illumina, e as unidades D:\ e E:\ Software antivírus Guia de preparação do local do instrumento MiSeq FGx 13

14 Materiais de consumo e equipamentos fornecidos pelo usuário Os materiais de consumo e equipamentos a seguir são necessários para a realização de execuções de sequenciamento no MiSeq FGx. Para obter mais informações, consulte o Guia de referência do instrumento MiSeq FGx (nº da peça _PTB). Materiais de consumo fornecidos pelo usuário Os materiais de consumo fornecidos pelo usuário a seguir devem estar disponíveis antes do início de uma execução. Material de consumo Fornecedor Finalidade Compressa com álcool, 70% isopropílico VWR, nº do catálogo * Limpeza do suporte da lâmina de fluxo ou 70% etílico Fornecedor de itens de uso comum do laboratório Luvas descartáveis, sem pó Fornecedor de itens de uso comum do laboratório Uso geral Lenço de papel de laboratório, poucos fiapos Lenço de papel para lentes, 4 x 6 pol. Tubos de microcentrífuga Hipoclorito de sódio Tween 20 Pinças, plásticas com ponta quadrada (opcional) Água, sem nuclease VWR, nº do catálogo * VWR, nº do catálogo * Fornecedor de itens de uso comum do laboratório Fornecedor de itens de uso comum do laboratório Sigma-Aldrich, nº do catálogo P7949 McMaster-Carr, nº do catálogo 7003A22* Fornecedor de itens de uso comum do laboratório Limpeza da plataforma da lâmina de fluxo e a vedação que cobre o reservatório de amostras de carregamento Limpeza da lâmina de fluxo Desnaturação e diluição de bibliotecas de amostras e DNA de controle de PhiX Limpeza do instrumento Limpeza do instrumento Remoção da lâmina de fluxo do recipiente de transporte da lâmina de fluxo Limpeza do instrumento * ou equivalente Orientações para água sem nuclease Utilize sempre água sem nuclease para realizar os procedimentos com instrumentos. Nunca use água da torneira ou água desionizada. Qualquer um dos exemplos a seguir são aceitáveis: } Illumina PW1 } Água de 18 Megohm (MΩ) } Água Milli-Q } Água Super-Q } Água de qualidade de biologia molecular 14 Nº da peça Rev. A PTB

15 Equipamentos fornecidos pelo usuário } Congelador, -25 C a -15 C, frost-free } Balde de gelo } Refrigerador, 2 C a 8 C Materiais de consumo e equipamentos fornecidos pelo usuário Guia de preparação do local do instrumento MiSeq FGx 15

16 Observações

17 Assistência técnica Para obter assistência técnica, entre em contato com o suporte ao cliente da Illumina. Tabela 1 Informações de contato gerais da Illumina Endereço Site Illumina Way San Diego, CA EUA techsupport@illumina.com Assistência técnica Tabela 2 Números de telefone do suporte ao cliente da Illumina Região Número de contato Região Número de contato América do Norte Holanda Alemanha Irlanda Áustria Itália Bélgica Noruega Dinamarca Reino Unido Espanha Suécia Finlândia Suíça França Outros países Ficha de dados de segurança As fichas de dados de segurança (SDSs) estão disponíveis no site da Illumina, no link support.illumina.com/sds.html. Documentação do produto No site da Illumina, há documentação do produto em PDF disponível para download. Acesse support.illumina.com, selecione um produto e clique em Documentation & Literature (Documentação e literatura). Guia de preparação do local do instrumento MiSeq FGx

18 Illumina San Diego, Califórnia EUA ILMN (4566) (fora da América do Norte)