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1 ANNUAL REPORT 2009

2 ANNUAL REPORT 2009

3 Leading Institute: Universidade Federal de Pernambuco Associated Institutions Instituto de Botânica do São Paulo (IBt) Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) Jardim Botânico do Rio of Janeiro (JBRJ) Museu Nacional (MN/UFRJ) Universidade Estadual de Feira de Santana (UEFS) Universidade Federal de Paraíba (UFPB) Centro of Referência em Informação Ambiental (CRIA) Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP) NYBG MOBOT MNF CoL Colaboradores International collaborators internacionais JBRJ IBt UFPB INPA MNRJ UFPE UEFS CRIA RNP Colaboradores National collaborators nacionais IPA TEPB ASE UFG EAN UEL CEPEC HST BHCB EAC SPF UFRN MOSS IMA PEUFR UB HFSL

4 TABLE OF CONTENTS 1.Introduction 1 2.Participants 2 3.Research Program in Taxonomy 5 4.Training 7 Best practices 7 New taxonomists 7 5.Virtual Herbarium 9 Baseline 9 Work carried out 11 Change of protocol (from DiGIR to Tapir) 11 Inclusion of new collections to the specieslink network 15 Website 16 New outputs of the information system 17 Data repatriation 18 Defining a strategy for data repatriation 21 Maintenance 22 6.Bibliographic Production 22 7.Progress Indicators 22 8.Final Considerations 26 9.Annex. Bibliographic Production 27

5 1. INTRODUCTION The Virtual Herbarium of Flora and Fungi of Brazil is part of CNPq s National Institutes of Science and Technology (INCT) Program. The Herbarium s mission is to provide a free and open data infrastructure for the scientific community, for policy and decision makers, and for society in general. It intends to achieve these goals by integrating data from Brazilian herbaria and by repatriating data about plants collected in Brazil and deposited in herbaria outside the country. To fulfill its mission the Virtual Herbarium aims to: Expand the knowledge base about the diversity of flora and macroscopic fungi in Brazil; Improve the quality of the holdings in Brazilian herbaria; Encourage the formulation of public policies aimed at ensuring the sustainability of herbaria, the training of taxonomists, and the provision of support for biodiversity studies; Make species occurrence data a fundamental instrument for decision making and for the formulation of public policies concerning biodiversity; Encourage as a standard conduct, free and open data and information sharing in a comprehensive, useful and usable format; and, Offer data and information to make environmental sustainability just as important as social and economic development in the formulation and assessment of public policies. The Virtual Herbarium s activities are focused on research, training, and knowledge transfer to society. As to research, the Virtual Herbarium is involved in the study of the diversity and taxonomy of plants and macroscopic fungi and with the use of species-occurrence data in the formulation of public policies. In the case of training, the Virtual Herbarium offers courses in taxonomy, curation of collections, and biodiversity informatics, aiming at providing researchers and technicians with better qualifications leading to an improvement in the quality of the Virtual Herbarium s holdings. It also supports the training of Masters and PhD students taking graduate courses in botany. Concerning the transfer of knowledge to society, the Virtual Herbarium is developing an open access, online data system about Brazilian plants and fungi. The integration and public availability of these data will support the analysis of specialists from different sectors, leading to a quicker advancement of knowledge. 1

6 2. PARTICIPANTS Team Leader: Leonor Costa Maia Assistant Team Leader: Maria Regina de V. Barbosa Steering Committee: Leonor Costa Maia (UFPE) Maria Regina de V. Barbosa (UFPB) Ariane Luna Peixoto (JBRJ) Mariângela Menezes (MN-UFRJ) João Renato Stehmann (UFMG) Ana Odete Santos Vieira (UEL) Coordinators of specific areas: José Rubens Pirani USP (taxonomy of phanerogams) Kátia Cavalcanti Pôrto UFPE (taxonomy of criptogams) Ariane Luna Peixoto JBRJ (training) Ana Odete Santos Vieira UEL (articulation) Maria Regina Barbosa UFPB (products) Dora Ann Lange Canhos CRIA (online information systems and products) Leading Institute: Universidade Federal de Pernambuco Associate Institutions Museu Nacional (MN/UFRJ) Instituto de Botânica (IBt) Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ) Universidade Federal da Paraíba (UFPB) Universidade Estadual de Feira de Santana (UEFS) Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA) Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP) Associate Herbaria and Collaborators/Curators Herbário da Embrapa Semiárido (HTSA) Lúcia Helena Kiill Herbário da Faculdade São Lucas, Roraima (HFSL) Ana Cristina Ramos de Souza Herbário da Fundação do Meio Amb., Ciência e Tecnol. de Roraima (MIRR) Andréia S. Flores Herbário da Universidade de São Paulo (SPF) Renato de Mello-Silva Herbário da Universidade Estadual de Londrina (UEL) Ana Odete Santos Vieira Herbário da Universidade Estadual de Feira de Santana (HUEFS) Luciano P. de Queiroz Herbário da Universidade Federal da Paraíba (EAN) Leonardo Pessoa Félix Herbário da Universidade Federal da Paraíba (JPB) Maria Regina de V. Barbosa Herbário da Universidade Federal de Minas Gerais (BHCB) Alexandre Salino Herbário da Universidade Federal de Pernambuco (UFP) Marlene C. de Alencar Barbosa Herbário da Universidade Federal de Pernambuco (URM) Leonor Costa Maia Herbário da Universidade Federal de Sergipe (ASE) Ana Paula Prata 2

7 Herbário da Universidade Federal de Goiás (UFG) José Angelo Rizzo Herbário da Universidade Federal de Brasília (UB) Carolyn Proença Herbário da Universidade Federal do Ceará (EAC) Maria Iracema B. Loiola Herbário da Universidade Federal do Piauí (TEPB) - Roseli Farias M. de Barros. Herbário da Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN) Jomar G. Jardim Herbário da Universidade Federal do Vale do São Francisco (HVASF) - José A. Siqueira Filho Herbário da Universidade Federal Rural do Semiárido (MOSS) - Leandro de O. F. de Sousa Herbário da Universidade Federal Rural de Pernambuco (HST) Ângela M. de M. Freitas Herbário da Universidade Federal Rural de Pernambuco (PEUFR) M.Elisabeth B. Pedrosa Herbário do Centro de Pesquisas da Lavoura Cacaueira (CEPEC) André Márcio Amorim Herbário do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA) - Rita de Cássia Araújo Pereira Herbário do Instituto de Meio Ambiente de Alagoas (IMA) Rosângela P. de Lyra Lemos Herbário do Instituto de Botânica de São Paulo (SP) Maria Candida Henrique Mamede Herbário do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) Carlos H. Franciscon Herbário do Jardim Botânico do Rio de Janeiro (RB) Rafaela C. Forzza Herbário do Museu Nacional (R) Luci de Senna Valle Researchers Name Institution, State CNPq Fellow Adriana de Mello Gugliotta IBt, SP - Alexandre Salino UFMG, MG PQ 2 Amélia Iaeca Kanagawa UFPB, PB - Ana Cristina Ramos de Souza FSL, RO - Ana Luiza Du Bocage Neta IPA, PE - Ana Maria Benko Iseppon UFPE, PE PQ 1D Ana Odete Santos Vieira UEL, PR - Andreia Silva Flores MIRR, RO - Ana Paula Prata UFS, SE - Andre Marcio Araujo Amorim UESC, BA PQ 2 Andréa Ferreira da Costa UFRJ, RJ - Ângela Maria de Miranda Freitas UFRPE, PE - Ariane Luna Peixoto JBRJ, RJ PQ 1B Ariadna Valentina de F. e Lopes UFPE, PE PQ 2 Carolyn Elinore Barnes Proença UnB, DF - Cássio Van Den Berg UEFS, BA PQ 1D Célia Leite Sant Anna IBt, SP - Célio Ubirajara Magalhães Filho INPA, AM PQ 2 Dora Ann Lange Canhos CRIA, SP - Francisca Araújo UFC, CE - Gladstone Alves da Silva UFPE, PE - Isabel Cristina Sobreira Machado UFPE, PE PQ 1B Iuri G. Baseia UFRN, RN PQ 1D 3

8 Name Institution, State CNPq Fellow Jefferson Prado IBt, SP PQ 1B João Renato Stehmann UFMG, MG PQ 1D José Alves de Siqueira Filho UNIVASF, PE - José Laurindo C. dos Santos INPA, AM - José Luis Bezerra CEPLAC, BA PQ 1D José Rubens Pirani USP, SP PQ 1A Kátia Cavalcanti Porto UFPE, PE PQ 1D Laíse de Holanda C. Andrade UFPE, PE PQ 1A Leandro de O.F. de Souza UFERSA, RN - Leonardo Pessoa Félix UFPB, PB Leonor Costa Maia UFPE, PE PQ 1B Lígia Queiroz Matias UFC, CE - Luci de Senna-Valle MN-UFRJ - Lucia Garcez Lohmann USP, SP - Luciano Paganucci de Queiroz UEFS, BA PQ 1D Luis Fernando P. Gusmão UEFS, BA - Marcela Eugênia da S. Cáceres UFS, SE PQ 2 Marcelo Tabarelli UFPE, PE PQ 1A Marcos Sobral UFSJ, MG - Marcus Alberto Nadruz Coelho JBRJ, RJ - Marccus Vinícius Alves UFPE, PE - Maria Auxiliadora Cavalcanti UFPE, PE PQ 2 Maria Alice Neves UFPB, PB - Maria Candida Henrique Mamede IBt, SP PQ 2 Maria das Graças M. de Souza UnB, DF - Maria de Fátima Figueiredo Melo INPA, AM - Maria Elizabeth B. Pedrosa UFRPE, PE - Maria Iracema Bezerra Loiola UFC, CE - Maria Regina de V. Barbosa UFPB, PB PQ 2 Mariângela Menezes UFRJ, RJ PQ 2 Marlene de Alencar Barbosa UFPE, PE - Marli Pires Morim JBRJ, RJ - Rafaela Campostrini Forzza JBRJ, RJ PQ 2 Regina Célia de Oliveira UnB, DF - Rita Baltazar de Lima UFPB, PB - Rita de Cássia Araújo Pereira IPA, PE - Rosângela P. de Lyra Lemos IMA, AL - Roseli Farias M. de Barros UFPI, PI - Ruy José Válka Alves JBRJ, RJ PQ 2 Sérgio Romaniuc-Neto USP, SP Tatiana Gibertoni UFPE, PE PQ 2 Vanderlei Perez Canhos CRIA, SP - 4

9 3. RESEARCH PROGRAM IN TAXONOMY The Virtual Herbarium s research program has the following aims: increase the number of networked herbaria by 100%; improve the quality of taxonomic identification; increase the level of digitization of all holdings to 80%; define strategies to guarantee taxonomic research of less studied groups; and increase the levels of interaction between different research groups. In 2009 efforts were made to promote a greater level of involvement within participating herbaria. As a result three new herbaria were incorporated into the program (two from Pernambuco HVASF and HTSA and one from Espírito Santo VIES) and the number of records that were digitized and made available online increased significantly (see Table 6). Two activities that have been very important for the future of the Virtual Herbarium are: (a) the definition of taxonomic groups whose identification represents a bottleneck for the advancement of knowledge due to the large number of species or to the complexity of the relationships between taxa; and (b) the development of tools that enable the evaluation of the size of the problem and the determination of priority actions to be implemented. A survey of plant herbaria data available on the specieslink network was carried out to identify the number of records lacking identification at the genus and species level (Table 1). A specialists visiting program to selected herbaria was planned based on these data. The number of unidentified or partially identified fungi data records is still being evaluated. Table 1. Families and corresponding number of records without data for genus and/or species (source specieslink, May 2009) Families Number of records Families Number of records Fabaceae Eriocaulaceae Euphorbiaceae Bignoniaceae Rubiaceae Cyperaceae Asteraceae Lauraceae Malpighiaceae Orchidaceae Myrtaceae Solanaceae Melastomataceae Clusiaceae Apocynaceae Piperaceae Malvaceae Acanthaceae Poaceae Sapindaceae In 2009 specialist teams made visits to ten selected herbaria in order to help reduce the number of unidentified records (Table 2). 16,639 samples were examined. 5

10 Table 2. Visits of specialist to selected herbaria to revise or identify specimens in 2009 Specialist / Institution of origin Haroldo Cavalcante de Lima and collaborators; Jardim Botânico do Rio de Janeiro, RJ Haroldo Cavalcante de Lima and collaborators Jardim Botânico do Rio de Janeiro, RJ Ariane Luna Peixoto Jardim Botânico do Rio de Janeiro, RJ Tatiana Baptista Gibertoni Universidade Federal de Pernambuco, PE and Leif Ryvarden Universidade de Oslo, Noruega Jadergudson Pereira Universidade Estadual de Santa Cruz, BA Marccus V. Alves Universidade Federal de Pernambuco, PE Marcos E. G. Sobral Universidade Federal de Ouro Preto, MG Jorge Fontella Pereira Museu Nacional UFRJ, RJ Olga Yano Instituto de Botânica SP José Iranildo M. de Melo Universidade Estadual da Paraíba, PB Visited Herbaruim / Institution / State / Períod of Visit BHCB, Universidade Federal de Minas Gerais, MG; OUPR, Universidade Federal de Ouro Preto, MG; April, 2009 MBM, Museu Botânico Municipal de Curitiba, PR UPCB, Universidade Federal do Paraná HBR, Herbário Barbosa Rodrigues, SC ICN, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, RS PACA, Instituto Anchietano de Pesquisas/ Unisinos, RS May, 2009 HUEFS, Universidade Estadual de Feira de Santana, BA CEPEC, Centro de Pesquisas da Lavoura do Cacau, BA July, 2009 INPA, Instituto de Pesquisas da Amazônia, AM September October, 2009 INPA, Instituto de Pesquisas da Amazônia, AM September, 2009 INPA, Instituto de Pesquisas da Amazônia, AM September, 2009 VIES, Universidade Federal do Espírito Santo, ES October, 2009 IMA, Instituto de Meio Ambiente, AL UFP, Universidade Federal de Pernambuco November, 2009 HUCS-Universidade de Caxias do Sul, RS PACA- Instituto Anchietano de Pesquisas/ Unisinos, RS, ICN-Universidade Federal do Rio Grande do Sul, RS, HAS- Fundação Zoobotânica do Rio Grande do Sul, RS. November, 2009 HVASF,Universidade Federal do Vale do São Francisco HTSA, Embrapa Semiárido November, 2009 Families revised/ Number of exsiccates examined Leguminosae from the Atlantic Rain Forest, BHCB (3.500); OUPR (3.000); Total: Leguminosae from the Atlantic Rain Forest MBM (3.000); UPCB (300); HBR (600); ICN (1.100); PACA (400) Total: Monimiaceae and Siparunaceae: CEPEC (50+30), HUEFS (35+28). Total: 143 Fungos poliporóides: Ganodermataceae (391); Meruliaceae (96); Hymenochaetataceae (463); Polyporaceae (2.095); Fomitopsidaceae (142); Gloeophyllaceae (72); Peniophoraceae (6); Schizophyllaceae (7); Schizoporaceae (20); Stereaceae (5) Total: Xylariaceae (161) Cyperaceae (350); Juncaceae (17) and Rapateaceae (15). Total: 382 Myrtaceae and others (65) Apocynaceae Asclepiadoideae IMA (43), UFP (50). Total: 93 Musgos: HUCS (60); PACA (157); ICN (120). Total: 337 Boraginaceae HVASF (198), HTSA (63). Total: 261 6

11 4. TRAINING BEST PRACTICES The Virtual Herbarium initiated a training program aimed at curators and technicians working in the herbaria of associated institutions. In July 2009 a short course was offered in database management in the Northeast and another course about herbaria management is planned for May/June 2010 in the Southeastern region of the country. The content of each course focuses on the most common problems presented by the institutions and tries to disseminate the most modern and appropriate techniques for the different taxonomic groups of interest. The courses also train technicians to help in collecting, drying, and documenting plants and fungi. NEW TAXONOMISTS Through its associated institutions the Virtual Herbarium is participating in six graduate programs where new taxonomists are being trained. It is the aim of this Project to promote a greater integration between these programs by organizing advanced courses on the taxonomy of specific groups, disseminating new techniques, and establishing partnerships with collaborating foreign institutions. One of the strategies is to bring foreign visiting specialists to run specific courses within these programs, as well as to contribute to broader courses covering all interests. The courses offered in 2009 are listed in Table 3. These include courses offered as part of the graduate programs at INPA and UFPE, as well as a training course for new taxonomists at undergraduate level offered in Maceió, Alagoas, where there are no graduate courses in Botany. Table 3. Disciplines offered in Graduate Programs, short courses carried out in scientific events, and courses offered in partner institutions in Title of the course/place/date Professors/Institution workload/number of students/origin of students Introduction to the use of tools for the computerization of herbaria; Universidade Federal de Pernambuco; Recife, june 2009 Computerization of botanical collections using Brahms and the specieslink network; 60º Congresso Nacional de Botânica ; Feira de Santana, July, 2009 New Approach on Taxonomy of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota); PPG Biologia de Fungos, UFPE; Recife, August 2009 Techniques for Identification of Tropical Polipore; PPG-Botânica, INPA; Manaus, September 2009 Itamar Barbosa de Lima (Universidade Federal da Paraíba) Alexandre Marino (CRIA) e; Gracialda Ferreira (Universidade Federal Rural do Amazonas) Fritz Oehl (Agroscope Reckenholz- Tänikon Research Station ART, Suíça) and Bruno Goto (Universidade Federal do Rio Grande do Norte) Dra. Tatiana B. Gibertoni (Universidade Federal de Pernambuco) and Leif Ryvarden (University of Oslo) 40 hours; 18 students; UFPE, IPA, UFRPE, UNICAP, UFAL UFPB, UFRN 16 hours; 13 students; CEPEC, HUEFS, UMAC, UNEB, UFBA, FUEL, HUEM, HSTA, IPA, R, UFRN 30 hours;14 students; UFPE, FUNESO 30 hours; 15 students: INPA, MG 7

12 Title of the course/place/date Professors/Institution workload/number of students/origin of students Training in species identification of the families Cyperaceae, Juncaceae, and Rapateaceae; INPA; Manaus, September 2009 Botanical Nomenclature; PPG Biologia Vegetal, UFPE; Recife, November 2009 Botanical Nomenclature; Instituto do Meio Ambiente de Alagoas; Maceió, November 2009 Taxonomy of Plants from the Caatinga; Universidade Federal do Vale de São Francisco; Petrolina, November 2009 Dr. Marcus Alves (Universidade Federal de Pernambuco); Dr. Jorge Fontella Pereira (Museu Nacional do Rio de Janeiro and do Herbário Bradeanum) and Dr. Maria Regina de Vasconcellos Barbosa (Universidade Federal da Paraíba) Dr. Jorge Fontella Pereira (Museu Nacional do Rio de Janeiro e do Herbário Bradeanum) Dr. José Iranildo Miranda de Melo (Universidade Estadual da Paraíba) 15 hours; 3 students; UNESP, MG, INPA 60 hours; 25 students: UFPE UFRPE, UNIVASF, UNB, UNESP, IMA 40 hours, 10 students; UFAL, CESMEC 12 hours; 34 students: UNIVASF, EMBRAPA Semiárido The following graduate programs are linked to the leading and associated institutions: Graduate course on Fungal Biology UFPE (Concept 5 at CAPES) unique in the country as it is exclusively about the study of fungi. It has been in existence for over 25 years and is recognized for its emphasis on training of taxonomists. Nine teachers from the program participate in the project. Graduate program in Plant Biology UFPE (Concept 5). This program is also consolidated and is recognized for the large scope of its research. Six teachers of the program participate in the project. Graduate program in Plant Biodiversity and the Environment IBt-SP (Concept 4). The objective of the program is to train professionals to interpret situations of environmental impact by assessment of their impact on the vegetation. Three teachers of the program participate in the project. Graduate program in Botany and Plant Biodiversity JBRJ (Concept 3). This program follows JBRJ s strategy to become a center of excellence in the dissemination of botanical and environmental studies. Three teachers of the program participate in the project. Graduate program in Botany UEFS (Concept 5). The main objective of this program is to train new taxonomists to work in Brazil s semi-arid region. Two teachers of the program participate in the project. Graduate program in Biological Sciences (Botany) Museu Nacional (Concept 4). This course began in 1972 (masters) and in 1998 a PhD course was initiated. It is one of the 8

13 oldest graduate courses in botany of the country. Four teachers of the program participate in the project. 5. VIRTUAL HERBARIUM BASELINE The information system of the Virtual Herbarium uses the specieslink 1 network as its platform. In order to be able to follow the project s progress concerning free and open availability of data through the Internet, a baseline was established as the project s starting point (Table 4). Table 4. Status of collaborating and associate collections (January, 2009) Institution Project Commitment Herbarium estimated holding online data Universidade Federal de Pernambuco Coordinator URM 78,852 12,014 UFP - Herbário 51,020 14,463 UFP- Carpoteca Universidade Federal de Sergipe Collaborator ASE 13,000 10,333 Universidade Federal do Ceará Collaborator EAC 42,000 21,149 Universidade Federal da Paraíba Collaborator EAN 13,000 4,574 Universidade Federal Rural de Pernambuco Instituto do Meio Ambiente do Estado de Alagoas Collaborator HST 15,500 12,909 PEUFR Collaborator MAC 32,000 18,584 Instituto de Botânica Associate SP 350,000 35,699 Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia Empresa Pernambucana de Pesquisa Agropecuária Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ) Universidade Federal Rural do Semi- Árido SP-Algas 30,000 26,240 Associate INPA - Herbário 220, ,683 INPA - Fungos 8,840 8,840 Collaborator IPA 81,000 26,654 Associate RB 450, ,065 RBdna 2,583 2,583 RBw 8,200 7,600 Collaborator MOSS 9,782 7,500 Universidade de São Paulo Collaborator SPF 133,500 21,270 SPF Algas 22,828 22,132 Universidade Federal do Piauí Collaborator TEPB 23,130 8,257 Universidade Estadual de Londrina Collaborator FUEL 44,000 42,058 Universidade Federal do Rio Grande do Norte Universidade Federal da Paraíba (UFPB) Collaborator UFRN 8,200 7,249 UFRN - Fungos Associate JPB 40,000 35,865 Departamento de Botânica da UFMG Collaborator BHCB 125,000 1 See 9

14 Institution Project Commitment Herbarium estimated holding Centro de Pesquisas do Cacau Collaborator CEPEC 114,000 Faculdade São Lucas, Porto Velho Collaborator HFSL 4,241 Museu Nacional (MN/UFRJ) Associate R 375,000 Universidade de Brasília Collaborator UB 200,000 Universidade Federal de Goiás Collaborator UFG 120,000 Universidade Estadual de Feira de Santana (UEFS) Total Collaborators and Associated Institutions Associate HUEFS 100,000 online data ,716, ,460 Names in green indicate the collaborating and associate institutions that were not sharing data through the specieslink network when the project began. Participating herbaria in January 2009 contributed a total of 2.7 million exsiccates of which data records were online. This baseline includes only collaborating and associate institutions of the project, but the specieslink network has data from other herbaria, both in Brazil and abroad that are repatriating their Brazilian records (Table 5). Table 5. Herbaria that are making their data available through the specieslink network and will be invited to become part of the Virtual Herbarium Institution Estimated holding Online records BOTU 24,000 1,399 CPMA 2,150 2,072 ESA 120,000 94,179 HISA 10,235 1,287 HRCB 40,000 6,541 HSJRP 28,000 12,600 HSJRP Algae HSJRP Bryophyta 4,866 4,866 HSJRP Pteridophyta 28,000 7,557 HUEM 14, HUMC 7,000 4,672 HUPG 15,000 2,386 IAC 50,000 43,116 INCAPER MBM 320, ,153 MBML Herbario 33,143 33,143 SPSF 37,903 36,045 UEC 148,083 55,523 VIES 15,000 10,113 Total Not Associated 899, ,814 Repatriated data MOBOT BR 157, ,087 NYBG BR 225, ,061 Total Repatriation 382, ,148 TOTAL 1,281, ,962 10

15 Adding all data from Brazilian herbaria, the Virtual Herbarium s baseline holdings sum to 3,616,327 records, of which 1,448,274 are online. As the estimated number of exsiccates deposited in Brazilian herbaria is 6 million, the Virtual Herbaria begins with about 60% of the total holdings directly or indirectly associated with the project. Furthermore, about 497 thousand records are geo-referenced, representing 34% of the online data. Concerning data repatriation, the Project begins with the Botanical Gardens of New York and Missouri which are repatriating 382,148 records, 135,628 (35%) of which are geo-referenced. This is the project s base line and will in future serve as a parameter to evaluate the project s progress. WORK CARRIED OUT Change of protocol (from DiGIR to Tapir) In 2001/2002 CRIA s team, with the support of Fapesp, participated actively in an international initiative led by the Universities of Kansas and California at Berkeley to develop a data model and communication protocol to integrate data systems for biological collections. The data model adopted was DarwinCore 2 and involves 48 data fields for all taxonomic groups. The communication protocol based on a Client-Server architecture is called DiGIR 3 (Distributed Generic Information Retrieval). Figure 1 shows the basic architecture adopted by most collections from the Americas. The portal is a software package responsible for receiving queries from the search interface, redirecting them to providers, receiving the answers and returning them to the search interface. The portal can send a request to several providers, communicating through the protocol and can also determine which provider should be consulted based on existing metadata. The provider is a software package responsible for serving data and metadata to the portal from multiple data sources in a structured way. The provider is implemented as a web application that answers questions from the portal. The provider receives an XML document, validates the document, generates the search, and prepares the answer in the required format, also as an XML document. The communication protocol between the Portal and the Provider is DiGIR. 2 See 3 To find out more about DiGIR go to 11

16 website Presentation Layer Lib DiGir DiGIR Portal (Java) Fast and stable connectivity Data SQL Collection Management System Provider PHP Biological Collection Figure 1. Basic architecture for a DiGIR network Three elements are required in order to serve data through a distributed network: fast and stable connectivity; an online data server accessible 24 hours a day; and qualified personnel that can guarantee a permanent service. Most Brazilian collections do not have even one of these. The specieslink network has introduced a new element to the architecture, a cache node, responsible for mirroring data from the collections and in serving the data to the network (Figure 2). Portal Fast and stable connectivity DiGIR Data PostgreSQL SQL Provider PHP Cache node Translator Mirror SOAP server Slow or unstable connectivity SOAP A Data SQL splinker Java B C D Collection Management System Data Repository Collections (A, B, C, D) Figure 2. Architecture of the specieslink network European collections have developed a data model and data transfer protocol that are different from DarwinCore and DiGIR. Their data model is called ABCD (Access to Biological 12

17 Collection Data) and includes more than 500 data fields. The protocol used to serve data is called BioCase. The two systems are incompatible and GBIF (Global Biodiversity Information Facility) 4 must run a system using both protocols in order to integrate data from all its members. A new protocol TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval) 5 has been developed to deal with both data models so that eventually only one global protocol, common to all networks of biological collections, will be needed. DiGIR networks are migrating to the new protocol and as time passes all programs written for DiGIR will become obsolete. That is why changing the protocol is considered a priority and was carried out at the beginning of the project, before increasing the number of herbaria on the network. Both protocols DiGIR and TAPIR are based on a client-server architecture. A TAPIR provider was installed in all cache nodes of the specieslink network and a new TAPIR portal was developed by CRIA. This work also required the development of a new search engine (indexer) to collect, parse, and store data to facilitate fast information retrieval and to enable the production of indicators and the use of other applications such as data cleaning through a centralized database (Figure 4). The migration to TAPIR began with the servers in São Paulo State due to their proximity to CRIA and because they were the first servers of the network and were already requiring updates. The actual physical distribution of the servers was also optimized. The distribution of cache nodes and the location of the collections can be seen at Figure 3. Besides three servers in the state of São Paulo, the network has cache nodes in Manaus, Vitória, Rio de Janeiro and Curitiba. All collections (in green) send their public data to one of these cache nodes which then serves the network. 4 Find out more about GBIF at 5 For more information on TAPIR see 13

18 Figure 3. Geographic distribution of the cache nodes (in blue) and of the collections (in green) of the specieslink network The work carried out in each cache node included: Installation and update of all software of all providers. Subversion 1.4.x; PHP 5.x and Perl modules Compatibility of the PostgreSQL database with TapirLink Debug and changes in the TapirLink code that was presenting errors in some servers. Once all necessary software had been installed, the next step was to install the Tapir provider in accordance to the following steps: Download of the TapirLink 6 software Configuration of the connection module with PostgreSQL of the PHP Configuration of the Apache web server 6 Available at 14

19 Configuration of the user and password in order to have access to the administration page of the provider After installation on the provider had been completed the resources that were on the DiGIR provider were transferred to Tapir. The new indexer/harvester was installed and became responsible for updating the centralized database. A web service was also made available in order for the openmodeller 7 framework to have access to the data (Figure 4). Web Site mapcria webservice Maps PostGIS Query interface Network Manager Indicators Data cleaning Data analysis Central Repository Data Harvester DiGIR Portal Tapir provider webservice TAPIR TAPIR Collections with a TAPIR provider Cache node Cache node SOAP Collections with splinker Figure 4. Diagram with the complete architecture of the specieslink network Inclusion of new collections to the specieslink network The following procedure was carried out in order to integrate new collections to the network: A standard mandatory questionnaire 8 was sent to each collection. The questionnaire was analyzed as to the data structure, software used, number of digitized records, and total holdings. The cache node was prepared to receive data from the collection. The collection was visited by technicians or a remote access to the computer was made in order to install the software splinker, developed by CRIA, responsible for mapping 7 Formore information about OpenModeller access 8 See 15

20 data fields following the DarwinCore standard and in sending the data to the selected cache node. If necessary, filters to mark sensitive data were created. Data was transferred to cache nodes and possible transmission errors were identified. This part of the work had to have one technician at the collection (or logged on to the computer of the collection) and one at CRIA monitoring the transmission. When the technician was physically at the collection, local staff was trained in the use of splinker and other tools 9 available at the specieslink network were demonstrated. Special attention was given to the data cleaning and collection profile reports produced by the system based on online records. In 2009 the specieslink network integrated 29 new collections, six of which were herbaria, one being from abroad. FURB, Herbário Dr. Roberto Miguel Klein HTSA, Herbário do Trópico Semi-Árido HVSF, Herbário Vale do São Francisco UFACPZ, Herbário da Universidade Federal do Acre HUEFS, Herbário da Universidade Estadual de Feira de Santana NMNH-Botany_BR, Smithsonian Department de Botany - Brazilian records Besides the inclusion of these new collections, 68% of herbaria that are part of the specieslink network updated their data in The network is serving approximately 2.27 million records, of which 930,000 are geo-referenced (December 10, 2009). Website The development of the website INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos began in 2009 and can be accessed at It is a dynamic system with regular updates. A Linux Server was prepared to receive the site (Debian GNU/Linux Lenny ). The database MySQL was installed on an Apache web server, together with programming language PHP, and Ws-ftp file transfer protocol. Wordpress was also installed. A number of adjustments were made such as the configuration of the database, configuration of users and names. All software was installed with the latest versions and all were free. Those responsible for implementing the site have full access to Wordpress and ftp. 9 See 16

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