National Biodiversity Information Infrastructure - INDBIO A reference architecture

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1 National Biodiversity Information Infrastructure - INDBIO A reference architecture Eduardo Dalcin Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro 25 de abril de 2014

2 Context Rationale The proposal Overview Mission and objectives Principles Elements Institutions Actors Resources Tools Agenda

3

4 The proposal Begining of a process Isn't the only valid Isn t finished Isn t perfect Intends to list and describe the fundamental elements that make up the infrastructure, their arrangements, roles and relationships. Needs {colaboration, participation, contrbution}!

5 Context

6 Rationale November st Meeting Present the Project SiBBr and gather information to subsidise the implementation strategy; Question: What should be the main architecture? The Technical and Scientific Committee was created

7 Proposed Architecture Documento do Projeto, pg. 20

8 Rationale TSC Meetings December 2011 Demand the creation of an Architecture Task Force to review the Architecture February 2012 Discussion over the aspects of the architecture March 2012 Report on the advances of the Task Force

9 Current Status Staff at LNCC dedicated to implement the SiBBr

10 Still something missing

11 April 2014

12 INDBio Overview... In this document we consider a overview, at its highest level of abstraction, where basic elements interact with each other in the form of a network.

13 Overview...In this document we consider the following definitions of architecture : The fundamental organization of a system, embodied in its components, their relationships to each other and the environment, and the principles governing its design and evolution. (ISO/IEC/IEEE, 2011); A formal description of a system, or a detailed plan of the system at component level to guide its implementation. (The Open Group, 2011); The structure of components, their inter-relationships, and the principles and guidelines governing their design and evolution over time. (The Open Group, 2011).

14 ... This overview described herein does not replace an documentation that provides a comprehensive approach to the design, planning, implementation and governance of a formal architecture, modeled in levels or domains, such as : Business, Application, Data and Technology. To do this, a proper framework or methodology should be used, such as TOGAF (Haren, 2011).

15 Mission and Objectives Mission: To provide better decision-making process in conservation and sustainable and socially equitable use of biodiversity through an interdisciplinary government initiative, towards qualification, integration and publication of biodiversity data. Objectives: To ensure a broad collaboration between institutions, experts and thematic groups; To ensure a free and open access to qualified biodiversity data; Avoid duplication of efforts and inconsistent sources of information; Ensure that the best available knowledge and scientific rigor are prevalent in decision making.

16 Principles The INDBio has an network organization, nonlinear, nonhierarchical, formed of elements and interactions, and focused on institutions; The architecture elements can aggregate in Functional Units ; Exemplo de Unidade Funcional provedora de dados primários

17 Principles (cont.) The architecture is based on the sharing and reuse of components and data between applications, and service-oriented, with the adoption of open standards and protocols widely used;

18 Principles (cont.) All the biodiversity data available in INDBio must have a set of associated metadata; All the biodiversity data available in INDBio must have someone responsible for their quality, consistency and integrity; All the biodiversity data available in INDBio is considered public, and its use is defined by the license in the corresponding metadata;

19 Elements Institutions Actors Resources Instruments / Tools

20 Instituições...As instituições 1 são consideradas os elementos fundamentais desta arquitetura, uma vez que se apresentam como agregadores de outros elementos da arquitetura. Além disto, conferem à arquitetura solidez institucional, que pode ainda ser promovida por instrumentos jurídicos e normativos apropriados. (1) Instituições: Organizações governamentais, das esferas federal, estadual e municipal; e sociais de direito privado, sem fins lucrativos (Lei nº 9.637, de 15 de maio de 1998; e Lei nº 9.790, de 23 de março de 1999)

21 Para não se perder!

22 Instituições Provedora de Dados Dados Mestres e de Referência Dados de Ocorrências Dados Ecológicos Produção Intelectual Dados Genéticos Dados de Germoplasma Bancos de Semenes Coleções Vivas Qualificadora de Dados Provedora de Infraestrutura Provedora de Ferramentas e Sistemas Provedora de Análise e Síntese

23 Instituições Provedoras de Dados Mestres e de Referência...Dados Mestres e de Referência são aqueles que são requeridos por diferentes grupos, processos e sistemas da INDBio, e provêm contexto para os dados transacionais (DAMA International, 2012).

24 Instituições Provedoras de Dados sobre Ocorrências...As instituições detentoras de coleções biológicas são um dos pilares fundamentares da INDBio, oferecendo dados sobre ocorrência para serem: Consumidos por outros sistemas de integração, análise e síntese (machine readable ou M2M); Consumidos por especialistas e utilizados em processos de produção intelectual e análise e síntese (human readable); Expostos à crítica visando à melhoria de qualidade por especialistas e ferramentas automatizadas ou assistidas (machine and human readable);

25 Instituições Provedoras de Dados sobre Ocorrências

26 Instituições Provedoras de Dados sobre Ocorrências

27 Instituições Provedoras de Dados sobre Ocorrências

28 Instituições Provedoras de Dados sobre Ocorrências O documento necessita ainda caracterizar: Coleções correlatas DNA Madeiras (xiloteca) Frutos (carpoteca) Etc... Outras fontes de dados de ocorrência Licenciamento Citizen Science Etc... Coleções Paleontológicas O que mais?

29 Coleções Paleontológicas

30 Instituições Provedoras de Dados Ecológicos

31 Instituições com repositórios institucionais de produção intelectual

32 Instituições provedoras de dados genéticos

33 Instituições provedoras de dados de germoplasma

34 Atores...Neste documento, reconhecemos dois grandes grupos de atores: aqueles relacionados com o conteúdo dados e informações, e aqueles relacionados com a infraestrutura, física e lógica, que os suportam....em relação aos atores relacionados com o conteúdo, podemos ainda agrupá-los em três grupos, à saber: Produtor, Transformador e Consumidor

35 Para não se perder!

36 Organizações de atores Sociedades Científicas Redes temáticas Redes de especialistas O que mais?

37 Recursos Recursos de Infraestrutura Armazenagem Processamento Conectividade Plataformas, ferramentas e aplicativos Recursos de Dados Dados sobre espécies e suas características Dados sobre testemunhos, ocorrência e registro de espécimes Dados Ecológicos ou Observacionais Dados sobre interações entre espécies Dados sobre ameaças O que mais?

38 Para não se perder!

39 Tipificação de Dados na DIPEQ/JBRJ

40 Instrumentos Normas, Políticas, Decretos, Leis, etc. Padrões, Vocabulários e Ontologias Estratégia Nacional de Informação Sobre Biodiversidade Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira - SiBBr O que mais?

41 Para não se perder!

42 Normas, Políticas, Decretos, Leis, etc. Política Nacional do Meio Ambiente (Lei n.º 6.938, de 31 de agosto de 1981) Lei n.º , de 16 de abril de 2003 (Lei de Acesso à Informação Ambiental) Lei n.º 9.795, de 27 de abril de 1999 (Política Nacional de Educação Ambiental) Lei n.º 9.610/1998 (Lei de Direitos Autorais, LDA) Lei n.º 9.279/96, ou Lei da Propriedade Industrial (LPI) Lei n.º /2011, de 18 de novembro de 2011 (Lei e Acesso à Informação LAI) Decreto n de 1975, que trata da Convenção sobre o Comércio Internacional de Espécies Ameaçadas de Fauna e Flora Silvestres (Cites) Decreto nº 6.666, de 27 de novembro de 2008: Institui a INDE Decretos legislativos nos. 02 e 03 de 1994, que disciplinam a Convenção da Diversidade Biológica Decreto Federal Nº 4.339, de 22 de agosto de Institui princípios e diretrizes para a implementação da Política Nacional da Biodiversidade Portaria no. 43, DE 31 DE JANEIRO DE 2014 MMA Pró-espécies Etc... O que mais?

43 Padrões, Vocabulários e Ontologias O documento traz uma introdução e lista padrões e iniciativas pertinentes. Este instrumento necessita de colaboração / responsável!...padrões, vocabulários e ontologias são elementos fundamentais da interoperabilidade entre sistemas de informação e, em última instância, são elementos que possibilitam que a INDBio funcione como uma rede.

44 Estratégia Nacional de Informação Sobre Biodiversidade Eixos prioritários Capacitação Comunicação Infraestrutura Governança Ações Estruturantes... A Estratégia Nacional de Informação sobre Biodiversidade é um documento que estabelece diretrizes que irão orientar e priorizar as ações nacionais e regionais para a instalação da Infraestrutura Nacional de Informação sobre Biodiversidade, seu funcionamento, evolução e sustentabilidade. Oferta de capacitação em Informática na Biodiversidade, qualificação e governança de dados, análise e síntese, Taxonomia, etc. Promoção da geração de produtos oriundos dos produtos e serviços oferecidos pelo SiBBr, e da utilização destes produtos no apoio à decisão Oferta de infraestrutura de armazenagem e gestão de recursos computacionais, infraestrutura adequada ao crescimento e dinamização das coleções biológicas O que mais?

45 Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira - SiBBr...A instalação de uma infraestrutura como a INDBio demanda um conjunto de ferramentas, produtos e serviços que, pelas suas características estruturais e transversais, atuam um núcleo operacional desta Infraestrutura. Este núcleo auxilia na implementação, propagação e consolidação destas ferramentas, produtos e serviços, no momento inicial de instalação da INDBio, onde esta estrutura é precária ou inexistente. Além disso, funciona como articulador central entre a demanda e a oferta de informações sobre biodiversidade pelos diferentes atores, define e homologa padrões e protocolos de interoperabilidade entre os sistemas e garante um fluxo contínuo de dados e informações de qualidade pela rede.

46 Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira - SiBBr Ferramentas, produtos e serviços Portal agregador de produtos e serviços Cadastro Nacional de Coleções Biológicas Agregador de dados de coleções biológicas Serviço de imagem em alta resolução Serviço de Mapa Serviço de Modelagem Repositório de Produção Intelectual Resolvedor de nomes científicos ( taxonomic backbone ) Serviço de Limpeza e Mineração de Dados Serviço de Anotações Serviço de Biodiversity Literature Mark-up Serviço de identificador único persistente para objetos de coleção biológica Repositório de códigos-fonte Repositório de Workflow Científico Registrador de Serviços Sistema de Suporte à Decisão

47 Para não se perder!

48 SiBBr - Portal agregador de produtos e serviços Conceito One Stop Shop Exemplos: Pensoft Taxon Profile Atlas of Living Australia Biodiversity Information Serving Our Nation (BISON)

49 SiBBr - Portal agregador de produtos e serviços

50 SiBBr - Portal agregador de produtos e serviços Códigosfonte Cadastro de Coleções Dados de Ocorrências Anotações Dados sobre Espécies Resolvedor de Nomes Interface única e intuitiva Ferramentas de Análise e Síntese Modelos Produção Intelectual Mapas Imagens em Alta Resolução

51 SiBBr - Cadastro Nacional de Coleções Biológicas...Coleções Biológicas desempenham um papel central, fundamental e crítico em qualquer iniciativa relacionada com a informação sobre biodiversidade......entretanto, não existe um Diretório Nacional de Coleções Biológicas, nem como proposição em nenhum dos documentos acima, capaz de servir de referência quantitativa e qualitativa das coleções biológicas nacionais. No contexto da INDBio, um diretório nacional destes repositórios da biodiversidade, seria capaz de fornecer um Identificador Persistente Único para estas coleções que, associado ao Identificador Persistente Único do testemunho do espécime (voucher) depositado na coleção, cria uma forma inequívoca de se referenciar à este testemunho depositado em uma coleção, facilitando a integração e interoperabilidades destes dados (GBIF, 2011).

52 SiBBr - Agregador de dados de coleções biológicas

53 SiBBr - Serviço de imagem em alta resolução

54 SiBBr - Serviço de Mapas e Modelagem

55 SiBBr Repositório de Produção Intelectual Agregador de produção intelectual indexada sobre biodiversidade

56 SiBBr Repositório de Dados Ecológicos

57 SiBBr Resolvedor de nomes científicos

58 SiBBr - Serviço de Limpeza e Mineração de Dados

59 SiBBr Serviço de Anotações FilteredPush AnnoSys

60 SiBBr - Serviço de Biodiversity Literature Mark-up

61 SiBBr - Serviço de Biodiversity Literature Mark-up

62 SiBBr - Serviço de Biodiversity Literature Mark-up

63 SiBBr - Serviço de identificador único persistente

64 SiBBr - Serviço de identificador único persistente Para conjuntos de dados Para objetos em coleções Para nomes científicos Para taxa concept

65 SiBBr - Repositório de códigos-fonte

66 SiBBr - Repositório de Workflow Científico

67 SiBBr - Registrador de Serviços

68 SiBBr - Sistema de Suporte à Decisão...Sistema de Suporte à Decisão (SAD) é um sistema ou subsistema interativo, baseado em computador, destinado a ajudar os tomadores de decisão a utilizarem tecnologias de comunicação, dados, documentos, conhecimento e / ou modelos para identificar e resolver problemas, concluir tarefas do processo de tomada de decisão, e tomar decisões. Sistema de Suporte à Decisão é um termo geral para qualquer aplicação de computador que melhora a capacidade de uma pessoa ou grupo para tomar decisões (Power, Burstein, & Sharda, 2011). No nível conceitual, Power (2002) apud (Hättenschwiler & Gachet) enumera cinco tipos de Sistemas de Suporte à Decisão: Os dirigidos à comunicação (Communication-Driven DSS), os dirigidos à dados (Data-Driven DSS), Os dirigidos à documentos (Document-Driven DSS), os dirigidos à conhecimento (Knowledge-Driven DSS) e os dirigidos à modelos (Model-Driven DSS)...

69 SiBBr - Sistema de Suporte à Decisão

70 Thanks! Eduardo Dalcin Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro Diretoria de Pesquisas Núcleo de Computação Científica e Geoprocessamento

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