INTERESSES DE INVESTIGAÇÃO Bioinformática Análise de dados de estudos de expressão génica Análise de texto biomédico Integração de dados Biomédicos

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1 CURRICULUM VITAE INFORMAÇÃO PESSOAL Nome Nacionalidade Morada Telefone Correio electrónico Data de nascimento 05/10/1981 ARRAIS, JOEL PERDIZ PORTUGUESA URBANIZAÇÃO CHAVE, LT. 12, R/C ESQ., SANTIAGO GLÓRIA AVEIRO INTERESSES DE INVESTIGAÇÃO Bioinformática Análise de dados de estudos de expressão génica Análise de texto biomédico Integração de dados Biomédicos HABILITAÇÕES ACADÉMICAS Grau Doutoramento em Engenharia Informática Datas (de até) Junho de 2005 Março de 2010 Área do Estudo Bioinformática Título da Tese Sistemas de Informação para DNA microarrays Instituição de Acolhimento Instituição que conferiu o Grau Grau Licenciatura em Engenharia de Computadores e Telemática Duração 5 anos, 10 semestres (360 ECTS) Datas (de até) Setembro de 1999 Setembro de 2004 Áreas abrangentes Tecnologias de informação, a ciência e engenharia de computadores e as telecomunicações. Classificação obtida Estabelecimento de Ensino 16 Valores HABILITAÇÕES COMPLEMENTARES Certificação das Competências Pedagógicas Certificado de Aptidão Profissional nº EDF /2006 DC EXPERIÊNCIA PROFISSIONAL Datas (de até) Janeiro de 2010 Julho 2010 Assistente Convidado (tempo parcial) Secção Autónoma de Ciências da Saúde (SACS), Bolseiro de Pós-Doutoramento IEETA / Prof. Doutor José Luis Oliveira Página 1 - Curriculum vitae de

2 Datas (de até) Projecto Janeiro de 2006 Dezembro de 2009 Bolseiro de Doutoramento da Fundação para a Ciência e a Tecnologia IEETA / Sistemas de Informação para microarrays Prof. Doutor José Luís Oliveira Datas (de até) Novembro de 2004 Dezembro de 2005 Projecto Bolseiro de Iniciação à Investigação Científica IEETA / Sistemas de suporte ao desenho automático de chips de DNA Prof. Doutor José Luís Oliveira EXPERIÊNCIA LECTIVA Data Disciplina Posição Instituição Ano lectivo 2009/2010 Aplicacionais em Bioinformática Clínica Mestrado em Biomedicina Farmacêutica e Mestrado em Biomedicina Molecular Regente Secção Autónoma de Ciências da Saúde (SACS), EXPERIÊNCIA FORMATIVA Data Módulo Datas Módulos Datas (de até) Total de horas Dezembro de 2009 Pós-graduação em Bioinformática das Ciências da Saúde Análise de dados em Genómica Escola de Ciências da Saúde - Universidade do Minho Edições de 2007, 2008, 2009 e 2010 Practical Approach to Ecotoxicogenomics Introduction to Bioinformatics Microarrays from a data management perspective Outubro de 2006 Novembro de 2006 Formação em utilização do Portal de Saúde RTS Hospital Infante Dom Pedro, Aveiro 48 Horas EXPERIÊNCIA CIENTÍFICA PARTICIPAÇÃO EM PROJECTOS ( ) Projecto da FCT Metodologias de expansão de termos de pesquisa para recolha de literatura biomédica ( ) Projecto Europeu Gen2Phen, Genotype-To-Phenotype Databases: A Holistic Solution ( ) Projecto Europeu EU-ADR, Early Detection of Adverse Drug Events by Integrative Mining of Clinical Records and Biomedical Knowledge ( ) Projecto Europeu InfoBioMed, Structuring European Biomedical Informatics to Support Individualised Healthcare DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS Mind (Microarray Information Database; GeneBrowser (http://bioinformatics.ua.pt/gb2) Quext (http://bioinformatics.ua.pt/quext) GENS (http://bioinformatics.ua.pt/gens) Página 2 - Curriculum vitae de

3 COLABORAÇÃO NA ORIENTAÇÃO DE TRABALHOS DE INVESTIGAÇÃO DISSERTAÇÕES DE MESTRADO João Eduardo de Sousa e Almeida Pereira, GeNS: uma Plataforma de Integração de Dados Biológicos., Bellina Ribau Teixeira, Métodos Computacionais para Análise de Dados de Microarrays., 2009 Carlos Daniel Correia de Almeida, Integração de ferramentas de análise de dados laboratoriais,, 2009 João Fernandes, GeneBrowser: Sistema de Recuperação de Dados Biológicos, Universidade de Aveiro, 2009 Pedro Jorge Pereira Lopes, Integração de serviços para extracção de conhecimento,, 2008 PROJECTOS DE 5º ANO DE LICENCIATURA João Fernandes, Optimização de processos de gestão de informação laboratorial, Universidade de Aveiro, 2007 Francisco Castro Lopes, Hugo Luís de Melo Pais, Exploração, filtragem e análise de dados laboratoriais,, 2006 Luís Filipe Carvalho da Silva, Maria Santos Soares de Albergaria Rodrigues, Sistema de Modelação, desenho e tratamento de dados gerados por chips de DNA,, 2005 PUBLICAÇÕES JORNAIS (PUBLICAÇÕES COMPLETAS COM AVALIAÇÃO) J. Arrais, J. Fernandes, J. Pereira and J. L. Oliveira, Exploring and identifying common biological traits in a set of genes, BMC Bioinformatics 2010, 11:212 S. Matos, J. Arrais, J. Maia-Rodrigues and J. L. Oliveira, Concept-based query expansion for retrieving gene related publications from MEDLINE, BMC Bioinformatics 2010, 11:212 A. R. Soares, P. M. Pereira, B. Santos, C. Egas, A. C. Gomes, J. Arrais, J. L. Oliveira, G. R. Moura, and M. A. Santos, "Parallel DNA pyrosequencing unveils new zebrafish micrornas," BMC Genomics, vol. 10, p. 195, J. Arrais, B. Santos, J. Fernandes, L. Carreto, M. A. S. Santos, and J. L. Oliveira, "GeneBrowser: an approach for integration and functional classification of genomic data," Journal of Integrative Bioinformatics, vol. 4, nº 3, G. Moura, M. Pinheiro, J. Arrais, A. C. Gomes, L. Carreto, A. Freitas, J. L. Oliveira, and M. A. Santos, "Large scale comparative codon-pair context analysis unveils general rules that finetune evolution of mrna primary structure," PLoS One, vol. 2, p. 847, CONFERÊNCIAS (PUBLICAÇÕES COMPLETAS COM AVALIAÇÃO) J. Arrais, J.!L. Oliveira, Gene-disease prioritization through biomedical networks, The 10th IEEE International Conferenceon Information Technology and Applications in Biomedicine - ITAB 2010 J. Arrais, J.!L. Oliveira, On the exploitation of cloud computing in Bioinformatics, The 10th IEEE International Conferenceon Information Technology and Applications in Biomedicine - ITAB 2010 Página 3 - Curriculum vitae de

4 J. Arrais, J. E. Pereira, P. Lopes, S. Matos, J.!L. Oliveira, Improving cross mapping in biomedical databases, The 4th International Workshop on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (IWPACBB 2010), Guimarães, 2010 S. Matos, J. Arrais, J. L. Oliveira, Expanding Gene-based PubMed Queries, The 4th International Workshop on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (IWPACBB 2010), Guimarães, 2010 J. Arrais, J. E. Pereira, J. Fernandes, and J. L. Oliveira, "GeNS: a biological data integration platform," presented at the International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, venice, Italy, P. Lopes, J. Arrais, and J. L. Oliveira, "DynamicFlow: A Client-Side Workflow Management System," Lecture notes in computer science., pp , J. Arrais, J. G. L. M. Rodrigues, and J. L. Oliveira, "Improving Literature Searches in Gene Expression Studies," in Advances in Intelligent and Soft Computing : 2nd International Workshop on Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, J. M. Corchado, et al., Eds., ed Berlin, DE: Springer Berlin / Heidelberg, 2009, pp. Capt. 10, p P. Lopes, J. Arrais, and J. e. Oliveira, "Dynamic service integration using web-based workflows," in iiwas '08: Proceedings of the 10th International Conference on Information Integration and Web-based Applications \& Services, Linz, Austria, 2008, pp J. Arrais, L. Carreto, M. A. Santos, and J. L. Oliveira, "A Microarray Information Database," presented at the BIOTECHNO 2008: International Conference on Biocomputation, Bioinformatics, and Biomedical Technologies, Bucharest, Romania, D. F. Polónia, J. Arrais, and J. L. Oliveira, "A Prospective Study on the Integration of Microarray Data in HIS/EPR," Lecture notes in computer science, ISBMDA 2006: 7th International Symposium, ISBMDA 2006, Thessaloniki, GR, Dez. 2006, p J. Arrais, J. L. Oliveira, G. Grimes, S. Moodie, K. Robertson, and P. Ghazal, "Microarray data sharing in BioMedicine," presented at the MIE 2006, Maastricht, Netherlands, L. Carreto, M.D.C. Santos, J. Arrais, M. Rodrigues, L. Silva, J. Oliveira, M. Santos, Implementation of a National Facility for DNA Microarrays in Portrugal, Proc. MGED 8: 8th International Meeting of the Microarray Gene Expression Data Society, Bergen, Set. 2005, p J. Arrais, L. Silva, M. Rodrigues, L. Carreto, J. L. Oliveira, and M. A. S. Santos, "Why another microarray LIMS," presented at the 3th European Medical and Biological Engineering Conference, Prage, Czech Republic, V. Sklyarov, I. Skliarova, B. Pimentel, J. Arrais, Hardware/Software Implementation of FPGA-targeted Matrix-Oriented SAT Solvers, apresentada em The International Conference on Field-Programmable Logic, FORMAÇÃO REALIZADA 8th BioSapiens European School in Bioinformatics, Maio de 2008, Cambridge, Reino Unido. Curso de Análise de dados de Microarrays, Janeiro de 2006, Lisboa, Portugal. European Summer School in Biomedical Informatics, Julho de 2006,Balatonfüred, Hungria. Página 4 - Curriculum vitae de

5 COMPETÊNCIAS TÉCNICAS LINGUAGENS DE PROGRAMAÇÃO C, C++, C#, JAVA HTML, JAVASCRIPT, ASP.NET PROLOG, CAML, R TECNOLOGIAS DE BASE DE DADOS MICROSOFT SQLSERVER MYSQL POSTGRESQL MODELAÇÃO DE SISTEMAS UML/RUP PRÉMIOS DE MÉRITO Obtenção de uma Bolsa de Doutoramento com a duração de quatro anos entre Janeiro de 2005 e Dezembro de 2009, atribuída pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia, para a consecução do Plano de Trabalhos. ESTÁGIOS DE CURTA DURAÇÃO Estágio de três semanas, subsidiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia, na unidade de investigação European Bioinformatics Institute em Cambridge, Reino Unido no mês de Abril de Estágio de três meses, subsidiado pelo Projecto Europeu InfoBioMed, na unidade de investigação Scottish Centre for Genomic Technology & Informatics em Edimburgo, Reino Unido, no âmbito do projecto Ferramentas para um repositório de experiências de microarrays entre Julho e Setembro de Joel Arrais 17 de Março de 2011 Página 5 - Curriculum vitae de

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